再次，小农经济的不利影响也不容小觑。小农经济一方面表现为人的狭隘性、孤立性和自给自足性，另一方面简单的再生产导致生产条件无比简陋，造成生产方式的小规模化。这就从其内部制约了科技创新的需求。尤其是小农经济的狭隘性或者说极其有限的活动范围制约了主体认识能力的发展和创造空间；自给自足性和封闭性更易形成因循守旧、不愿创新、排斥新事物的保守意识；生产方式的小规模化阉割了技术革新的冲动，并且也限制了科学技术的应用与推广。如小农经济下的农民通过观察太阳的方位来判断大致的时间，而无需更为精确的机械钟一类的发明创造，因为前者就能够满足农民的生产和生活之需。
马克思就曾指出：“它们（农村公社）使人的头脑局限在极小的范围内，成为迷信的驯服工具，成为传统规则的奴隶，表现不出任何伟大的作为和历史首创精神。”同时，由于小农经济生产条件简陋，生产规模很小，因而它所提供的剩余产品有限，不能为科学的发展提供丰富的物质保障，从而也就妨碍了科学的发展。并且，这些剩余产品被统治者和地主当做租税强行剥夺，这一方面造成统治者、地主无需过问生产技术就能获得一切物品，养成不爱思考不爱劳动的恶习，而另一方面是生产者的积极性备受打击，不愿去革新生产技术，造成生产能力低下，低下的生产能力又使得生产者无力去进行技术革新，从而形成一种恶性循环，造成科技发展俊巡不前。不仅如此，小农经济深刻影响着古代中国人的思维方式。农业经济注重经验性和务实性，造成实用理性思维极为发达，同时又使得抽象思辨的理性思维陷入萎缩的境地，得不到很好的发展。因为在农业小生产的格局下，无需任何分工，也不必应用任何科技。人们对原有东西进行修修补补就足够了，而不必去创新。这种抽象思辨思维方式的缺失也是中国古代科技没能进一步发展的原因之一。
古代中国，自秦帝国后，一直都实行重农抑商的政策，压制工商业的发展，使科学技术的发展失去了动力，从根本上阻碍了科技的发展。我们知道，人们为了获得更多更好的生存资料，满足不断增长的物质文化需要，就必然要把自己的生存需要和科技联系在一起。随着人们认识和改造自然能力的不断提高，生产工具的不断完善，社会分工也变得愈来愈细。于是，一方面，单位时间内生产的劳动产品的数量增多了，质量提高了，品种也变多了；另一方面，社会分工的不断发展，劳动产品的日益多样化和对不同产品的需求使商业贸易变为必需。所以，“以满足人的生存需求为目的的工商业必然推动作为手段的科学技术的产生和发展，而科学技术的发展反过来又推动生产工具的不断改进和社会分工的进一步细化，并导致生产和需求的日益多样化和商业贸易的进一步发展。因此可以说，科学技术愈发达，它就愈能推动工商业的发展；而工商业愈发达，反过来又会对科学技术的发展提出更高要求。”而压制工商业也就扼制了科学的发展，造成古代中国科学随着时间的推移而不断萎缩，发展变缓。
最后，思想一统造成的缺陷也是惊人的。思想一统一般都是借助于官方的力量确立起来的，并利用这种权力对与之不同的思想进行打击、压制和迫害，力图把人们的思想限制在这种一元化思想的狭窄的范围内，使人们盲目信奉这种一元化的思想，不愿、不敢、也不能越雷池一步。这禁锢和僵化了人们的思想，妨碍了科学的发展和创新思想的出现，从而造成科学的停滞不前。其中儒家思想是一种弹性一元化思想，宗教神学思想则是刚性的一元化思想。儒家思想是不断发展变化着的，通过吸收种种别的思想来不断完善自己，而且，它贴近人世现实生活，存活能力比关注来世、思想僵化不变的宗教神学思想更强，危害也就更甚了。下面先来说一说神学思想，尤其是基督教神学思想对科学创新的压制。
众所周知，宗教强调有超自然的力量、意志的存在，认为自然存在及其变化隐含着神秘的目的性，即所谓的“神意”，因而崇信权威。而科学不承认超自然力量的存在，认为自然存在及其变化有其原因，并且可以认识、理解。结果是信赖经验实证和理性分析。罗素就此进一步指出：“宗教教义和科学理论不同，它自称含有永恒的和绝对可靠的真理，而科学却总是暂时的，它预期人们一定迟早会发现必须对它的目前的理论作出修正，并且意识到自己的方法是一种在逻辑上不可能得出圆满的、最终的论证方法。”这两种截然不同的认识造成宗教与科学激烈的冲突，并且由于宗教神学思想在生存性社会发展阶段占统治地位，因此，科学受到了宗教猛烈的压制和迫害。在中世纪欧洲，一切与基督教教义不符的科学研究都被排斥，一切被认为是异端邪说的书籍都被烧毁，并设立宗教裁判所对从事违背教义的科学研究进行残酷镇压。这一时期被火刑的人达500万，其中有很多是自然科学家。如哥白尼考虑到教会的迫害，在很长时间内都不敢公开发表他的《天体运行论》，因为他提出的新的“日心说”与基督教“地心说”截然相反。在它发表后，教会将其长期列为禁书，并禁止讲授哥白尼的理论。伽利略不仅赞同和宣传“日心说”，而且还通过天文观察加以确证。这触犯了教会的禁令。不过，因他的妥协，最终避免了火刑，而被宗教裁判所判以囚禁。布鲁诺因信奉、颂扬并发展哥白尼学说，而被教会活活烧死。笛卡儿提出天体演化的涡旋理论，并试图用不同于上帝创世的思想来解释天体的起源。当他听说伽利略被判囚禁后，就逃到荷兰避难去了。开普勒一生都在不断被迫害的环境中度过。
解剖学家维萨里因其观点与上帝造人的思想不同而被教会勒令去巴勒斯坦朝圣赎罪，不幸因船只失事而丧生。诸如此类的例子还有很多，不再一一列举。总之，宗教竭力扼杀科学，排斥人的认知理性和创新精神，阻遏了科学的发展进步。
下面来探讨儒家思想的缺陷。儒家以伦理道德为本，强调人的内心修养，注重人和人之间关系的和谐，以及如何管理好社会，但是很少去关心和探索关于自然界的知识。李约瑟就此指出：“儒家的集中注意于人与社会，而忽略其他方面，使得他们只对‘事’的研究而放弃一切对‘物’的研究。”因为在儒家看来，人讲究仁义道德，社会树立起尊卑观念，就不会有犯上作乱的事情，社会就会安定。
反之，如果掌握了科学技术知识，人们就有可能以技犯上作乱，以技谋求财富，见利忘义，从而导致社会不安定，甚至是动荡。于是，修身养性、安邦定国或者说“内圣外王”被视为求知，被认作“有用之学”，并成为最根本的知识和最高的真理。而且，在儒家“有用之学”思想的普照下，那些与政治道德实践相容的所谓有用的科技知识自然得到了长足的发展，如天文学、农学、医学等，而其他与道德修养、社会稳定无关的所谓无用的自然科学知识却得不到应有的重视，甚至是被漠视，或者说与政治道德实践没有直接联系但对科学发展有重大意义的抽象问题很少去思考。另一方面，儒家强调“格物致知”，并不是真正去探求自然界和把握具体的知识，而只是把对外界的认识转化为对人的内在道德的培养，即达于仁义道德。这必然导致把人生伦理关系当做人们真正认识的对象，将认识活动完全导入道德修养，而把客观实在的自然界当做认识人生伦理关系的手段，外在客观世界也就成了人们可有可无的认识对象。结果必然是排斥“为知识而知识”的自然科学，也违背了科学探索的根本规律与要求，不利于对客观世界的探索。同时，这也就决定达于仁义道德的方法，即内省。所谓“三省吾身”（《论语·学而》）、“反求诸己”（《孟子·公孙丑》）。这束缚了对自然知识的探索和追求。并且，达于仁义道德要讲究中庸，所谓“过犹不及”（《论语·先进》）。这也不利于科学研究。杨振宁指出：“中国哲学里的中庸之道我认为对科学是不利的。欧几里得的精神之一是打破砂锅问到底，中庸之道与这种精神是相悖的。”需要指出的是，儒家片面强调道德修养，而忽视人的物质利益和物质欲望，即贵义贱利。
发展到宋明理学，更是主张“灭人欲，存天理”，彻底否定人对物质的追求，从而束缚了科技的发展。因为科学本身也包含对财富的追求和对物质生活的向往。还应当指出的是，儒家主张天人合一。天人合一的实质就是强调自然和人之间的相互融合，即物我同一。这造成主客体不分，只能对客体作笼统的总体把握，妨碍了对客体的深入认识。
总之，这种以仁义道德和经世致用为学问，而把科学当做达于仁义的功利手段，极大限制了人们科学研究的范围，缺失了对科学价值的阐扬，束缚了科学的进步。因为科学研究的不仅是社会现象，更有自然现象，以及隐藏其中的规律和法则。而且，科学研究不一定对我们的现实生活有直接的助益。正是基于科学非功利的考量，英国哲学家怀特海不无极端地指出：“没有理由怀疑个别中国人进行科学探索的原本能力。但中国科学在事实上是可以忽略而不可取的。可以相信，如果听其自然，中国永远也不会产生任何的科学进步。”由此可见，关注人世亲情和注重实用的儒家思想对科学发展的阻碍作用之大，甚至超过了宗教神学思想。
总之，这些缺陷在古代中国表现得最为突出，集中体现了古代社会的缺陷。
因而，其对个性发展、思想解放、科学独立和理论创新的巨大压制与长远阻碍作用是远非中世纪欧洲和其他帝国可以相比的。譬如与中国封建社会高度集权相反，中世纪欧洲存在着以国王为代表的世俗政权和以教皇为代表的宗教权力。
这两种权力时有交叉，相互利用，但它们又是相对独立的，有时甚至是矛盾和冲突的。这就为各种不同的政见或主张留下了可能的生存之地，因为与世俗权力或教会神学思想相对立的观点，可能会得到对方的庇护。因此，新的思想观念就易于逐步发展起来，为社会的改良和变革、科学创新创造良好的条件。此外，权力抗衡的政治格局形成了各种政治力量阐释各自合理性的习惯，并从中滋生出理性认识世界的渴求。总之，以一句话概括来这个缺陷，它就是人的精神的缺失，人的价值的贬抑，人的创造能力的丧失。
