驻守在龙江的朱棣，突见奉天殿方向起火，赶忙率军入宫，魏国公徐辉祖率军抵抗，徐辉祖不敌，败下阵来。徐辉祖痛哭流涕：“太祖皇帝，江山就要易主了，臣有心抗燕，却已无力回天，臣对不起太祖皇帝。”徐辉祖哭罢，独自一人去了父祠，直至朱棣登基为帝，徐辉祖都在父祠当中不肯出来谒拜朱棣，朱棣一怒之下将徐辉祖关押在了天牢，幸有令仪为自己的长兄求情，才令其返回私宅，得以善终。
朱棣打败了徐辉祖，便带兵匆匆奔向奉天殿，待朱棣赶到奉天殿，便急令宫人、亲兵救火。朱棣见袁忠坐在地上哭泣，便走上前去，“袁公公，允炆去了哪里？”袁忠起身给朱棣施礼，“好多时日不见四殿下，不知四殿下可好？”“还好，袁公公身体也还康健？”袁忠点了点头，“托四殿下的福，老奴也还好。时光荏苒，昔日四殿下在御花园玩耍之情景真是恍如昨日。”“是啊，记得二哥、三哥欺负本王与老五，都是袁公公偷偷找来大哥来护着我兄弟二人。”袁忠眼中泛着泪光，“老奴此生都周旋在殿下母子与太祖爷孙之间，既不能负了太祖，也不能负了碽妃。既要遵照太祖遗训，又要保你兄弟无恙，老奴好生为难。今日四殿下带兵入宫，老奴心中五味杂陈，不知是喜是忧。”朱棣此刻全然没有一点心思听袁忠说这些，只是焦急地询问着：“袁公公，允炆去了哪里？”袁忠指着火还未灭的奉天殿，“陛下就在这火海之中。”朱棣看了看火还未灭的奉天殿，半信半疑地说道：“袁公公向来最为忠厚，从不说谎。”“火灭之后，四殿下亲看。”
朱棣还是半信半疑，待奉天殿的火灭了，整座大殿几乎烧成了灰烬，朱棣急忙率领亲兵走到这废墟中间来，亲兵在废墟中找到一具尸身，那尸身已烧得面目全非，尸身腰间玉带上的玉饰还清晰可辨。袁忠见马皇后死得如此凄惨，不由得潸然泪下，可又不能说出这尸身是谁，只得跪在尸身前哭喊着：“陛下......陛下......”朱棣一把拉过袁忠，“这是谁的尸身？”袁忠哭泣着，“四殿下不见那是陛下的玉带？”朱棣冷冷说道：“允炆身长七尺，这尸身哪有七尺？”袁忠被朱棣的话惊住了，袁忠很是了解朱棣，他深知朱棣文韬武略，聪慧异常，朱棣既已从尸身的长短起了疑，便绝不会相信朱允炆已死。
正在此时，朱能走上前来，“殿下，这不是皇后的燕居冠？”朱棣从朱能手中拿过燕居冠，拂去冠上的灰烬，“可找到皇后的尸身？”朱能答道：“整座奉天殿就这一具尸身。”朱棣转身问袁忠：“皇后的燕居冠应在坤宁宫，而不该在奉天殿，看这尸身的长短，莫不是马皇后？”袁忠抬起头来，凝视着朱棣，说道：“四殿下何必如此？四殿下既然还记得昔日懿文太子百般呵护于你，如今又何必计较他的儿子身长几尺？”“本王只是想知道允炆的下落而已。”袁忠见朱棣还是不肯罢休，便问道：“四殿下起兵为何？若陛下还在，难不成四殿下清君侧之后依照组训，收兵于营，朝天子而还？陛下驾崩既是成就四殿下的最好结果，四殿下还何必追究允炆何处？”朱棣听罢，沉默半晌，突然对着尸身哭泣道：“傻小子，你何故如此。皇四叔来替你铲除奸佞，你却被奸臣蛊惑，白白送了性命。”
过了几日，宁王朱权率诸王及群臣劝谏朱棣：“国不可一日无君，建文帝受奸人蛊惑葬身火海，二位嫡出皇子又下落不明。诸王之中，只有燕王殿下年龄最长，威望最高。请殿下为大明江山社稷着想，即位为帝。”朱棣故作推脱：“本王奉天靖难，只为清除君侧，待擒获黄子澄、齐泰等奸臣，本王便收兵而还。”诸王及群臣又再劝谏：“请殿下为大明江山社稷着想，殿下为太祖高皇帝与孝慈高皇后嫡子，理应挽大明于危难。请殿下先即位再除奸臣。”宁王朱权及群臣苦苦劝进四天，朱棣终于答应登基为帝，随即派人到北平接来了燕王府中的亲眷。
这日，朱棣率军从龙江入宫准备登基事宜。惊心动魄的靖难之役终于结束了，骑在战马上向皇宫奔去的朱棣感慨万千，幼年丧母的悲痛，少年发奋的辛劳，中年起兵的艰辛一一在他脑中掠过，看着越来越近的皇宫，一丝欣慰骤然掠过朱棣的心头。可突然一人冒死拦住朱棣，大喊一声：“殿下且慢。”朱棣急忙勒马停住，只见马前一文臣拦于道中，朱棣见此文臣仪表堂堂，更吃惊一文臣竟敢当街拦住自己，朱棣还在疑惑当中，那文臣已开口问道：“殿下是先谒陵还是先即位？”此文臣一句话点醒了朱棣，自己起兵乃是“奉天靖难”，讨伐奸臣的，如今天位已虚，自己即将登基为帝，却不曾去祖灵告祭一下自己的父皇，这成何体统？这文臣提醒得甚对，先去谒陵，否则，便是谋逆。朱棣赞许地向那文臣拱了拱手，“敢问先生姓名。”那文臣答道：“臣翰林院编修杨荣。”朱棣再对杨荣拱了拱手，便急忙调转马头率大军去了太祖孝陵。
朱棣行至孝陵，走进享殿，环视着享殿中的牌位，见这享殿里依然没有自己生母碽妃的牌位。朱棣走到朱元璋的牌位前，跪倒在地，眼泪直落：“父皇，老四来了。老四又跪在您的牌位前了，多少次，老四都以为此生再也没有这样的机会了。父皇，老四总算能与父皇好生畅谈一番。父皇可知老四这久治不愈的咳疾与风湿之症便是当年北征之时所患？父皇你太过偏心，老四自小失去生母，又不得父皇垂爱。这四十年来老四受人欺侮，忍气吞声。秦、晋二王欺侮我兄弟，老四百般隐忍；建文削藩，老四佯装痴颠；战场之上，老四冒死拼杀，几番险些丢了性命。可老四从未认输，总有一天老四要让父皇看到，若无皇四子燕王棣便无大明海清河晏之盛景，若无碽妃便无大明太平盛世之基业。如今，天位已虚，诸王群臣再三劝进，老四不能置父皇基业于不顾，不能置天下生民于不顾，老四就要登基为帝了，父皇放心，老四定学父皇为政勤勉，励精图治，把这大明江山治理好。还有，老四知道父皇是爱母妃的，这么多年来，父皇与母妃生亦别离，死亦别离，苦了父皇、也苦了母妃。待老四登基为帝，老四便将母妃的牌位放在这享殿中，让母妃陪伴父皇。”说毕，朱棣站起身来，走到享殿的门口，朱棣又回转过身来，“老四不会让父皇失望的，父皇此生未完成的，老四替父皇完成，多年之后，老四会给父皇缔造一个海清河晏的大明盛世。”朱棣说完，便离开了享殿，跨上战马，直奔皇宫。
既要即位称帝，就需要一位能服众的人来为朱棣草拟即位诏书。方孝孺为当今大儒，名震天下，当然是草拟即位诏书的首选人物，朱棣的即位诏书若是能由方孝孺来草拟，那朱棣便在很大程度上赢得了民心。于是朱棣请来了方孝孺草拟即位诏书，朱棣毕恭毕敬地在大殿当中等着方孝孺，不料方孝孺却身着孝衣大哭着走上大殿。朱棣见状赶忙走到方孝孺身前，笑着说道：“先生毋要自苦，本王只是效仿周公辅佐成王。”方孝孺冷笑一声，“如今成王何在？”“成王自焚而亡。”方孝孺又问：“怎不立成王之子？”“成王之子下落不明。”“嫡子不存，庶子还在。”“国赖长君。”“如何不立成王之弟？”朱棣有些不耐烦，“这是我皇家家事，不劳先生费心。”方孝孺狠狠盯着朱棣，泰然说道：“天下乃是太祖的天下，我身为大明臣子，就要遵从太祖遗训。”朱棣厉声吩咐侍从：“拿纸笔来，让方先生草诏。”方孝孺接过笔来，看着朱棣又是冷笑一声，便奋笔疾书，书毕，将纸张交予朱棣，朱棣接过一看，上书：“燕贼篡位。”朱棣大怒，把纸张撕得粉碎。方孝孺指着朱棣骂道：“你这狗彘不若的谋逆乱臣，就算你登上皇位又如何？你注定永世受人唾骂。”气得浑身发抖的朱棣指着方孝孺，“你若不草诏，本王便诛你九族？”方孝孺仰天大笑：“燕贼篡帝位，不得善终，忠臣死国难，虽死犹荣。区区燕贼，诛我九族何所惧？便诛十族又奈何？”朱棣火冒三丈，大喊道：“好，本王成全你，诛方孝孺十族，聚宝门行刑。”方孝孺咬着牙齿骂道：“燕贼！燕贼！你永远是谋逆的燕贼，世世代代受人唾骂的篡位燕贼。”朱棣大喊道：“方孝孺九族及门下学生不得一人生存。”
听到被诛十族的消息，方孝孺的妻子郑氏性情刚烈，不待燕军来到府上，便与方孝孺的两个儿子方中宪、方中愈自缢而亡，方孝孺的两个女儿来到秦淮河边，跳河自尽。方孝孺其余亲人及门下学生共八百七十三人被押赴聚宝门。
眼睁睁地看着自己的亲人被砍下头颅，方孝孺声泪俱下。方孝孺的弟弟方孝友见兄长哭泣，开口劝道，“哥哥不必悲伤，父亲在时便常对你我说，人活在世，要‘仰不愧于天，俯不怍于人。’我方家世代贤良，忠君报国。如今满门忠烈，先祖足当含笑九泉。”方孝孺扭头看着方孝友，眼泪却是止不住，哽咽着说道：“殉身大明、尽忠陛下，我百死何憾？只是苦了你们。”方孝友微微一笑，对着方孝孺吟了一首绝命诗：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”方孝孺听了方孝友的这首诗，闭上了双目，也吟了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！”如此，千古忠臣方孝孺为建文帝尽忠，时年四十六岁，其十族被朱棣诛杀。
