淝水之战后，强大的前秦土崩瓦解了，拓跋部便乘机复国。北魏登国元年（386年），拓跋珪被诸部推戴，即位代王，并任命张兖为长史，许廉为右司马。同年，改国号为魏，表示已不愿再受晋朝的封号。
拓跋珪称帝后施行的重要措施就是务农息兵，并首先取得后燕（慕容垂）的援助，借以抵御内部诸部酋长的不稳定性。拓跋部属游牧民族，那些酋长往往叛服无常，不懂得要在一个固定的国家内服从一个国王对自己有什么益处。因此，在登国二年（387年），拓跋珪制定了一条措施，即在每次战争胜利后，按战功分赏给群臣将士应得的战利品。这使得诸部酋长和鲜卑兵可凭战功得利，由此而大大增加了他们的好战心理，不致随时叛逃。在取得内部的团结之后，登国三年（388年），魏便开始攻打库莫奚（东胡），并获大胜。登国四年（389年）破解如部与高车诸部。次年，又大破高车袁纥（回纥）部，并再于次年打败了拓跋部的世仇刘卫辰部（南匈奴的别支），缴获马三十余万匹，牛羊四百余万头。魏开始占据黄河以南（河套）的广大牧地，由于国力剧增，便开始窥视中原。
当时，占据北方广大地区的后燕国前来向拓跋部索取马匹，并扣留了拓跋部派往后燕的使臣，拓跋珪便决定断绝与之友好的关系。北魏登国十年（395年），后燕皇帝慕容垂下令太子慕容宝统兵8万，进攻北魏。张兖建议可暂退避其锋芒，拓跋珪率领部众退到河套一带。后燕出兵三个月，却未找到北魏主力。九月，传来慕容垂病逝的消息，慕容宝便烧毁准备渡河的船只，准备退兵。拓跋珪带领两万兵马，迅速渡过黄河，日夜追赶，到达参合陂（今山西大同东）西，截断后燕的退路，将后燕军队团团围住。慕容宝见势不好，抛弃大军，轻骑出逃。北魏兵乘机攻击。后燕大败，俘获的四五万人全被活埋杀死。后燕由此开始衰落。
魏皇始元年（396年），拓跋珪率大军四十余万攻打后燕，夺得并州（大同西南），同年，从林阱（属河北）进入河北，围攻后燕都城中山（今河北定县）。一年后，中山被攻陷，后燕的残部退到龙城（今辽宁朝阳）等。大河以北诸州全被北魏占有。北魏天兴元年（398年），拓跋部定都平城（大同）。次年，改称魏道武帝，至此南北朝对峙的局面，基本形成。
灭后燕之后，北魏迁徙原后燕境内的吏、民及鲜卑等杂夷36万，百工伎巧十余万人到魏京，给内徙的新民耕牛，计口授田，此发展农业。平城附近，被划为“王畿”。王畿之外，又设“方”、“维”，由皇帝直接派官管理。四“方”、四“维”合称“八国”，管理这些地方的官员称为“八部大夫”或“八部帅”。原来以游牧为业的鲜卑族人，便在此“八国”中定居下来，而原来的“部大人”（酋长）被皇帝任命的官员所替代。官员的主要职责变为监督和劝课农耕。朝廷按各地收入的多少，来考核官员的政绩。这种新的行政法令，使得北魏的政府结构得以转变，并使落后的游牧业过渡到了先进的封建式农业生产方式中，使新兴的北魏有了强大的物质力量为后盾。
天兴二年（399年），拓跋珪于京城设置太学，置五经博士，增生员三千。拓跋珪格外重视寻找汉族士大夫对他的支持，以利用汉族文化改造处于原始状态的鲜卑民族。崔宏归附北魏之后，把拓跋部的历史与汉族的历史联系起来，说黄帝最小的儿子昌意“受封北土”，是拓跋部的祖先，拓跋珪对此深表赞同。一次，拓跋珪问博士李先：“世界上什么东西最好，可以增长见识与智慧？”李先生回答说：“书籍。”于是拓跋珪就命郡县在民间搜罗书籍，送到京都。另一位博士公孙表，则把韩非的著作介绍给拓跋珪，告诉他如何做一个封建专权国家的皇帝。天兴四年（401年），拓跋珪亲祭先圣周公、先师孔子，并任用大量汉族士人作文官，依靠这些汉族文官的支持来建立封建政治制度的专治机构。
与此同时，北魏政府中的鲜卑贵族与皇帝之间的矛盾仍一直继续。鲜卑旧贵族在过去已不能容忍一个国王，在此时则更不能容忍一种新的体制下的皇帝，一有机会，便窥觎这一宝座。天赐三年（406年），拓跋珪下诏称：“人们认为汉高祖以布衣而得天下，这是错误的。汉高祖有天下是因为有天命。无天命而妄图非分，便会遭殃。”因而劝臣下安分知足，以“保荣禄于天气，流余庆于后世。”接着又下诏书，劝臣下不要争名夺利，要讲道义。此后，贵族有反对皇帝的许多都被处死，其中最著名者是拓跋珪的堂兄拓跋遵和拓跋仪。但同时，他自己也常常心怀疑虑，烦闷不安，或几天不吃饭，或通宵不眠，自言自语，见神见鬼。朝臣见他时，不小心说错一句话，或表情失常，便怀疑其心怀恶意，被当场处死。拓跋珪终精神失常，北魏永兴元年（409年），被其子拓跋绍杀死。年仅39岁。同年，拓跋珪太子拓跋嗣回平城，再杀拓跋绍，即帝位，是为魏明元帝。
魏明元帝称帝后，便采取拓跋部四部大人与大酋长共同管事的惯例，命长孙嵩、安同、崔宏等八大臣共听朝政，号称八公。又让燕凤、封懿等共议政事。鲜卑贵族和汉族士人都可参与朝政，使得北魏的紧张局面得以缓和。神端二年（415年），魏国已连年霜旱，平城附近不少民众被饿死。有人主张迁都到邺城（今河南安阳北）去，崔浩、周澹反对认为，山东人现不知鲜卑虚实，还认为人畜众多，如现在迁去，一旦见鲜卑人数有限，定会生轻侮之心。不如等明春草生，取马牛乳和蔬菜充饥，挨到秋熟，就可渡过难关。魏明元帝赞同他们的主张，但仍怕无法挨到来秋，便选穷困的本族人到山东定、相、冀三州，下令汉民每户出租米五十石来养活这些穷困人。
当时，北方鲜卑的又一支柔然开始强大起来，又有匈奴族铁弗部所建立的夏国在关中一带自称一霸，对北魏具有一定的威胁性。柔然还常常侵犯北魏的边境。泰常二年（417年），刘裕打后秦，后秦向北魏求救，拓跋嗣本想派一支精锐骑兵直逼彭城（江苏徐州）和寿春（安徽寿县），便向崔浩问计。崔浩以为现在“西有屈丐（夏），北有柔然”，出师对北魏不利。同年，宋武帝灭后秦，取得黄河以南州郡，魏则守黄河北岸，无力渡河相争，魏用兵机会大减，穷人增多，遇天灾就要饿死。秦常七年（422年），宋武帝死，魏明元帝立即大举渡河攻宋，崔浩极力谏阻未成。次年，魏夺得司州（治洛阳）全部，兖州、豫州大部。北魏在黄河以南取也得了许多州镇后，重新确立了南北两朝对立的形势。
泰常八年（423年），魏明元帝拓跋嗣死，其子拓跋焘继帝位，是为魏太武帝。魏太武帝是北魏历史上一位杰出的君主，在其在位期间，北魏的社会极为繁盛，他依靠崔浩的谋略和鲜卑人的慓悍，几乎战无不成胜。始光元年（424年）始，北魏开始大举进攻柔然，迫使它逃奔漠北，暂时不敢南犯。始光三年（426年），又分兵两路攻夏，一路攻长安，一路攻统万（夏都城，今陕西榆林西南），当年即克长安，次年又攻下了统万。神麝元年（428年），俘获了夏国君主赫连昌。神麝二年（429年），魏太武帝又一次进攻柔然。柔然大败，原来臣服于它的些高车等小部落乘机摆脱羁绊，被北魏降服的柔然达三十多万家，掳获马牛羊达几百万头，敕勒也有几十万人向北魏投降。另一部分柔然人向漠北逃亡。两年后，又攻取夏最后都城平凉，夏亡，魏取关中。太延二年（436年），灭后燕国，取辽河流域。太延五年（439年），灭北凉国，取凉州。至此，自晋永安元年（304年）开始的十六国大乱已经结束，黄河流域得到了统一。
平定北方之后，太平真君十一年（450年），魏太武帝认为进攻南方的时机已经成熟，便率大军南下攻宋。当时正是宋文帝在位，国力极强。魏宋大战，魏军无法攻克宋的重要城镇，便在城外大肆杀掠，尽量破坏。宋军民痛击魏军，魏死伤大半。次年，魏太武帝只得退兵平城。这次战败，大伤魏国元气，又遭国人怨恨，北魏从此害怕再与南朝交战。正平元年（451年），魏太武帝被宦官宗爱杀死。从此，魏始由盛转衰。
