三清宫东倚聚仙台，南靠九龙山，西邻演教殿，北踞龟背石，占据了三清福地藏风聚水的最佳风水宝地。以三清宫之名命名的三清宫景区是三清山厚重人文景观的荟萃福地，也是三清山道教古建筑群的“露天博物馆”。
三清宫景区平均海拔约1500多米，范围上至“九天应元府”，下至“风门”。三清山自晋朝葛洪开山以来历时迄今1600多年，道教历史源远流长，共有宫、观、殿、府、坊、泉、池、桥、墓、台、塔等230多处古建筑及石雕石刻文物。这些古建筑及文物依据“先天八卦图式”和“后天八卦图式”精巧融合布局，是研究我国道教古建筑设计布局的独特典范。
三清宫座落在三清山三清福地南侧九龙山口的龟背石上，海拔1533米，是三清山道教的标志性建筑。三清宫东倚聚仙台，南靠九龙山，西邻演教殿，北踞龟背石，占据了三清福地藏风聚水的最佳风水宝地。
相传东晋年间（公元326-334，或357-361）葛洪与李尚书“结庐炼丹”修道于三清山。唐建老子宫观，旧址在丹井北边，坐北朝南，称三清福地；“宋乾道六年（1170）王霖捐资重建三清观殿宇，供奉三清尊神，后因世乱，观废址毁”；元建三清观，有石刻三清石仙君、葛仙君、李尚书、金童、玉女及潘元帅像等；明景泰至天顺年间（1450-1464）王祐、詹碧云上山重修扩建后，改称三清宫；清嘉庆癸酉年（1813年）毁于大火，玉山、德兴两县方士化缘重建，但规模远不及从前。现三清宫为明代所建，坐南朝北，前殿后阁，左右厢房，两层两进。前殿高5.38米，后阁比前殿地基高2.3米，殿宽10.4米，进深19.82米，两殿总面积206平方米。包括附属建筑，占地总面积1750平方米。整个殿内梁、柱、墙、池、门以花岗岩琢磨铺造为主，镶嵌得严丝密缝，是古代建筑艺术的精品之一。宫门上方悬挂清同治八年（1869）立“三清福地”匾额一块。
三清宫因前殿供奉道教三位尊神——清微天玉清境元始天尊（太上道君，居中位，手执混元珠，象征天地未形、万物未生混沌状态时的无极）；禹余天上清境灵宝天尊（又称天宝君，居元始天尊左侧位，手执如意之象，或半黑半白的“阴阳镜”，象征刚从无极状态中衍生出来的“太极”）；大赤天太清境道德天尊（又称太上老君，居元始天尊右侧位，手执羽扇，象征由太极分化出的天地或阴阳“两仪”），故名。
今后阁为观音堂，供奉佛教十八罗汉等神像。前殿和后阁之间以十三级台阶相连接，象征脚踏十三行省。俗有“脚踏十三阶，吉吉福寿连”之说。阁内有联云：“三清殿内大阐慈悲之教，妙法堂中广开普济之门。”原左右厢房已毁，殿顶已非旧制，殿内三清神像为20世纪90年代所塑。2006年5月1日重新修峻开放。前后大殿石柱为明代原物遗留。三清尊神两边花岗岩大石柱上镌刻楹联云：“三天无极存道气于玉清上清太清，一统大明祝皇祚于百世千世万世。”宫殿正门石刻楹联：“殿开白昼风来扫，门到黄昏云自封”，道出了仙境福地风拂云绕，虚幻缥缈的景象。
三清宫殿前是一块花岗岩铺地的平台，平台北侧置石香炉和石香亭，香炉基座四脚石雕螭头。殿前东侧置惜字亭。殿开三门，正中大门外设台阶五级，阶下殿檐滴水处建长方形水池一方，阻碍于大门之前，古名“龙泉池”。池横长2.8米，宽1.3米，深0.25米。池内置石香盆一座，正面刻“清静”二字，西侧刻“尝”字，东侧刻“矣”字。池西南角地底石雕有潜龙头一尊，龙头东前方石香盆基座上刻“火龙珠”图纹一幅，紧靠龙头南边池底是阴沟排水口，雨天有水从中溢出将龙头浸漫，今称之为“阶下囚龙池”。平台北面正中为三清宫石牌坊，牌坊前是灵官殿、魁星殿。以上文物造型古朴，线条优美，雕工精湛。
三清山建筑充满玄虚神奇色彩。前殿内大柱石刻楹联：“三天无极存道气於玉清上清太清，一统大明祝皇祚於百世千世万世。”相传为明建文帝藏隐于三清山任三清宫住持时亲笔题撰。从联语中可以看出，建文帝虽遁入清静空虚之门，但仍然难以完全断绝红尘世俗之念，寄希望于三清尊神保佑大明皇位传承千秋万世。而宫殿正门楹联“殿开白昼风来扫，门到黄昏云自封”，与朱元璋龙兴之地凤阳龙兴寺内的一幅对联：“庙内无僧风扫地，寺中少灯月照明”有异联同义，相承继袭之妙，为祖孙两人一个前，一个后，同入佛、道空灵清静之门的无奈经历留下了意味深长的注解和佐证。
