梅之焕从托克逊返回吐鲁番安乐城之前，同此次出兵的几位卫拉特首领会了面，固始汗的深思熟虑和巴图尔珲台吉的豪爽热忱都给他留下了极为深刻的印象。
对于接下来追击阿布都拉哈汗的残军，并一气打通库尔勒到阿克苏的通道，和喀什噶尔的叶尔羌汗会师的作战任务，梅之焕便将之交给了固始汗和巴图尔珲台吉率领的卫拉特部。
而明军只是让樊一蘅、丁国栋率领了2000甘州及哈密自卫军混杂的骑兵，跟随卫拉特部南下作战。至于第二十一师团，则驻扎在了托克逊及安乐城之间的绿洲上。
托克逊城一战，不仅击溃了叶尔羌东部可汗麾下最强大的军队，同样也震慑到了在旁观战的卫拉特部。巴图尔珲台吉更为坚定的相信了那些俄国人向他诉说的，火器在战场上终将要淘汰弓箭的前景。
库尔勒本是叶尔羌东部可汗的驻地，也是阿布都拉哈汗的都城，这座城市的人口不下于吐鲁番安乐城。它也正处于塔里木盆地东北边缘最大的一块绿洲草原上，这里河流湖泊遍布，山丘平原上草木繁盛，牛羊牲畜随处可见。
也正是这片富饶的绿洲草原提供的财富，才支撑起了叶尔羌东部可汗麾下军队东征西讨的庞大军费。外来者站在库尔勒城外的草原上时，一定不会想到就在他们南方的数百里外，就是西域人闻之色变的塔克拉玛干大沙漠了。
而库尔勒城东面的数十里外，就是天山以南地区最大的淡水湖泊博斯腾湖。这里气候温和，干旱少雨，湖泊周边是大片的芦苇田，湖泊北面是树木繁茂的绿洲，南面又是一眼望不到尽头的沙丘，江南景致和大漠风情同时出现在了这里，让人一见难忘。
不过对于阿布都拉哈汗及其部下来说，他们已经顾不得欣赏这片美景了。从库米什镇绕过博斯腾湖北侧返回库尔勒城的这400里地，他们只花费了五天六夜就走完了，足足比之前来时节约了一半时间。
如果说阿布都拉哈汗此前在叶尔羌汗国一众埃米尔眼里，还是一位英明有为的君主的话，那么逃回库尔勒城的阿布都拉哈汗，立刻在自己的部众面前显露出了刚愎多疑的另一面。
回到库尔勒的阿布都拉哈汗，并没有在第一时间组织人手保卫库尔勒城，而是先撤换了城内一大批他认为不可靠的伯克的军权，换上了自己的亲信。他的这一举动顿时引起了城内伯克们的不满。
在托克逊城遭遇惨败的阿布都拉哈汗畏惧于面对埃米尔们，在控制了库尔勒的军队之后，便躲在了深宫内不肯外出，能够见到他的，只有腾格里.库里、怯皮克.米尔咱、米尔咱.兴德、胡赛.米尔咱四位亲信。
但是这四位亲信，却借助阿布都拉哈汗对他们的信任，以抵抗敌军进攻库尔勒的名义，向库尔勒城内外的百姓、商户大肆征收税赋，并强迫已经服过兵役的家庭再次出丁。
四人的横征暴敛的政策，不仅让原本支持阿布都拉哈汗的普通百姓难以忍受，也让不少颇有身份的宗教人士感到不满，不少商铺就是属于这些宗教人士的财产。
于是一些宗教人士和一些伯克们，便自发的跑去了王宫前请愿，要求阿布都拉哈汗出来倾听他们的控诉。
躲在宫内祈祷的阿布都拉哈汗听到了外面传来的喧哗声，心里也极为慌乱，于是便叫来了伊希卡噶（汗宫侍卫长）米尔咱.兴德，向他询问外面究竟发生了什么。
心怀恐惧的米尔咱.兴德，生怕阿布都拉哈汗出门去接见这些宗教人士和伯克们，于是歪曲事实的向他汇报道：“…汗，外面这些人都在呼喊，说只有让伊卜喇伊木王子返回库尔勒才能拯救这座城市…”
疑心病本就严重的阿布都拉哈汗很快就被米尔咱.兴德的话语给激怒了，他一边怒气冲冲的让米尔咱.兴德驱散王宫门口的人群，一边则开始考虑起在外领军的兄弟伊卜喇伊木王子对于自己的威胁来了。
米尔咱.兴德虽然驱散了王宫门口的人群，但是他并不认为这件事就会这么过去了，尤其是蒙古人和明人的联军已经连续击破了东面的几处堡垒，距离库尔勒城已经不足一日路程了，他对于库尔勒城究竟能不能守住，也是毫无信心的。
于是就在当日下午，米尔咱.兴德约齐了其他三人，向阿布都拉哈汗进言道：“汗，库尔勒城并无险可守，现在明人又联合了卫拉特部南下，如果他们再把大炮带到这里，我们的士兵就算再勇敢，也挡不住明人的火炮的…”
“是啊，汗。我们被围困在这里，伊卜喇伊木王子会不会来救我们，恐怕难说啊…”
“臣请汗退往库车，然后招募吉尔吉斯人和阿克苏的军队前来护卫，我们至少还可以据守铁门关以抵抗蒙古人的西进…”
在四位亲信的轮流劝说下，阿布都拉哈汗终于点头应允了他们的主张，于当晚抛弃了库尔勒的臣民，带着忠诚于自己的军队和后宫前往了库车。
阿布都拉哈汗的离去，让库尔勒城的军民失去了最后一丝抵抗的欲望，城中被抛弃的伯克们决定投降，但是他们畏惧于蒙古人的野蛮，于是派人先去联络了明军，得到了樊一蘅的保证，方才献出了城池。
逃到库车的阿布都拉哈汗，一边派米尔咱.兴德去联络吉尔吉斯人，一边派怯皮克.米尔咱去接替伊卜喇伊木王子接收阿克苏的军队，他还派遣了亲信沙赫.巴兹伯克前往喀什噶尔，向叶尔羌汗提出了求和。
停驻于阿克苏的伊卜喇伊木王子接到了怯皮克.米尔咱传达的汗的命令后，并没有立刻向他交接兵马，而是邀请怯皮克.米尔咱在阿克苏先休息几日。
看着伊卜喇伊木王子身边那些对他虎视眈眈的部将们，怯皮克.米尔咱顿时汗流浃背了起来，对着伊卜喇伊木王子的吩咐点头称是，并不敢有所违抗。
怯皮克.米尔咱刚刚被带下去，伊卜喇伊木王子的部下们便纷纷出声反对接受阿布都拉哈汗的命令，认为王子留在阿克苏显然更为安全一些。
伊卜喇伊木王子遣散了身边部将，只留下了自己的老师兼顾问哈桑伯克。待到部下们离开房间后，隐藏在阴影中的伊卜喇伊木王子向着哈桑伯克问道：“我的阿塔利克，你认为我现在应该怎么做？”
比其他人知道更多内情的哈桑伯克，自然知道现在在阿克苏的可不只阿布都拉哈汗一方的使者。自从托克逊惨败的消息传开后，喀什噶尔和明人都派来了使者，希望伊卜喇伊木王子投向自己这一边。
哈桑伯克沉思了好一会，方才向着王子开口说道：“尊敬的王子殿下，就眼下的形势来看，汗要求你把军队交给怯皮克.米尔咱，然后让殿下前往库车，这并不是一件好事。
如果汗真的是需要军队保护自己的话，难道不是应该让殿下您带着军队前往库车吗？一只去掉了爪牙的狮子，又该怎么去保卫汗王呢？”
伊卜喇伊木王子摸着自己的下巴，悠悠的说道：“所以，阿塔利克你的意思是，汗打算对自己的兄弟下手吗？”
哈桑伯克沉默以对，似乎是默认了王子的猜测。伊卜喇伊木王子叹了口气，便改口向哈桑伯克另外问道：“那么现在，我应当怎么选择才好呢？”
哈桑伯克倒是很清楚王子询问的是什么选择，他侧着头思考了片刻后说道：“叶尔羌汗也不过是明人所扶植的傀儡，如果没有明人出兵的帮助，那么我们早就攻下喀什噶尔和叶尔羌，统一整个汗国了。
至于和明人、卫拉特部和叶尔羌汗的联盟顽抗到底，令东部可汗的血脉断绝，显然也不是明智的选择。
因此，臣以为接受明人使者提出的条件，是最优先的选择。毕竟明人离我们最远，他们需要我们的帮助，才能获得对于这片土地的统治权力…”
和阿克苏相距约800里的喀什噶尔城内，叶尔羌汗却没有想着借机北上收复阿克苏，而是把目标放在了此前一直拖他后腿的黑山派信徒及那些反对自己的叶尔羌伯克们身上。
叶尔羌汗召集了马守应等亲信和白山派的教士，提出了想要清算黑山派及叶尔羌伯克们的想法。虽然一些埃米尔们持有保留意见，但是白山派的教士和马守应都选择了支持他，这令叶尔羌汗顿时胆气大壮。
11月初，叶尔羌汗带着马守应、白山派教士，并从明军处借来了2500蒙古骑兵返回了叶尔羌城。
阿布都拉哈汗在托克逊惨败的消息已经传到了叶尔羌城，叶尔羌阿奇木米尔咱.哈齐.巴鲁刺思立刻转变了立场，带着一班埃米尔跑出城外30里去迎接了叶尔羌汗。
在叶尔羌汗的暗示下，米尔咱.哈齐.巴鲁刺思找出了一位和卓子弟站出来揭发了，遇袭失踪的和卓沙迪曾经同撒马尔罕的哈非孜.纳赛尔哈里发合谋，谋杀了米尔咱.马黑麻.玉苏普伯克和舒图尔哈里发、伊思玛业勒苏菲等一系列汗国的大人物的内幕。
接着这位子弟又控诉和卓沙迪的家族中，有人嫉妒和卓沙迪的权势，勾结了黑山派的一些教士，收买了马匪袭击了和卓沙迪和叶尔羌汗，试图一举除掉叶尔羌汗国的两个掌权者，为阿布都拉哈汗南下进军叶尔羌城做好准备。
这些人虽然暗杀了和卓沙迪，但是却不小心让克雷奇汗逃了出去，因此才没有取得全功。但是他们还是在之后对阿布都拉哈汗的叛乱中，为阿布都拉哈汗提供了许多帮助。
幸亏克雷奇汗得到了明国的帮助，才粉碎了这些奸细和阿布都拉哈汗的图谋。这位控诉者为了证明自己的话语是真实的，还指出了他偷听到的和卓沙迪的藏尸处。
叶尔羌汗听到了米尔咱.哈齐.巴鲁刺思的汇报之后，极为愤怒。他亲自指派了亲信伯克和米尔咱.哈齐.巴鲁刺思一起去寻找和卓沙迪的尸体，当和卓沙迪的尸体被送到叶尔羌城确认之后。
叶尔羌汗站在城内教堂前的大广场上召集了全城的居民，一是当众揭发了和卓沙迪同撒马尔罕勾结谋害贵族们的罪恶；一是痛斥了黑山派教士同那些伯克同党们的谋逆之举。
随即他要求叶尔羌城的伯克们当众举证和卓沙迪的罪行，并揭发那些谋害和卓的同党。这场批判和揭发整整持续了三日，那些不肯站出来揭发和批判的伯克们，很快被视为了和卓沙迪的同党，或是谋杀和卓沙迪的逆党，被叶尔羌汗抄没了家产并处以了极刑。
100多位伯克的脑袋被砍下之后，这场政治斗争便不可避免的向普通的商人和百姓深入下去了。白山派的教士们，刚开始还试图用经文来说服那些黑山派信徒改宗。
但是他们很快发现，用言辞来说服这些愚昧的信徒，倒不如用刀剑更为快捷。这场针对黑山派信徒的清洗，足足持续了近一个月，还是阿尔斯兰和孟乔芳看不下去，把部队从叶尔羌叫了回来，清洗才渐渐停息下来。
叶尔羌城的人口，因为这场清洗足足少了四分之一。而那些黑山派教士及叶尔羌伯克们的财富，则大多流入了叶尔羌汗及其亲信，还有明军手中。
这场屠杀虽然让叶尔羌汗掌握住了叶尔羌地区的权力，但是也令黑山派信徒及一些伯克们对于叶尔羌汗和白山派教士充满了仇恨，这些人或是逃亡到了撒马尔罕去，或是干脆投效了明军，以保全自己。
