科举制度自隋创立、唐完备、宋改革、元中落、明鼎盛至清灭亡，历时逾千年。数不清的中国读书人在科举的道路上，以经史子集为本，以“学而优则仕”为纲，穷其一生，竭尽全力，换取仕途功名。科举之利弊，自有众人评说，然而它确实又是我们不可或缺的一段历史，其影响依然可以从当今高考等各类考试中窥见一斑。
按照规划，科举博物馆及其配套项目东至平江府路、南至贡院街、西至金陵西路、北至建康路，总占地面积约6.63公顷，总规划建筑面积20余万平方米。项目计划分两期实施，一期工程为明远楼以南、以西部分，占地2.75公顷，规划建筑面积9.2万平方米，主要是修缮保护部分号舍和明远楼等遗存，建设科举博物馆主体和必要的配套设施，建设投资约9.46亿元。二期工程为明远楼以北、以东部分，占地3.88公顷，主要是修缮飞虹桥，打通江南贡院历史轴线，建设文化旅游配套设施。
新设计的科举博物馆犹如埋藏在地下的一个历史宝匣，它以刻满历代状元名录的魁星堂为核（暗示科举学而优则仕之核心），以刻满经史子集文字的石墙为皮（暗示科举的内容），以科举的历史变迁分层（隋、唐、宋、元、明、清……，如同科举历史册页），将科举的千年历史收藏其间，等待开启。
科举博物馆宝匣长36米，宽36米，高20米，整体沉入地下，上部为一个静静的浅水池。当参观者穿过贡院牌坊，与明远楼相对，博物馆如同一面古镜（古称“鉴”），将明远楼的倒影收入其中，让人联想到“以史为鉴”的古语。
博物馆的参观过程犹如探宝。这个尘封已久的宝匣深埋于地下，游客由坡道的狭长空间环绕而下，一边是布满文字的经匣，另一边是瓦砾堆积的立体庭院，参观者在漫步中逐渐远离市井的嘈杂，洗涤胸中的浮躁，开始体验当年科举路途的艰辛。
至底20米，宝匣下面是一个环形水池环绕的开放庭院，庭院晴天有日影移动，雨季有水滴涟漪。庭院中央是四层通高的魁星堂，仰望上空，在魁星点斗四周，历代状元名录在灯光照耀下熠熠生辉。
参观者沿自动扶梯拾级而上，穿梭于自隋创立、唐完备、宋改革、元中落、明鼎盛至清灭亡的科举历史之中，或实物呈现，或虚拟演绎，在恍惚间跨越科举千年，走出宝匣，明远楼已矗立在眼前。
设计为科举博物馆展陈提供了大小不等、高低不同的一系列展陈空间，可以满足不同尺度展品及不同类型设备的多种需要。
设计充分考虑了残障人士的需要，进行了完整的无障碍设计，可以让有需要的参观者方便到达博物馆各处。
设计也为特别贵宾提供了专用通道。在不影响大众参观的条件下，为贵宾提供方便。
博物馆也是一个绿色建筑。考虑可持续发展以及节能减排，设计结合南京的气候特征，从各个方面尽可能利用自然采光通风，降低能源消耗，节约经营运转费用。
明远楼在经过保护与维修以后，将有条件向大众开放，供游客登高游览。
明远楼两侧将恢复206间科举考棚（为江南贡院盛期20600余间考棚的百分之一），作为室外实景展示，参观者可以看到科举考生百态千姿，并在现代科技手段帮助下实现身临其境的观感效果。
清朝末年，历经1300年的科举制度由于种种原因，盛极而衰，最终被弃。然而，科举所倡导的公平公正的选材理念，在现代社会里展现出蓬勃生机，为当今考试制度的不断完善，提供不可或缺的历史借鉴。正如西方历史学家所言：迄今为止，除了科举还没有更好的选拔制度。如果说指南针、火药、纸和活字印刷四大发明是古代中国对世界物质文明做出的杰出贡献，科举制度则是古代中国对世界文明的制度性重大贡献。
