生物上的病毒能够入侵并且破坏生命体，程序上的病毒能够入侵并控制电脑程序。但是有这样一种病毒，实际上它已经脱离了病毒的范畴，它甚至都不是生物病毒也不是程序病毒，它好像是介于两者之间，但是还需要加上机械病毒这样一个说法。它介于生物病毒、程序病毒和机械病毒这三种之间，但是都与这些病毒完全不同。
这种不像病毒的病毒，基础是一种特殊的机器人，它可以说是宇宙中最小的机器人，因为这种机器人仅仅只有几个到几百个原子构成。它们拥有一些机器人所拥有的功能，比如说搬运，它们可以搬运原子。这种机器人的是对粒子的作用力的运用。
在起源号释放的那一片绿色的雾气中，就隐藏着这样的病毒，它们不计其数，在宇宙中快速蔓延开来。绿色的雾气并不是病毒，更不是病毒的颜色，它们是病毒的载体，它们向病毒提供能量，保证构成病毒的那种机器人进行工作。
这种病毒，可以说是机械类飞船的最大克星。
它们附着在第二主力战舰上，组成病毒的机器人开始对战舰装甲的原子进行切割搬运，然后组装成更多的同类，同类又组成更多的病毒。它们通过这种方法破开第二主力战舰的外壳，进入第二主力战舰的系统中。病毒有一个核心，这个核心保证机器人有效工作，同时它的内部还储存着可进化的电脑病毒。这种病毒完全是从伊娃的程序上复制改变而来。
病毒钻入第二主力战舰中，附着在第二主力战舰的系统上，然后核心释放内部的可进化电脑病毒。
电脑病毒与实物病毒同样可怕。它的可怕之处就在于它并不是突破防火墙，而是成为防火墙。然后，再向战舰的核心程序发动占领攻击。
在电脑病毒工作的同时，现实中的病毒并没有就此停止自己的任务。它们迅速进入第二主力战舰的各个部分，阻断系统与其之间的连接，通过物理的方式强制接管飞船的各个部分。不过这些，则需要更加高级的病毒，而这种更加高级的病毒也已经不再是病毒，它算是一种微生物，它比病毒要大，在绿色的雾气之后，起源号又释放出了一种白色的雾气，这种雾气钻入了第二主力战舰的破损中，就像是将军一样率领着病毒整齐有序对第二主力战舰的各个部分发动侵略战争。
一直观察着起源号的杨星宇发现了第二主力战舰的异样，他更发现，那两次神秘的雾气才是真正发挥作用的主力，而那一次炮击和撞击只是伊娃向杨星宇表示起源号的威力。
看到起源号上密布红色蓝色的光线，而红晶和蓝晶就在他的身边。他明白了，在与忒弥斯号那一战中，起源号吸收了晶体碎片的力量。不，更准确的说，应当是进化。起源号不只是一艘机械飞船，它同样是一艘生物飞船，它拥有生物飞船的最大优势，那就是进化。
在杨星宇的身边，雅典娜也明白了起源号变化的原因。她在扫描了起源号飞船后，说道：“起源号没有吸收晶体碎片的力量，我并没有从起源号上发现晶体碎片特有的能量波动。似乎是起源号模仿了晶体碎片的结构而将自己进化出了一部分晶体结构。不过在起源号释放那两次雾气的时候，似乎并不是利用了晶体结构，而是起源号本身的力量。如果真的是的话，那么起源号真的是太超乎想象了！看样子，晶体的结构只是起源号的辅助力量而已！”
“这就是生物文明的可怕之处。”杨星宇皱起眉头，沉声说道。如此一看，绿雨即便是有仿造蓝晶的力量，恐怕也无法与生物文明对抗，而且在即便是杨星宇不与生物文明合作，看样子他们也有把握抗衡甚至毁灭机械文明和联合文明，这只不过是时间问题而已。“如果生物文明真的有统治银河系的打算的话，那么绿雨和地球不久危险了吗！”
想到这里，杨星宇浑身一颤，再次坚定了在解决这个星系的事情之后回到银河系的想法。
在杨星宇胡思乱想中，起源号和第二主力战舰的战斗已经进入了尾声。第二主力战舰被病毒完全控制，内部的船员们对第二主力战舰失控没有任何办法，他们甚至连逃离第二主力战舰都无法实现。就像是在棺材里面一样，等待着他们需要的气体的耗尽。
第二主力战舰已经断开了飞船中的生态平衡系统，空气、水不再进行过滤循环，食物也无法产出。如果第二主力战舰不主动打开舱门的话，他们就只能够在窒息中死亡，幸运一点没有因为生命所需气体元素的耗尽而死亡，他们也会被饿死或者是渴死。
在控制了第二主力战舰之后，让伊娃惊喜的是，在这艘飞船中也有一颗仿造的晶体，是一颗红晶。但是在与起源号的战斗中，他们并没有使用红晶。
如果他们使用了红晶，那么这场战斗恐怕就是另一个结局。但是他们并没有使用，这完全是因为他们对第二主力战舰的力量的信任，而之后，则是自己的自大被起源号打得粉碎，一时没有想到要用红晶的力量进行反击。在整个星系中第二强大的战舰中工作的士兵，心中自然有除第一主力战舰之外，目空一切的自大，当这种自大被一艘还不到第二主力战舰一半大的，见都没有见过的飞船打碎之后，如果能够获胜，这才叫天方夜谭。
比起起源号与第二主力战舰的战斗，五十万飞船与第三主力战舰的战斗异常艰难。五十万飞船将近大半被第三主力战舰毁灭，而第三主力战舰似乎并没有动用全部的力量。
杨星宇将画面从起源号切换到第三主力战舰的战斗上，对伊娃传讯道：“要是还有能量，就帮助同盟军对付一下第三主力战舰。看样子不论是我们还是他们都低估了第三主力战舰的力量了。”
然后，他对自己对面的十四个人工智能，起身说道：“现在，该我们出发了！目标，联盟总部！”
