上世纪90年代初，我国的民间环保组织处于低潮，民间的环保力量，大多是由一位或几位精英人士所带动的志愿者组成。但由于当时我国民间环保组织刚刚起步，没有可以借鉴的经验，一切只能靠摸索，导致这些组织在机构管理、项目实施等方面缺乏经验。初期的民间环保组织力量薄弱，但他们的兴起仍对中国民众绿色意识的觉醒，以及日后民间组织的发展都产生了重大影响，同时也起到了奠基作用。
1993年，“自然之友”的几位发起人就“环境问题”在北京西郊的玲珑公园开展了“玲珑公园会议”，这是中国历史上首次自发的民间环境研讨会。1994年3月31日，“自然之友”成立了，这标志着中国第一个在国家民政部注册成立的民间环保组织诞生。
1996年夏天，第一届大学生绿色营为保护滇金丝猴在唐锡阳、沈孝辉的带领下，远赴云南，进行了一个多月的调查研究，并将调查后的结果反馈给政府，引起了社会的强烈反响。最后，经过多方面的努力，200只滇金丝猴得以挽救。因此，“绿色营”从1996年开始一届一届延续了下来，每年都会组织志愿者对选定的地方进行实地考察。近几年，从“绿色营”走出来的一批又一批年轻人，有很多人至今仍在环保领域担任着重要工作，致力于我国的环境事业。“绿色营”因此被誉为中国“绿色人才的西点军校”。此外，唐锡阳和妻子马霞（MarciaBMarks）共同出版的《环球绿色行》，卷起了中国的绿色浪潮，成为激发群众绿色觉醒、催化群众环保行动的一种精神力量，这本书是中国环保读物的开山之作，给无数在物欲中挣扎的灵魂注入了理想、注入了追求、注入了激情！同时它也是中国民间环保史上浓墨重彩的一笔。
1996年5月，杨欣在“自然之友”创始人梁从诫的帮助下，组织专家、记者赴长江源进行生态考察，并且通过考察，第一次在中国全面报道了长江源的生态环境问题，并为中国民间第一个生态环境保护站——索南达杰自然保护站选址、奠基。1997年，杨欣为了筹集建站资金，义卖了《长江魂》一书。最后，终于在社会各界的帮助下，于1997年9月10日，索南达杰自然保护站建成了。索南达杰自然保护站在可可西里地区的建立，标志着中国民间长江源保护运动的真正开始。此后，杨欣通过一系列活动的开展，推动了可可西里乃至整个长江源生态环境保护的进程，使可可西里藏羚羊的保护和长江源的生态环境保护得到政府和社会公众的关注。
1999～2001年，“自然之友”、“绿色江河”、“地球之友”、“绿家园志愿者”、“绿色北京”等多家民间环保组织和媒体在全国范围内掀起了“拯救藏羚羊”的热潮，大批志愿者奔赴可可西里参与了“拯救藏羚羊”的行动。“拯救藏羚羊”行动对日后的中国民间力量的发展壮大有着不可忽视的作用。
21世纪以来，随着中国互联网的迅猛发展，网民力量飞速壮大。环保组织开始通过虚拟社区、留言板的形式发起活动。与此同时，各种民间环保组织和环保网站如雨后春笋一般涌现出来。
此时，民间环保组织也进入了“回暖”阶段，各个组织在功能上也开始逐渐专业化，组织内部的目标也逐渐清晰。他们根据自身的优势、特长，分别关注不同的环境领域。并对他们所关注的领域开展具体保护工作。比如，“自然之友”的环境教育；“绿色营”的每年实地考察；“北京地球村”的绿色社区建设；“绿家园”的河流保护；“绿眼睛”的野生动物保护；“绿色江河”的长江源保护；“绿色汉江”、“绿色江城”和“永嘉环保协会”对当地生态环境的保护；“三江源协会”的牧区保护与社区发展；“瀚海沙”的荒漠化改善和环境培训；“阿拉善SEE”的荒漠化治理和当地社区发展等等。他们都在通过专业而持续的投入，实现环保目标。
2003年开始至今，我国民间环保组织进入了成熟的阶段，各组织已由初期的单独行动，进入了相互合作的时代。如，2003年的“怒江保卫战”和2005年的“26度空调”行动，让多家民间环保组织开始联合起来，为实现环境与经济发展目标一致而行动。民间环保组织的活动领域也从早期的环境宣传及特定物种保护等，逐步发展到组织公众参与环保、为国家环保事业建言献策、开展社会监督、维护公众环境权益、推动可持续发展等诸多领域。
随着民间环保组织的不断发展，他们面临的困难和尴尬也接踵而至。首先，资金紧张是最大的问题。由于缺乏完善的税制，民间环保组织在国内筹资非常困难。这些组织资金最普遍的来源是会费，其次是组织成员和企业捐赠、政府及主管单位拨款。很多组织一直没有固定的经费来源，学生环保社团的经费来源更困难。
其次，是注册的问题。一些民间组织是正规性的，已经进行了注册登记或拥有其合法身份，还有一些则是民间性，不拥有任何行政权力。部分环保组织不得不以企业身份在工商部门注册。由于是企业身份，这些组织会经常遇到当地的工商局人员上门收税的情况。如此现状，让众多组织哭笑不得。
覆盖面小是第三个问题。我国民间环保组织主要分布在北京、天津、上海及东部沿海地区；其次是湖北、云南等生态资源丰富地区；其他地区的环保民间组织相对较少。
我国民间环保组织的不断崛起，对环境保护和可持续发展都起着重大的作用。在未来，民间环保组织将在我国环境保护历程中，仍然会发挥着积极作用，也会成为推动我国环保事业发展的不可或缺的重要力量。
