正当营造学社的研究者们热情地投入对祖国建筑的热情研究时，就在中国古建筑界又一个里程碑式的发现再次到来时的那一天，1937年7月7日佛光寺唐代大殿被梁思成等找到，抗日战争爆发了。当时还在山西的梁思成夫妇听到这个消息，匆忙赶回北平，他们收拾了一下便带着孩子随中国营造学社南迁，辗转途经武汉、长沙、昆明等地，最后在四川宜宾的李庄镇驻扎。梁思成等在极其艰苦的条件下对南方部分省份的古建筑进行了调查与研究。
抗战胜利后，营造学社迁回北京。但创办者朱启钤已经无力为继，原来中华教育文化基金会对学社的赞助也没有申请到，学社不得不于1946年解散，十分遗憾。
营造学社虽然解散，但是梁思成、林徽因仍然任教于清华大学继续开展古建筑研究。1948年底，中国人民解放军兵临北京西郊准备攻城。一天下午，一位解放军干部在清华大学找到了梁思成，向他转达了解放军总部的意思。如果和谈失败，解放军攻城时应该保护哪些古建筑，并进一步询问了全国还有哪些古建筑应该保护，希望梁思成能给一份名单，解放军会发给全军以备以后的战斗中和接管时加以保护。梁思成对此十分激动，他认为这样的军队和政府是值得尊重和拥护的。梁思成和他的同事、学生们以极大的热情在短短三个多月的时间内，就编纂出了一本《全国重要文物建筑简目》。
1949年3月，解放军全面进攻前，该书发至军中，使很多古建筑免遭战火。中华人民共和国成立之后，国家启动了全国性的文物普查登记工作，希望通过普查对全国的文物情况有一个比较系统和详细的了解，这本书再次被重印作为全国文物普查的重要资料发挥了巨大作用。
营造学社解散的近60年后，也就是2003年，北京恭王府管理处计划全面修复恭王府的古建筑，其中后罩楼内的“水法楼”是室内园林的精品，也是室内水法楼的孤例，它最初是乾隆年间和珅仿照圆明园的大水法建造，经过咸丰初年改造而成。这座室内园林已经于上世纪被损毁了，目前已经无法找到实例来做复原依据，所以其复原设计成了一个难题。当专家们在搜集清华大学所藏营造学社绘制的建筑测绘图时，惊喜地发现了1937年由莫宗江绘制的恭王府后罩楼内的水法楼图纸，为复原提供了强有力的证据。但这只是营造学社会员工作成果在现代发挥作用的一斑，而其所开创的对中国古建筑的保护和研究事业的深远意义却不是用一篇文章能够表达的，因为它真正的成果在因为认识到了古建筑的价值而被保存下来的一栋栋古建筑身上，也在无数陶醉在中国古建筑文化和艺术之美的人心中。
四、旧都文物整理委员会对北京古建筑的保护
1933年6月，袁良出任民国时期的第四任北平市长。袁良上任之际，正逢《塘沽协议》签字不久，日本图谋吞并华北的野心暴露无遗，华北局势十分危急。在这种局势下，袁良认为北平拥有大规模的中国古代建筑精品，集东方艺术之大观，如果将北平规划建设成为旅游胜地，使北平成为东方最大的文化都市，一定能让国际社会所瞩目，那么这样就能达到遏制日本的“染指”的图谋。袁良认为如果要建设这样的世界城市，就要借鉴欧美各国最先进的城市规划与市政建设经验。据此先后颁布了《北平市游览区建设计划》、《北平市沟渠建设计划》、《北平市河道整理计划》等城市建设计划。为保障这些规划实施，北平还发行公债，增加财政收入。
1934年11月，在袁良的主持下，北平市政府开始着手制定北平市文物整理计划，并颁布了《旧都文物整理委员会组织规程七条》。
1935年1月11日，旧都文物整理委员会在北平正式宣告成立，简称“文整会”，隶属于国民政府行政院驻北平政务整理委员会，简称“政整会”。旧都文物整理委员会主席先后由“政整会”的委员长黄郛和陶履谦兼任，委员有吴承湜、王冷斋、曲建章、马衡、李诵琛、富保衡等人，并聘请梁思成和刘敦桢做技术顾问。
1935年1月15日，旧都文物整理委员会通知北平市政府，依照组织规程，该委员会第一次会议决议将整理修缮北平文物古迹事宜，委托北平市政府负责具体实施，但在文物整理修缮工程实施之前，须拟具完整的计划提交文整会审定核准，待工程竣工时还须报请文整会派员组织工程验收。北平市政府为了切实执行文整会所委托的北平文物整理修缮事宜，于1935年1月16日成立了北平市文物整理实施事务处，袁良亲自兼任处长，办公地址设在北平市政府内西花园南院。
该处主要职责是负责处理有关北平市内文物整理修缮的各项设计、工程以及其他与文物相关资料的编辑、宣传、筹措款项，编拟计划，并全面实施北平古建筑保护与修缮工程的设计与施工事宜。其工作人员则主要是由北平市工务局的工程技术人员及北平各营造厂商的古建筑营造匠师组成。
北平文物整理实施事务处成立后的第一项重要工程即是对北平故宫角楼、文华、武英等殿及景山万春亭的测绘和修缮工程。之后，自1935年至1937年抗战爆发北平沦陷前的短短两年时间，共实施了20余处重要古建筑的修缮保护工程，主要有天坛祈年殿、圜丘、皇穹宇、北京城东南角楼、西直门箭楼、国子监、中南海紫光阁、五塔寺、玉泉山玉峰塔、香山碧云寺罗汉堂等。在这些修缮工程进行过程中多会征询古建筑专家的意见，如故宫、景山、天坛祈年殿等都是由梁思成做技术顾问，并通过修缮培养了一批古建筑技术人员。
北平沦陷后，日伪当局为了粉饰太平，仍然保留了该事务处，但是八年间仅完成了颐和园、北海、鼓楼、大钟寺等几处一般性维修工程。
1945年抗战胜利后，国民政府在北平设立行政院北平文物整理委员会，该会下设文物整理工程处，负责古建维修技术的指导工作。
但是，此时北平文物建筑的修缮保护工作面临着非常大的困难。一方面，八年沦陷期间的破坏和光复后各机关又随处占用，造成古建筑损毁严重。为此，1948年3月，梁思成与胡适、马衡、袁同礼等人致信北平行辕主任李宗仁，请求加强保护古建筑。另一方面，面对战后百废待兴、市民生活都难以保障的困境，北平文物整理委员会面临着巨大的压力，是否应该将有限的经费投入到古建筑的修缮和保护引起舆论的质疑。尤其是内战爆发后，国内经济形势每况愈下，北平文物整理委员会能够申请到的经费少得可怜。1948年，国民政府中央拨付给北平文物整理委员会的经费是50亿元，但是按当时物价计算相当于战前的2万元。是年3月27日《大公报》称“以此数修缮北平之古建筑，实谈不到，不过可使行将倾塌者暂免毁坏。”在这种困难情况下，北平文物整理委员会积极奔走呼吁、多方筹措资金，至1949年还是完成了颐和园排云殿牌楼重建、北海万佛楼抢修、永定门修缮、智化寺等40余处古建筑的修缮工程。
北平和平解放后，1949年3月华北人民政府高教会接管旧文整会，在文化部下面设立北平文物整理委员会，录用一批专业人员，从事古建筑维修保护和调查研究工作，并在上世纪50年代修缮了一批北京的古建筑。此后该会的业务范围逐渐扩展到全国。1956年起，改称古代建筑修整所，直属文化部领导，北京文物整理委员会即告结束。之后辗转成为其他部门，至1990年成立了中国文物研究所，由古建专家罗哲文担任第一任所长。2007年，中国文物研究所更名为中国文化遗产研究院。
2003年，北京市政府决定复建永定门，但是如何做到原样复建成为一个难题。最终还是在北平文物整理委员会1947年修缮永定门的资料中找到了永定门的测绘图，永定门最终能够以准确的尺寸得以复建，其对北京古建筑保护延续至今的影响可见一斑。
