根据《无公害农产品管理办法》无公害农产品认证分为产地认定和产品认证。产地认定由省级农业行政主管部门组织实施，产品认证由农业部农产品质量安全中心组织实施，获得无公害农产品产地认定证书的产品方可申请产品认证。无公害农产品定位是保障基本食品安全、满足大众消费。无公害农产品认证是政府行为，认证不收费。认证标准是中华人民共和国农业部颁发的农业行业标准。
无公害农产品认证经过以下环节：
（1）省农业行政主管部门组织完成无公害农产品产地认定（包括产地环境监测），并颁发《无公害农产品产地认定证书》。
（2）省级承办机构接收《无公害农产品认证申请书》及附报材料后，审查材料是否齐全，完整，核实材料内容是否真实、准确，生产过程是否有禁用农业投入品使用和投入品使用不规范的行为。
（3）无公害农产品定点检测机构进行抽样、检测。
（4）农业部农产品质量安全中心所属专业认证分中心对省级承办机构提交的初审情况和相关申请资料进行复查，对生产过程控制措施的可行性、生产记录档案和产品《检验报告》的符合性进行审查。
（5）农业部农产品质量安全中心根据专业认证分中心审查情况，组织召开"认证评审专家会"进行最终评审。
（6）农业部农产品质量安全中心颁发认证证书、核发认证标志，并报农业部和国家认监委联合公告。
在经过无公害农产品产地认证基础上，在该产地生产农产品的企业和个人，按要求组织材料，经过省级承办机构、农业部农产品质量安全中心专业分中心的严格审查、评审，符合无公害农产品的标准，同意颁发无公害农产品证书并许可加贴标志的农产品，才可以冠以"无公害农产品"称号。
截至2004年4月7日，通过全国统一标志的无公害农产品认证的单位有2838家，通过认证的产品有3959个，其中种植业产品3344个，渔业产品567个，畜牧业产品448个。
