草堂宁静，但此时整个国家并不太平。
动荡了八年的安史之乱在广德元年（763）被平息了，而朝廷上下，仍是一片混乱，宦官李辅国、程元振、鱼朝恩相继专权乱政，国家政治已无清明可言。国家内部动乱，外族更是借机侵扰，形势比以前更为严重，自上元元年（760）始，党项、吐蕃等不断骚扰边陲。广德元年（763）七月，吐蕃入寇，尽取河西、陇右之地。十月，吐蕃寇奉天，代宗出奔陕州，吐蕃攻入长安，大肆焚掠，直到郭子仪收拾散兵，反攻长安，吐蕃才退去。可是次年十月仆固怀恩引吐蕃、回纥寇奉天，长安为之戒严。直到郭子仪击退吐蕃，才算稍稍喘了一口气。大唐帝国已经穷于应付，然而更令其不安的是，各地藩镇割据的形势却越来越严重。唐帝国已经走到了风雨飘摇的末途。
事实上，成都也并非世外桃园。蜀中地近边鄙，吐蕃的威胁始终都很严重，地方上大大小小军阀的叛乱此起彼伏，整个蜀中也日夜不得安宁。上元二年（761）四月梓州刺史段子璋叛乱，刚刚被崔光远平定。杜甫在诗中常常流露出对这些外族侵扰、内部叛乱的忧虑与不安。即使他面对草堂幽静、渔樵暮归的景象也会自然隐现出深深的忧患。
严武于宝应元年（762）七月入朝任职，杜甫作《奉送严公入朝十韵》诗以送行，诗中曰：“四海犹多难，中原忆旧臣。”又嘱咐严武说：“此身那老蜀，不死会归秦。公若登台辅，临危莫爱身。”杜甫从成都一直把严武送到绵州，绵州杜使君邀请他们一起登江楼宴饮，杜甫席间作诗，《送严侍郎到绵州同登杜使君江楼宴得心字》中曰：“野兴每难尽，江楼延赏心。归朝送使节，落景惜登临。……灯光散远近，月彩静高深。城拥朝来客，天横醉后参。穷途衰谢意，苦调短长吟。”严武也作诗酬别诗人，对于杜甫“临危莫爱身”的嘱咐，表示“但令心事在，未肯鬓毛衰”。两人依依惜别，杜甫又送了三十里到奉济驿才与严武分手，严武走后，两人还作诗酬唱，各表相思之意，但是杜甫在蜀中的生活从此失掉了最主要的依靠。
杜甫从奉济驿独归江村，正赶上剑南兵马使徐知道叛乱。徐知道以兵守要害，人们无法通行，杜甫只得滞留巴山一带，不得前行。严武也为乱军所阻，八月，徐知道被他手下的将领李忠厚所杀，直到九月，严武才得以入朝。杜甫径往成都不成，只好先逗留在绵州。可是蜀乱一时难以平定，绵州也不是久留之地，此时得知汉中王李在梓州，汉中王原与杜甫相识，梓州离成都又稍近一些，于是诗人决定先到梓州避乱。
杜甫到了梓州后不久，汉中王就要离开梓州到蓬州去上任了，杜甫写《玩月呈汉中王》为他送行：“夜深露气清，江月满江城。浮客转危坐，归舟应独行。关山同一照，乌鹊自多惊。欲得淮王术，风吹晕已生。”前人评此诗淡语而有深致耐人寻味。汉中王虽然走了，好在梓州前任李刺史，继任章彝对杜甫还算不错，所以这年秋末，杜甫把全家都接到梓州居住。离开草堂时，一家人恋恋不舍：“我行入东川，十步一回首。成都乱罢气萧索，浣花草堂亦何有？”
广德元年（763）春夏间，杜甫把家安置在梓州，自己穿梭来往于阆州、盐亭、绵州、汉州、涪城等地。
开春时，杜甫听到了史朝义自缢、官军收复河南河北的喜讯，万分高兴，写下了生平第一首快诗《闻官军收河南河北》：剑外忽传收蓟北，初闻涕泪满衣裳。却看妻子愁何在？漫卷诗书喜欲狂。白日放歌须纵酒，青春作伴好还乡。即从巴峡穿巫峡，便下襄阳向洛阳。真是一首难得的好诗！一般说来，律诗形式严整，特别是中间二联的对仗，对律诗的表现力形成了某种限制、障碍，容易造成语气、意脉中断，然而杜甫的这首律诗不但通首合律，而且尾联也对仗工稳，语气流转自如，意脉贯若连珠，明显具有近于古诗的特征。
这年十月，吐蕃大举进犯奉天、武功，京城受到严重威胁。代宗下诏以雍王李适为关内元帅，郭子仪为副元帅，出镇咸阳，加强防御。可是郭子仪长期闲废，部曲离散，临时召募，只得二十骑而行，到了咸阳，吐蕃率领吐谷浑、党项、氐、羌二十余万军队，漫山遍野，延绵数十里，唐军哪里能够招架，而且吐蕃军队已经渡过了渭水，形势十分危急。渭北的驻军奋勇抵抗吐蕃，可是寡不敌众，敌军长驱直入，渡过便桥。朝廷无力抵挡，代宗只得逃到陕州避难。吐蕃占领长安。唐军用计疑敌，吐蕃惶骇，逃离长安。到了十二月代宗重新回到长安。
为了在西南方向牵制吐蕃，朝廷任命高适为西川节度使，在蜀中加紧练兵，从吐蕃的南面进行牵制。可是蜀军失利，松州吃紧。杜甫连作《王命》、《征夫》、《西山三首》等反映当时局势的诗作，对时局表现了极大的关心。
“别家三月一得书”，好不容易得到住在梓州的家人的来信，却是女儿病重、妻子焦虑的消息。“江风萧萧云拂地，山木惨惨天欲雨。女病妻忧归意速，秋花锦石谁复数？”诗人迫不及待地返回梓州。
诗人与家人相聚之时，已经到了广德元年（763）的年底。女儿的病稍好，他又开始鞍前马后，应酬梓州刺史、兼侍御史、留后东川章彝。此时国家危难，蜀中形势正紧，可章留后不想着练兵防卫，却偏偏想要打猎。
诗人哪里也没有去，只是默默地忍受着客居他乡的悲愁。
回乡的梦想总是不断出现。诗人年老体衰，此时蜀中又是“群盗尚纵横”，所以杜甫还是打算离蜀北归。实际上，当时严武一走，蜀中兵乱起来，杜甫就想着离开了。在绵州时他作《悲秋》，表达了出峡的想法：凉风动万里，群盗尚纵横。家远传书日，秋来为客情。愁窥高鸟过，老逐众人行。始欲投三峡，何由见两京？
中原未靖，诗人有家不能归。实际上，就是在城都那几年较为安定的时候，尽管他对辛苦经营起来的草堂怀有深厚的感情，但他的内心深处是不愿终老于斯的。
诗人困于梓州，想起早年游历过的吴越，又作东游之想。这一次，他真的准备启程了：“波涛不足畏，三峡徒雷吼。……终作适荆蛮，安排用庄叟。”章彝听说诗人要下峡东游，于是拿来了一捆有名的桃竹手杖，在坐的宾客见了无不赞叹，章彝挑了两根送给诗人留作纪念，诗人作诗《桃竹杖引赠章留后》表示感激。杜甫不停地忙碌着，下峡的行李船总算准备好了，章彝特意为诗人在楼上设宴饯行。宴会上来了很多客人，楼上坐不下，就在楼下设帐张席，楼上楼下，坐得满满的，觥筹交错，花红酒绿，宾主又是豪饮，又是唱歌，席间还进行赛马、比武、簸旗等军中竞技表演，好不热闹。杜甫与幕府诸公赋诗唱和，聊以话别。
梓州就在涪江边，诗人乘船沿涪江顺流而下，到了渝州就可以汇入长江，再从长江一路顺水，到达吴越。可是诗人没有这样走，他先到了阆州。嘉陵江经过阆州，从嘉陵江而下，也可以进入长江。除了梓州，惟阆州留居时间最久，与阆州王刺史比较相知，理应与他话别，同时还可以得到刺史及其幕府诸公的资助。
杜甫携全家抵达阆州时，已近第二年的春天，诗人在《岁暮》一诗中表达自己对动乱的忧虑：“岁暮远为客，边隅还用兵。烟尘犯雪岭，鼓角动江城。天地日流血，朝廷谁请缨？济时敢爱死，寂寞壮心惊。”春节到了，诗人少不了与诸公饮酒赋诗迎新年。他在《游子》一诗中说：“巴蜀愁谁语，吴门兴杳然。九江春草外，三峡暮帆前。”诗人仿佛已经看到东下的情景。
然而不久，杜甫却意外地听到严武再次被任命为东西川节度使的消息。愁闷不安的诗人仿佛又看到了希望，重新点燃起信心，振奋起来：殊方又喜故人来，重镇还须济世才。常怪偏裨终日待，不知旌节隔年来。欲辞巴徼啼莺合，远下荆门去催。身老时危思会面，一生襟抱向谁开？
——《奉待严大夫》
应该说，诗人很了解严武，他对严武再次镇蜀充满了信心，他一直都希望朝廷能够派经验丰富、沉着果断的大臣来安定巴蜀，恢复秩序，所以像严武这样的“济世才”出来，蜀中的形势一定会很快好转。事实上也像杜甫预料的，这年严武率领蜀军大破吐蕃七万余众，拔当狗城，十月，又取盐川城，成功地遏制了吐蕃的进犯，稳定了巴蜀的形势，严武由此加检校吏部尚书，封郑国公。
杜甫收到邀请，携全家匆匆赶回成都。将回草堂，诗人的心情很激动，一路上抑制不住兴奋，随着自己油然而起的诗兴，写下了《将赴成都草堂途中有作先寄严郑公五首》寄给严武。赶了近五百里路，诗人终于又回到熟悉的草堂。
六月，严武表荐杜甫为节度参谋、检校工部员外郎、赐绯鱼袋。这是杜甫一生中得到的最高的官阶。既任幕府，物质上可以得到帮助，杜甫对此很感激。尽管诗人晚年并不想出来做官，但接受此职，多少还得到衙门里去办公。
这一来，诗人要忙碌一些了。严武再次镇蜀，主要为了加强对吐蕃的防御，作为幕僚，杜甫作《东南两川说》，向严武提出了抵御吐蕃的建议和看法。严武到蜀之后，积极练兵，“公来练猛士，欲夺天边城。”军中的大旗做好了，幕僚们随同严武一同在堂上看士兵练武、骑士试旗。堂上诸公正襟危坐，神情严肃，堂下将士们一色崭新戎装，队列整齐，雄姿焕发，精神抖擞地进入广场。紧接着，鲜艳的大旗在六名骑兵的护卫下入场，战旗挥舞，呼呼地发出声响，大旗回旋起来就像飞盖一样形成了圆圈，旗上的装饰在阳光照耀下就像流星飞迸。大旗飞卷，风驰电掣，势如排山倒海。再看马上挥旗手，左右挥舞，却是那样轻松自如。在场的将士们看了无不为之振奋鼓舞。诗人也特意写了《扬旗》一诗，表现场上壮观的情景。
很快，严武亲自部署，反击吐蕃，他任命崔旰为汉州刺史，使其将兵进攻占领西山一带的吐蕃军队，崔旰率领部队奋勇作战，连连夺得好几个城镇，一下子击退敌军数百里。严武闻讯，作诗《军城早秋》：“昨夜秋风入汉关，朔云边月满西山。更催飞将追骄虏，莫遣沙场匹马还。”杜甫随即和诗一首《奉和严郑公军城早秋》：“秋风袅袅动高旌，玉帐分弓射虏营。已收滴博云间戍，欲夺蓬婆雪外城。”“滴博”即维州之“的博岭”，“蓬婆”即大雪山。作为幕府，杜甫还陪同严武泛舟、于北池临眺，并且赋诗唱和，吟咏松竹等。
但入幕后，杜甫的心情有时还是颇为沉重。
诗人多感不适应，于是写诗《遣闷奉呈严公二十韵》给严武，称自己闲散惯了，还是不适应在幕中，还是让我回到草堂吧。“白水渔竿客，清秋鹤发翁。胡为来幕下？只合在舟中。”
半年后他辞去幕僚，回草堂去了。第二年，即永泰元年（765）四月，严武卒，巴蜀对于杜甫失去了意义。草堂虽好，失去依靠的诗人对此也无所依恋，他决计携家离开成都。严武卒、离草堂这两件事，杜集中都没有留下相关的诗作，诗人只吟唱道：五载客蜀郡，一年居梓州。如何关塞阻，转作潇湘游？世事已黄发，残生随白鸥。安危大臣在，何必泪长流！
——《去蜀》
中原一带关塞阻隔，无法回到长安，只好先往潇湘，潇湘即荆楚一带。世事哪里还用得着我这样衰老的诗人去关心呢？不都有那些朝中重臣在吗？我还是像白鸥一样自在飞翔，漂泊江湖，以度余生。
诗人无可奈何地离开了巴蜀。
