造成学术腐败的原因是纷繁复杂的。从社会的大气候来看，学术腐败现象滋生，首先，是当前急功近利的社会风气在学术界的反映。经商者期待着一夜暴富，从政者期待着一步登天，治学者期待着一鸣惊人。为了出人头地，名、利、权兼得，一些人在学术产品的“生产”方面采取“大跃进”的方式。其次，从体制上看，20世纪90年代以后的教育的“产业化”思潮是学术腐败的催生剂。再次，从历史来看，学术腐败的出现，也和我国20多年来一以贯之的应试教育密不可分，因为应试教育制度必然形成“不以人的意志为转移”的重结果、轻过程，重因袭、轻创新，重知识、轻能力的人才培养导向。从学术界的“小气候”来看，学术腐败的出现和学术界知识产权观念淡漠、相关法规缺失、监督机制残缺、编辑出版制度松懈、评审机制疏漏、立项管理不科学、成果鉴定主体错位、学位授予机制不严密等方面有着直接关系。
3．科研经费使用管理
随着教育科技的发展，“产学研”联系日趋紧密，部分官方和民间的评价机构对高校的综合评价体系中，科研也是一个重要的硬指标，各级政府和教育管理部门对科研的重视力度和投入力度正在逐渐加大。而另一方面，高校多年来一贯对科研的倾斜观念，使得科研和科研经费的使用和管理上存在的问题越来越突出。2006年，在上海召开的第三届中外大学校长论坛上，就有多名专家、学者呼吁，尽快改革高校科研经费的管理制度，制定合理的分配原则，加强对科研经费使用的管理。
从目前情况来看，高校科研经费分配使用也确实成为商业贿赂频频出现的领域。据了解，我国科研经费主要来自纵向和横向两块，纵向属国家投入，横向主要来自社会、企业单位研发投入。就国家投入的科研经费而言，管理上比较有序，但横向科研经费问题较多。这主要是许多学校出台短视政策，如有的高校出台政策：能拉到企业研发经费，只需交校、院经费各5%，课题者可提取20%，剩下的才用于科研。因此“科研经费管理应该纳入规范渠道”，除了前面这几种形式的腐败现象外，还有滥用、冒领科研基金的问题也正在逐渐引起人们的关注。《半月谈》杂志曾经披露，科研项目变成了某些人的圈钱工具，资金拨下来吃喝拉撒全报销。
山东省对2006年高校科研经费使用情况的审计发现，个别学校直接用于课题研究的费用开支仅占40.5%。有些高校还在科研经费中报销个人的家庭电话费、交通费、学费、私家车保险费和维修费等。审计结果暴露出以下几个问题，值得高校管理者思考：第一，科研经费是如何管理的？科研经费之所以有一半以上的经费被挪用，恐怕还是与个别高校的财务管理制度比较混乱有直接关系。第二，为何有许多其他费用敢于列入其中？这么多笔极度私人化的费用却可以堂而皇之地入账报销，原因何在？第三，科研经费管理混乱，为何非要到审计部门进行审计时才能发现？显然，即使相当一部分高校设立了对财务使用的监督与审计机制，这种集运动员与裁判员于一身的审计体系的公信力，自然也可想而知。除此之外，还有一个重要原因就是，在部分高校经费吃紧的背景下，由国家或地方政府提供的科研经费自然成为高校部分行政管理者眼中的唐僧肉。
形成上述种种状况的原因是多方面的。一是由于人们的观念误区。目前较为盛行的一种观点是：科研经费是科研人员自己争取来的，项目负责人花自己的钱，别人无权过问，学校也无需干涉。同时，高校出于“排名”和创收方面的考虑，也有意对科研经费的预算及使用情况放松监管力度。二是对科研经费开支的合理性难以判断。一方面，对科研项目中所购买的物品、材料等，在实际报销时要达到一定的金额限度才要求附实物清单，审计人员无法知道购买的具体是什么，要确认是否用于研究项目则不可能；另一方面，科研项目涉及相关专业领域的深层次知识，而目前高校内部审计部门缺乏与科研专业领域的长效沟通机制，审计人员对一些专业设备、材料及管理费用等项支出是否必要无法做出职业判断。所以在实际审计中，往往无法举证开支是否都用于科研课题。三是由于科研项目管理混乱使得项目资料难以收集，加上科研经费的内部审计缺乏依据、科研经费使用的效益性评价困难以及高校内部审计缺乏独立性等原因，使得高校科研经费的审计监督效力难以充分发挥。
2007年是“高等学校管理年”，8月29日，教育部部长周济在“加强高校管理，进一步治理商业贿赂”视频会议上指出，高校不得从事股票和债券投资，尤其对直属高校，要注重制度建设。各高校将更重视加强在高校收费、财务、校办产业、基建工程、科研经费等方面的管理工作。教育部副部长吴启迪则对高校提出了具体要求，高校取得的各类科研经费，不论其资金来源渠道，均为学校收入，必须全部纳入学校财务部门统一管理，并确保科研经费专款专用。
4．招生录取及就业环节
随着高等教育招生就业并轨政策后，这一环节的腐败又主要体现在招生录取之中，就业环节的腐败可能性逐渐淡化。在招生录取环节中，由于“定向计划”、“增加计划”、“委培计划”的存在，尤其是“点招”和“特长生”、艺术类等招生，使得高校的招生自主权越来越大，这无意中为高校参与招生的部分人员提供了可乘之机。
根据近年来陆续曝光的招生腐败案可以看出，最容易作弊的是几个环节，一是所谓保送生。二是“定向招生”。三是利用招生的政策空隙。目前高考招生中规定，当地招生办要按招生学校实际录取人数120%的比例由高分到低分的顺序向招生学校提供考生档案，使高校能够在一定范围内选择更合适的生源，于是有的考生通过关系找到招生人员，告知自己的考号。只要这个考生的档案属于被提供之列，招生老师就有权力将其录取。四是通过所谓“补录”走后门。五是所谓“专升本”。
高校个别招生工作人员在招生工作中存在滥用职权、违规招生、收受贿赂甚至索贿和借机敲诈勒索、接受可能妨害招生公正性和规范性的宴请、徇私舞弊等种种不正之风和违法乱纪行为。递条子、拉关系、托人情等干扰招生录取的现象屡禁不止，有损教育公平的“点招”并未得到根本遏制。尤其是在单独招收保送生、艺术特长生、体育特长生、军警等提前招生录取的工作领域，由于涉及高校、中学、各地方招生主管部门、学生家长和其他社会关系等多个环节、多种关系，最容易发生暗箱操作、弄虚作假和金钱交易等违法乱纪行为。而由于这方面的违法违纪行为带有较强的交易隐蔽性，难以及时发现和查处，成为治理高校腐败问题的一大难点。
2004年8月13号和14号，北京中央电视台“焦点访谈”节目连续报道了北京航空航天大学（以下简称北航）前去广西招生的教师向学生索要十万元巨款作为换取录取通知书的条件这一事件。北航招生黑幕事发后，温家宝同志批示：“北航招生发生的问题，以及其他一些地方出现的类似问题，应引起高度重视，严肃处理，健全监督机制，以维护高考制度的公平和信誉，建议教育部通盘考虑，并提出意见。”由国防科工委纪检监察组组织的专案组针对“考生被索10万换录取通知书”事件进行专案调查。2004年10月，北京航空航天大学广西招生事件的处理结果公布。主要当事人庞宏冰受到留党察看2年、行政开除、留用察看1年的处分。另两名主要当事人也受到处分。学校相关责任人也受到了行政处分。处理结果中称：北航事件引起有关部门高度重视，立即成立了联合调查组立案审查。经过联合调查组全面、深入的工作，这起事件事实已经查清。处理结果中还说，这起广西招生的事件，是一起严重的违规收费事件，庞宏冰等人自作主张，擅自收取增招生和定向考生家长的“赞助费”，严重违背了国家的有关规定和学校要求。这起事件的发生暴露学校招生管理上存在漏洞。
2004年，北航招生丑闻后，同年8月18日，西安再曝类似丑闻。两件事印证了“教育领域反腐败”同样任重道远。虽然涉案人员已受到了查处，但对全国高校的形象，对高考录取工作造成的影响十分恶劣。类似北航招生中发生的问题，在普通高校录取中搞“点招”，利用特长生、定向生弄虚作假、徇私舞弊、贪污索贿，以各种名义乱收费、多收费的，在其他高校也有发生，非法中介和违规办学问题也不少。
高校招生环节的腐败还体现在免试推荐入学（读研）等方面。如有的高校招收研究生，存在着对本校考生优先录取，排斥外校考生的不公平的腐败现象。少数大学为了社会名利，违反教育部的规定，安排硕士、博士研究生导师在自己学校内开办考前辅导班，通过各种形式将考题内容泄露给本校的考生，而校外考生对考试内容完全不知，从而导致了校内与校外考生明显不公平的现象。
三、经济腐败
高校腐败现象，不管是招生、干部任免、还是承包工程等过程中发生的违纪现象，除了与权力相关外，还往往与金钱挂钩，因此有时也可以说是一种经济腐败。由于扩招、扩建高速发展，高校近年来基本建设和物资采购量急剧增加，有的高校每年用于基本建设和采购资金都达上亿元，形成了较大资金市场，成为权力寻租的重点领域。而高校在新旧体制转换的过程中，由于某些改革措施不配套，管理机制还不完善、不健全，给部分腐败分子以可乘之机，经济违纪案件呈上升趋势。
（一）基建、采购
1．在基建环节
随着高校教育体制的不断改革，高校办学规模的不断扩大，对高校硬件建设提出了更高的要求。基本建设是近年来高校经费支出最大的项目，不少高校年年都有多个大的或较大的基建工程项目（包括新建、改建、扩建工程和维修工程等）开工上马。基建工作专业性很强，与社会的联系紧密而又广泛，涉及工程的勘探、设计、招投标、监理、验收等诸多环节。在基建工程招投标、承发包和验收过程中，常常会产生个别干部或工作人员利用职务之便收受、索要贿赂，千方百计规避招投标，甚至牺牲学校利益，为自己或亲朋好友牟取私利的腐败问题。在少数高校，“基建部门已成为干部违纪的多发点和纪检监察工作最棘手、最艰难的监督范围”。基建方面的问题又表现在：
一是未经相关部门依法审批，违规“上马”。基建工程建设项目从前期立项、规划选址到申领施工许可证，国家建设管理部门都有一整套严密的规定和审批程序。但从目前看，建设单位没有严格按照基建工程建设审批程序办理的情况较多。如有的在没有取得规划许可和土地许可的前提下，就投入土建施工；有的在工程开工后，甚至该工程已竣工，才在有关部门三番五次的督促下办理相关手续；有的还没完成工程图纸设计，就急于招投标进行施工。这些现象在扩招高校的基建工程中表现得尤为突出。
二是未按规定招标，“随意”建设。目前，有形建筑市场在各地虽然都陆续建立起来，基建工程的招标率和公开招标率较高，但是在招标活动中存在的弄虚作假、规避招标问题仍时有发生。主要表现为五种现象：其一，化整为零，分别报批，使整个项目“名正言顺”地游离于招标之外，逃避监管。其二，以邀请招标取代公开招标。在实际操作中，少数建设单位为照顾特定的关系，违规操作，或隐瞒事实真相，故意混淆资金和建设项目性质；或利用各种手段，提供假信息，设置不合理条件，以项目技术复杂、承包商有限为借口，把本应进行公开招标的工程项目，转为邀请招标，不发布招标广告，只邀请指定的法人或组织投标，限制、排斥了其他法人或组织参与投标。其三，肢解发包。有的建设单位为了达到某种目的，将整个工程进行肢解，如主体工程按规定进行公开招标，附属工程和配套设施进行“跟标”；或借故对附属工程和配套设施进行“定标”，由投资单位自定给某个施工单位。其四，拢标、串标、议标。一些承建商为承揽工程，与高校的内部相关人员相互串通投标报价，在私下达成协议，以非法的手段参与投标竞争。其五，职务垄断。有的高校领导往往利用行政手段或手中权力将工程承包给自己亲属或相关的企业施工，规避招标，躲避监督。
三是监督管理松懈，缺乏切实有效的约束机制。其一，在工程量签证过程中弄虚作假。在施工过程中，一些施工单位与监理单位相互串通，搞重复签证、虚假签证，虚报工程量。有些建设单位或管理人员将一些请客、送礼、娱乐等消费让施工单位支付，而施工单位通过填写工程联系单或现场变更单的方法虚报工程量，形成了变相开支。其二，少数中标单位变相违约。一些施工企业在投标和签订合同时，总经理、工程师、优秀的项目经理、各种技术人员应有尽有，但在中标后和工程开工时，却换上了低资质甚至无资质的人员，更有甚者把工程又分包出去，给工程质量和安全留下了隐患。
