梁启超的墨学研究可以按时间的先后分为两个阶段。1904年，梁启超著《子墨子学说》和《墨子之论理学》，是他墨学研究的第一阶段；上世纪20年代初，他息影政坛，专事著述，著有《墨经校释》、《墨子学案》等有关墨学著作，为第二阶段。如果说其第一阶段的研究是借墨学来宣传西方资产阶级社会政治学说的话；那么，在第二阶段的研究中，他显然已转向文化保守主义，墨学研究是他整理传统学术文化的一部分，并试图用中国文化来拯救西方文明，承担起世界责任。
梁启超墨学研究的最大贡献是对墨家学说的近代诠释，这是他墨学研究的中心和目的之所在。在他看来，墨家和儒家一样，都是应时而生的学术流派。孔子称道尧舜，而墨子尊崇大禹，都是为了补救时弊。节用、节葬、非乐是墨子针对当时社会奢靡风气而提出的社会主张；尚贤、尚同是针对当时战争频仍的社会提出的，其目的是希望统一；兼爱、非攻是针对当时“内竞激烈”、“奸利迭起”的社会现象而提出的“人道”主张。孔、老等提出的社会主张在当时影响很大，墨子晚出，便另辟蹊径，倡导天志、明鬼、非命，企图建立一种宗教哲学，借以收揽人心。《墨经》部分讲“论理学”，是为了在当时的学术领域开拓出一块新的领地。他还以西方近代的学术分类方法，把墨家思想学说条分缕析，从下述几个方面进行梳理：
第一，宗教思想。梁启超认为：天志、明鬼、非命三义构成墨家的宗教学说。墨家之宗教，与寻常宗教不同，因为一般说来，宗教是出世间的。而墨家的宗教思想具有明显的入世色彩。墨家既“尊天”又“敬鬼”，表明墨家的宗教主张多神论。墨家之“天”为有意志的人格神。天有意志，如“规矩”、“法仪”，可以“度天下之方圆”。“爱人利人者，天必福之。恶人贼人者，天必祸之。”（《法仪》）“顺天意者，兼相爱，交相利，必得赏。反天意者，别相贼，必得罚。”（《天志》）“天志”就是“爱人利人”。据此，他认为，墨家讲“天”纯粹是用来作兼爱主义的后援，即兼爱的手段。梁启超进而指出：“道德与幸福相调和，此墨学之特色也。”所谓的“道德”，就是“兼爱主义”；所谓的幸福，就是“实利主义”。
他还认为，墨子的“明鬼”是一种经验论。作为一种学说，讲“明鬼”是不高明的。但其目的在于借鬼神起“赏贤罚暴”的作用，借以儆戒世道人心。因此，墨子的鬼神论，并非迷信，而是改良社会方便法门。
墨子敬天事鬼，又讲“非命”，从逻辑上看似矛盾的。但梁启超认为，由于墨子强调力行，所以必然“非命”。同时，“非命”说反对儒家的天命，是救世之良药。因此，墨子“非命”是思想界一线曙光，是把死社会救活转来的学说。
梁启超对墨家宗教思想基本上持肯定态度。他认为，墨家宗教思想是实现其“兼相爱，交相利”理想的工具，是改良社会的方便法门，揭示了墨家“天志”的本质，无疑是符合历史事实的。可惜的是，梁启超的研究仅止于此，未能从社会历史的角度揭示墨家宗教思想产生的社会历史根源。作为小生产利益的社会代表，墨家在社会动荡、战争频仍的战国时代渴望社会统一与安宁，渴望人与人之间的无差别的爱，从而发展生产，过上小康生活。可是，生活在那样的时代，他们又不能够从己身寻找力量，只好寄希望于一个有权威的人格神来实现自己的理想，这才是墨家宗教思想产生的社会历史根源。
梁启超一方面肯定“天志”、“明鬼”是改良社会的方便法门，是手段；可另一方面又认为，“天志之外，还加上明鬼，越发赘疣了。”对同一个问题既肯定又否定，在逻辑上是自相矛盾的。他一方面想肯定墨家思想学说中的合理因素，另一方面想否定却又不忍舍弃墨家思想中的不合理成分。受时代与自身方法的局限，他不能从本质上探求墨家宗教产生的社会历史根源，必然陷入两难境地。
第二，实利主义。墨家学说讲“兼相爱，交相利”。梁启超指出，“质而言之，则利之一字，实墨子学说全体之纲领也。”他对墨家的“利”字作了详细的研究，认为墨家言“利”与日常之“利”不同，而是“殆利人非利己”，“其目的故在利人，而所以达此目的之手段，则又因人之利己心而导之。”即墨家“利人”是由人类利己心导引出来的。因此，墨学是“圆满的实利主义”。
梁启超进一步指出：社会生产和道德风尚是墨家实利主义的出发点；力时、财密、节用、养俭是墨子实利主义的几个要素。也正因为这几个要素，构成墨子“利”的界说很狭隘，即重视有形的物质之利，而忽视无形的、间接的精神之利。他批评说：墨子“使人人各遂其必要的愿望而止”，“知有消极的而不知有积极的”，“知有物质上之实利，而不知有精神上之实利”。这是墨子实利主义的不足。
梁启超还归纳了墨家实利主义的几种表现：其一是就本人而论，利人有利于利己。《兼爱中》说：“夫爱人者人必从而爱之，利人者人必从而利之。恶人者人必从而恶之，害人者人必从而害之。”这就是说，实利主义是兼爱的“后援”，“兼爱”是“间接利己”。其二是就“天”而论，“兼相爱、交相利”是“天”的意志，反其道而行之就会“不祥”。墨家的“天志”与儒家的“仁爱”有相通之处，儒家的主张是“道学正鹄”，是“拨本塞源”之论；墨家讲“利祥”，大概是有鉴于“天行之酷”，正是世俗人群不能不“谋其私”的心理反映。其三是利之大小轻重有比较。《大取》篇说，“天之爱人也薄于圣人之爱人也；其利人也，厚于圣人之利人也。大人之爱小人，薄于小人之爱大人也；其利人也，厚于小人之利大人也。”在《墨子》的其它篇章里，也有利之大小的比较。梁启超据此归纳墨子的“利”的含义：凡事利大于害者谓之利，害大于利者谓之不利；利于大多数者谓之利，利于少数者谓之不利；能使我良心泰然满足者谓之利，否则谓之不利。
梁启超把“利”区分为有形的物质之利和无形的精神之利，并用自己的“尽兴主义”原则来评判墨家之“利”，对墨家重视有形的物质利益持肯定态度，并称赞是“圆满的实利主义”。但他又批评道：墨家忽视无形的精神之利，“不知欲望之一观念，实为社会进化之源泉”。这样，必然使人的天赋良能不能得到尽情发挥。梁启超一方面看到墨家有类似清教徒似的生活，即严格的禁欲主义，另一方面他又忽视了更为重要的东西，脱离了墨家所处的社会历史环境及生产方式。战国时代，社会物质财富还远不够充裕，贵族阶层过着奢靡的生活，消耗了大量的社会财富，而广大平民衣食不足，甚至饥寒交迫。墨家代表平民阶层的利益，反对贵族阶层的剥削、掠夺，提出“非乐”、“节用”，正是维护自身生存、反对剥削的反映。梁启超一方面试图从社会环境来探求墨家学说的起源，另一方面却又忽略了当时的社会生产方式，又不可避免的陷入自相矛盾的尴尬境地。
第三，兼爱主义。梁启超认为，墨家的“兼爱”带有明显的宗教色彩。他把墨家的“兼爱”与某些宗教的“爱”相比较，归纳出以下几种：其一，自我灵魂爱。佛教在印度形成之前，所谓“外道”主张“躯壳为罪恶之本原”，因而主张一种超越的“爱”。因为所爱太离奇，所以失传。其二，自我灵魂躯壳爱。比第一种爱范围有所扩大，是以利己主义为宗旨的。古希腊的伊壁鸠鲁、中国古代的杨朱大致如此。他们的“爱”于社会无益。其三，是以自身为中心而形成的远近亲疏的等差之爱，这是儒家的“爱”，在中国影响最大。其四，平等的无差别的并普及众生之爱。墨子、耶稣都宣扬这一类的爱。这种“爱”虽然高尚，但实行起来很难。其五，圆满普及众生之爱。即佛教提倡的普渡众生的主张。
梁启超指出：兼爱是墨学的根本观念，其它学说均从兼爱推演而来。墨家的兼爱说一方面是针对“天下祸篡怨恨”而提出的救世之方；另一方面也是针对儒家“爱有差等”提出来的。其出发点是高尚的，但“仅为一至善之理论，而断不可行于实际”。他还从学理上进行分析，其一，从“兼爱说与能爱者之关系”看，极端的兼爱主义妨碍人类天赋良能的发挥。其二，从“兼爱说与所爱者之关系”看，天下也有“爱之非所以利之而反以害之者”。其三，从“兼爱说与社会全体之关系”看，“人类与非人动物之界限多，然其最要者，则对于外界而觉有所谓‘自己’者存也”，即兼爱主义妨碍己身之独立。
梁启超运用西方近代社会政治学说来观照墨家“兼爱”学说，对“兼爱”说产生的原因作社会历史根源来分析，确实揭示了“兼爱”的内在矛盾：动机与的效果的矛盾。他受佛教影响，认为佛教普渡众生的“菩萨行”比墨子的“兼爱”更完满。但需要指出的是：墨家的“兼爱”说是墨家理想国的一个社会政治原则，而梁启超却从近代社会的人与人之间关系来解析“兼爱”说的可行性，偏离了历史主义的原则，未免有所牵强。因此，他又说：“墨子之学说（指“兼爱”），盖欲取现在社会之组织法，翻根柢而变更之，以现在社会之眼光观察墨子，诚见其缺点。若世界进而入之于墨子之理想的社会，则墨子之说，故盛水不漏也。”
第四，政治主张。“尚贤”、“尚同”基本上反映了墨家的政治主张。梁启超认为，墨子主张“上同于天子”，与英人霍布士（霍布斯）君主专制论相同，霍布士发明“民约论”原理，却以为立国以后，人人将固有之自由权交给君主，墨子则交给“天子”。墨子以“天子”为贤人、仁人，这固然是好的，然而如何保证呢？墨子没有给出答案。梁启超便推测：墨家“巨子”由前任“巨子”指定，“天子”产生必类似于“巨子”。同时，他还指出：“墨家既为一个宗教，则所为‘贤良圣智辩慧’之人，为教主足以当之。”如此，则墨家立国必为政教合一国家，“结果能令个人为全社会所吞没，个性消尽，于万人同铸一型，此又得为社会之福矣乎？”荀子讥其“有见于齐无见于畸，盖谓此也”。
梁启超用近代社会的组织原则来观照墨家的政治主张，揭示了墨家政治主张的主观愿望与客观效果的矛盾。不过，墨家的“尚同”与“尚贤”是紧密相连的，选用贤能的人作“天子”。并非像梁启超所说的那样完全没有保证。在墨家看来，官无常贵，任何贤能之士都应该有机会参与政权。这是否定贵族阶级的特权，表达了平民阶层参与政权的愿望。墨家的“尚同”表现为两个方面，一方面憎恶当时诸侯纷争，要求实现统一，以发展生产，这是应该肯定的；另一方面，反映了小生产者看不到自身的希望和力量，把希望折射在所谓的“贤人”身上，却又提不出具体的途径、可靠的保证，这是应该引起注意的，应作具体分析。
梁启超把整个墨家思想学说纳入近代西方社会科学体系。在近代学人中，他是开创者。他注意到墨家学说是一个相互联系的有机整体，并探求其中的内在关联，这些都应给予充分肯定。他也试图从社会政治环境中寻找墨家学说产生的原因，但又忽视了社会生产方式的决定作用。他用自己称之为“尽兴主义”的原则为指导研究墨家学说，而“尽兴主义”是他把近代西方进化论和功利主义学说杂糅在一起的产物，虽然能在一定程度上揭示墨家学说产生的内涵，可是，又远离了《墨子》时代的社会政治环境，背离了自己制订的从社会环境研究思想学说的原则。
梁启超运用西方社会科学方法进行学术研究，可是，他对西方近代社会科学的了解是不全面的，甚至是粗浅的。从某种程度上讲，他对西方社会科学的研究是出于政治上的需要，而并非纯粹学理的研究。在这一点上，他与严复、胡适等有很大的区别。
