如果我们把目光聚焦到铁路系统内部，会发现在垄断性的铁路体制之下，竞争的含义是模糊的。因此，无论是票价的定价过程，还是列车班次的增减过程，行政性的决策基本替代了市场化的选择，也正是在这样的背景下，有时候，不合理情形的发生难以避免。更关键的是，由于高铁的投入及运营成本并不公开，而难以作出更明确的判断。由此可以看出，简单地附和票价过高或“被高铁”的指责声，不是一种理性的做法。
鉴于铁路运输是一种准公共产品，较为理想的状态，应是针对不同目标有较为清晰的界定。比如，普速列车主要服务于对价格比较敏感的民众，而高铁则服务于对速度和服务质量有较高需求的旅客。这里通过价格来区分不同的服务人群，并无不妥，很多时候，价格作为一种杠杆来起调节作用，是比较公平的选择。
在这个前提下，高铁的高票价本身不是问题，问题在于，铁路部门既有盈利的动机，又有提供准公共产品的义务，在社会效益与经济营收之间，难以做到完全的平衡。同时，由于其成本的模糊，旅客又因乘坐的期待与实际情况间的落差而产生埋怨，这些原因都不难理解。
我国大规模高铁建设还存在的一个隐忧就是“赶工期”。赶工期是我国工程项目建设中常见的现象，一些官员为了政绩，常常要求一些重大工程作为“献礼工程”提前竣工，使项目建设被迫压缩工期、缩短调试期。虽然可能压出某些意想不到的技术进步（比如有报道说，京沪高铁施工单位为满足缩短工期的要求，采用了“蜂窝打孔”和“桑拿”制墩的方法，大大提高了工程进度，并且获得了国家专利），但这毕竟只是个案，不是科学的态度，应该坚决制止。
高铁对线路平顺度的要求非常高，如果路基不平或出现很大的沉降，就会影响列车行进的速度，甚至造成脱轨，后果不堪设想。我国武广高铁的设计时速是350公里，因此路基的沉降标准是15毫米，而京沪高铁是按380公里的标准设计的，路基沉降标准非常高，要求建成后百年内，沉降不超过5毫米。国外高铁常常在路基修好建成后，至少放置两三年，让其自然沉降，因此高铁的工期常常要10年。
我国京沪高铁最初的工期被定为5年，后来又被压缩到4年，要求路基建成后经过一个冬天、一个夏天的自然沉降。经过夏天的雨水浸泡、冬天的墒冻，土会变得比较紧密。但事实上，有些路段连这个要求都没有达到，为了达到沉降稳定的铺轨要求，采用了人工压实的方法。这些方法都是在施工过程中被逼出来的，没有经过科学的论证，虽然短期内达到了标准，长期内是否有隐患？无人知晓。当然，现在高铁对路基沉降进行着实时监控，如果沉降超标，立刻会采取措施进行调整，应该不会因为沉降发生安全事故。但是，增加高铁的维护成本和停运风险，则是必然的。
2）铁路货运应该成为当前我国铁路发展的重点
我国目前的铁路路网整体运输能力严重不足，主要干线、部分地区运输矛盾突出，季节性运输能力十分紧张，而且还在不断加剧。而根据前面的分析，现阶段大规模发展高速客运以实现客货分流不具备条件，比较可行的就是大力发展铁路货物运输。目前我国铁路运力最紧张的还是在货运，客运能力的短缺还主要体现在春运、暑运、国庆等客流大增时期，而货运供给可以说是常年紧张。我国85%的木材、85%的原油、60%的煤炭、80%的钢铁及冶炼物资由铁路运输。
但长期以来，受铁路运力不足的限制，这些重点物资的请车满足率一直不足35%。春运期间的“停货保客”，更是加剧了货运的季节性矛盾。目前，我国铁路的运营收入中，货运贡献了70%，绝大多数利润来源于货运。即使以后经济发展了，由于铁路货运的经济、环保优势，大量的货物由铁路运输也是必然的选择，美国至今拥有世界上最大的铁路货运网络就是明证，因此建议将当前我国铁路工作的重点从高铁转向铁路货运。要实现铁路工作重心从高铁向货运的转变，铁路部门还有大量的工作要做。
（1）扩充货运路网运输能力、提高装备现代化水平。经过近几年高铁的大规模建设和运营，已使既有线的货运能力有所提高。据铁道部运输局公布的数据，截止到2010年8月，已经运营的高铁可使既有线增加图定货物列车83对，折合日均10200车、62万吨左右，年增加货物运输能力2.3亿吨。但依靠高铁分流提升货运网运输能力实在有限。根据铁道统计公报数据，2010年铁路完成货物发送量362929万吨，近几年大规模投资高铁增加的货运能力仅占全年货运量的6%，远远不能满足货运需求的增长。因此，推进大能力铁路货运快速通道建设、对既有线路货运列车进一步提速、对既有线路进行改造、加大铁路货运的信息化建设是目前扩充铁路路网货运运输能力的主要工作内容。
例如，集装箱运输是铁路融入现代物流、实现多式联运、使铁路货运从大宗低值散装货物向高附加值货运转变的重要方式。而双层集装箱运输可以大大提高运量、降低成本。目前，发达国家铁路集装箱运量占全部货运量的30%～40%，而我国经过近几年的快速发展，2010年还不到6%。造成问题的原因之一就是运力紧张。目前，铁路90%的运力被用于保证煤炭、石油、粮食、化肥，以及进出口物资、国家指令性应急物资和军用物资等关系国计民生的重点物资的运输，对发展集装箱这样的快捷货运根本无能为力。
目前，我国货运市场上适箱货物主要分布在京沪、京广、京九、京哈、浙赣、陇海等主要繁忙铁路干线上，而这些线路的运输能力普遍紧张。集装箱运输比例低的原因之二就是我国铁路的基础设施水平和装备能力，大多只能满足一层集装箱运输需求，大大限制了集装箱业务的开展及铁路运输能力的提升。依托新线建设和既有线改造，积极推进双层集装箱运输通道建设，最大限度地释放运能，是扩大货运能力的一个重要方面。
目前，我国已完成了京沪、京九、陇海等线路的双层集装箱改造，2004年4月18日，伴随着中国铁路第五次提速，我国开通了“北京—上海”首个铁路双层集装箱运输班列。但是，大量的线路仍未改造。还有，根据2004年《中长期铁路网规划》，我国将在主要沿海港口城市和内地主要城市建成18个集装箱中心站，以构建双层集装箱运输主通道，计划2012年全部建成，但截止到2009年底，仅建成上海芦潮港、昆明、重庆3个，2010年上半年陆续建成6个，截止到2011年底，仍只建成9个，与高铁建设远远快于规划建设速度的情况截然相反。
因为18个集装箱中心站，由中铁联合国际集装箱公司负责建设和运营，该公司是中外合资的股份制企业，其中外资占股超过一半，隶属于铁道部的中铁集装箱运输有限责任公司占34%股份。也就是说，国家财政并没有直接投入18个集装箱中心站的建设，这是铁路投融资改革的一个重要成果，但从另一方面是否也说明铁道部的工作重心并没有放到铁路货运上？此外，我国铁路在货运列车、装卸设备、货运信息化建设等方面都需要进行大量建设。
（2）实现铁路货运向现代化物流转变。随着经济社会和现代物流的发展，客户需要的不再仅仅是简单的运输服务，而是包括仓储、装卸、搬运、包装、接取、配送等要素在内的完整的物流解决方案，而传统的铁路货运连门到门的完整运输都无法做到，因此在市场竞争中处于劣势，铁路货物运输虽然运量逐年增长，但市场份额却逐年下降。零散货物大量流向公路，相当一部分由铁路运输的大宗物资改走公路和水运，铁路货物运输原有的垄断地位已不复存在，面临着越来越严峻的挑战。因此，从物流公司组建、货运站场整合和物流中心化、多式联运拓展、物流信息系统建设、物流人才培养等多方面着手，尽快实现传统铁路货运企业向现代物流企业的转变。
（3）创新铁路货运组织模式，提高货运效率。完善现有的“路企直通”和“集中受理、优化装车”货运组织模式，优化货运组织流程，建设“集疏运一体化”运输体系。同时进一步深化运输组织改革，发挥铁道部直管站段的扁平化管理优势，大力组织开行点到点班列，直达、成组货物列车和集装箱运输专列，继续优化行包专列的开行，提高重来重去列车组织效率和开行比重，逐步推进货物列车班列化，排定货运班列时刻表，不断提高运输能力和运输效率。
（4）提高服务水平，强化大客户战略。改变过去以“运营为中心”的工作思路，树立“以客户需求为中心”理念，从客户需求着手，建立专门的客户服务部门，提高铁路货运的服务水平，使货运服务更专业化、现代化和人性化，提高顾客满意度。
在服务过程中，尤其应该强化大客户战略。大客户战略既是铁路保证重点物资运输的要求，也是铁路长远发展稳定货源的需要。我国铁路可以考虑实施铁道部、铁路局和专业运输公司对重点大客户的分层管理，尤其是在铁路局和3个专业运输公司加大大客户战略的实施力度，实现铁路企业与重点企业优势互补、共同发展的目标。
2.重振内河水运
内河水运具有投资少、占地省、运能大、运价低、综合污染小等诸多优点，随着可持续发展理念的深入人心，我国决策层已经意识到内河水运在交通运输体系中不可替代的作用和优势。国家发展改革委和交通运输部联合编制的《全国内河航道与港口布局规划》表明，到2020年，将形成长江干线、西江干线、京杭运河、长江三角洲航道网、珠江三角洲航道网、18条高等级航道（两横一纵两网十八线）和28个主要港口的布局。交通运输部和长江沿线七省二市成立长江水运发展协调领导小组，编制完成“十二五”内河航运发展规划，制定了《全国内河航道养护发展纲要（2011—2020年）》。为了完成规划任务，真正实现我国内河航运在货运上的繁荣和客运上的复苏，还需要进行大量的工作。
1）实现航道的高等级化和网络化
实施航运干线和主要支线的航道治理工程，提高航道标准、扩大通航能力，逐步建成干支衔接、连通海洋的“两横一纵两网十八线”高等级航道网络体系；启动数字航道与智能航道建设工程，提高航运服务保障能力和现代化水平；坚持水资源综合利用原则，继续实施湘江、嘉陵江、汉江、右江、赣江、松花江等航道的航电结合、梯级开发建设工程，促进内河水运资源的有效利用和优势发挥。
2）调整港口结构、优化港口功能
加强主枢纽港的建设，相应发展地区性重要港口、适度建设中小型港口。重点建设内河主要港口的集装箱、煤炭、矿石、散装水泥、液化气、原油、滚装等专业化码头，适度建设旅游客运码头，限制新建杂货码头，提高内河港口的专业化水平和机械化水平，扩大港口的装卸能力。加快港口配套设施建设，重点建设集装箱中转站和货物分拨中心，促进港口向综合交通枢纽的方向发展，使内河航运能有效地融入综合运输网络之中。
3）调整船舶结构，加快实行船型大型化、标准化
目前内河航运船小型杂，老旧船比重高。据统计，全国内河机动货船平均吨位为260吨，而美国、欧洲都在千吨以上。船型无标准一方面使各式船只都涌入内河水运市场，造成恶性竞争；另一方面也使内河水运运载量大、成本低、污染小的优势无法得到发挥。通过船型大型化、标准化建设，淘汰一批运量小、技术标准低、安全性差、污染重的船舶，有利于我国船运企业走向规模化经营的良性轨道，提高航运效率和航运企业经济效益。
4）改革管理体制
目前我国水运管理机构分为4级：交通运输部、省（自治区、直辖市）、市（自治州）、县（自治县）。交通运输部中实行水运管理职能的执行机构有4个，分别是海事局、水运局（国内航运管理处）、长江航务管理局和珠江航务管理局。其中海事局负责国家水上安全监督管理，包括事故调查、船员管理、船舶防污染等。水运局（国内航运管理处）负责国内水路运输行业管理，制定行业发展政策、拟定相关法律、法规草案，指导水路运政管理队伍建设。长航局和珠航局作为交通运输部派出机构，分别对长江干线和珠江内河航运行使政府行业管理职能。省（自治区、直辖市）级交通主管部门分管辖区内的水路运输行政管理，主要有两种模式：
一是省交通（运输）厅全面负责省内的航运管理。如广东省交通厅设水运管理处，负责水路运输的行业管理。
二是省级人民政府交通主管部门直属的行政事业单位具体实施水运管理。
这些直属机构名称各异，具体设置也不相同。这些管理机构通常“一门多牌”，兼挂地方海事局、船舶检验处（局）、交通规费征收稽查局等机构的铭牌，部分水运不发达地区还兼挂公路运输管理局的铭牌。市、县级的水运管理通常与省级的机构设置相对应。我国目前主要由地方水运管理机构实施对国内水运的具体管理，这些机构承担大部分水运经营资质管理和监督检查工作。由上述可以看出，我国水运管理体制还存在诸多问题，主要包括：
