各学科的批判
笛卡尔说：“检验一切学科，即使检验那些充满迷信和虚伪的学科也是有益的，这样能真正认识它们的价值，并防范自己误入歧途。”于是，笛卡尔在对传统的学校教育进行了严厉的批判之后，又对语言、古籍、历史、寓言、雄辩学、诗歌、数学、神学、哲学等各个学科进行了严厉的批判。最后，笛卡尔得出结论，任何把自己建立在不确定的哲学的基础之上的学科，从根源上讲就已经失去了令人信服“科学性”，不足以让人们为学习它们花费大好青春。
笛卡尔说：“检验一切学科，即使检验那些充满迷信和虚伪的学科也是有益的，这样能真正认识它们的价值，并防范自己误入歧途。”可见，笛卡尔是要对所有的学科进行一个大检验（当然，这里的检验是带有批判性质的）。接着，笛卡尔开始了对各学科的批判。
语言、古籍、历史和寓言
笛卡尔曾经花费了大量的时间来阅读关于语言、古籍、历史和寓言方面的书。笛卡尔说，在阅读这些书的时候，就好像是在和生活在其他世纪的人对话，又好像是出外旅行。读这些书可以让我们懂得很多，例如，读书可以让我们了解“世界各地不同民族的风俗习惯”，这样我们就能依据我们独到的见解（只是对我们以前所不了解的东西）作出正确的判断，而不至于让我们认为，凡是违背我们生活习惯的都是坏的，或者是荒唐的。总而言之，通过读这些书，通过学习这些课程，我们能读到我们想知道的人和知识。
但是，书读得太多了，学习某一门课程过于痴狂，就好像是在外旅行的时间太长了，以至于我们把注意力过多地放在外部的事物之上，而忽视了我们身边的事情。过于沉湎于书本知识，过于依赖课堂，很可能让我们脱离我们生活的现实世界。例如，一个过于沉湎于历史中的人，就很容易忽视每天发生在自己身边的事情。读寓言故事也是如此，过于沉湎于寓言故事之中，就会让我们把许多原本不可能发生的事情当成事实。除此之外，还有更令人难以接受的是，有些人把本来与历史事实有出入的“历史”，当作真正的历史来看待。他们为了更值得一读，而不惜略去一些最卑陋和最不荣誉的地方，却对一些原本不重要的地方大肆喧哗。而那些自以为是的以历史为借鉴来调度自己生活的所谓的“有识之士”，更会陷入如武侠小说中人物的幻境，继而构想出一些他们自以为是的虚构情结。其实，这样的历史，不读也罢。
雄辩学和诗歌
笛卡尔很重视雄辩学和诗歌，但同时他又认为，雄辩学和诗歌两者最大的特点就是源于天赋的能力。笛卡尔说：“我很重视雄辩学，也很爱好诗歌，但我想这两门学科与其说是借学习才能有所收获，不如说是源于天赋的能力。”笛卡尔认为，那些善于雄辩的人，天生就善于推理，并且思想天生就很成熟，他们思想的清晰是为人所知的。他们天生就有一种能说服人并使人信服他们的能力，尽管他们用的是最低级的语言，他们或许并不会用很多渲染性的词语，甚至他们都不知道修辞学是什么，但是他们依旧是最好的雄辩家，因为他们天生拥有雄辩的才华。
而有些根本不懂诗学的人，也从来没有接受过所谓的“正统的诗学教育”的人，却往往具有诗的敏感度，并且知道如何运用最甜蜜的词藻去表达自己的感情。他们也不失为优秀的诗人。
数学
笛卡尔对数学相当重视，他认为数学的推理正确而明显，最接近真理。但令他感到无比遗憾的是，本来应该是非常有用处的数学，却并没有被人们用到它更能发挥作用的地方。例如，笛卡尔说：“想到它只是用在机械技术上，我不禁奇怪，它的基础如此稳固坚实，竟没有人想到在其上建造起更高的建筑。”而那些本来没有什么实际意义的“学问”却被人们妄加推崇。例如，“古代异教徒讨论习尚的书，我欲将它比拟为建立在沙上、泥沼上的高昂雄伟的宫殿。”笛卡尔认为，那些异教徒把其中的“德行”举得很高，并把它当作是宇宙中最高贵之物。但是这些异教徒却不能对这些东西解释得足够清楚。他们在他们称之为“圣书”内容里表述的往往是一些无情、傲慢、失望或者弑父灭亲之类的罪行而已。
神学
笛卡尔是一个信教的人，他尊敬神学。他甚至承认，自己也像任何渴望进入天堂的人一样，想要获得进入天堂的道路。但是，他又不得不承认，进入天堂的道路对每一个人敞开的机会都是均等的。也就是说，一个无知的人和一个博学多才的人同样都有进入天堂的机会。但是，真正能“进到那里的人的真理超过我们的智能”。如果我们每一个人都了解这一事实，那么，我们就最好不要把“这些真理置于我们薄弱的理智之下妄加推论”。一个真正的神学的研究人士，要想真正取得成果，肯定需要上帝的偏爱，并且他本身必须是一个超人。否则，一切都将没有任何意义。
哲学
笛卡尔认为，哲学更应该是引起人们深思的学科。当然，我们并不能否认历来研究哲学的人是最多的。即使是一个研究历史、数学、文学或者其他任何学科的人，也逃脱不开哲学的羁绊。但是即使这样，笛卡尔发现仍然没有一个“事理”是绝对不为人们所争执，甚至不为大家产生丝毫疑惑的。总而言之，即使那么多的优秀哲人为研究哲学付出如此多的努力，但从结果看好像并不尽如人意。笛卡尔说：“当我看到那么多人在为同一个问题争执不休，并且都是一些所谓的‘博学之士’，真是汗颜！”笛卡尔认为，他所能做的就是把一切似是而非之事都当作伪的或者几乎伪的事情来看待。
从哲学的不确定性，我们实际上就可以看出其他学科的情况。因为其他的具体学科都要从哲学这里提取原则。所以，既然哲学本身还存在不稳定性，那么它就不能成为其他学科的基础。其他学科把自己建立在一个本身就没有稳固的根基的学科之上，不能不让人为它们的稳固性担忧。因此，笛卡尔得出结论，这些把自己建立在哲学基础之上的学科实际上也失去了令人信服的“科学性”，不足以让人们为学习它们花费大好青春。至于邪说，例如炼金术士的许诺、星象家的预言等，笛卡尔认为都不足以让人们相信，当然前提是我们要对它们的实际价值做一个合理的、科学的评估。
人类知识之树
笛卡尔认为，要掌握科学，不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。笛卡尔在这里所讲的科学体系就是他所说的——人类知识之树。“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这颗巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。
笛卡尔认为，哲学的目的就是要让人类最终成为自然的主人和拥有者。同时，人类也只有拥有了自然，成为了自然的主人，才能真正认识到本质的自然，才能掌握自然规律，才能依照自然规律生活，才能在实践中取得更大的效率，才能在这些过程中获得真正的幸福。那么，人类怎样才能实现这一目的呢？答案是：科学。
笛卡尔认为，只有掌握真正意义上的科学，人类才能够真正幸福。笛卡尔的哲学追求从某种意义上说，就是要掌握真正的科学。那么，要掌握科学首先应该从什么地方入手呢？笛卡尔选择了一种与常人相反的策略。他认为，要掌握科学不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。
建立更加合理的科学体系，这是笛卡尔哲学研究的起点和动力。笛卡尔在这里所讲的科学体系，曾经在他的著作和演讲中多次提到过。实际上，这个科学体系就是他所说的——人类知识之树。
那么，具体来讲，这个“人类知识之树”应该是怎样的呢？笛卡尔是怎样描述这个“人类知识之树”的呢？
笛卡尔说：“哲学的第一部分应该是形而上学，它包括知识的最基本的原理。之所以说这部分的知识包括的是最基本的原理，是指这部分知识应该包括解释上帝存在的原理，解释灵魂的非物质性的原理，解释在我们之中的全部清楚的、简单的、观念的原理。”
“哲学的第二部分应该是物理学，物理学是指在我们真正发现世界的最基本的原则之后的解释宇宙万物的基本原理。一般指考察宇宙组成的原理，考察地球本性的原理，考察与地球联系在一起的自然界万物（例如空气、水、矿石以及一切自然物）的运行规则的原理。在物理学里，我们之所以还有必要分别研究自然界各个具体事物的本性，是因为这样做可以帮助我们更容易地建立起研究各个具体事物的专门性的科学体系。”
“这样看来，哲学就不应该仅仅是研究一种事物的科学，它更是一个整体。形象地说，作为一个整体的哲学研究，它就像是一棵枝繁叶茂的大树。这个参天大树的根便是我们上面讲过的形而上学，相应地，它的主干是物理学。由这棵树的主干发展而来的各个枝杈则是从作为主干的物理学归结出来的其他各门具体的科学。这些具体的科学又可以归结为三门主要的科学——即医学、机械学和伦理学。伦理学是指最高级、最完善的道德科学，他以其他各门具体科学的基本知识为存在的前提，是智慧的最高等级。”
最后，笛卡尔总结说：“‘人类知识之树’只是一个庞大的科学体系。要进行哲学研究，就必须建立这样一个科学体系；要进行科学研究，就必须以这个科学体系为基础；要进行哲学研究，就必须归结到这颗庞大科学体系上来。但是，还要注意的是，搞好哲学研究不能没有好的方法。哲学研究要从考察研究哲学的方法开始，只有掌握了合适的研究哲学的方法，才能真正地深入哲学研究之中，得到更确实的真理。否则，哲学研究就无法进行。”
在这里，笛卡尔所讲的科学的方法，实际上就是逻辑学。在笛卡尔看来，科学的逻辑学是科学的方法论，是研究哲学的起点，只有逻辑学才能指导我们以更理性的态度，去发现那些我们不知道的真理。针对逻辑学或者方法论的研究结果，笛卡尔在他的著作《谈谈方法》中有很好的论述。
很明显，笛卡尔所讲的“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这棵巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。例如，作为“人类知识之树”的分支之一的医学是为了保护人类的身体健康而建立的；物理学的目的是为了把人类从繁重的体力劳动中解放出来；伦理学能帮助人类获得精神上的幸福和安宁。总而言之，一切科学都是为了人类的幸福，哲学是保证人类幸福的最低防线。
