当时，清廷在浙江的地方长吏严厉镇压与鲁王集团有联系的人，黄宗羲、冯京第等的姓名被公布于通衢，他们都在缉拿之列。但宗羲并未因此而脱离抗清复明事业，他与抗清义士的联系仍十分密切，“江湖侠客，多来投止”，与在四明山中坚持抗清的冯京第、王诩之间也常有信使往来。顺治七年（1650年）三月，宗羲至常熟拜访故人钱谦益，以在钱氏绛云楼读书为掩护，与谦益密谋策动清“婺中镇将”马进宝起义，以为鲁王声援。九月，清军大举围剿四明山各寨，冯京第兵败遇害，宗羲弟宗炎也被逮捕，关在死牢中，于是宗羲冒险潜入宁波，与好友万泰等人计议，利用种种关系，在处决前夕才将宗炎救出。顺治八年（1651年）夏秋之交，清闽浙总督陈锦计划分三路进攻舟山，宗羲侦知这一消息，立即派人入海告警。顺治十一年（1654年），张名振造使与宗羲联系，来人在天台（今浙江天台县）被逮，宗羲又遭指名拘捕。顺治十三年（1656年），慈湖（在浙江慈溪县东）义军首领沈尔绪被人出卖，牵连到黄氏兄弟，官府认定宗羲为首谋，被指名严拿，这次宗羲的处境十分危险，好不容易才“脱死毫厘间”；宗炎则又被捕，宗羲顿足长叹，说：“这回大概死定了！”幸赖亲友尽力营救，宗炎始得出狱……这以后，宗羲处于官府严密监视之下，轻易不敢有所活动。
前明各股抗清势力的复明斗争也时起时伏：顺治八年（1651年）九月，清兵攻陷舟山，张名振护监国由海道往依郑成功（本名森，字大木，福建南安人，1624～1662。1645年，隆武帝赐姓朱，并为改名；1658年被桂兰朱由榔封为延平郡王；1661年收复台湾），于第二年正月抵厦门。然而郑成功以永历帝（朱由榔，神宗孙，思宋堂弟1623～1662。1646年，广西巡抚瞿式耜等人在广东肇庆拥由榔监国，不久由榔即称帝）为正统，故鲁王处于寄人篱下的境地；顺治十年（1653年）三月，鲁王以海自行取消监国称号，不过张名振、张煌言仍听命于他。顺治十三年（1656年）年底，张名振在舟山去世（据说为郑成功手下投毒致死），遗言以所部归张煌言节制。顺治十六年（1659年）五月，张煌言、郑成功大举入长江，七月底煌言兵临南京观音门外江上，待郑成功赶到，煌言又由芜湖取池州（今安徽贵池）、徽州（治安徽歙县）、宁国等地，一时江淮震动。可惜顿兵坚城之下而又懈怠轻敌的郑成功却被清军击溃，南明此次行动仍以失败告终；郑撤回厦门，煌言孤立无援，几至全军覆没，他本人迂回潜行2000余里，方抵浙东沿海。局处西南一隅的永历帝也无法立住足，于同年亡命缅甸。康熙元年（1662年），永历帝在昆明被吴三桂杀死，郑成功、鲁王以海亦在台湾先后去世，以恢复明室为目的的大规模武装斗争自此之后基本止息。
这几年中，黄宗羲及家人或伏处海隅，或避居山野，可以说“无年不避，避不一地”（《南雷文定·避地赋》），四处颠沛流离，过着极为艰难困苦的生活。宗羲本人“自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告评者二三，绝气沙囗者一昼夜；其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣！”（《怪说》）他的亲人在东徙西迁、动荡不宁的亡命生涯中也连遭不幸。顺治十二年（1655年）除夕，最钟爱的幼子阿寿夭折，数月过后，二儿媳孙氏和小孙子阿运也相继病死，宗羲万分悲痛，长歌当哭，他写道：“（去曷）来四月选三丧，咄咄书空怪欲狂。八口旅人将去半，十年乱世尚无央！”（《南雷诗历·子妇客死一孙又以疾殇》）《南雷诗历》中以“哭寿儿”、“梦寿儿”为题的诗也有八首之多；顺治十六年（1659年）避居化安山时的《山居杂咏》，读来更是“横身苦楚、淋漓满纸”。
尽管“濒于十死”，尽管“其得不死者，皆有天幸”，然而宗羲并“不为之慑”。人生历程中的这许多磨难和打击并没有使宗羲屈服，更不能把他压倒！即使在逃亡之中，他也能处之泰然，过着“数间茅屋尽从容，一半书斋一半农”的生活；而且，这些挫折和危难还淬砺了宗羲的意志，丰富了他的阅历，并促使他对政治、社会、历史、人生进行理性反省和理论探讨，终于为我们铸成一位继往开来的思想巨人。
著述讲学
顺治十八年（1661年）冬，黄宗羲与家人返回故居。各地的抗清斗争相继宣告失败，清王朝的统治日渐巩固，宗羲冷静地接受了这个现实。“锋镝牢囚取次过，依然不废我弦歌。死犹未肯输心去，贫亦其能奈我何！”即使在戎马舟船或亡命山海的日子里，宗羲也从未停止过力学著述，比如《监国鲁元年大统历》、《授时历故》、《勾股图说》、《测圆要义》、《易学象数论》、《留书》等等，都完成于这一期，其中，顺治八年（1651年）秋撰写的《留书》是宗羲阐述自己政治思想的第一部重要论著；如今，刀光剑影、不退宁居的日子似将结束，宗羲便将下半生心血倾注在学术事业上。在此后的30多年中，宗羲致力于讲学和著述，开创了在中国学术史上占有重要地位的清代浙东学派，培养了多方面的人才，写作了大量涉及哲学、史学、文学、艺术、天文、地理、数学等领域的学术专著，对中国的思想和文化作出了巨大的贡献。
大致说来，黄宗羲的讲学活动，主要集中在康熙二年至十八年（1663年～1679年）。康熙二年，黄宗羲应友人吕留良之请，渡江北上至语溪（又一名语儿溪，在浙江桐乡县东南一里许），吕氏家中之梅花阁设馆，为吕氏子弟授课，到康熙五年（1666年）冬方辞去馆事。这几年中，黄宗羲仆仆往来于崇德、余姚间，讲习余暇，则与吕留良及吴之振、吴自牧叔侄诗文酬唱，还与二吴共同编选《宋诗钞》。康熙三年（1664年）四月，宗羲与吕、吴等联袂至常熟访钱谦益，此时钱氏已病危，自知不久于人世，一见宗羲，便以丧事相托。
康熙六年（1667年）春，黄宗羲重游绍兴，自念台先生刘宗周崇祯中立证人书院、大会讲学，倏忽已历30多年。为了纪念自尽殉国的先师，光大师门学说，宗我与同出念台先生门下的姜希辙（号定庵）、张应鏊（号奠夫）等商议筹画，于九月重开证人书院讲席。这次讲会上，宗羲系统地归纳揭示了宗周学术的四个纲领性命题，发前人所未发，即：“静存之外无动察”，“意为心之所存”，“已发未发，以表里对待言、不以前后际言”，“太极为万物之总名”，若干年后宗羲撰《明儒学案》，亦据此为纲宗。
此后数年中，黄宗羲曾多次赴绍兴，与同门会讲于证人书院，并着手整理编写一批阐述发明蕺山学术精华的著作，如《子刘子学言》、《子刘子行状》、《证人会语》、《圣学宗要》、《答董吴仲论学书》等等。宗羲对自己的恩师极为尊重，经常满怀深情地谈起蕺山先生对他的教诲，宗羲学术也是上承王阳明，近宗刘蕺山。但他反对盲从，提倡怀疑、提倡疑中求悟求信，当他的学生董元璘（字吴仲）认为“意为心之所存”这一论断“未为得也”（《年谱》），便写了一篇文章，题为《刘子质疑》，向老师请益。宗羲对学生这种钻研精神大加肯定，说：“昔人云：小疑则小悟，大疑则大悟，不疑则不悟。老兄之疑，团将以求其深信也、彼泛然而轻信之者，非能信也，乃是不能疑也。”
康熙七年（1668年），黄宗羲到宁波，创办甬上证人书院。宁波在甬江边，所以代称“甬”或“甬上”，宗羲好友万泰的家就在此地。万泰生前对“东渐三黄”的气节学问倾倒备至，曾多次对亲友说：“今日学术文章，当以姚江黄氏为正宗。”（李邺嗣《果堂诗文钞·送季野授经会稽序》）他还经常亲率子弟到黄竹浦盘桓问学。顺治十四年（1657年）万泰去世，宗羲便写信与泰长子斯年，要万氏兄弟前来受业，一力承担起为故人教育后代的责任，所以，万氏八兄弟都是黄门高弟，其中，以斯同（字季野）、斯大（字充宗）、斯选（宇公择）及斯年之子万言（字贞一）成就最著。早在康熙四年（1665年），万氏兄弟与同为黄家三代世交的董氏兄弟及陈赤衷（字夔献）等青年学子组织建立“甫上策论会”，并至余姚向黄宗羲求教。康熙七年春，宗羲在绍兴证人书院讲学之后，又应市上诸门生之请，到宁波主持讲席，建立了雨上证人书院、院址先在广济桥万家，后来迁宁波城西万氏别墅白云庄。
宗羲讲学具有明确的宗旨。他强调明经通史，以求经世致用，认为“学问必以六经为根抵，游腹空谈，终无捞摸”，而“经术所以经世，方不为迂儒之学”，又说：“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务”，所以要求“受业者必先穷经”，“兼令读史”（《神道碑》）；在“经世致用”思想的指导下，除了经学史学外，宗羲还讲授天文、地理、数学、历法等自然科学知识。在宗羲的教诲下，甬上弟子都能刻苦钻研“经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西（指西欧国家）测量推步之学”，而且“皆卓然有以自见”（万经《寒村七十寿序》），其中不少人成为闻名当代的经学家、史学家、文学家。
市上证人书院的讲学活动持续了8年，到康熙十四年（1675年）结束，这8年是宗羲讲学最有成就而且影响最大的时期。
康熙十五至十八年（1676年～1679年），黄宗羲多次到海昌（今浙江海宁）讲学。其间不少地方官吏也经常前来问学，宗羲对他们说：“诸公爱民尽职，即时习之学也。”（《年谱》）讲学虽仍以《四书》《五经》等典籍作教材，但宗羲反对人云亦云的附会，鼓励学子独立思考，他说：“各人自用得着的方是学问；寻行数墨，以附会一先生之言，则圣经贤传皆是糊心之具，朱子所谓’譬之烛笼，添得一条骨子，则障了一路光明‘也。”（《年谱》）海昌高足，有查慎行、陈汗等人。
黄宗羲反对束书空谈，主张“经世”、“应务”的务实学风，在他本人身体力行、言传身教的倡导下，影响了清初浙东一代学子，弟子中人才辈出，浙东学术团之大盛。
康熙十八年之后，宗羲已是年过70的老人了，基本上不再外出讲学，但仍著述不辍，毕力投入名山事业。
黄宗羲不光是博学多才，而且勤奋过人，“年逾80，尚笔耕不休”，真称得上是没身而后已！故一生著述弘富。然而，由于种种原因，在清乾隆年间即已“散亡十九”，即使如此，今天我们所能了解到的仍蔚为大观。据统计，黄宗羲的著作共有112种，1300多卷，字数在2000万以上，这还不包括《明文海》这类编选性的东西（详参吴光《黄宗羹与清代学术》），这里只能择其要者略加介绍。
康熙二年（1663年），黄宗羲在10年前所作《留书》的基础上，写成了《明夷待访录》2卷（原名《待访录》），这是宗羲最有代表性的政治思想论著。《待访录》超越了《留书》中“夷夏之辨”的樊篱，探讨政治学说中最具根本性的问题，是一篇批判君主专制制度的战斗檄文，它奠定了黄宗羲作为一个民主启蒙思想家的历史地位。
康熙七年至十四年（1668年～1675年），黄宗羲编选成《明文案》217卷。这8年间，他四处访求书籍，潜心搜集整理有明近300年中文人著作，夜以继日，勤奋工作，终于编定了这部保存有明一代文章精华、反映其时代精神的文集。书成之日，宗羲曾自豪地说：“有某兹选，彼千家之文集庞然无物，即尽投之水火不为过矣。”但他并未因此而满足，仍然不辞劳苦，以高龄之身继续奔波跋涉，游踪遍及浙江南北，搜罗明人文集，到康熙三十二年（1693年），始将《明文案》扩编为《明文海》，计四482卷。84岁的梨洲老人对儿子说，《文苑英华》为百卷，而明代作者数量超过唐代，所以，一非此不足以存一代之书；顾读本不须如许（《年谱》），于是又从中精选若干篇，编成《明文授》62卷，以供家人诵读。此外，宗羲还编有《宋元文案》、《元文钞》等，后来大多亡佚。
康熙十五年（1676年）以后，黄宗羲撰成《明儒学案》。这部62卷、近百万字的巨著，是我国历史上第一部断代学术思想史。全书共收学者200余人，上起崇仁（吴与弼，字子溥，号康斋，江西崇仁人，学宗程、朱，倡“静时涵养、动时省察”。1391年～1469年），下迄蕺山，“言行并载，支派各分”，而以姚江王阳明为一代理学宗师，共立“崇仁”、“白沙”、“姚江”、“泰州”、“东林”、“蕺山”等17学案；每案之前先用一节文字介绍案主学术宗旨，然后是案主传略以述其平生学行，最后则是辑自案主文集、语录的学术资料，择精语详，体例严谨，自成一家。
黄宗羲还着手编撰《宋元学案》，以整理明代之前学术思想发展的历史。遗憾的是，宗羲辞世时仅成17卷，后来，由宗羲子百家（字主一）及全祖望等续成100卷。
