马君武的一生中有许多第一：第一个在公开场合演讲排满革命的中国人；第一个获德国工学博士的中国人；第一个翻译达尔文《物种原始》（即《物种起源》）的中国人；第一个编辑《德华辞典》的中国人，第一个从法文原著翻译卢梭《民约论》的中国人……
1898年戊戌变法失败，谭嗣同等人被杀，桂林体用学堂的学生马君武满腔悲愤，在日记中抨击时政、颂扬变法英雄、痛骂卖国贼，并毫不畏惧地把日记交了上去，由于“犯上作乱”，被当局开除了学籍。于是，他自费留学，东渡日本，寻找别样的世界。
在日本期间，他结识了革命的先行者孙中山，认同了推翻满清暴政救国救民的思想，感慨“康梁者，过时之人物也；孙文者，未来之人物也！”从此与康梁分道扬镳，归于孙中山营垒，冒着杀头的危险，为建立共和奔走呼号，狂飙突进在民主革命的阵地前沿。他创办了革命喉舌《民报》，鼓吹自由与民主，将它们比做生活中须臾不可或缺的水与面包。
1903年1月29日，旧历正月初一，马君武受孙中山的重托，在号称“中国费城独立厅”的日本东京骏河台中国留学生新年团拜会上，面对清廷权贵，头一个站出来演讲排满革命，紧接着刘成禺、邹容等人跳上台来，声泪俱下、慷慨激昂地指斥“满清政府乃是天底下最残暴、最腐败、最无能、最无耻、最专制的政府……若不推翻，天理难容！”这一番演讲，如剑出匣，铮铮作响，当场激起强烈共鸣，如霹雳震天，惊醒国人，震得清王朝皇帝的宝座摇摇晃晃。
同年，他考入日本东京帝国大学，攻应用化学专业，利用化学知识教习革命党敢死队制造炸弹，“一曰鼓吹，二曰起义，三曰暗杀”，运行地火，谋有所动。
1905年，马君武加入中国同盟会，成为第一批会员。第二年，马君武随一批革命党人回国，任中国公学教务长兼理化教授。在马君武等人的惨淡经营下，中国公学成了革命党人的大本营。为逃避清政府的缉拿，马君武赴德国留学。在德国柏林大学，他选择了又脏又累的冶金专业，期望学成回国后，“利用所学，以图新民国工业之发展。”留德四年，马君武翻译了拜伦的诗歌《哀希腊》、雪莱的《自由歌》、席勒的《强盗》等文学作品，自然科学方面，他翻译了《矿物学》、《机械学》、《立体几何学》、《化学原理即有机化学》等，由于他的刻苦和勤奋，获得了德国柏林大学工学博士学位。
特别需要说明的是，在德国的博士中最难获得的学位就是工学博士。民国年间，曾有一种流传很广的说法，“马君武是因为提交了一篇关于皮蛋色彩的论文，获得导师的青睐而取得工学博士学位。中国的皮蛋，原来是没有色彩的，马君武的研究，加入了某些元素，才使得皮蛋五彩缤纷。中国是食文化的望族，吃的花样百出，容易糊弄外国人，马君武钻了这个空子。”为什么有这样的说法呢？马君武脾气陡峭，敢打敢骂，得罪不少人，有人就放出“皮蛋博士”的谣言来中伤他，来败坏他的名声。“皮蛋博士”成了辱骂马的一句万能歇后语：皮蛋博士——中看不中用；皮蛋博士——光晓得吃；皮蛋博士——学识浅薄；皮蛋博士——过不得硬；皮蛋博士——徒有虚名；皮蛋博士——欺世盗名等等。三人成市虎，以讹传讹，使得这个谣言流传很广。事实上，马君武提交的博士论文是有关蚕丝的七种元素，绝非皮蛋。他求学，期望的是学有所成，实业救国，怎么会去研究皮蛋色彩这个无聊的命题呢？
1911年，中华民国成立，这个临时政府的班子实际上是旧官僚、立宪派、革命派、投机分子组合的大杂烩。根据“总长取其名，次长取其实”的原则，凡总长为旧官僚，次长则由革命党人担任。马君武被任命为实业部次长，代行总长职权。任职期间，临时政府风雨飘摇，八面受敌，经费奇缺，自身难保，哪有条件办实业？所以他什么事情也没有干成。1912年，南北议和，南京政府烟消云散，袁世凯继任临时大总统，任命孙中山为“中华民国铁路总办”，马君武为秘书长，孙、马还没有来得及修铁路，就在出国考察中惊闻英才的政治家宋教仁遇害的消息，马君武只好追随孙中山重举义旗，讨伐袁贼，展开二次革命。不到两月，革命军大败。马君武为逃避追杀，再次赴德，入柏林农科大学留学。
1921年5月5日，孙中山就任中华民国非常大总统，任命马君武为总统府秘书长，同年又任命马君武为广西壮族自治区区长兼摄军务。孙中山曾在南宁商会大礼堂对民众说：“我特地让一个不贪财、不惜命、既懂工业、又懂农业的马博士做你们的省长。”马君武当场表示：“我这次回来，是与各位共同改造广西的，我是广西人民的公仆，主人要我这样做，我就怎样做，决不推辞！”
马君武上任伊始，很想有一番作为，但是广西各路军阀拥兵自重，盗匪横行，动乱蜂起，局面简直就像洪水泛滥的灾区。省署半夜遭到军队袭击。马君武可供指挥的军队仅有一个卫队营，无暇自保，政令不出廓门，整日无所事事，坐拥愁城。军阀刘震寰甚至逼马君武把省长位置让出来。马君武修了南宁至宾阳不到半公里的马路，就因战乱而流产了，民工被军阀抓走，工棚上写着嘲讽马君武的标语：“马博士，对不起了，等歌舞升平时，再来修这劳什子的公路吧！”眼看南宁朝不保夕，马君武只好坐船离邕，准备到梧州设立广西壮族自治区署。他在《别桂林》诗中写道：“大匠石填海，名医肉补疮，凭君马上治，容我去投荒……”，“万重荒山远，千里愁水长。”
船行到贵县途中，马君武遭到一生中最惨的事变：俞作柏率部袭击了他的电船，马君武失去了留德的同学、挚友石楚，失去了爱妾文詹，失去了多年心血凝成的书稿和论文。他一到梧州，就下广州向孙中山辞职。回到上海后，他伤心地对老友陆费逵说：“政治生活，真是我所不能过的，悔不听你的话……此次，种种损失，种种危险，我都不在意，可惜数千册心爱的书籍和许多未刊的诗文译稿完全丢了，实在令我痛心，还有文詹……以后，我再也不从事政治生活了。”
从那以后，马君武告别政治，专心从事教育，先后任过中国公学校长，广西大学校长等职。在中国公学，马君武见到学校成了野心家、政客、法西斯党义教育的滩头阵地，怒不可遏，多次抗争，得罪了当局。当局列举了马君武“包庇反动”、“压迫党员”、“潜谋不轨”、“蔑视总理”、“反对以党治国”五项罪名，掀起倒马风潮，马君武不愿与苍蝇为伍，只好离开垃圾场。无独有偶，桂林人白鹏飞（著名法学家、中国行政法的奠基人）出任暨南大学校长期间，在礼堂讲话时，特务学生掏出手枪来，喊：“滚下去！滚下去！”，白鹏飞不安于位，只得离开，后来到了北平，任北大法商学院院长。
1931年双十节这天，马君武向广西省政府疏通得手，恢复了他创立的广西大学并再度任校长。由于马君武见当局军训无度，影响了正常的教学，遂与军方冲突，广西当局改组了广西大学，解除了马君武的校长职务，直到1939年，马君武在广西父老和莘莘学子的一片呼声中，重掌广西大学。不料，第二年8月1日，马君武就病逝了。
从他的生平中可以看到，中国的知识分子马君武在险恶的人文环境中，在革命运动与实业救国、在做官与做学问的种种无奈选择中近乎绝望的挣扎。
人格即精神，性格即命运。马君武的性格率真、脾气火暴，敢怒敢言，实在不适合担任行政职务。官场需要狡诈，需要圆滑，需要翻云覆雨，需要心狠手辣，而马君武是个很纯粹的文人，是学者型的干部，笔杆子怎么斗得过枪杆子？学术又怎么斗得过权术？林语堂先生说过，君子追求的是道义，小人追求的是利益，于是各得其所。
