腊月初八，上百本的奏折如雪片一般飞到了朱慈炯的书案上，内容大致有两个，一是永久停止开放皇城三大殿，二是弹劾当年支持开放皇城的大臣，其中矛头大多直指向钱谦益，骂他“恬媚谄颜”。
户部主事柳康盛，也就是被刺死的乘玉泉的同僚，奏称开放皇城是对读书人“始皇坑儒后千年未有之辱”，气得朱慈炯把奏折都给扔了。
当晚朱慈炯回了乾清宫暖阁，气呼呼的对黄得胜道：“朕今日身子不爽利，明日早朝便免了，明早让阁老们到文华殿暖阁奏事”。
黄得胜不敢违逆，又给朱慈炯召来太医诊脉。
太医询问朱慈炯病症，朱慈炯懒洋洋的道：“朕身子乏软无力，浑身没劲”。
太医看了看朱慈炯的舌头，又给他把脉，过了一会回道：“皇上只是劳于国事，疲累所致，臣开了一济养身补气方，皇上按时服用，三日便可无恙。”
朱慈炯心说，当皇帝真他娘的好，连这种不是病的病都要给你调理一番。
太医临走又关照了一句：“服药期间，需得戒房事，望皇上知悉”，这才行礼告退，留下朱慈炯一个人暗自不爽。
第二天，皇帝罢朝，可是皇城门一开，上百名在京官员大小官员们纷纷进了承天门，开始跪在那儿请愿，一是指责皇帝“临朝不足一年，罢朝怠政”，二是要求永久停止开放皇城，称“有辱天下士人、从此儒生不以读书为荣”，三请罢免内阁次辅钱谦益，指责他“帝年幼不知规劝、帝荒诞不进谏言”。
朱慈炯看了看御书房里的诸老，问道：“钱老为何没来？”
吏部尚书姜曰广回道：“钱阁老被弹劾，已上折致仕，现在家戴罪闲住。”
朱慈炯哭笑不得，之前自己没有亲政，感觉钱谦益一党贪腐畏战，于国无用，本想自己亲政后好好修理修理他们。可是等到自己真正接手了大权，这才发现，原本看似伟光正的史可法一党也只是空谈国事，人浮于事。具体办起事来还是离不开钱党，而且为帝者讲究左右制衡，若是打压了钱党，史党便没有了制衡，反而对国事不利。
便命王铎草诏，下旨抚慰钱谦益，命其速速回部办事。
又召见了几个领头请愿的，耐心听取他们的主张。
此次华盖殿行刺案，根本原因是开放后的皇城门禁制度有漏洞，这才导致有刺客混了进来。开放皇城是争取民心之举，虽然开放后会带来危险，但也不能因噎废食，朱慈炯是这样子想的，可是百官们不答应。几个阁老也拐弯抹角的表达自己的立场，要求废除皇城开放制。
因为钱谦益不在，内阁中只有工部尚书王铎表示支持皇城在查明行刺案后再行开放，称“既已明诏天下，复更则失信于民”。
朱慈炯没有给出明确答案，眼前还是查明这案子的来龙去脉比较要紧，待了解了具体情况，再做决定。
于是，又单独召见了吴邦辅。吴邦辅原先是锦衣卫指挥使，查起这种事来自然是驾轻熟就。
经审讯，西角门守门太监汤正业一口咬定，发现小太监失踪后隐瞒未报是怕自己承担责任，以为他躲在什么地方了，但这条理由显然站不住脚。
朱慈炯问道：“就算他说的是真的，那么刺客进皇城后的一天两夜，究竟躲在了哪里？每晚各宫各殿都有上值的太监，难道都没人发现有刺客？”
吴邦辅伏地请罪：“臣失职，汤正业昨晚自尽了。”
“什么！”朱慈炯拍案而起，这么重要的线索竟然断了。
朱慈炯沉默了一会，问吴邦辅：“那刺客查明了身份没有？”
“臣查明了，是北方逃难南下的百姓。”
“那汤正业是谁的人？”
吴邦辅回道：“汤正业是皇城的老人了，要说是谁的人，谁也不说不上来。”
吴邦辅看着朱慈炯，欲言又止，朱慈炯看出了他的神情，便让他说出来。
“皇上觉得案子还要查么？”
朱慈炯被一语惊醒，查么？怎么查？这案子有几种可能，一是刺客是满清派的，但刺客只杀了几个小官，照理说杀了皇帝才对满清有益。二是可能是朝中有人指使的，具体是谁暂时也查不出来。三是刺客可能是自发的，勾结了宫里的小太监，从而得以行刺成功。
