敦煌学包含十二个分支学科，各个分支学科之内，又分做若干系列，若干项目，如此多学科、多层次筑构而成。各个分支学科有其一定的研究范围、研究内容和研究目的；各个分支学科的开拓和形成有先有后，发展亦不平衡。为了便于初学者对敦煌学的研究概况有个总体的把握，现将各分支学科的研究概况撮要勾勒于下。
敦煌史地学
敦煌史地学是敦煌历史学和地理学的合称。由于敦煌地理学主要研究敦煌古代地理，它同敦煌古代历史学关系密切，所以学者把二者归入同一门类。
敦煌史地学的内容是清理敦煌历史和地理演变的胍络、过程和变化，研究敦煌同中原王朝和周边民族地区的历史、地理关系、探讨它的规律和影响，为敦煌古代文化发展和文化研究提供准确可靠的历史地理背景。它是敦煌学中关涉面很广的一门基础性分支学科。
敦煌历史学，目前主要分为敦煌通史、敦煌断代史和敦煌系列专史三个门类。
敦煌通史，大致分为上古史、中古史和近古史三大段落。
上古史是西汉开拓敦煌之前该地区的历史，也就是古代其它民族从事生产、生活和奋斗的历史。这方面的材料不多，除了史籍中的零星记述外，主要借助于考古发现加以梳理分析，所以它同这一地区史前考古关系密切。研究敦煌上古史，对于认识西汉开拓之前该地区的基础及西汉以来该地区经济之突飞猛进、文化和居民成分的巨大变化十分重要，从中可以看到外力在历史发展中非同小可的作用。
敦煌中古史，是指西汉开拓这一地区以来，到元代灭亡为止约1400多年的历史。这是敦煌历史发生巨大变化而又丰富多彩的时期。敦煌文化就是在这一时期形成、发展、创造出灿烂辉煌的成果、达到高峰，最后又迅速跌落，内容最为丰富，因而成为敦煌史研究的重点。
敦煌近古史是指明清时期的敦煌历史。这一时期是敦煌历史发展从高峰跌落下来之后，终至断传，又另起炉灶、重建敦煌的时期。由于明王朝放弃嘉峪关外之地，大批汉民徙入关内，蒙、藏、维族成为敦煌地区的主体民族，因而敦煌中古时期的文化体系中断绝传。清朝重新收复后，采取移民实边的政策。先是雍正四年至七年（1726～1729年），从西北56州县迁来和民2400余户，敦煌地渐次重新开发，在西北及当地文武官员及文人的倡导下，追寻汉唐旧迹、重建汉文化、沙州城、汉长城、莫高窟、榆林窟，都是这一时期重新发现的。敦煌遗书也是这一时期开始出土、重见天日的。
研究这一时期的历史，实际上是为了弄清敦煌中古时期灿烂文化破坏，衰落的过程，和对中古文化遗留的重新发现及重新认识。如果说，研究敦煌中古文化的文章主要在于弄清敦煌兴盛史的话，那么研究敦煌近古史的意义，则主要在于弄清敦煌衰变史。某种灿烂文化如何急遽衰落乃至湮没绝传，敦煌是一个极为难得的典型。
敦煌断代史，目前主要是研究这个地区的两汉史、十六国史、唐代史、吐蕃统治史、张氏归义军史、金山国史、曹氏归义军史及沙州回鹘史等敦煌中古时代几个特殊时期的历史。这在几个特殊时期内，以佛教影响和民族关系问题最为突出。汉文化传统同佛教影响及民族文化既有矛盾又能统一，既有排斥又有交融。佛教信仰、民族文化和民族关系在矛盾和交融中得到发展，其中蕴藏着不少有益的启示。
敦煌专史是指敦煌社会史、文化史、经济史、教育史、民族史等这一类自成系列的专史。研究这类自成系列的专史，有助于对敦煌历史的方方面面、条条块块的深刻认识。此外，敦煌艺术史、文学史等，也理应列入敦煌专史系列。但这几个专史系列又分别属于敦煌艺术、敦煌佛教、敦煌文学等学科范围之中，故不再重复列入敦煌专史之中。
敦煌历史地理，是敦煌历史和地理互相渗透的学科。它主要研究敦煌两地在历史过程中发生的社会性和自然性的变化。例如敦煌古代建置、地域、区划、城堡、塞障、交通、河渠以及自然环境变迁等，以便为其它分支学科提供背景依托，所以也是敦煌学的基础性学科。
敦煌保存有不少名胜古迹，这些名胜古迹包含着历史的、地理的、社会的和文化的因子。由于它们是在敦煌大地上存在并保存下来的，所以我们把它也归入敦煌史地学范因寿。
敦煌史地学研究，其萌芽期既早又长。早在《穆天子传》、《淮南子》、《山海经》中已经有不少充满神秘色彩的记录和传说。《史记》及其后历代正史中常有关于敦煌的记事，各种《地理志》、方舆书中也往往见有敦煌郡、晋昌郡、沙州、瓜州专条。从东汉起，陆续出现了《敦煌耆旧记》、《敦煌实录》、《十六国春秋》之《西凉录》、《北凉录》，唐代又有了当地编纂的《沙州图经》、《沙州都督府图经》、《归义军图经略抄》、还有外地人编写的《沙州伊州志》、《敦煌录》一类的敦煌史地专著。上述种种，在不同程度上反映了敦煌史地研究萌芽期的成果。
敦煌史地研究是在清代随着此一地区的再度开辟而逐渐兴起的。雍正年代，汪德容编有《沙州碑录》63，乾隆二年（1737年）黄文炜编《重修肃州新志》内有《沙州卫志》、《安西卫志》，乾隆八年（1743年），常钧编《敦煌杂钞》及《敦煌随笔》，道光年间苏履吉、曾诚编《敦煌县志》，此外，清代《陕西通志》、《甘肃通志》、《西域图志》、徐松《西域水道记》、陶保廉《辛卯侍行记》等，都有不少关于敦煌地区史地人文的记述。
随着敦煌遗书和敦煌汉简的出土，其中发现不少有关敦煌史地的资料。这些资料陆续得到刊布，促使研究内容进一步扩大，并取得不少成果。数十年来，关于两汉时期、归义军时期的历史以及唐宋时期敦煌州郡、城堡、乡镇、驿道、河渠、寺观以及名胜古迹的研究，成果最为显著，弄清了许多过去不清楚的问题。重要的成果如罗振玉《补唐书张议潮传》、《瓜沙曹氏年表补正》，藤枝晃《归义军节度使始末》、《千佛洞的中兴》、《吐蕃统治时期的敦煌》，戴密微《吐蕃僧诤记》，贺世哲、孙修身《瓜州曹氏年表补正之补正》，史韦湘《莫高窟大事年表》，日本谈讲社《讲座敦煌》一、二、三集，姜伯勤《唐五代敦煌寺户制度》李并成《敦煌绿洲水系复原》、《河西走廊历史地理》，郑炳林《敦煌地理文书汇辑校注》、荣新江《归义军史研究》，李正宇《敦煌历史地理导论》、《敦煌史地新论》及《古本敦煌乡土志八种笺证》，陈国灿《敦煌史事新证》等，可谓举不胜举。除上面已经提到的学者外，还有很多学者在这方面作出过重要贡献，如伯希和、戴密微、哈密尔顿、陈祚龙、那波利贞，仁井田陛、榎一雄、山本达郎、池田温、土肥义和、劳干、岑仲勉、夏鼐、阎文儒、苏莹辉、王永兴、韩国磬、唐长孺、陈国灿、唐耕耦、黄盛璋、王尧、郑学檬、杨际平、高明士等，人才辈出，成果累累，蔚为敦煌学强大的阵容。
敦煌考古学
敦煌考古学，是关于敦煌地区古代遗址、遗物的调查、发掘及阐释研究的学科。到目前为止，已经发展为四大系列，即敦煌史前考古、敦煌汉唐宋元考古、敦煌石窟考古、敦煌金石、简牍研究。
敦煌史前考古，是对西汉以前漫长年代敦煌地区先民遗址、遗物的发掘与研究，其中包括对先民岩画的调查与研究。早在雍正年代，浙江钱塘人汪德容抄录敦煌古碑，编《沙州碑录》，黄文炜据以载入《重修肃州新志·沙州卫册》。《重修肃州新志·拾遗补录》载安西（今瓜州县）出土古代铁面具，云：“有自安西（今瓜州县）献铁假面于帅府者，云得之土中，长可五寸余，宽三之二，两目及鼻口皆窍焉，色如柿漆，镀银为白，周围小孔二十有六，盖以缀于护颊者，定为汉唐时物。殆即兰陵王之假面、狄武襄之铜面具耶？”近年又在玉门市清泉乡火烧沟，花海乡沙锅梁、昌马乡拱包滩等地陆续发现新石器时代的遗址遗物。其中，以火烧沟新石器时代遗址的发现最重要。1976年甘肃省文物工作队在玉门市清泉乡火烧沟发掘古民族先民墓葬321座，出土遗物有石器、彩陶、铜器及金银器、反映出石器、彩陶及金银器共存的现象。墓葬中有罐贮粟粒，随葬有狗、猪、牛、马、羊，还有金、铜、玉器、贝、蚌、玛瑙珠、绿松石珠、雕塑制品，见有羊头及狗，还清理出24个3音孔陶埙，可以吹“6－1－2－3－”四个全音，表明农业、畜牧业、手工业和绘画、雕塑、音乐都有了相当程度的发展。又在二十多座墓葬中发现人殉、人祭的证据，表明已有贵贱、贫富的差别。据测定，火烧沟遗址距今约3700年，相当于中原地区的夏朝时期。其族属尚未弄清，一般认为可能是古羌族。由于文化类型特殊，被称为“火烧沟文化”。这是目前敦煌史前考古最大的一次发现。其他还有多处发现，虽不如“火烧沟文化”内涵丰富，亦富有研究价值。
敦煌古代岩画最早是在本世纪二十年代首先在敦煌城东南一百二十公里大黑沟（今属肃北蒙古族自治县）发现的（吕锺《重修敦煌县志·方舆志》载之）。近二十多年来，在北山（马鬃山）、南山（野马山和河南山）的山沟中亦有多处发现，或以为是羌人遗迹，或以为是乌孙人遗迹，研究工作有待展开。
敦煌汉唐宋元明清考古，主要是该地区西汉到明清长城、烽燧、塞城、城堡、聚落、墓葬、简牍及金石碑铭的发掘和研究，成果可观。研究者及代表性论著有王国维《流沙坠简》、斯坦因《西域考古图记》、张维《陇右金石录》、向达《唐代长安与西域文明》、夏鼐《敦煌考古漫记》、阎文儒《河西考古记》、甘肃省文物工作队及甘肃省博物馆编《汉简研究文集》，吴礽骧等《敦煌马圈湾汉代烽燧遗址发掘报告》，吴礽骧等《敦煌汉简释文》、程喜霖《汉唐烽燧制度》、戴春阳、张珑《敦煌祁家湾西晋十六国墓葬发掘报告》、胡平生、张德芳《敦煌悬泉汉简释粹》等。
敦煌石窟考古，主要是配合敦煌石窟艺术研究而进行的石窟排年、窟前遗址发掘和洞窟内容考释等方面的工作。已取得很大成绩。主要研究者及代表性论著有斯坦因《西域考古记》、松本荣一《敦煌画の研究》、谢稚柳《敦煌艺术叙录》、张大千《漠高窟记》、敦煌文物研究所《敦煌莫高窟内容总录》、敦煌研究院《敦煌莫高窟供养人题记》及《敦煌石窟内容总录》、潘玉闪、马世长《莫高窟前殿堂遗址》、敦煌研究院编《1987年敦煌石窟国际讨论会文集·石窟考古编》、彭金章、王建军《敦煌莫高窟北区石窟》第一、二、三卷及敦煌研究院编《敦煌研究文集――敦煌石窟考古篇》等。
敦煌考古，大致是从清乾嘉时代萌芽，代表人物有汪德容、黄文炜、常钧、徐松、苏履吉、叶昌炽等人。
光绪末年到1949年为形成期，代表人物有斯坦因、沙畹、伯希和、罗振玉、王国维、马伯乐、张凤、贺昌群、向达、夏鼐、阎文儒、劳干、史岩、苏莹辉、卫聚贤等人。
1950年至今为发展期。这一时期涌现一批成绩斐然的学者，如宿白、樋口隆康、陈梦家、大庭修、陈直、马世长、樊锦诗、潘玉闪、关友惠、萧默、刘玉槿、程喜霖、东山健吾、初师宾、吴礽骧、林梅村、李均明、胡平生、张德芳等。
总的来看，敦煌考古学各部门的发展不甚平衡，在简牍研究、烽燧研究、石窟排年、洞窟内容考释等方面进展较大，而在其余的方面则有待进一步加强。
敦煌民族学
敦煌自古以来是一个多民族来来往往的地区。羌、匈奴、乌孙、楼兰、粟特、突厥、沙陀、吐蕃、回鹘、龙家、西夏、蒙古、西蕃等族都曾在这一带留下足迹，所以这一带发现有佉卢文、粟特文、波罗谜文、梵文、吐蕃文、于阗文、突厥文、回鹘文、西夏文、回鹘蒙古文、八思巴蒙古文等诸种古代民族文献，而这一地区出土的汉文文献中也有不少涉及其它民族的资料。对这些古民族文字文献及古民族交往关系资料进行研究，于是敦煌学中就出现了民族学分支。
敦煌民族学最早是从俄、英学者研读西夏文、突厥文、回鹘文、于阗文文献开始的，进一步扩展到民族史和民族文化的研究，终于形成了敦煌民族学这一特殊的分支学科。目前，那些早已失传了的“死文字”和早已消失了的“死语言”已基本上能够释读，多种“死去”的语言也基本得到恢复；许多不明的史事，经过探求，也有了一些眉目。成绩是可观的。
敦煌民族学，大致以敦煌历史上出现过的民族及其历史、语言、宗教、文化为研究对象。按照所研究的文字种类及族别、语别之不同加以分类，目前大约分为匈奴、乌孙、羌、粟特、吐蕃、突厥、于阗、回鹘、沙陀、龙家，兼及楼兰、车师、高昌、焉耆研究等十多个系列。这方面作出贡献的学者有汤姆森、冯加班、伊凤阁、聂力山、拉德洛夫、哥梯奥、拉露、哈密尔顿、石滨纯太郎、羽田亨、藤枝晃、山口瑞凤、熊本裕、山田信夫、宇井寿伯、护雅夫、百济康义、梅村坦、森安孝夫、高田时雄、厉鼎煃、陈寅恪、冯承钧、冯家升、季羡林、耿世民、李经纬、王尧、陈践、王静如、史金波、白滨、陈炳应、徐文堪、段晴、张铁山、牛汝极、杨富学、李树辉、邓浩等。
敦煌艺术学
敦煌艺术，作为敦煌学体系内的一个分支学科，兼指对敦煌艺术作品和艺术活动的研究。
敦煌艺术作品和艺术活动，主要是指敦煌地区石窟、墓葬、敦煌遗书和其它古遗址中保存的该地区的壁画，雕塑、古建筑、工艺品、纸帛绢画、音乐舞蹈图像及文字资料、敦煌汉简及敦煌遗书书法，以及该地区人们对上述作品的创作、使用、欣赏、继承、创新之类的艺术活动。对上述艺术作品和艺术活动进行研究，于是，相应的出现了敦煌艺术研究的各个专门系列，例如敦煌壁画，敦煌雕塑，敦煌古建筑，敦煌工艺，敦煌书法，敦煌音乐舞蹈等等。在上述各专门系列研究的基础上，进一步扩展到对敦煌艺术发展过程、技法研究以及敦煌艺术继承创新的实践活动。于是又有了敦煌艺术史和敦煌美学这类高层次的学术系列以及敦煌艺术继承创新的评论。敦煌艺术，就是对敦煌艺术作品、艺术活动和上述不同层面、不同视角进行研究的总称。
