随着市场经济的发展和事业单位专业技术企业孵化器运行模式问题的逐步暴露，我国科技部通过政策引导主要由国家投资建设的创业服务中心（企业孵化器）逐步采用事业单位企业化运行的运行模式。这是在我国市场经济发展、经济制度转轨时期的企业孵化器的一种过渡的运行模式。采用这种模式运行的专业技术企业孵化器缺乏对管理人员的有效激励，不能充分调动员工的主动性和积极性，决策效率低下；投资主体单一，资金严重不足，不能充分利用社会资金；难以吸引优秀的专业人才，严重影响对在孵企业的服务质量。这种过渡模式对于促进我国专业技术企业孵化器的发展具有一定的积极作用，也产生了理论和实践上的困惑。因为有些专业技术企业孵化器已经具备了营利能力，但是由于事业单位的基本制度限制而不能大力发展；有些专业技术企业孵化器满足于事业单位的待遇而不思进取，坐等服务而丧失发展良机；在实践中，有些专业技术企业孵化器已经是企业形式，完全采用企业行为，不再是这种过渡模式所能够包容的，而是一种新的运行模式。
由于存在着上述问题，事业单位企业化运行的模式必须改革。这种运行模式的改革方向已经非常明确，那就是转化为非营利性专业技术企业孵化器运行模式，或者转化为公司制企业化的专业技术企业孵化器运行模式。
