三里沟新河者，督漕都御史应槚以先年开清河口通黄河之水以济运。今黄河入海，下流涧口、安东俱涨塞，河流壅而渐高，泻入清河口，沙停易淤，屡浚屡塞。沟在淮水下流黄河未合之上，故闭清河口而开之，使船由通济桥溯沟出淮，以达黄河者也。
时浚徐、邳将讫工，一夕，水涌复淤。帝用严嵩言，遣官祭河神。而鹏、钧复共奏请急筑浚草湾、刘伶台，建闸三里沟，迎纳泗水清流；且於徐州以上至开封浚支河一二，令水分杀。其冬，漕河工竣，进钧秩侍郎。
三十七年七月，曹县新集淤。新集地接梁靖口，历夏邑、丁家道口、马牧集、韩家道口、司家道口至萧县蓟门出小浮桥，此贾鲁河故道也。自河患亟，别开支河出小河以杀水势，而本河渐涩。至是遂决，趋东北段家口，析而为六，曰大溜沟、小溜沟、秦沟、浊河、胭脂沟、飞云桥，俱由运河至徐洪。又分一支由砀山坚城集下郭贯楼，析而为五，曰龙沟、母河、梁楼沟、杨氏沟、胡店沟，亦由小浮桥会徐洪，而新集至小浮桥故道二百五十馀里遂淤不可复矣。自后，河忽东忽西，靡有定向，水得分泻者数年，不至壅溃。然分多势弱，浅者仅二尺，识者知其必淤。
至四十四年七月，河决沛县，上下二百馀里运道俱淤。全河逆流，自沙河至徐州以北，至曹县棠林集而下，北分二支：南流者绕沛县戚山杨家集，入秦沟至徐；北流者绕丰县华山东北由三教堂出飞云桥。又分而为十三支，或横绝，或逆流入漕河，至湖陵城口，散漫湖坡，达於徐州，浩渺无际，而河变极矣。乃命朱衡为工部尚书兼理河漕，又以潘季驯为佥都御史总理河道。明年二月，复遣工科给事中何起鸣往勘河工。
衡巡行决口，旧渠已成陆，而盛应期所凿新河故迹尚在，地高，河决至昭阳湖不能复东，乃定计开浚。而季驯则以新河土浅泉涌，劳费不赀，留城以上故道初淤可复也。由是二人有隙。起鸣至沛，还，上言：“旧河之难复有五。黄河全徙必杀上流，新集、庞家屯、赵家圈皆上流也，以不赀之财，投於河流已弃之故道，势必不能，一也。自留城至沛，莽为巨浸，无所施工，二也。横亘数十里，褰裳无路，十万之众何所栖身，三也。挑浚则淖隐，筑岸则无土，且南塞则北奔，四也。夏秋淫潦，难保不污，五也。新河开凿费省，且可绝后来溃决之患。宜用衡言开新河，而兼采季驯言，不全弃旧河。”廷臣议定，衡乃决开新河。
时季驯持复故道之议，廷臣又多以为然。遂勘议新集、郭贯楼诸上源地。衡言：
“河出境山以北，则闸河淤；出徐州以南，则二洪涸；惟出境山至小浮桥四十馀里间，乃两利而无害。自黄河横流，砀山郭贯楼支河皆已淤塞，改从华山分为南北二支：南出秦沟，正在境山南五里许，运河可资其利；惟北出沛县西及飞云桥，逆上鱼台，为患甚大。
朝廷不忍民罹水灾，拳拳故道，命勘上源。但臣参考地形有五不可。自新集至两河口皆平原高阜，无尺寸故道可因，郭贯楼抵龙沟颇有河形，又系新淤，无可驻足，其不可一也。黄河所经，鲜不为患，由新集则商、虞、夏邑受之，由郭贯楼则萧、砀受之，今改复故道，则鱼、沛之祸复移萧、砀，其不可二也。河西注华山，势若建瓴，欲从中凿渠，挽水南向，必当筑坝横截，遏其东奔，於狂澜巨浸之中，筑坝数里，为力甚难，其不可三也。役夫三十万，旷日持久，骚动三省，其不可四也。大役踵兴，工费数百万，一有不继，前功尽隳，其不可五也。
惟当开广秦沟，使下流通行，修筑南岸长堤以防奔溃，可以苏鱼、沛昏垫之民。”
从之。衡乃开鱼台南阳抵沛县留城百四十馀里，而浚旧河自留城以下，抵境山、茶城五十馀里，由此与黄河会。又筑马家桥堤三万五千二百八十丈，石堤三十里，遏河之出飞云桥者，趋秦沟以入洪。於是黄水不东侵，漕道通而沛流断矣。
方工未成，河复决沛县，败马家桥堤。论者交章请罢衡。未几，工竣。帝大喜，赋诗四章志喜，以示在直诸臣。
隆庆元年五月加衡太子少保。始河之决也，支流散漫遍陆地，既而南趋浊河。
迨新河成，则尽趋秦沟，而南北诸支河悉并流焉。然河势益大涨。三年七月决沛县，自考城、虞城、曹、单、丰、沛抵徐州俱受其害，茶城淤塞，漕船阻邳州不能进。已虽少通，而黄河水横溢沛地，秦沟、浊河口淤沙旋疏旋壅。朱衡已召还，工部及总河都御史翁大立皆请於梁山之南别开一河以漕，避秦沟、浊河之险，后所谓泇河者也。诏令相度地势，未果行。
四年秋，黄河暴至，茶城复淤，而山东沙、薛、汶、泗诸水骤溢，决仲家浅运道，由梁山出戚家港，合於黄河。大立复请因其势而浚之。是时，淮水亦大溢，自泰山庙至七里沟淤十馀里，而水从诸家沟傍出，至清河县河南镇以合於黄河。
大立又言：“开新庄闸以通回船，复陈瑄故道，则淮可无虞。独黄河在睢宁、宿迁之间迁徙未知所定，泗州陵寝可虞。请浚古睢河，由宿迁历宿州，出小浮桥以泄二洪之水。且规复清河、鱼沟分河一道，下草湾，以免冲激之患，则南北运道庶几可保。”时大立已内迁，方受代，而季驯以都御史复起总理河道。部议令区画。
九月，河复决邳州，自睢宁白浪浅至宿迁小河口，淤百八十里，粮艘阻不进。
大立言：“比来河患不在山东、河南、丰、沛，而专在徐、邳，故先欲开泇河口以远河势、开萧县河以杀河流者，正谓浮沙壅聚，河面增高，为异日虑耳。今秋水洊至，横溢为灾。权宜之计，在弃故道而就新冲；经久之策，在开泇河以避洪水。”乞决择於二者。部议主塞决口，而令大立条利害以闻。大立遂以开泇口、就新冲、复故道三策并进，且言其利害各相参。会罢去，策未决，而季驯则主复故道。
时茶城至吕梁，黄水为两崖所束，不能下，又不得决。至五年四月，乃自灵璧双沟而下，北决三口，南决八口，支流散溢，大势下睢宁出小河，而匙头湾八十里正河悉淤。季驯役丁夫五万，尽塞十一口，且浚匙头湾，筑缕堤三万馀丈，匙头湾故道以复。旋以漕船行新溜中多漂没，季驯罢去。
六年春，复命尚书衡经理河工，以兵部侍郎万恭总理河道。二人至，罢泇河议，专事徐、邳河，修筑长堤，自徐州至宿迁小河口三百七十里，并缮丰、沛大黄堤，正河安流，运道大通。衡乃上言：“河南屡被河患，大为堤防，今幸有数十年之安者，以防守严而备御素也。徐、邳为粮运正道，既多方以筑之，则宜多方以守之。请用夫每里十人以防，三里一铺，四铺一老人巡视。伏秋水发时，五月十五日上堤，九月十五日下堤，愿携家居住者听。”诏如议。六月，徐、邳河堤工竣，遂命衡回部，赏衡及总理河道都御史万恭等银币有差。
是岁，御史吴从宪言：“淮安而上清河而下，正淮、泗、河、海冲流之会。
河潦内出，海潮逆流，停蓄移时，沙泥旋聚，以故日就壅塞。宜以春夏时浚治，则下流疏畅，泛溢自平。”帝即命衡与漕臣勘议。而督理河道署郎中事陈应荐挑挖海口新河，长十里有奇，阔五丈五尺，深一丈七尺，用夫六千四百馀人。
衡之被召将还也，上疏言：“国家治河，不过浚浅、筑堤二策。浚浅之法，或爬或涝，或逼水而冲，或引水而避，此可人力胜者。然茶城与淮水会则在清河，茶城、清河无水不浅。盖二水互为胜负，黄河水胜则壅沙而淤，及其消也，淮漕水胜，则冲沙而通。水力盖居七八，非专用人力也。筑堤则有截水、缕水之异，截水可施於闸河，不可施於黄河。盖黄河湍悍，挟川潦之势，何坚不瑕，安可以一堤当之？缕水则两岸筑堤，不使旁溃，始得遂其就下入海之性。盖以顺为治，非以人力胜水性，故至今百五六十年为永赖焉。清河之浅，应视茶城，遇黄河涨落时，辄挑河、潢，导淮水冲刷，虽遇涨而塞，必遇落而通，无足虑也。惟清江浦水势最弱，出口处所适与黄河相值。宜于黄水盛发时，严闭各闸，毋使沙淤。
若口则自隆重庆三年海啸，壅水倒灌低洼之地，积潴难泄。宜时加疏浚，毋使积塞。至筑黄河两岸堤，第当缕水，不得以拦截为名。”疏上，报闻而已。
