倭国，姫路城。
因为兵力的劣势，河合操与金谷范三最终没能挡住宫崎光辅的萨摩军，再次伤亡过半后，不得不向鸟尾小弥太麾下的大部靠拢，宫崎光辅遂迂回至讨逆军背后，与八重英三郎前后夹击，激战十数日后，讨逆军伤亡超过千人，萨摩军则伤亡了三千多，但大多是裹挟来的流民，精锐伤亡并不多，还减少了后勤压力。
八重英三郎与宫崎光辅一商议，由前者继续攻城，后者则向东挺进，兵锋直指神户、大阪及京都。
大阪与京都不仅是商业中心，现在还是铁路枢纽，当然不能有失，光靠两地的守备军根本无法抵挡宫崎部。
鸟尾小弥太无奈下留下河合操与金谷范三断后，他率旅团主力追击宫崎光辅，谁知却中了埋伏，在明石以北损失了近两千人。
仓惶逃脱后，鸟尾小弥太一点人数，出发时近八千人，现在也就三千出头，算上断后的兵力，也就四千来人了。伤亡过半！
按说鸟尾小弥太不会犯这种低级错误，但派出的斥候都被猎杀了，他又恐大阪、京都有失，再反复察探势必耽搁时间，他偏偏没多少时间了，这才不得不冒险追击，结果杯具了。
而断后的河合操与金谷范三则更杯具，领着不到一个大队的兵力对上八重英三郎派出的五千人，拼掉近三千炮灰后全军覆没，金谷范三战死，河合操剖腹自尽。
八重英三郎留下两千人看守城内粮食物资，率余下五千人与城外人马汇合一处，共七千人，与宫崎光辅的近万人前后夹击鸟尾小弥太所部。
后者只有三千来号，即使再精锐，对上五、六倍的敌人也无济于事，何况萨摩军也远非西南战争时可比，同样有优秀的指挥官和炮兵、工兵，激战五天后，除了少数逃脱外，连同鸟尾小弥太尽没此役之中。
随后如同鸟尾小弥太担心的那样，宫崎光辅与八重英三郎一南一北，分别攻下了神户、大阪与鸟取、舞鹤，在京都重新汇合一处，至此，萨摩军攻下了本州岛三分之一区域，更是缴获了大量辎重物资。
但这个时候，九州岛又传来了消息，从宝岛归来的近卫第二旅团以金刚号重伤、筑紫号及几艘鱼雷艇沉没为代价，拖住了萨摩军舰队，由川内城北部的阿久根附近登陆，之后一举攻下川内城，随后兵逼鹿儿岛。
这时水户弥彦率舰队击沉了已重创的金刚号，及时赶到鹿岛城西侧海域，用舰炮逼退了近卫第二旅团。
为避免伤亡过大，指挥官北白川宫能久亲王命军队撤至雾岛山一带，转而攻击九州岛北部。
这时回援老巢的岛津忠久部返回九州岛，在熊本与近卫第二旅团遭遇，一场遭遇战下来，忠久部伤亡近千，近卫第二旅团损伤两百出头。
看似后者占了偏宜，实则不然，前者损失的大多是炮灰，而且是主场作战，兵员、物资随时可以补充，又有舰队相助，而昔日强大的倭国联合舰队如今只剩下小猫两三只。
这时在海战中逃得一命的桦山资纪建议，派敢死队潜入海中炸船。只要能解决萨摩藩舰队，鹿儿岛指日可破。
敢死队付出九成伤亡后，终于将炸药包吸在了一艘排水量五百吨的炮舰上。
但这艘船竟是全铁甲覆盖，而不是什么铁胁木壳船，引爆之后，船身剧烈地晃了晃，随后一切如故。
炸船失败了，水户秀赖被惊出一身冷汗，随后加强了戒备，但有人或船只接近，立即会受到炮舰或护卫艇的攻击，第二旅团再未找到机会。
但这时镇守老巢的岛津忠义却做出一个意外之举：令鹿岛城所有军队、族人撤出，在舰队护卫下，沿海边一路退到了鹿儿岛南部的枕崎城。
这下机会来了，北白川宫能久不顾桦山资纪劝说，坚持率军追击，后者只好退而求其次，要求率一队人马断后。
北白川宫能久亲王也知道后路不能有失，给了桦山两个大队的兵力，也就是三分之一的兵力，这可比鸟尾小弥太厚道多了。
分兵后，北白川宫能久亲王率四个大队兵不血刃地攻下了鹿岛城，但里面的粮食物资早就被搬运一空，除了一些不愿走的人外，相当于一座空城。
位于熊本以北的岛津忠久见状也分兵了，近五千人缠住桦山部，其余七千来人绕城而过，这时北白川宫能久亲王留了两个中队留守鹿岛城，其余兵力衔尾追击岛津忠义部，一直追到了枕崎城下，这才发觉竟分兵两次了。
还没等他做出应对，舰炮轰鸣声响彻了天地，还未散开阵形的军队立时死伤大片；炮击刚停，城内的萨摩军趁机突袭，一番苦战下来，双方各伤亡数百，双方偃旗息鼓；但这时舰炮又响了起来。
北白川宫能久亲王被这种无赖打法打得毫无脾气，这才后悔没听桦山资纪的劝说。
炮击停下后，双方再次交火，这回北白川宫能久亲王命部下且战且退，岛津忠义命部下衔尾追击，由于舰炮的威慑，北白川宫能久亲王不敢耍什么半道设伏之类，一路退回了鹿岛城下。
这时岛津忠久所部七千人马已经夺回了鹿岛城，北白川宫能久亲王留下的两个中队在炮灰消耗、内应发难、精兵突击下几乎损失殆尽。
这时北白川宫能久亲王部下已不足两千，面对一万多人的两面夹击，硬抗的话唯有败亡一途。
这时桦山资纪率两个大队强行突破了堵截，将北白川宫能久亲王部接应出去，但也只是暂时的。
岛津忠久这回不正面拦截了，却将对方东侧死死堵住。原因嘛，西边靠海呗，舰炮开兮轰他娘。
偏偏这时，第二旅团又出现了新的麻烦：弹药不足了。
遭受了N次舰炮轰击后，北白川宫能久亲王命仅剩的一千余人向岛津忠久部发起决死冲锋。
萨摩军打空弹仓之后，也挺着刺刀冲了上去，两拨小鬼子开始了白刃战。
近卫师团的兵员都是从各个师团选拔出的精锐，白刃战也是其特长之一，但全身是铁又能捻几根钉？在一比十的悬殊兵力下，很快被淹没在刺刀丛中。
最后，萨摩军伤亡数千，近卫第二旅团全军覆没，北白川宫能久亲王被俘，桦山资纪饮弹自尽。
他不自杀都不行，作为萨摩藩出身的将领，攻打鹿儿岛无异于背叛旧主，即使岛津忠义能饶他，事后也会死于暗杀，大久保利通就是个活生生的例子。
后顾之忧解除，宫崎光辅、八重英三郎如释重负，攻下纪伊半岛后，向岛津忠义请示，要求休整半月，补充兵员物资。
岛津忠义欣然同意，并授命两人就地筹集物资、犒赏士兵、激励士气。
这下打开了潘多拉盒子，倭人的劣性在本土开始上演，奸银掳掠烧杀，神户、大阪、京都以及周边町、村顿时变成了人间地狱。
萨摩军是畅快了，但不巧的是，一个小队在“狂欢”中找到了一个鼠疫感染者隔离区，看守的乡兵见叛军杀来，哪会留下等死？纷纷作鸟兽散。
萨摩军也不追击，像发现了宝藏似的冲了进去，在一片尖叫声中，将一个个腮帮肿大、红斑点点、全身发烫甚至昏迷不醒的女人扑倒在地……
隔离点可不止这一处，有的看守还与萨摩军发生了冲突，结果自然是被屠戮殆尽，然后染指其中的被隔离者，一周下来，不知多少人与鼠疫病患亲密交流过。
一周后，八重英三郎、宫崎光辅的部下纷纷出现了发烧、淋巴肿大、呼吸困难的症状，受感染者达到了总数的三分之一。
两人可不是一点见识都没有，何况这一路过来，见得黑死病人也不少，马上将之联系起来，果断隔离了所有感染者。
但发病者却不断地出现，弄得人人自危，两支近万人的大军顿时人心惶惶，完全没有了十来天前势如破竹般的气势，连自保都成了问题。
在这个时代，一旦感染黑死病必死无疑，哪怕目不识丁的流民也深知这个道理，于是，逃兵出现了，一开始，军官们还试图阻拦，但当火并发生后，这种情况愈演愈烈，最终所有流民连死带跑，走了个干干净净。
但疫情继续在军中蔓延，即使采取了隔离措施，也挡不住所有传播途径。老鼠、跳蚤，沾染病菌的肉类、呼吸时的飞沫…
查明缘由后，八重英三郎与宫崎光辅追悔莫及，早知道这样，还不如约束部下、秋毫无犯呢！但世上没有后悔药，这就是典型的乐极生悲吧！
消息传到九州岛，岛津忠义也大为震惊，随后派人询问了长崎港的英国人，补充了防范措施，比如禁食兔肉、松鼠肉，屋舍、兵营消毒、消灭老鼠跳蚤、每天洗澡、所有人戴口罩、以班为单位隔离观察，一周后没有症状才可与他人接触…
疫情终于控制下来，但萨摩军从开始的两万来人锐减至五千来号，连一个旅团都不够了。本来可以就地征兵，但萨摩军的暴行将京都、大阪等地惹得天怒人怨，别说征兵，抓壮丁都困难。
八重与宫崎进退两难，无奈下又请示家主，岛津忠义训斥了一通后，命两人率军退回九州岛，只有五千来号人了，打下去是自取灭亡，还是退一步海阔天空吧。
明治天皇得知情况后，大呼“神明佑我”，但高兴得有些早了。
萨摩军是退了，但鸟取一带又发生了大规模暴乱，是饥民发起的，随后席卷了附近的仓吉、米子、津山与福知山，先前逃亡的萨摩军炮灰见状也加入其中。
在后者的指引下，叛军迅速攻占了萨摩军造成的真空地带，抢掠一番后，带着大量物资钻入了附近山林或岛屿。
至此之后，每过一段时间就出来干一票，化整为零四处流窜，将新招募的倭军、乡兵们耍得团团转。
当后者懈怠时，叛军又会合兵一处，集中攻击一点，狠狠咬一口后迅速逃离，政·府军空有强大的火力与战力无无从下手。
消息传到东京，陆军大臣高岛两之助提议增兵、坚壁清野，双管齐下，首相黑田清隆则建议剿抚并举。
明治天皇果断选择了后者，但安抚是需要钱粮的，这个难题又交给了黑田清隆，以及外务大臣小村寿太郎。
国库仅有的几百万两白银不翼而飞，只能向外借款了。这意味着英国军舰从此可以长驻横须贺港以及冲绳了。
冲绳，也就是琉球岛是萨摩藩的地盘，废藩置县后实际还是后者掌控，要让英军占去，还不如让萨摩藩继续占着。
因此，黑田清隆及小村寿太郎与英国领事反复交涉，最终以土佐湾、伊势湾及占领的半岛国釜山港为代价，代替了冲绳。
英方早已准备好了，条约签署后，相当于两千万两白银的四百万英镑立即交付，很快变成了武器弹药、粮食以及药品，剿抚并举终于可以实施了。
