爱屋及乌，康熙与四子胤禛的关系，愈发亲密起来。康熙亲笔书写“五福堂”匾额，赐给胤禛，胤禛将它悬挂在王府后室。胤禛的政治地位也得到提高，大祀被视作是地位及皇帝恩宠的象征，康熙登基后，凡大祀必要亲自主持，到了晚年则安排胤禛主持。在晚年康熙的心中，皇四子胤禛能给他亲情，自然是最贤良、最理想的接班人。
允祥旁观着一切，其他的皇子与他有隔阂，他自然地亲近于四哥。而在太子争夺战中，没有野心的允祥，自然也让胤禛信任，并放心交往。
康熙去世后，胤禛继位，年号雍正。
四兄当上了皇帝，允祥的命运也发生了翻天覆地的变化。雍正即位后，命允祥为总理事务大臣，封怡亲王。同时被任命为总理大臣的还有允禩、马齐、隆科多。允禩是当年太子位置最强有力的竞争人，追随者号“八爷党”，这一党在朝内树大根深，盘根错节，一时难以清除。马齐是康熙朝的重臣，曾与佟国维等联名保奏过允禩为皇储，因此被康熙囚禁，后转投胤禛门下，得到重用。隆科多则因在雍正登基时立下大功，日益骄横。
为了缓和登基后的紧张局面，雍正暂时重用允禩、隆科多等人，实际依靠的还是允祥。雍正后来曾回忆说：“辅政之初，允禩包藏祸心，扰乱国是。隆科多作威作福，揽势招权。实赖怡亲王一人挺然独立于其中。”
允祥担任总理事务大臣后，显示出了出色的才能。他奉命管理户部时，从中央到地方都在瞒报虚报，户部亏空惊人。在允祥管理下，国库收入大增，库储丰裕。直隶地区水患严重，允祥受命办理水利。古时中国，办理水利一向是最肥的差事，但允祥兢兢业业，认真规划，使得直隶地区的水患得到了抑制。
出于对允祥的信任，雍正将一个重要的任务交给了他，那就是为雍正挑选帝陵。入关之后，顺治、康熙的墓地都在遵化，本来雍正也是要在遵化建陵墓的。允祥亲自挑选，在遵化九凤朝阳山选了块吉地，不想开工后发现地下土中带有砂石，于是废弃。允祥在遵化附近没有找到好墓地，就到易县永宁山附近找到了风水宝地，此块陵地让雍正极为满意。
在选址的过程中，允祥往来审视，不辞辛苦，“常至昏夜始进一餐”。允祥的尽职与努力，自然让雍正满意，更让雍正欣赏的是，允祥从不居功自傲，总是谦恭谨慎。雍正登基后，沿袭康熙朝封王时的惯例，赐给允祥银二十三万两。允祥坚辞不收，在雍正的再三劝勉下，允祥才收下十三万两。亲王的待遇是，六年内由朝廷供给物品，允祥又推辞不受。雍正三年，因为允祥尽心尽力，雍正封他的一个儿子为郡王，允祥又不敢受。雍正看他清廉，令给他加俸银一万两。允祥没法推辞，就暂时收下存放起来，待机再还给雍正。允祥知道伴君如伴虎，他谦卑地活着，时刻警醒着，唯恐逆了龙鳞。
对忠诚而又谦恭的允祥，雍正无比信任，而军国大事的处理，自然要靠允祥出力。早在雍正四年，雍正就已经开始准备对准噶尔用兵，以允祥、张廷玉、蒋廷锡三人秘密办理，为此特设了军需房。经过允祥的精心策划，用兵西北的军需物资皆出自库帑，而不额外从民间征募，“经理二年有余，而各省不知有出师运饷之事”。
雍正七年，雍正正式对准噶尔用兵。
为了配合准噶尔部用兵，军需房被改为军机处，并在隆宗门内办公。隆宗门是内廷与外朝联系的重要通道，非奏事待旨及宣召，即使王公大臣也不得私入。军机处设在此处，既方便办公，又可以保密。不过此时的条件比较简陋，在隆宗门内军机处只是临时搭建了小板房，天寒地冻时，办公极为辛苦。
军机处创立初期，既无专门衙署，也无专门官员，所有官员都从各部调来，作为兼职，是为“有官无吏”。军机处成立以后，内阁仅负责处理一些象征性的国家事务，军机处则成为统治机构的中枢。
军机大臣秉持皇帝之命而行事，以皇帝的私人秘书机构的身份，操国之权柄。军机大臣由雍正亲选满汉大学士、尚书兼任，人数初期并无定额，只有最得皇帝信任，且熟谙政事者方能得任。首任军机大臣三人，分别是怡亲王允祥、大学士张廷玉、大学士蒋廷锡，以允祥为首席军机大臣。
军机处创设不久，由于长年操劳，雍正八年起，允祥卧病不起。生病期间，允祥听说雍正几次想要来探望自己，就强撑着进宫去见雍正，以致每次都筋疲力尽。允祥得病之后，雍正焦虑异常，“商確医药，默祷神袛”，但人间帝王终究不能号令阴间神鬼。
在生命的最后关头，允祥有一件事放心不下，那就是墓地。出于对允祥的厚爱，雍正决定将自己万年吉地附近的一块“中吉”之地，赐给允祥作为墓地。允祥得知消息后，“惊悚变色”，坚持不受，认为“此吉壤必有大福者乃足当之，若臣冒昧得此，不惟不能福子孙，必罹祸殃”。
忠诚谦卑的允祥，在生命的最后关头仍然如此。他为自己在河北涞水县水东村境内选择了一块墓地，再三恳求雍正，让自己葬在涞水。雍正无法揣测允祥的心思，对他最后的请求，只能答应。得知雍正不再坚持后，卧榻上的允祥竟“喜极至于踊跃”。为了防止雍正变卦，当天允祥命令家人立刻前往涞水取土。取到土后，允祥急“取一块捧而吞之”。
早年大起大落的人生，使允祥知道了皇家的险恶。亲情友情人情，在权力的旋涡中，都是浮云。相貌英俊的允祥，眼角中流淌的却是无限忧伤，他所能做的，只是谦恭温驯谨慎地活着。虽然雍正是亲密无间的兄长，可他当了皇帝，二人之间就有了一道横亘难越的鸿沟。直到死，允祥都时刻牢记自己臣子的身份，不敢有丝毫逾越。他清楚地知道，唯有如此子孙后世才能永保安宁。
雍正八年五月初四， 四十五岁的允祥去世。得到允祥的死讯后，雍正极为哀伤，极其悲凉，也开始为自己准备后事。雍正让将当年孝庄太皇太后赐给自己的数珠一盘，康熙皇帝亲赐的数珠一盘，以及允祥所进献的小玻璃鼻烟壶一件，归于一处，妥善收好，“如朕万万年之后，将此三件安于梓宫内”。雍正将允祥所赠的小鼻烟壶，作为自己死后的墓葬品，可见他对允祥的深厚感情。
在允祥死后的第三天，雍正发布上谕，称要为允祥素服一个月，“以稍展思慕不释之情”。在允祥的谥号上，雍正费尽心思，最终亲自圈定“贤”字作为谥号，并特赐“忠敬诚直，勤慎廉明”加在允祥谥号“贤”字之前，也使得允祥成为清代谥号最长的亲王。为了表明自己对允祥的情义，雍正又特命恢复允祥的原名“胤祥”，这种待遇是他所有兄弟中的唯一。
允祥安心地去世了，停灵昌运宫两年后，下葬于涞水县水东村。允祥生前遗命，只戴巾帕及所佩香囊下葬。对此，雍正也许可了。但对于墓地的规格，雍正决定违背允祥的心意，超越亲王的礼制，给他建了有清一代最大的亲王陵寝。允祥死前留下了一个遗愿，要将怡亲王府改为寺。对此遗愿，雍正自然要极力成全，于雍正十二年（1734）建成。允祥死后谥号为“贤”，寺名由雍正钦赐，并依其谥号取名为“贤良寺”。
贤良寺于乾隆二十年移建冰渣胡同，成为清代著名的旅游景点。寺中地势宽敞，肃静无哗，古柏参天，老槐荫地，夏季清凉，在寺中不知酷暑，忘却世事，被视为世外桃源。后世外省督抚大员来京，都寄居住贤良寺，曾国藩、左宗棠、李鸿章、张之洞、康有为、刘坤一等人，都曾在此寄住。这大概是“贤良”的允祥留给大清，留给后世的余荫吧。
军机处奠基人张廷玉
有清一代，若数最受恩宠的汉人，第一必是张廷玉。
张廷玉的父亲张英，在他未曾出仕前，就已为他积累下了丰厚的政治资源。张廷玉的父亲张英曾担任过雍正的老师，极受康熙恩宠。张廷玉出生在北京，二十九岁时考中进士，次年张英告老还乡，要将康熙赏赐的房子归还。康熙却道：“此屋即朕赐卿两子居之，朕见卿子，如见卿也。”
张英为儿子奠定了从政的基础，而张廷玉的进一步飞黄腾达，则与他自身的勤奋与能力相关。入关之后，满人不可避免地开始汉化。在满人汉化的同时，却也有小部分汉人满化，以求得到清廷统治者的信任与重用。张廷玉考中进士后，被派到翰林院学习满文，这对他来说是一次重要机会，掌握好满语，也就意味着能融入满人的圈子。张廷玉学习时几忘寝食，每次考试必是第一，很快就熟练掌握了满语。学习期满之后，张廷玉御试第一，被康熙嘉奖。
