我来剧透:
怪盗基德被人陷害成杀人凶手，他来到新加坡是想查明真相，顺便带上柯南，易容成工藤新一潜伏在小兰身边，也顺便盗取一枚“绀青之拳”宝石，一名叫里希的警官请求毛利小五郎的帮助，将他们带领到一栋别墅，宝石就在这栋别墅，想请他们一同保护宝石，这栋别墅的主人名叫里昂，怪盗基德两次盗取，两次失败，特别是第2次，他通过重重防御，最后来到安全库，打开保险柜却是一具尸体，保险柜内壁有鲜血写着一段英文字团应该是生前写的，拼接起来就是一个“她”。事情越来越诡异......
这名死去的女人是里昂的秘书，在她死前的昨日前，曾打算把这一些“秘密”都告诉毛利小五郎，被人灭杀封口。
几日前，新加坡商场大楼死了一名女人，现场有一张卡片，是怪盗基德盗取宝石前寄出的那种卡片，就这样，怪盗基德成了最有嫌疑人的人。
还有另一名嫌疑人，那就是里昂，更加可疑的是，这名死去的女人是他曾经合作过的伙伴，不过他却有完美的不再想证明，死者死的时候，他正处于电梯中。
随着案件的深入，一切幕后主使便是里昂，柯南破解其中的玄妙，首先就是商场大楼的杀人：里昂先把那女人杀了装在行李箱中，再叫他的秘书穿上和死者同样的衣服发型，故意走到群中，再拿着一些颜料（一定是胡椒粉）涂在腰间，这样就给人一种被刀刺伤的错觉，随后车库爆炸，人群分散，里昂，这时候拖着行李箱出来，把真正的死者丢在原地，这样就造成了不在场证明，伪装的秘书小姐和他一同脱离现场。
里昂是一个犯罪心理的专家，同时也是一个变态建筑者，他要毁掉这个城市，然后以他的设计风格重新建造，绀青之拳的作用可以召集海盗，（这个宝石曾经是海盗王的，号召力如圣旨）他召集海盗在中东海域劫持一辆大船（泰坦尼克号都没有这么大）里昂毁掉这个城市就是：把这艘大船改变航行撞向城市！！
他之所以杀商场那个女人，那就是他泄露了宝石的所在地，被一名富豪抢他一步夺得，更加气里昂的是，那名富豪闲着钱没事干，居然来个擂台比赛，谁是冠军，谁就夺得这这枚宝石。可是意外收到了怪盗基德卡片，并将这枚宝石交给这位犯罪心理学专家同时也是一名变态的里昂保护。
怪盗基德也被他利用了，他杀了秘书正好把罪名嫁祸给他......
最后来一个反转，真正幕后操作一切的人是：里希（别误会他们不是父子）
经过一系列的事情，原来里希的父亲是一名善良的人，却被里昂给设计意外杀死了，里希所做的一切就是复仇，他要破坏里昂的计划，那张卡片也是他故意放的，为的就是引出怪盗基德出手，一同打乱他的计划，他勾结商场死去的那名女人还有秘书小姐。
可是他错了，他不该把怪盗基德卷入这一系列的事情中，“月光下的奇术师”可不是那么容易就能被人利用的人，他先是破解其中的奥妙，他以一人之力阻止大船的情景，他白色的滑翔翼翱翔在天空中，月光照亮他的发丝，海盗们的火箭筒对他轮番发射，爆炸的烟火长坏在夜空中，他比一切事物都要快一步，像是世界马拉松冠军把对手甩在身后，爆炸火风掀起它的滑翔翼上的布，他像是生命中注定要来拯救你的那个人，他来的时候没有穿着骑士那样的铠甲，却仿佛披着白色的双翼，物理重力被它完全无视！火箭接二连三在他身后爆炸，像是夕阳的落霞烧红天空，他像一只白鹤一样飘逸。
