施琅的战略部署是：自己率五百艘炮船从南边去攻击刘国轩的兵船队，待他率炮船向刘国轩的兵船队发起猛烈攻击后，那二百艘战船就从北面对澎湖列岛进行登陆作战。而实际上，到战斗开始的时候，施琅的那二百艘战船至少在途中损失了十艘，而他的那五百艘炮船，则至少在途中损失了五十艘。只是由于天色太暗，加上又不敢过于声张，施琅当时不很清楚而已。
施琅率五百艘炮船绕到澎湖列岛的南端后，又兵分三路：一路二百艘炮船在渔夫船工的引导下，潜入刘国轩兵船队停泊的那个港湾西侧的乱石暗礁中，另一路二百艘炮船潜入那个港湾的东侧，自己则亲率一百艘炮船径向那个港湾的出口驶去。
施琅给每艘炮船下达的命令是：距离那个港湾越近越好。理由是，炮船上的火炮威力虽很大，但射程太近，如果不近距离地靠近那个港湾，就无法对刘国轩的兵船队进行毁灭性的打击，而一旦让刘国轩的兵船队开出那个港湾，那麻烦和危险就会接踵而至。施琅还下令，待他指挥船上的大炮开始轰击的时候，其他的炮船就一齐开火。
施琅率一百艘炮船一点点地向那个港湾的出口靠近。一个年长的渔夫提醒施琅道：“大人，不能再往前开了，再开，就要开进港湾里去了。”
施琅问一个炮手道：“从这里往港湾里打，我们的炮火能发挥几成威力？”
炮手回答：“大约五到六成。我们大炮的最佳射击距离，是在二百尺以内。”
施琅当即下令：“船队继续前进！”
你道施琅将自己的船队开到了什么地方？凌晨时，弥漫了一夜的大雾突然全部散去。熹微的晨光中，施琅的指挥船竟然开到了距刘国轩的兵船队不足一百尺的地方。施琅能清楚地看见刘国轩兵船上的人影，而刘国轩兵船上的人也同样能看清施琅指挥船上的一切。
一个炮手在施琅的身边无比惊讶地道：“大人，郑匪的兵船就在那儿……”
施琅笑着言道：“你现在不开炮还等什么？想等着郑匪的兵船都摆好了阵势再开炮？”
是呀，先下手为强，后下手遭殃。施琅一声令下，指挥船上的十门大炮怒吼了。跟着，指挥船周围的那一百来艘炮船上的一百来门火炮也发出了震耳欲聋的轰鸣。再跟着，港湾东西两侧那早已潜伏在乱石暗礁中的四百来艘炮船上的四百来门火炮也一起咆哮起来。如此近的距离，施琅苦心建造的这些炮船正好可以大显神威。一时间，刘国轩兵船队所停泊的那个港湾里，硝烟弥漫、火光冲天。施琅突袭刘国轩兵船队的计划，应该说是顺利地实现了。
刘国轩的兵船共有二百来艘，每艘兵船上都有火炮数门，这些大炮，不仅火力强劲，而且射程较远，若在海面上作战，寻常兵船根本就不是它的对手。然而此时此刻，刘国轩的这二百艘兵船，全处于一种休息状态，一动不动地停在港湾里，船上虽有很多水手和炮手，但几乎毫无作战准备。经施琅那数百门大炮猛烈一轰，刘国轩兵船队的损失自然就相当地惨重。当刘国轩兵船队上残存的官兵在突袭中开始清醒的时候，其二百来艘兵船至少有一多半已经丧失了战斗力。
施琅还一个劲儿地大喊大叫着指挥道：“近点，再近点，靠近了打……把船上的炮弹全部打出去！”
每艘炮船上载有四十余发炮弹。从凌晨打到中午，几乎所有的炮船上的炮弹全打光了，连施琅指挥船上的炮弹也打得所剩无几。还算不错，那个港湾内早已是一片火海。刘国轩赖于称霸海上的这支兵船队，看来已是全军覆灭。而施琅所率的炮船队却损失不大。沉没或毁坏的一百多艘炮船，大都是躲闪不及，被岛上的火炮击中的。
施琅吩咐一个手下道：“我们的任务已经圆满完成。通知所有炮船，速速撤离这个区域，免得被岛上的火炮击中。”
恰在这时，一个炮手慌里慌张地跑到施琅跟前，用手一指身后道：“大人，郑匪的兵船朝这里开过来了……”
施琅闻言一怔，急忙向炮手的身后看去。却原来，火光冲天的港湾里，有一只刘国轩的兵船，竟然冲出了火海，直直地朝着这里开过来，一边开一边还不时地打炮。有一发炮弹，看来是想打施琅的指挥船的，虽然未能击中，却将距施琅指挥船不远的一艘炮船掀翻，炮船上的两名炮手，全部丧生。
施琅急令身边的那个炮手：“你倒是快开炮还击啊！”
那炮手哭丧着脸言道：“大人，要是有炮弹，小人早就将它打沉了……”
施琅环视众人问道：“连一发炮弹都没有了？”
所有的人都冲着施琅点头。眼看着，那只刘国轩的兵船就要冲到近前了。施琅牙一咬，心一横，高声言道：“我们决不能让郑匪的这只兵船冲出去！现在，你们统统下海，游到附近的炮船上去。我要把郑匪的这只兵船撞沉在这里！”
施琅此言一出，众人大为震恐。许多官兵纷纷请求施琅先下船。施琅笑着言道：“你们以为我施琅想死吗？你们放心，我死不了。我这只船比郑匪的兵船大得多。两只船相撞，只有它沉，我不会有事的！”
施琅说的却也有道理。他乘的这只指挥船，不仅载有十门火炮，还载有千余名官兵，的确很大。大船撞小船，焉有大船沉没的道理？但手下官兵却始终不愿让施琅冒这个险。施琅急了。以不容商量的口吻命令道：“统统给我下去！再迟疑，郑匪的这只兵船就要逃掉了！”
船上千余名官兵这才无可奈何地纷纷跳下海去，游向一艘又一艘炮船。施琅，当然还有许多水手，驾驶着指挥船，直直地朝着那只残存的刘国轩的兵船迎面开去。
施琅亲自操舵，从容不迫、镇定自若。近了，更近了。两艘船相距只有十几尺了。刘国轩那只兵船看来也没有什么躲闪的意思，而是加快速度向着施琅的指挥船撞来。施琅暗自叫道：“来得好！我倒要看看，究竟鹿死谁手！”
突地，施琅觉得耳边一热。从那只兵船上射来一颗子弹，恰恰从施琅的耳边擦过。施琅下意识地用手一摸，那只耳朵边已是鲜血淋漓。
施琅一惊。他惊的不是自己的耳朵被子弹打破。他惊的是，他已经看出了那只兵船的意图：他们要抢占他的指挥船。
如果施琅的指挥船没能将那艘兵船撞沉或撞翻，那施琅的指挥船就真的有被抢占的危险。刘国轩的那只兵船上，至少有一百多人，也至少有十来条火枪，而施琅的指挥船上，虽然有不少水手，但却连一条火枪也没有。
施琅感觉到了事情的严重性，也觉着了自己太过草率。如果自己的指挥船被抢，那后果将极其严重。可事已至此，再后悔也都晚了，只有尽全力阻止敌人夺船。
好在施琅临危不慌，更临危不乱。他当即下达了三条指令：一，加快行船速度，争取一举将敌船撞沉；二，通知附近的炮船，速速赶来这里支援；三，指挥船上所有水手，都要做好肉搏战的准备，哪怕战至最后一人，也决不让郑匪将指挥船夺去。
两只船的距离越来越近。十尺、八尺、五尺……刘国轩的那只兵船突然停了下来。施琅正自诧异呢，那艘兵船上的十多条火枪一齐朝着施琅的指挥船打来，打得施琅指挥船上的水手四散逃命，根本就无法再顾及驾驶。这样一来，施琅指挥船的速度就顿时缓慢了下来。就听“呼”地一声巨响，施琅的指挥船撞了刘国轩的那艘兵船。然而，由于刘国轩的那艘兵船早已停止前进，而施琅的指挥船又被迫放慢了速度，故而，施琅的指挥船虽然将刘国轩的那艘兵船撞上了个正着，但却并没有将它撞翻，只是将它撞得打了个趔趄。
那十多条火枪又一起向着施琅的指挥船打来。施琅急急地冲着手下人喊道：“都隐蔽好！待郑匪冲上这条船之后，再与之肉搏！记住，哪怕我们都死光了，也不能让这条船被郑匪夺去！”
果然，刘国轩的那条兵船，其目的正是要夺取施琅的指挥船。火枪一阵猛射之后，一百多个人一起呐喊着涌上了施琅的指挥船。施琅见时机已到，率先从隐蔽处跳出来，对着手下呼喊道：“弟兄们，杀敌立功的时候到了！冲啊……”
施琅一边呼喊着，一边就舞着一把长剑向冲过来的刘国轩的士兵杀了过去。他这种临危不惧、身先士卒的表现和精神，的确对手下起到了极大的鼓舞作用。其手下纷纷从各自的隐身处跃出，拿起早已准备好的大刀、长剑等，奋不顾身地向着敌人冲了上去，有的既没有刀也没有剑，就随便从船上抄起一件硬物迎战。
近距离肉搏战，火枪就没有多大威力了。加上施琅的手下和刘国轩的士兵在人数上大致相当，所以这场面对面的肉搏战就显得格外的激烈残酷、格外的惊心动魄。
最惊心动魄的恐怕还要数施琅。刘国轩的士兵见施琅的身份非同一般，便一窝一窝地向着施琅方向杀来。尽管施琅的手下竭力地保卫施琅，但却也只能且战且退。因为，虽然施琅的手下早已置生死于不顾，但若论作战经验与技巧，刘国轩的水师毕竟高过一筹。眼看着，施琅等人就被逼到了一个船舷边，情形非常地危急。更危急的是，有几条火枪已经直直地对准了施琅等人。只要那几条火枪一吐火舌，施琅就再也甭想去见康熙皇上了。
恰在这时，就听“轰”地一声巨响，一发炮弹在刘国轩的士兵中间开了花。因为距离太近，施琅差点被炮弹轰起的气浪掀倒，饶是如此，站在施琅前面掩护施琅的几位水手，却被这发炮弹炸得非死即伤。
原来，在施琅率众与刘国轩的士兵进行殊死拚杀的当口，有一艘靠得最近的炮船率先赶到了施琅的指挥船旁。炮船上的几个士兵本来是想立即就爬到指挥船上参加战斗的，但一位年长的炮手却灵机一动地对伙伴们道：“我们这几个人即使去支援也起不了多大的作用还不如爬到郑匪的兵船上用他们的大炮去轰击他们！”几个伙伴一听此话有理，便匆匆忙忙地爬上了郑匪的兵船。待他们爬上郑匪兵船后才不禁傻了眼，郑匪兵船上几门火炮的旁边，根本就找不到一发炮弹。那年长的炮手后悔不迭地道：“如果他们还有炮弹，就不会这么急着冲到钦差大人的船上去了……”然而天无绝人之路，还是这位年长的炮手，似乎是在天意之间，突然从一门大炮的炮膛里发现了一发炮弹。他不禁大喜过望地叫道：“弟兄们，这一发炮弹还没来得及打出去呢……”这时，刘国轩的那些士兵已经把施琅等人逼到了船舷边。一个年轻的炮手小心翼翼地提醒那年长的炮手道：“老兄，钦差大人与郑匪离得那么近，万一这炮打出去，误伤了钦差大人，该如何是好？”年长的炮手略略犹豫了一下。此时，刘国轩的那些士兵正在找火枪准备向施琅等人瞄准。年长的炮手狠狠地一跺脚，又狠狠地言道：“来不及考虑了，也顾不了那么许多了……不开炮，钦差大人肯定没命，而开了炮，倒有可能救钦差大人一命……”说话的当口，年长的炮手就点燃了炮捻。刘国轩的士兵正要朝施琅等人开枪呢，“轰”的一声，炮弹在中间开了花，刘国轩的士兵顿时就倒下一片。
施琅很快就从炮弹的爆炸声中清醒过来。他一挥手中长剑，率先朝着残存的敌人掩杀过去。此时，施琅身边还有二十来个人，而刘国轩的士兵只剩下十多个，加上施琅的那些炮船已经陆续赶来支援，所以这场战斗便很快以刘国轩的士兵被全部消灭而宣告结束。
这场战斗刚一结束，施琅就急急地问一个手下道：“刚才向这儿开炮的是谁？”
那手下在船上转了一大圈，终于将那位年长的炮手找到了施琅的面前。施琅直直地望着那年长的炮手问道：“刚才是你向这儿开炮的吗？”
年长的炮手不自觉地有些哆嗦起来。“回钦差大人的话……小老儿当时见情形万分火急，来不及向您请示，就擅自开了一炮……请钦差大人恕罪……”
施琅睁大了眼睛。“你何罪之有？”
年长的炮手支支吾吾地道：“小老儿不该擅自开炮惊吓了钦差大人……”
施琅“哈哈”大笑道：“此言差矣！你若不及时开炮，我施某岂还有命在？那郑匪士兵又岂能被统统歼灭？你可是为此次出征立下了大功一件啊！我本想擢你为官，可看你年已老迈，便决定将擢官改为重赏。待我等攻下澎湖之后，你就回福州休息，我定会给你重重的奖赏！”
年长的炮手这才转惊为喜，连连向施琅称谢不迭。施琅趁机向众人言道：“各位兄弟都看见了吧？凡作战勇敢者。我施某定会论功行赏！”
一手下悄悄地对施琅言道：“大人，小人觉得岛上的情况有些奇怪……”
施琅“哦”了一声道：“如何个奇怪法？”
那手下回道：“本来，岛上的大炮一直对我们进行零星的轰击，可在这之前，岛上连一点动静也没有了……”
施琅觉得手下说的有理。“是呀，是有点奇怪……你赶快派几个人，悄悄地摸上岛去侦察一番，看看究竟是怎么回事。”
那手下也没派什么人，而是亲自带了几个人，乘一艘炮船，悄悄地向岛上摸去了。施琅吩咐手下道：“抓紧时间吃东西、休息。更激烈的战斗还在后面呐！”
施琅身边还有一千多官兵。这一千多官兵所吃的、喝的东西全在他所乘的那艘指挥船上。如果这艘指挥船刚才被刘国轩的士兵夺击，那施琅的手下就只能饿肚子了。
下午时分，去岛上侦察的那个手下带着几个人又乘着一艘炮船安然无恙地回来了。旌琅问那个手下道：“你们为何去了这么长时间？岛上情况究竟如何？”
那手下答道；“小人上岛十分地顺利，岛边连一个郑匪都没有，原先架设大炮的地方也是空空如也……小人不放心，又向四周搜索了几里，仍然连一个人影也没有碰到……大人，这究竟是怎么回事？那些郑匪都跑到哪儿去了？”
