十二月初，成「福州李忠定公祠堂记」、「谕彰化举人蔡鸿猷、生员陈玉盘札稿」。初十日，遣吴子俊带队之彰化。十八日，定「筹议海防禀稿」。二十六日，讯参将林鹏程、游击陈兆熊互讦口供；案缠已久，省中迭次委查而未能结，以一堂了之。二十七日，南路三屯屯弁、队目为立万民伞，并立「海峤福星」扁额；以屯饷至余到任严催，始能领得故也。作杨卧云（希闵）所订「李忠定公年谱序」。先是，彰化有拒捕戕官之案，首伙要犯未获，该令撤任留缉，始获案犯数名，以陈文为首犯定谳；由府转详，将处决矣。旧例：决犯必由道过堂画供后，方行处斩；陈文过堂，泣诉其冤。余检卷牍，首犯的系陈鲁，陈文其党；诛之无词而诬为首犯，则不服。发府覆讯，府执前谳者再，并请由道项目奏报了事。余再驳斥，必得首犯治之乃已。久之，首犯未得，该县遂将该犯「案由」尽行更改，倒填年月，通详大吏；暗中属托人在省打点，为规避处分地步。果奉抚部札饬，以该犯情证确凿，即由道就地正法，自行奏报；余守初议愈坚，将前后情节明晰详复。抚部无奈何，奏明饬令该县勒限缉拏正犯；而陈文之罪无可谢，其枉则已伸矣。又新左营勇丁因黑夜观剧、调戏良家嫠妇，被邻右群殴，翌日而毙；镇军及营官，必欲得犯抵命，饬台湾县严拏。该令多方购获在场肆殴者一名，欲拟抵；余谓「律有故杀、擅杀、误杀之条，情罪迥别。彼特随众共殴，未必有故杀之心，当以误杀论」；而案乃定。余之不忍妄僇一人，类如此。余未东渡之先，台湾纷纷思乱；至冬防，更甚。幸视事两月，人心大定；结盟树旗、地震风灾并未窃发，各营亦无噪饷者。鄙人藉此藏拙，可谓天幸矣！
六年（丁卯），四十四岁（是年，在台湾）。
正月，成「新修道山朱子祠记」一首，又成「黄席聘侍御家传」一首；定「水陆兵制」、「义学章程」。二十日，拜发「晚稻收成」并「附陈办理地方情形」一折、一片。二十三日，成「陈孺人传」——钱唐高望曾之妻也。先数日，商请刘镇军带勇赴五虎寮缉拏着匪，并派台邑白鸾卿、嘉邑邓宗尧、凤邑吴本杰同行讯供。是日，镇军回，就地正法者七人；而曾文溪向之劫案层出者，至今绝矣。成「抄辑时人古文小序」一首。
二月，作「训士训民录自序」。调取书院超等生员陈月三、施学珍、孙如林、卢元亨、方炘至内署面试，黜去陈、施二生之文理不符者，而抄袭之风少减。跋自辑曾侯相、左爵督及时人「奏疏」各一首。
三月，成「筹改海防奏稿」。十一日，遣黄西春带本部与新左营同赴学甲庄搜捕余匪，而以士人朱必昌为向导；次日，得朱必昌受伤之耗。该庄麇集万余人，汹汹欲斗；幸邓令宗尧赶至，呵斥之，乃散；然犯无一获也。复用白令言，招嘉绅陈熙年往学甲助之。而美国总兵官费与驻厦领事李让礼来见，以该国有轮船名「罗妹」者至凤山琅娇洋面遭风击碎，船主等登岸被磈礧山生番杀十二人，欲为兴兵报复；其气甚锐。内忧外患，萃于一时，亦甚费手矣。余再四开导，夷酋欣然而去。阅日，吴子俊自彰化亲解伪大都督赵戆来郡，即属其前赴学甲调和黄西春与新左营毛副将惠德等。二十一日，得报学甲拏得正犯四名，诛之；官威自此伸矣。二十三日，复得西春书，与吴子俊、邓子敬攻破沤汪匪庄，获贼甚伙。阅日，又攻西港仔匪庄，得着匪一名；立诛之。
四月四日，西春等自学甲撤队回。成「剿办土匪奏稿」。是时久雨，心常郁郁，默祷于天；至二十二日，始得放霁。二十四日，奉去冬批折回，尚蒙奖借。次日，于「剿办土匪奏疏」外，作附片稿。是月，新任吴督派人来台密查，余置若弗闻
五月二日，拜发「修造战船拏办土匪」并「自陈办理情形」两折、一片。十四日，作「合众国兵船至琅娇报复生番奏稿」。是日，接行知，奉旨加按察使衔。次日，即作「谢恩奏稿」。接寿山、筱涛书，两院新来，于前任事大有更改。是时，全台绅商知省中大吏意在报复左公宿嫌，因为牵制鄙人之计，知余有意求退也，合辞胪余治绩，赴省吁留；余峻却之。十四日，澎湖绅士以赈济迅速、民沾实惠，台商以土匪敛戢、商旅畅行，来送牌、伞。近日又伤亢旱，恐误晚稻栽种；正拟设坛祈祷，次日大雨连绵：天人相感之理如此，益用寅惕。成「台阳书事」五言古诗一首。每日十一月，新添诗课，皆面试，亲为指点；自此台湾诸生诗学大进，差为一快。及见省中举动，畏夷如虎；而于贪鄙昏愦之夫，无不奖进：又不禁为之闷闷也
七月二十二日，奉到六月十二日批折。二十九日，作「早稻收成」一折、一片奏稿。
八月初九日，奉到「洋番交涉」批折回，而李领事亦至。吴制府以余前书力陈生番不可剿、夷人不足畏之状，大怫其意；奏明责成镇、道办理。是时，余早图引退，坐此羁绊，未便上陈。乃谋之刘简青（明灯）镇军，与督委前镇曾辑五（元福）、台防王柳庄（文棨）会同领事李让礼前往图之；而自留镇守全台，并为筹划军饷。二十日，成「寄周寿山」七言律诗一首，又成「送刘个亭」七言绝句一首，并上「乞病」之禀。其时，天热事逆，体已惫矣；成五言律诗一首。
重九日，送黄西春之鹿港厅任，成「送行」五律四章。十三日，余峙亭来自艋舺，述及沪尾何酋为霖凶横，谋夺樟栳之事；紊乱二百年军工厂旧章，殊堪痛恨！然大吏畏夷，无如之何。因默授机宜，令峙亭回艋相机图之，以求保全地方；匪直樟栳一事巳也。连日外间议论琅娇一案，李酋反为番子求和，而刘镇不允；余正忧其贪利忘害。十八日，简青移军大绣房庄，以剿、抚两策相决；余乃手陈「不可剿」五条以覆之，力主和议，祸福愿独肩之。次日，曾辑五书来，洋番和议已定局矣。未三日，而督、抚密函谓「布国有轮船于同治三年在台湾梁各口遭风失浅被抢，人赃未获；欲仿照美国琅娇故事，愿以兵船助剿来相恫愒」。毋论此案已据前台湾府陈芍亭（懋烈）查覆「并无「梁各」地名，亦无布国洋船被抢之事」；就令有之，何以事隔三年，复翻成案！夷人之狡悍固可恶，而大吏之巽懦更可耻也！
十月朔，王柳庄自琅娇回，述及李酋颇有勾结生番，贿通闽、粤客庄之事。余早逆料及此，曾致书柳庄设法破之；柳庄能从吾言，未堕李酋之计。若简青一味主剿虽系虚声，然生番与客庄愚而昧事，必真以为官兵不能相容，反不如夷人之爱我；其后患乃更大耳。日来省中小人藉端倾陷情状大露，而台中巧滑从而应之；悲悯之怀，恨不获质诸彼苍！否则，将挂冠而去矣。二十五日，自定「旌表节孝奏稿」。盖举报节孝，例由督、抚、学政会题；余悯台俗淫佚，故破例由台径奏，以省经费而期迅速；有裨与否，不敢计也。欲上第二次「乞病」禀，而前「乞病」之禀甫上，正值全台绅商公呈吁留，兼督英、抚部李乃优批慰藉，不准引退。
冬月初四日，赴弥陀寺、城隍庙、上杭街、保安宫各义塾面阅捐设义塾幼童工课。十六日，作三次请病假禀。十八日，奖赏各塾幼童，各欢欣叩头而去。
十二月，查覆布国洋船被抢之事，听督、抚如何咨呈总理衙门能使布国听从甚好；否则，听之亦不惧也。连日亢燥郁蒸，久于台地考均恐有地震之灾；余夜半焚香吁天，愿以身独受其罚。初七日，竟得大雨，地气宣泄，无虞震动矣；为之寅感不已。先是，英将军兼署督部，得余二次「乞病」之禀，准予内渡就医；催议琅娇设官添汛之事，必自余定之。余不喜设兵，而刘镇则谓非设兵不可；以将军催议不能延缓，乃摭拾与署府叶峭岩（完元）前议，少设塘汛营兵以应之，而佐以屯弁、屯丁，或无大碍也。十一日，覆巴陵吴南坪（敏树）先生书，并「次去夏见怀」七律元韵一首。十三日，面试教读杨元鸿取课幼童，亦多能成诵者；孰谓台人独愚，亦由无好官倡导于上、无明师益友切劘于下，故堕于荒陋耳。次日，复召幼童，当堂奖赏之。十九日，定「续办土匪奏稿」。二十二日，成「书事」五古一首，又成「赠福州某某」七律一首，以纾牢愤。又成五古两首。
是年，全台安靖，南北千余里道路通行；绅商士民无不归功鄙人；而不知鄙人此一年中，因省中有人图报左公宿嫌、藉端掣肘，吾之志厄而不得伸者多矣。嗟乎！天实为之，谓之何哉！
七年（戊辰），四十五岁（是年，在闽。冬，「台湾进退志」成）。
先是，除夕，得嘉属后大埔叶阳春山外匪徒结会行劫之禀。余料其必为大土豪吴志高作眼线也——缘志高近颇敛戢，而嘉义在城绅士恨其旧恶，谋之邓令、刘镇图之；阳春，志高中表亲戚，察知消息，故为此以探镇、道之意；或又言其入内山以为巢穴者。余忧刘镇、邓令之轻举妄动也，故于禀中批示明切，一破其疑、一杜其勾结内山之计；且俟相机图之，以为稳着耳。委严令成仪署嘉义篆。拜发「晚稻收成」一疏，又「请旌节孝」一疏。
二月，成「送黄西春」五言古诗四首。定「保举剿办土匪及办理合众国与傀儡山洋番交涉案奏稿」。望日，成「杂感」五古一首。十七日，护道梁守来台。十八日，交卸。二十日，台郡郊商迎余长生禄位借奉于水仙宫，演戏庆祝。又以余去在即，有涕下者。次日，赴安平祭江神。归过水仙宫，正各商供余长生禄位于殿中而演戏于庙外；鄙人视之，不觉涕下矣。又有淡水厅在籍布政使衔捐职道员林占梅再四求见，缘伊有重案悬搁数年，抱病来城，力求昭雪；不料余即交卸，闻耗神魂俱丧。黄庄氏一案，亦积年未结，奔赴来城，欲及余在台为之了当；甫至而余已卸事。若辈固苍黄若失，鄙人亦抚心怦怦。又次日，满城绅衿士子以余长生禄位、衣冠奉迎游城，并以鼓乐随之；本署书役亦供长生禄位于公廨。二十四日辰刻，出城；沿街香案排于店内，满城绅商士子送至离城十五里之安平，并有送至海边、亦有登舟出洋至四草湖相送者；镇、道及文武各官亦同送至安平。午刻，乘船出海，至四草湖上船。二十五日，阻风；夜半，开行。二十八日午正，抵番船埠，寓上杭街福森春栈；东道主人，则杨子恂太史也。
三月二日，周寿珊、夏筱涛邀赴马尾见沈幼丹（葆桢）中丞，小住三日。初八日，迁居三牧坊公馆。十四日，送寿珊等赴沪采办军米运津门；其时捻踪已至天津，征兵四集故也。未几，沈幼丹中丞奏报鄙人病痊，以提调船政为请；奉旨允准。与梁礼堂（鸣谦）吏部订交。同孙少彭大令阅视道山朱文公祠，余所捐修也。
四月，从杨卧云处借得所临「刘海峰批抹壮海堂稿」临之，闲出己意，断其是非；又临卧云所临「梅伯言圈点五代史记本」，并跋于后。
闰四月，从卧云处借得「鲁山木文集」阅之，新城之倡为古文词者。又借得姚惜抱「庄子章义圈识评注」临之，于所购「庄子翼」上并系跋语。二十一日，寿珊自沪归，叙及相侯曾公于鄙人颇为眷眷，亦知前此之佑唐为非；事久论定，不能诬也。
五月初三日，邀同寿珊、卧云、礼堂、笠云宴于小西湖；寿珊成七言律诗一章，次韵和之。又题徐清惠书「于清端在柳州罗城与友人书」卷子。又次寿珊和卧云「客感」原韵七律一首，又和寿珊「用杜公咏怀古迹韵」五首，并成「徐清惠公墓志铭」。
六月十二日，奉督院行知，前在台湾保举文武各员已准部咨奉旨允准。又代沈中丞作「祭江神土神文」。缘船台滨江为大潮汛所啮，筑石堤御之，屡成辄毁；沈公自请严议。自为文祭江神、土神之后，石堤成而船台无恙矣。二十四日，又感寒疾。适接总理各国事务衙门书，催予回任；以台湾道缺最紧要，不能任意由外委署，幼丹中丞为设法留之。从卧云处假得「太乙舟山房文集」阅之，盖守惜抱家法者。
七月，为卡颂臣（宝第）中丞题「我园话别图」卷子，又撰「陈氏二烈妇传」。从卧云处借得吴仲伦「初月楼文钞」阅之，文体洁而不芜、屈而不突，议论亦有根据；于古文可谓能知正法眼藏者矣。作「同里陈玉海孝子傅」。
八月，阅「朱梅崖文集」。又从卧云处借得张皋文「茗柯文集」、「大云山房文集」，从礼堂处借得「沈果堂集」阅之。二十日，复同刘个亭、章子亮、吴子俊游鼓山，留诗别去——其诗长善甫（庆）协领刻之喝水岩石上。成「李恕皆观察墓志」一首，又作「诸暨农夫包立身传」。甫成，忽奉饬催回台湾本任谕旨，并饬查劾刘镇不职之状；而余知台湾事多掣肘，断难成功，已先一日禀请开缺矣。次日，复感寒疾。病中再禀求开缺，两院优批「慰留」，并俱亲临劝慰；余以病，辞不见。三上禀求开缺，词更迫切；督院复遣心腹长善甫（庆）协领、杨楚云（在元）中军来劝，复坚辞之。旋闻两院已代奏请开缺，而刘克庵（典）中丞书来，决计请余入关，共图补救。
先是，幼翁有请余为轮船统领之议。重九日，与礼堂同定章程十条；礼堂属草，而余润色之。一、定官制；一、定廉饷；一、定操练；一、定日期；一、定赏罚；一、定修整；一、定运儎；一、定分段；一、定巡缉；一、定探报。礼堂又草「轮船请设统领疏稿」，余附参管见而润色之；洋洋大文也。
十月，卧云处借得「魏叔子日录」阅之；叔子盖志于文，而求几于道者也。礼堂以诗相赠，亦赋七古一章答之。阅「朱竹垞文集」，乃悟筮法以本卦爻辞为断，积疑为之顿消。十五日，挈眷居番船埠麦晴川花园，风景大佳。阅阎氏「尚书古文疏证」，略有进处；从此，将治「尚书」。二十四日，闻余开缺折已奉旨允准。是时，「台湾进退志」成。十六日，率章子亮、张小斋暨旧仆周三元登「美也驾」轮船；二十日，抵上海，寓陕甘采运粮台。次日，往龙门书院访刘融斋（熙载）中允。道遇方存之（宗诚），即过存之寓邸；存之赠「仪卫轩文集」、「姚惜抱年谱」、「游定夫文集」，闲一翻阅，各识数语。又得阅存之「续编古文」，为小跋遗之
二十七日，搭「快也坚」轮船；十二月初二日，抵汉口。次日，过江访何小宋（璟）护院，留晚餐；未终席，叩城门而归。诘朝，仍回汉日，阻风三日。初八日，为予初度；风息，开行。晚泊金口，成七言律诗一首。舟中阅「胡文忠遗集」一过。十二日，至岳州，吴松岩赠以李次青所撰「国朝先正事略」；枨触身世，忽忽不乐。因三分日力，以一分阅「汉书」、一分半阅「先正事略」、半分阅「惜抱古今体诗」。望日，舟次益阳泉交河。诘早，访周寿山；而雨雪载涂，风狂如虎。行半日，仅五里许；乃寄书寿山。次日，寿山来谈竟夕。十九日早，寿山归；舟绕沅江西上。成「赠沈幼丹中丞」七律两首。二十五日，泊常德；成「忆台湾」七律一首。寿山自益阳专足投诗，次韵答之。二十七日，补成「小除」七绝一首。除夕，舟次桃源挂榜山，泊。是日，阴雨滂沱，气象惨淡，成七言古诗一章。
