恭亲王的这些指责，主要是指康有为在上清帝第六书中所表达的政治构想。这份上书可是康有为遵照皇上的要求专门赶写出来，并于1898年1月29日即农历正月初八提交给朝廷的。在这份建议书中，康有为详细表达了自己的改革思路，其中一个最重要的构想就是开制度局于宫中，征天下通才20人参与其事，统筹全局。
康有为理念中的这个制度局可不是一般的行政机构，甚至不是与六部并列的行政系统，而是一个超级行政架构，即便不是取代军机处，至少也是与军机处并列的至上组织，归属于皇帝直接领导，下设法律、税计、学校、农商、工务、矿政、铁路、邮政、造币、游历、社会及武备等12个分支机构。
按照康有为对制度局及附属12个分支机构的功能界定，这些新设组织的主要功能就是负责将一切政事制度从新商定，改革乃至重建中央行政体制，重建新的政治体制及与之相适应的各项制度章程。
至于中央以下各级行政机构的改革及经济、文化等方面的变动，康有为也在奏折中提出一些设想，大要不外乎本着政情上通下达、弃旧图新的原则加以改造。
或许是因为政治变革的阻力太大，或许是因为这份文件毕竟是应皇上的要求而写作，不管是什么原因，反正康有为在这份《统筹全局折》中没有再提上清帝第五书开国会、定宪法的主张，而将开国会、定宪法等相关功能都归于比较中立和平和的制度局中了。康有为的意思显然是期待这个不太显眼的制度局不再停留在空谈的层面上，而能够转入一种实际的政治运作。
康有为制度局、新政局的建议实际上是西方近代国家三权分立立宪政体在中国的演变，按照康的设想，制度局主要的职能是议政和制定规则，具有西方近代国家的议会功能；新政局是行政权力中心，是办事机构，凡制度局已议定的新政事务，皆交给新政局负责执行。
推测康有为的本意，他似乎不愿意采取先破后立的办法进行改革，而是反其道而行之，先立后破，用新的议政机构和新的行政机构推行改革，以便减少新政推行中的阻力。康有为的设想或许没有问题，但如果仔细分析，则不难看到康的这一方案是直接针对旧有政治、行政体制，是对旧有政治、行政体制权力的严重侵犯。说得不客气，他这种所谓先立后破的方案远比先破后立的方案所要面对阻力大得多。因为从议政功能看，大清帝国虽然从来没有设立什么议会、国会之类的机构，但大清帝国的政治体制从传统中国演化而来，其议政与行政的分离并不是没有。早在清太祖努尔哈赤筹备建立后金政权时，就曾设置过议政五大臣协助处理国事，每五日召集一次会议，与宗室王公等一起讨论重大事务。满洲人建政中原后，更参照中国传统的政权组织方式组建议政王大臣会议制度，于内廷设置议政处，全面管理帝国日常事务。六部有交议之事，议政处便揆度事情，抉择可否，行之邦国，施之民人。到了雍正年间成立军机处，议政王大臣会议制度失去其应有的功能，遂逐步废除。所谓军机处实际上就是帝国最高议政机构，帝国所有事务实际上都要通过军机处讨论；六部交议之事，皆有中外臣工随时条奏，帝国内部一切大政大疑，均由军机大臣讨论裁决，皇帝通过军机处对全国的控制远比康有为设计的皇帝对制度局的控制要严密得多。
至于行政机构，清朝建政中原以后沿袭明朝旧例，也没有设立内阁，由六部直接向皇帝负责。后来因洋务需要，在六部之外设立总理各国事务衙门，总理衙门遂演变成实际上的行政权力中心，六部只是行政事务的执行机关，帝国的所有大小事务实际上都被肢解为六部的事务，皇帝正是通过对军机处、总理衙门及六部的高度控制而控制着整个帝国的全部议政及行政体制。
当然，总理衙门这种体制的弊病在当时也是相当明显，刑部郎中沈瑞琳就曾于9月13日上书朝廷，建议遵循东西洋各国惯例，将总理衙门改为外部，定设专官，以重交涉而策富强。在沈瑞琳看来，总理衙门的最大弊病就是这个机构有名无实，虽然在权力架构上是一个超部院的机构，但有衙门而无专官，名为总理实则兼理。总理衙门大臣的实际职务还是各部首长，这样兼理状态自然难以应付日益繁多的外交事务及内政发展、经济建设的需要。
清廷的权力架构确实存在着这样那样的问题，特别是总理衙门这样的兼职体制在很大程度上妨碍了日常事务的进展。在沈瑞琳建议的前后，顺天府大兴县生员高世芬也对军机处、总理衙门以及六部的兼职体制提出批评，建议朝廷仿督抚同城的改革办法，优化、裁撤过多的兼职人员，各部院尚书左右侍郎，无论满汉各撤一员，即以尚书为总理，如外省之督抚然；左右侍郎各用一员，办理合署事宜，如外省之藩臬然。同时规定他们不再兼管其他事务，只以本部为责成。军机大臣与总理衙门大臣，务必择明体达用之人兼充其事，似可勿令其再管各部院事务，俾专心于中外实在情形，措置自能裕如，不致擀格。高世芬没有像康有为那样多有忌讳，而是明确强调，他的这个建议就是仿照西方各国立宪体制中的上议院的意思，不师其名而得其实，则国家自徐而治。
大清王朝的行政体制或许如批评者所说的那样具有许多问题，但康有为立足于先立后破的议政与行政分离的建议，不仅是对帝国旧体制、旧官制的全面否定，而且其叠床架屋的权力设计势必导致旧有机构中所有官僚的反对。何况将他的这种设计还原为中国旧体制，也没有看到多少新意呢？
避开军机处另设议政的制度局，避开总理衙门和六部另设所谓新政局及12个新政分局，这一构想的另一出发点或许是感到旧有的议政及行政中心过于陈旧和老化，很难依靠这些旧有的机构推动新政，而如果将具有新思想、新手段的新人物介入原有的议政机构和行政机构，要么新人物被旧人物所同化，要么新旧人物之间发生不必要的冲突。所以，康有为试图通过另行设立新的议政、行政机构总揽帝国的行政大权，以不触动旧有的机构及其所从属的官僚体制为代价，换取旧有官僚体制对新政的支持。康有为的愿望不可谓不善良，但他“攫取”帝国权力的野心在那些老道的政治家眼里确乎过于幼稚和明显。恭亲王在弥留之际对皇太后和皇上的告诫，就是让他们注意不要上康有为、翁同龢等人的当，以设立什么制度局、新政局的花样，达到“废我军机”，达到将整个帝国脱离满洲贵族控制的政治目的。
康有为、翁同龢的心理当然并不是恭亲王所推测的那样阴暗与恶毒，但康有为执意在旧有的政权架构之外另起炉灶，事实上也有废弃旧有权力架构的用意。根据康有为的说法，他之所以建议于内廷仿南书房和会典馆旧例设制度局，就是要废弃已有的军机处，他觉得军机处经过数十年的发展演变，已失去先前应有的活力，对于无例可援、前无古人的新政事业，军机处无法发挥应有的功能：军机出纳喉舌，亦非论道经邦，跪对顷刻，岂能讨论？继续由军机处担当议政功能，显然是不可能也是不可靠的。至于在总理衙门和六部之外另组行政中心，在康有为看来也是不得已而为之，六部本为行政之官，掌守例而不任出议，而总理衙门困于外交，总理大臣也多为兼职，簿书期会，刻无暇晷，根本无法担当推动变法的责任。基于这样的判断，康有为认为不变法则已，要变法，要维新，就必须另行组织制度局和新政局，前者担负议政功能，后者担负执行责任。
从权力制衡的角度看，康有为设立制度局与新政局的建议固然有其可取之处，但不可回避的问题在于，这种新的权力架构并没有消弭恭亲王的疑虑，一旦这种新的议政机构与行政中心建立起来之后，原有的军机处、总理衙门及六部的功能何在？在这些机构中任职的官员还有什么事情可做？所以说，旧有的权力架构不是不可以废除或改造，新的机构不是不可以设立，问题在于怎样协调新旧机构之间的关系，否则旧的依然存在，新的继续建立，新旧之间发生冲突是必然的，不发生冲突才真的令人奇怪。
康有为的提议不论有多少道理，但他无法回答新旧权力机构之间如何协调这一重大问题，所以他的建议在上报清廷之后并没有获得如期的回应，清政府政治高层对于康的建议采取了置之不理的态度。在这种情况下，康有为正确的选择是应该检讨自己的建议是否有某种不足，应该从那些方面予以完善？然而康有为并没有这样做，相反，他的自信使他听不得任何不同意见，他觉得只要他和同志们坚持不懈地进行鼓吹，一定能够获得政治高层的善意回应。于是他在那些具有新思想的年轻一代知识分子和官僚阶层中积极活动，将自己的成文建议在他们中间进行传播。久而久之，也真有一些年轻的官僚听信康的建议，康转而又以这些人的名义向清廷呈递类似的奏折，以期从舆论上迫使清廷政治高层就范，接纳他的建议。
皇天不负有心人。经过康有为和他的那些志同道合者不懈努力，在已有权力架构基础上设立制度局的建议终于获得了朝廷的认同和反响。3月11日，在各方面压力下，总理衙门终于将扣压了一个多月的《上清帝第六书》转呈朝廷，皇上在阅读了这份建议后表示认同，当即批转总理衙门妥议具奏。
6月16日，皇上如约召见康有为，康有为又借机当面表达了设立制度局的建议。康有为说，自道光年间中英战争以来，朝廷几十年都在强调变法、强调发展，然而几十年过去了，现在反观这几十年的变法，其实只是“变事”而非变法，都只是枝节的改良，而不是根本的改造。鉴于先前的经验教训，康有为认为设立制度局是保证这些变法不流于形式，能够获得成功的一个关键，因为由皇上掌控的制度局可以预先对各项改革统筹考虑，分清轻重缓急，制定一个切实可行的方案。
凡事预则立，不预则废。这是先贤的教训，朝廷当然也很清楚，所以皇上对康有为开制度局的这个建议，没有理由表示反对，但是究竟应该怎样进行，朝廷自有考虑。
朝廷的认同无疑激励了康有为再接再厉，而朝廷自有考虑，也迫使康有为加大对朝廷的影响力。6月17日，也就是康有为谒见皇上第二天，他就故伎重演，兴致勃勃代言官宋伯鲁起草了一份奏折，即《变法先后有序乞速奋乾断以救时艰》，建议朝廷参照近代西方国家议政、行政、司法三权分立理论和实践，重构国家权力系统，实行三权分立。建议比较正确地指出，三权分立犹如人的身体，议政的功能犹如人的心思，行政的功能犹如人的手足，司法的功能就是人的耳目，各守其官，而后体立事成。然议政的心思周密灵巧，但是议政毕竟只是议政，不能代替行政的功能自己动手；行政的功能虽强，但不能替代议政的功能去思去想去规划。现代社会是一个复杂的系统，大清国几十年的改革发展也有了许多新的因素，如果依然固守先前体制，军机为政府，跪对不过须臾，各位军机虽然是朝廷重臣，但其功能不过是皇上的出纳喉舌之人，没有办法进行独立的思考和独立的判断，更不可能就帝国发展提出比较长时段的政策规划。至于权力架构中的六部和总理衙门，其实际功能不过是行政守例之官，在现代权力架构中，不过就是执行者而已，而在帝国权力架构中，除了执行，还要思考，一切重大政策差不多都是由这些行政之官参与制定。这显然是以手足代心思，故而往往五官乖宜，举动失措。
康有为借宋伯鲁之口揭示的这些问题确实存在，这是帝制体制下无法克服的问题，帝制体制确实具有高效率的特征，这在政治比较清明、天下无大事的情形下，帝制体制下的决策比较简单，没有争论，没有争辩，没有议会中多数少数的纠缠。这都是事实，都是优势。然而，在另外一种情形下，这种高效率的集权体制由于没有充分注意到少数人的智慧和权力，当然也就容易失误。所以，康有为在这份奏折中旧话重提，建议朝廷参照西方近代国家三权分立模式重构帝国权力系统。应该说，这是一种有远见的政治智慧。
根据这个设想，康有为在这份奏折中提出一个最具体的建议，就是朝廷出面设立一个立法院，选天下通才入院办事，专责法律规章的制定，这样或许可以避免先前行政与议政含混不清的弊病。这样，康有为就将先前所提制度局的设想具体化，只是这个建议对新旧衙门之间应该如何协调，依然没有一个规划方案。
又过了两天（6月19日），康有为再接再厉，向朝廷递交了一个折子《为推行新政请御门誓众开制度局以统筹大局革旧图新以救时艰》，明确开制度局是变法维新的关键，强调不欲变法自强则已，如欲变法自强，其下手之处，就是开制度局，由制度局对弃旧图新进行统筹规划，逐步推行。
在康有为不断用各种方式忽悠下，年轻的皇上终于心动，他忘记了恭亲王的临终告诫，而恭亲王的去世也使年轻的皇上少了一份约束，少了一些理性，而他本人在新政以来数年间也确实处处时时受到旧有的军机大臣和宗室王公的制衡，因而这种种的原因促使皇上能够认同康有为另起炉灶的建议。
