六年，红毛突入中左所，巡抚邹维琏击走之（「东林传」：『红夷攻闽霜山，巡抚佥都御史邹维琏檄芝龙急击之。芝龙以粤寇未靖，后期不至；自引兵至福宁与战，红毛突入中左所，焚战舰、伤官军。维琏乃还福州，趣发檄漳、泉募战士、犒有功，授诸将方略，水路并进，复乘小舟出奇击贼，诸将皆奋；芝龙自福宁来，亦誓死战，斩获无算，贼遁入大洋。维琏上疏，以霜山之役，芝龙纵夷罪；芝龙方有内援，维琏复以党东林为政府所忌，下部议罪。亡何，贼复犯石湾、海澄、同安诸处，维琏皆击走之。先后捷上，复自劾不能平贼，为芝龙所误；而吏议已下，竟夺维琏官。是时维琏方大集舟师，自漳州调发诸军至铜山，与贼遇，苦战凡八昼夜，大败之；生擒酋长数十人，焚其舟舰、器械略尽。捷闻，上命只论将士功。维琏破贼班师还福州，始知罢官；上疏自明，不报。遂归』）。七月，海澄知县梁兆阳夜袭红毛于浯屿；破之（「漳州府志」：『红毛入料罗进窥海澄；兆阳率兵夜渡浯屿，袭破之，焚其舟三、获舟九』）。
国朝顺治三年秋，郑彩、郑联踞厦门（「府、县志」作元年，误。「南疆绎史」：『彩，南安人。福王时，为水师副将；唐王驻福州，进永胜伯，加副元师。寻为右先锋，出江西以援抚州围；军溃，弃广信，削职。时芝龙密彻关兵，彩遁踞厦门；北迎鲁监国于舟山，监国进彩建威侯及弟联定远伯。冬十一月，奉王次厦门。芝龙方降附，密令执王归命，彩不可。明年，奉王改次长垣；进彩建国公，诸镇皆恶其专横。及王次健跳，彩竟弃王去。后卒于岛』）。
四年，郑成功屯兵鼓浪屿（「南疆绎史」及各志：『成功，芝龙娶倭女所生；有异表。本名森，字大木。七岁归自倭，十五饩于庠。唐王入闽，谒见，王奇之，抚其背曰：「惜无一女配卿」！赐姓朱，改名成功；故曰国姓。命典禁旅，日侍左右，辄以驸马都尉体制尊宠之；封忠孝伯，佩招讨大将军印。福州破，母死于兵。芝龙议降，持裾泣谏，不听。携所著儒巾，赴文庙焚之；与所厚陈辉等九十余人，带一旅遁入金门。随往南澳收集余众，得数千，移屯鼓浪屿。苦无资，适有日本舶来，询之郑仆也；命出资佐军。仆辞以未得主母命，成功立斩之；招兵制械。屡犯泉、漳属邑，遥奉粤中朱由榔年号。六年秋七月，由榔遣使诣岛，封漳国公。寻进延平郡王』）。
七年秋八月，成功并彩、联军，踞金、厦（「南疆绎史」及「县志」：『联在岛事游宴，其党多暴。时成功为潮人黄海如邀寇潮州兵败，乃以中秋夜乘流猝至。联方醉万石岩，不得通；诘朝相见，笑曰：『兄能以一旅见假乎』？联未及答，诸锐突前挽其舟，部下皆詟服。联亟窜入金门，诉于彩。彩将全军出避，联阻之，又不为备。成功夜袭之，遂踞两岛；海寇之在东南者皆属焉』）。
八年春二月，提督马得功破厦门；成功还，复据之（「三藩纪事」及「县志」：『大兵破广州，守将杜永和奔琼州。成功赴援；以郑芝莞守厦门，自率众而南。至平海，命郑鸿逵回厦助芝莞固守。未至，巡抚张学圣按泉州侦知，调得功乘虚来袭；得功统骑、步从五通掩渡，芝莞弃城遁，前大学士曾樱自缢死。三月朔，学圣及兴泉道黄澍督大队至。适潮涨，登五通山四望，愕然曰：『此绝地也！设有缓急，岂能飞渡』？即日引还。不数日，鸿逵至，截港攻围；得功不得渡，诡词说鸿逵，假渔舟潜去。及成功还，则得功去二日矣；成功磔芝莞』）。
九年，总督陈锦驻同安；攻厦门不克而还（「府志」）。
十年夏五月，固山金砺与成功大战于厦门岛天妃宫（「府志」：『往年漳州被围，都统固山金砺以万骑赴援，大破成功于古县（地名），退保海澄。至是，大战于厦，乘胜攻海澄，不克而还』。「县志」作『战于厦天妃宫铳城』，「石刻」作『战于海澄』）。
十一年，遣芝龙招抚成功；不就（「县志」：『成功既拒命，遂寇漳州；千总刘国轩纳之，十邑俱陷。乘胜攻泉州，不能下而还。时岛兵骤炽，分水陆为七十二镇。改中左所为思明州，立馆局、设伪官职焉』）。
十二年春三月，定远大将军世子王攻两岛，为暴风飘回；分兵攻白沙，弗克而还（「府志」）。
十五年秋，成功自岛大举寇江南（「府、县志」及「南疆绎史」：『是春，成功筑演武亭于五老峰前练兵。以石狮重五百斤为的，力能举以走者，拨入左右虎卫亲军。皆戴铁面、披铁裙、带弓箭，画朱绿彪文，配斩马大刀，立阵前斫马足，最坚；号曰「铁人」。遂议大举，戈船八千、甲士二十四万、铁人八千，号八十万；沿海攻陷乐清等县。比次羊山，〈风贝〉风怒发，碎巨舰百余，飘没士卒八千余人；乃泊滃洲』）。
十六年冬十月，成功自金陵败绩入岛（「郑成功传」：『七月，成功陷瓜州、破镇江，属邑皆下。部将甘辉曰：「断瓜州，则山东之师可扼；据北固，则两浙之路不通。坐镇于此，南都可不劳而定』。弗纳。围金陵，值贵州凯旋，大军浮江而下，败其前锋；副将梁化凤夜穴城出，直捣中坚，复以别骑数万绕山夹攻之。成功败绩，甘辉及骁将万礼等皆死，精锐徒卒十存二、三。遁归厦岛，哭甘辉而后入；令立庙祀之』。今庙在竹仔街民廛中）。
十七年夏五月，将军达素、总督李率泰率师剿厦岛，败于高崎（「三藩纪事」：『江南既定，素与率泰会剿两岛。大船出漳州、小船出同安，檄广东投诚将许隆、苏利等来会。成功自扼海门，当漳港；令郑泰出金门，遏广东；陈鹏守高崎，遏同安。鹏约降，官军近岸，涉水争先；其部将陈蟒不与谋，与伪殿兵镇陈璋挥众奋击，我兵退陷于淖而溃，首领哈唎土星止焉。成功杀鹏，以蟒代之。是日，自漳出者战于海门，亦败绩。许隆等后二日至，知两路兵已败，引去。达素回福州，自杀』）。
十八年夏四月，成功取台湾；留子经守厦岛（「县志」。「三藩纪事」：『成功以两岛难获幸存，终苦势孤。适通事何斌飞帆至厦，献地图；乃兴师东攻荷兰走之，号曰东都，居焉』）。
康熙元年夏五月，成功卒；子经自厦入台伪袭（「县志」。「三藩纪事」：『靖南王耿继茂、总督李率泰闻成功殂，遣人持书招之。经请如朝鲜例；不报』）。
二年春正月，经复回厦门。冬十月，官军大搜两岛，墟其地而还（「三藩纪事」。「县志」「陈冑传」：『时会兵剿岛，耿继茂、李率泰及投诚兵、红夷出泉州，马得功出同安，黄梧、施琅出漳州；经令周全斌御之。得功先至，战于乌沙头被围，死之。经败铜山，遁回台湾。官军入岛，迁沿海遗众于界内，隳其城而还。先是，有「嘉禾断人种」之谶；至是果验』）。
八年，伪镇江胜往来两岛；踞〈阝阜〉头，与奸民互市（「府志」）。
十三年五月，郑经复踞厦门（「三藩纪事」：『耿精忠据闽反，先令黄镛入台结援。三月，经遣刘国轩、何佑、冯锡范先行；五月，经至。舟不满百、兵不满千，精忠易之。经使人借泉、漳二府以治兵，精忠不许；邓、耿交讧。时吴三桂亦反于云南，遥为二寇解；旋画枫亭为界，通好。于是经复踞厦岛，先后尽有泉、潮、漳、韶、惠、汀、兴、邵八府。大兵入闽，精忠反正，各府以次恢复』）。
十七年夏六月，白巾贼蔡寅归经（「府、县志」：『寅，漳浦巫者，左道惑众。于郑经丁巳之败，收集海上残兵，尝夜袭泉州，斩关而出，无一伤者，人益以为神；归附日众。屡战皆捷，蔓延于泉、漳属邑。聚万人，头裹白巾，时人谓之「白头贼」；海上亦藉壮其声势。至是，率众入岛』）。冬，总督姚启圣遣漳州进士张雄至厦门招抚，不成（「漳州府志」「人物传」）。
十九年二月，总督姚启圣、巡抚吴兴祚、水师提督万正色、陆路提督杨捷平两岛；经遁台湾（「三藩纪事」、「平闽纪」：『时启圣筑修来馆于漳州，不爱官爵、银币，降者皆恣其所欲；于是豪猾望风争款。是年正月，正色及总兵林贤、陈贤、黄镐、杨嘉瑞以舟师伐经，逼海坛，与伪左武卫林升等数战，连夺崇武诸澳；兴祚又督陆师沿海施放火炮，升等船无所取水，退入金门，正色进扼料罗。经闻升退，驰召国轩弃海澄回厦；启圣、杨捷乘虚破其十九寨，兴祚转田同安进剿至浔尾，岛中大震。国轩犹欲据守，然众心既摇，溃散不可收拾。守鼓浪屿伪将陈昌已密款于启圣，军士乘间掳掠，国轩禁不止。二十六日，焚演武亭辎重、宝玩，踉跄遁回台湾，海兵乘帆劫掠。二十八日，启圣大军入岛安抚，兴祚、正色师毕会，两岛悉平』）。
二十二年，总督姚启圣驻镇厦门。六月，水师提督施琅率师东征台湾，克之（施靖海「奏疏」：『二十年，经死于台，次子克塽嗣。是年，启圣驻厦督师；六月，琅进剿澎湖，伪帅刘国轩败遁台湾。克塽降，送入京师，释弗诛；封汉军公。台湾始入版图』）。
康熙六十年夏，台湾奸民朱一贵作乱；浙闽总督觉罗满保驰赴厦门督师（『一贵，长泰人；入台湾，居母顶草地，饲鸭为生。能编鸭为队，愚民惑焉。以四月十九日倡乱，不数日全台俱陷，避难民船纷纷到厦。总督觉罗满保闻信，以厦门为台湾咽喉，亲赴镇压；调南澳镇总兵官蓝廷珍星赴厦门，面商机宜。五月十五日至厦门，提督施世骠已出港两日矣。乃召募丁壮，籍游手隶军中。所征各路兵，多从海舟赴厦；陆行至者，亦处之舟中。船只许一人登岸买所需，悉依民价。未几，诸路运载米石数万俱至，米价顿平。所用商船，俱雇募向义，不受直者；量给营弁衔札鼓励之，民皆欣庆忘乱』。六月，南澳总兵官蓝廷珍总统征台大军出厦门港（『延珍闻台警，条陈进兵机宜，与总督意合。五月二十七日至厦，商定方略，总统水陆大军；六月初一日出厦口，会世骠于澎湖。初十日到澎，先后从征将士一百二十余员、兵一万二千余、大小船六百余艘。军需总督自厦整备，靡有缺』）。闰六月初一日，捷至；初七日槛致一贵等至厦，解京伏诛（『师之未出厦港也，传令分路进攻，密授诸将锦囊；至澎湖启视，则齐攻鹿耳门。六月十六日，抵台湾港口，潮水加涨，大军骈渡。七日间，廷珍连战收复府治，世骠亦以军会，遣外委陈章飞航入厦门报捷。旋俘一贵等至厦，事平』。以上皆「平台纪略」）。
乾隆五十一年冬、十一月，台湾南北路贼林爽文、庄大田作乱。提督黄仕简、任承恩引兵剿之，弗克（『爽文，漳人；徙居彰化。倡乱大里〈木戈〉，南路贼庄大田应之；连陷彰化、淡水、诸罗、凤山，惟府城鹿港未失。内地以十二月六日闻警，水师提督黄仕简率兵由厦门渡海入府城、陆路提督任承恩率兵由蚶江渡海入鹿港剿之，弗克。乃以总督常青为将军；往督师；以李侍尧为总督，驻厦门。侍尧调粤兵四千往，又奏调浙兵三千，益以驻防兵一千，令将军恒瑞、提督蓝元枚统兵往剿。元枚卒于军』）。
