负责清查和珅在京城财产的是肃亲王永锡等人。嘉庆四年正月十三，和珅被赐死，当时有党羽福长安陪杀；正月十五，永锡等汇报第二批查抄结果；正月十六，嘉庆将和珅的罪状具体为二十条，其中涉及到财物的是第十五条到第二十条。除了之前说过的珍珠手串、宝石顶之外，增加的有：家内银两和衣物等价值超一千万两；夹墙内藏有黄金二万六千余两；私库内藏有黄金六千多两；地窖内藏有银子两百多万两；房产商铺方面，京城、通州、蓟州等地有当铺、钱店，资产估计有十多万两白银，故嘉庆批其“与小民争利”。
查抄还涉及到家奴，其家奴刘全资产也达到二十多万两白银，并有大珍珠手串。
这还只是冰山露出的一角，不够具体翔实，清查工作到正月二十二，才开始有清晰的眉目。肃亲王永锡和绵懿、永来等人上奏在京城海甸查抄和珅花园的结果，就比较骇人了。和珅花园内有房屋1003间，游廊楼亭357间，不过都是合法的--乾隆御赐，“系奉旨恩赏”。
正月二十九，内务府又汇报新的查抄结果，这一回更具体了：二两平纹银九十六万两，杂色元宝银六十八万两，色银一百三十七万四千零九十五两三钱三分，以上统计为银子三百零一万四千零九十五两三钱三分。
到二月三十，又查出和珅在文安县等地的田庄积存米麦谷豆杂粮一万一千零六十五石，清朝的一石约相当于今天的六十公斤，就地散发给当地遭水灾的灾民。
三月二十八，定恭亲王绵恩等人上奏，重新确定了和珅家的金银总数：二两平金三万三千五百五十一两，银三百零一万四千零九十五两三钱三分，同时确定有当铺十二家。
对和珅房产地产的清查是从正月初八开始的，至三月二十八，初步审计结果是：有收租房屋一千零一间半，收租田产一千二百六十六顷三十五亩四分四厘，而一顷相当于如今的一百市亩，合十二万多亩。
而清朝档案中的和珅家产和薛福成《庸庵全集》的记录是有很大出入的，《庸庵全集》记录和珅被查抄的部分家产有：房屋三千间，田地八千顷，银铺四十二处，当铺七十五处，赤金六万两，大金元宝一百个（一千两一个），小银元宝五万六千六百个（一百两一个），银锭九百万个，洋钱五万八千元。档案里的房屋数量，将府邸所有与出租房相加，不过两千来间，田地一千二百六十六顷，黄金三万多两，银子三百多万两，远不如薛福成所记。
至于大金元宝和小银元宝，嘉庆的谕旨和内务府、军机处的文件里没有，《清稗类钞》第三册的《和珅狱事》则有和珅的口供：“至于银子约有数十万，一时记不起数目，实无千两一锭的元宝。”
嘉庆当时的估值到底是多少，不得而知，后人的统计估计也是小说的成分多，史实的成分少。其实，对于和珅家产的估值可能是有很大弹性的。如今的推测无非就是：当时嘉庆的统计数字是官方数字，另有一份清单，既保存在宫廷里，也保存在民间的想象里，渐渐地变成一个神话。
和珅家中有很多珍奇异宝，有的连皇宫里都没有，比如有一只洁白的玉马，人可以骑在上面，本是征西的将军从和田采来，献给乾隆，放在圆明园，后来被和珅偷出。此次查抄后，重新放回圆明园，后来被八国联军抢走，现在收藏于伦敦大英博物馆的东方艺术馆。康熙手书的“福”字碑，原来也是在紫禁城，后来被和珅偷出来，置于后花园的假山洞中，也就是龙脉之所。京城有两条龙脉，和珅家是一条水龙脉，将“福”字碑置在脉上，令嘉庆也不敢移动，怕动了龙脉，至今还在原处。和珅府（即恭王府）旅游开放之后，福字碑被游客摸得只剩下薄薄一层，后用玻璃保护起来。
和珅的房产，被抄后全部充公。嘉庆的弟弟永璘，曾经来和珅家里借宝，在参观过和邸之后，私下里对哥哥们说：“即便皇帝多如雨滴，也不会有一个雨珠滴落我身上。将来不论哪个哥哥当了皇帝，只要把和珅的豪宅赏赐给我，我就心满意足了。”
嘉庆记住了他的戏言，命令把和珅豪宅院子和花园的东路一半给固伦和孝公主，另一半西路的宅子和花园赐给永璘。后来庆郡王永璘升为庆亲王，这半座宅子就成了庆王府。
虽然被搜出巨额财产，但众官都觉得公布的和珅贪污的财产太少了，难以服众，内阁学士、副都统萨彬图就屡次上奏，认为“和珅财产甚多，断不止查出之数”。萨彬图认为和珅还有海量财宝藏在宅子里，内务府、步军统领官员审查不用心，要进宅子挖宝，要继续审。嘉庆气不打一处来，说：还想要朕亲自审讯才放心吗？萨彬图被骂得狗血淋头，他说萨彬图此举是“越俎”“愚昧无知”，你本来不是查抄官员，干吗咸吃萝卜淡操心？嘉庆不想让和珅案再蔓延下去，到此为止就行了。
其实嘉庆的意思是，和珅的宅子已经分配给庆郡王永璘和固伦和孝公主了，难道还叫人拿着铲子锄头去二位家里掘地挖宝不成？嘉庆倒是说出了他的本意：“意存取巧。”
摆在嘉庆面前的还有一个问题，和珅的党羽该如何处置？
和珅得志以后，前后擅权二十多年，京城朝廷里的尚书、侍郎，地方上的总督、巡抚，有的出自和珅门下，有的与和珅关系密切。即便有许多看不起和珅的督抚，畏惧和珅的权势，也不得不向和珅低头，送钱贿赂。和珅门前，送礼的川流不息。地方上县一级的官员，想见和珅一面都难，可见和珅结交之广。
朝中被和珅提拔的官员有很多，他们心中有鬼，大多惶惶不安，有的静待消息，有的反复弹劾和珅及其党羽，以表忠心自保。
嘉庆对和珅余党并没有赶尽杀绝，这也是为了稳定时局的需要--只是处理了与和珅关系最密切的几个人。命令大学士苏凌阿退休，将侍郎李潢，太仆寺卿李光降黜治罪。侍郎吴省兰被降职为编修，撤去学政、南书房行走等职，不久，吴省兰因才学突出，官复原职，嘉庆不计前嫌，对他器重，还任命他为日讲起居注官，提督湖南学政，其后吴省兰为报嘉庆之恩，兢兢业业，公务不敢有丝毫怠慢。嘉庆九年，因年老力衰，荣归故里。
吴省钦的运气就没这么好了。在白莲教起义中，四川首领王三槐被抓，王三槐口供说“官逼民反”。嘉庆意识到正是像和珅一样的贪官层层贪污索贿，才屡屡激起民变。时任都察院左都御史的吴省钦不合时宜地上奏：“请将叛军首领王三槐立即正法。另外，候补知府李基熟悉兵法，有手车火雷列卦图可供破敌之用。还有举人王云，能运用气功，以手掌击倒数人，能够做破敌之用，希望皇上试试看。”嘉庆被这道荒唐的奏折激怒，下令将吴省钦革职还乡。数年之后，吴省钦在郁郁之中死去。
有大臣上奏，和珅已故的弟弟和琳曾借和珅之位邀功。嘉庆下旨追回和琳一等公爵位，牌位撤出贤良祠。福长安也没有秋后问斩，嘉庆赐他出狱，还发回一小部分财产，以员外郎的头衔，看守乾隆的陵寝，充当供奉茶水的执事小官。其他特意谕旨：“和珅最擅长欺上瞒下，如果不立即治罪，就无法肃清吏治，整顿官场。现在和珅的罪状已经查清，案子已经了结。和珅曾经掌管很多部门，有不少人是他保举的，曾经对和珅巴结逢迎，在所不免，不再一一追究，牵连多人。现在官场弊病很多，和珅的重大罪状已经公开宣布，官员们不必借题发挥，吹毛求疵，互相攻击隐私，追究以往的细枝末节。朕惩治和珅，并不想另有株连，只希望各位臣子能够接受教训，勉励自己，以前的事情朕不再追究，各位心中也不必害怕。朝廷官员应当团结一心，为国效力，不得各结党羽了。”
国人称赞嘉庆处理和珅的手段，就连朝鲜使臣曹锡中也称赞嘉庆具智、勇、仁三德：皇上自登基以来，知道和珅不轨之心，政事却听从和珅意见，以此笼络和珅，使其骄傲大意，这就是“智”；闪电般结束了这场案子，不动声色就使得朝政焕然一新，这就是“勇”；不追究和珅的党羽，不搞株连，使得朝廷的臣子都能洗心革面，安心做官，这就是“德”。
嘉庆原来指望，扳倒和珅这个大贪，使得其他官员能够收敛，能止住全国的贪腐之风，重现经济繁荣。只可惜，大老虎打了，小老虎并不能改过自新，贪腐之风已经渗透国家的方方面面，各种权力寻租，已是明码标价。嘉庆即便焦头烂额，也无法改变制度上的腐烂渗透，清朝由“康乾盛世”走向衰弱。
和珅虽灭，但如何盖棺定论，一直是嘉庆的一个难题。
