桓玄临走之时，顺手还把皇帝司马德宗给打包带走了。这让刘裕有点烦，因为刘裕他们的口号就是恢复晋王朝让晋安帝复辟。现在皇帝还在别人手上，而且还没死，你也不好再立别人，必须派人去抢回来。
但是桓玄准备很充分，他的船性能好，动力足，尽管在跑的路上还慢悠悠地写写《起居注》，刘裕的追兵始终也没有追上。
皇帝在别人手上，我这边的烂摊子以什么方式进行？
就在刘裕绞尽脑汁之时，刘穆之告诉他：有办法！
建康城里皇室人士众多，随便拉一个好控制的出来，名义上让其监国，等司马德宗回来，再把皇位让给他，实际上，是为了刘裕好把工作进行下去。
于是刘裕便找来了武陵王司马遵，并且再次对天下撒了一个谎说，安帝密诏要司马遵代替他统领百官，治理国家事务。反正是刘裕主事，他说的不由得你不信，就是你不信，也没有办法。
刘裕有了一个监国王，行事就方便多了。
为了保持官僚队伍的纯洁性，刘裕开始清肃桓玄余党，身边留着几个定时炸弹总是不放心。荆州刺史王绥等人就此被砍了脑袋，值得一提的是，刘裕借投靠桓玄为名将当初赌输后羞辱他的刁逵一家全部杀害，而王谧却被他保了下来。
另外，刘裕知道自己处理政事并不在行，干脆将朝廷内外一系列大事全委交给刘穆之，刘穆之斟酌时宜，根据实际情况，矫正桓玄执政时的弊病，建立各项制度。刘裕以身作则，带头遵守，京城的风气有了很大的改观，史称“威禁内外，百官皆肃然奉职，二三日间，风俗顿改”。
之所以有了这么大的变化，从一个侧面可以了解一二。
桓玄主政时，事无巨细，亲历亲为。他是个追求完美的人，自然也要求臣下不得有一丝缺陷，在给他的奏章中，即便是发现一个错别字，他也得把人家的官给罢了，哪还称得上量才录用。我相信桓玄要是做编辑，一定会非常称职，但他却没选好行当。
刘裕主政时，和桓玄不同，他并不干涉政令革新，他知道自己是个大老粗，而且非常懂得“用人不疑，疑人不用”的道理。“刘穆之，我相信你，你放心去干吧。”有了领导的信任，刘穆之还不拼死命地去做？
稳定了京城局势后，刘裕下面要做的便是全力围剿桓玄势力，卧榻之侧，岂容他人酣睡。
刘裕命刘毅等人主动进击。
桓玄在荆州还是有些根基的，桓家在此称霸三代，老臣宿将众多，谁不给他面子。于是，回到荆州的桓玄仍自称楚帝，集合兵马，挟帝反扑。
两军会于峥嵘洲。
刘毅、何无忌、刘道规：兵力不足万人，军士所乘舟舰与打渔船相仿。
桓玄：拥众两万，楼船高大，舟舰众多。
面对数倍于己的敌人及强大的战备，刘毅的士兵感到有些害怕，想要退回寻阳。刘道规不同意。自起兵以来，刘道规就没怎么立过战功，这时候不熊一把，以后怎么好在哥哥面前交待。
他说：“桓玄的强大只是表面上的，桓玄志大才疏，胆怯如鸡，乌合虽众，不足一扫。闻桓玄在大舰旁系有小舟，以便败时逃跑，如此怯弱，三军谁肯用命？两军决战，胜负之间，尽在主将雄怯与否，汉光武破昆阳，魏武克官渡，都是以寡制众，彼能行之，我何不可！”
也许是在兄弟谈话之际，刘裕常在两个弟弟面前吹嘘自己如何了得，听得刘道怜、刘道规心驰神往不已，心想，哪一天自己有了机会，也得跟哥哥学着点。
机会就在眼前！
刘道规说完，就率领本部兵士向前冲去，刘毅、何无忌不敢怠慢相继跟进，没有保住刘道规，他们的责任就大了。
刘道规在逞勇，但却遇对人了。桓玄着实够胆小，见刘毅等人乘风纵火而来，又一次做了缩头乌龟。
摊上这么一个庸懦无能的统帅，桓玄的士兵真是倒了八辈子霉。他的部队在貌似强大的背后，实则军心离散，没有斗志。
反观刘毅这边，却是人人奋勇，争先恐后，桓玄军早被吓破了胆，主帅都准备好逃了，我为啥要给你卖命，说不得了，我也逃了先。
桓玄逃得最快，率一百多人想去汉中投奔梁州刺史桓希。但众叛亲离的他却在逃跑的过程中被自己一个心腹砍了一刀，虽然没砍中，不过这一百多心腹也互相残杀起来，最后的结果是只剩下桓玄和卞范之两个人逃回船上，疾奔汉中。
桓玄的屯骑校尉毛修之是益州刺史毛璩的侄子，毛修之知道桓玄人头的价值，想把桓玄骗到蜀中，一刀给废了，夺去首功。桓玄真上了当，轻舟直进至枚回洲，没想到遇上了毛璩的侄孙毛祐之，毛祐之大喜，天下掉下块大肥肉，不吃那是傻子，下令放箭，射死这个国贼。
桓玄不备，被射中一箭，还没等桓玄叫痛，益州督护冯迁就已经跳上了桓玄的船。死到临头了，桓玄还不忘摆谱：“你是什么人？敢弑天子！”冯迁大笑：“我这不过是杀篡夺天子位的盗贼罢了！”一刀干掉了桓玄，桓玄死时三十六岁。
桓玄的皇帝梦，就这么结束了，从登基算起，前前后后不过一年零六个月，身死国灭，宗族死亡殆尽，足以警诫天下有野心而无才能的人。但是，有很多人还是不懂得这个道理，于是他们起来，又倒下。
桓玄消停了，但荆州还没有消停，其他很多地方同样还没有消停。
