朱熹之所以能集理学思想的大成，是与其深厚的理论渊源分不开的。朱熹从30岁开始潜心理学，强识博闻，融会贯通，建立了自己的思想体系。他以二程理学思想中的基本范畴——天理为核心，熔铸周敦颐的太极说，吸收了张载的元气本体论；兼融了老庄的道和佛教的禅，构成了道学的系统理论，把理学发展到了最高境界。朱熹将儒学的伦理规范、道德修养上升为宇宙本体，使宇宙观与伦理观融为一体，然后通过理本气末，理一分殊论论证世界万物的产生及其统一性；以“性即理”为中心命题，从宇宙本体论中推衍出人性与物性，并以天地之性与气质之性来论证人性中的善恶问题，最后通过修身养性达到人性的完善，人性与天理的统一。从而把哲学的核心——天理发展到了严密的、完善的境界。
朱熹哲学思想的最高范畴是天理或理，他认为天理既是宇宙万物与人类的唯一本原和共同本质，又是万物的普遍法则和合理准则，因而包含有伦理和宇宙两方面的基本含义。他说：“合天下万物来说，只有一个理，未有天地之前，也只有一个理，有了这个理，才有天地，才使气流动而产生万物。”所以理是宇宙万物的根源，它充塞宇宙，运动不息，无所不在。封建的统治秩序和伦理道德规范，理所当然的也是理的体现，从而使伦理道德规范和封建统治秩序上升为宇宙之理。这就是新儒学区别于旧儒学的本质所在。
在理气关系上，朱熹以天理论为前提，以理气关系为中心环节，对理的宇宙本体地位从理论上展开了精密的论述，从而确立了理在宇宙万物生成与发育流行中的本体地位。他认为理是万物生成的本源，气是构成万物的材料。理是第一性的，而气是第二性的。理在气先，它主宰和驾驭气的动静。但就具体的事物来说，朱熹认为理与气是同时存在，互相依存而密切不可分割的。朱熹通过对理、气二者互相联结、具体结合的分析和思辨，从理论上确立了理本气末的观点。
理一分殊是朱熹思想体系中最根本的方法论命题，它主要回答宇宙统一本体和多样性万物的关系问题。“理一”就是理的总体，因为理是宇宙万物的唯一本原和共同本质，是多样性之所以统一的根据。但理又表现为多样性的万物，这种体现于万事万物中的理就是“分殊”，因而“分殊”也就包含了分化与差异等级两层含义。朱熹认为由一理所产生的万物是差异和等级的，产生这一差异和等级的原因是理在运动、作用中有差异和等级。这就从根本上解决了伦理原则的统一性和伦理关系中的等级性问题。
在人性论方面，朱熹继承了二程“性即理”的命题，并融合了张载的人性论，通过对理、性、心关系的探讨，系统论证了宇宙本体、人性与仁义道德之间的相互关系。他把人性分为天地之性（又称义理之性或道心）和气质之性（又称人欲或人心）两种。他说：“天地之性是专指理”，而理是纯善的，所以天地之性是善的。封建统治秩序和封建道德规范是理的本质内容，因此也是天地之性的最本质的内容。“气质之性，则是理与气互相混杂”，气有清浊，所以气质之性就有善有恶。由于每个人秉承的气不同，就导致了现实生活中人的各种差异。秉承清气的人，就成为圣人和贤人；秉承浊气的人，就变得愚昧和不肖。但朱熹又认为具体人性中同时兼有天地之性与气质之性，每人生来就有仁、义、礼、智等封建的道德和伦理纲常。所以每个人只要去人欲，复天理，便会使气质发生变化，愚昧和不肖的人就能成为圣人和贤人。但是要复天理，必须先认识天理。朱熹认为格物致知是认识天理的根本途径，人们只要通过格物、正心、诚意等内心自省的修养，按照仁、义、礼、智去做，便可存天理去人欲。这样，朱熹建立了一个为封建统治服务的完整的伦理体系。
道学即理学，理学的思想开始于北宋，但由理学的思想演变而成道学的争论并取得官学的地位则是在南宋。
道学的争论，开始于南宋高宗时，酝酿于孝宗时，而扩大于宁宗时。北宋初年，二程与张载提倡理学，但他们的学术思想由于政治的原因被排斥。宋室南渡后，高宗认为不能废除圣人之学，曾一度称赞道学。但左司谏陈公辅却上书攻击道学，请求禁止道学，遂启南宋道学争论的开端。孝宗时，朱熹多次上奏，陈述自己的政治主张，得到许多道学人士的赞同，又引起了反对派的强烈指责。对这些理学与反理学的意见，孝宗采取了比较稳重的态度。对理学他表面上虽然表示赞赏，但他并没有采纳理学家们的政策和建议，更没有任用他们中任何一个人担当重要职务。由于孝宗的调和政策，理学家们逐渐在政治上抬头。宁宗时，对理学展开了一场激烈的政治斗争。
1194年（绍熙五年），宁宗即位，召朱熹为侍讲。但是由于遭到韩侂胄的诬陷，朱熹不久即被罢官。赵汝愚、陈傅良、刘光祖、孙逢吉等人纷纷上书为朱熹说情，请求留朱熹在朝做官。宁宗对此置之不理。韩侂胄排挤了朱熹，接着就攻击赵汝愚，让宁宗下诏罢免其宰相之职。赵汝愚起用的一班理学名士彭龟年、李祥、杨简、吕祖谦等人也先后被贬逐。当时的太学生杨宏中、周端朝、张道、林仲麟、蒋傅、徐范等六人联名上书，为赵汝愚等人鸣冤，措词相当激昂。宁宗和韩侂胄看后大怒，下诏将这六人发配到500里以外的州郡编管，人们称之为“六君子”。
韩侂胄排挤赵汝愚后，任用京镗为相，垄断了朝中大权，把道学之争演变成了政治倾轧。他指使同党攻击朱熹的道学是带有很大欺骗性的伪学。右正言刘德秀上书说：“朱熹口中说的是先代圣人的言论，而行为却比大街上的普通人都不如。”沈继祖上书说：“朱熹招收弟子讲学，专收富家子弟，以收取更多的学费。所谓廉洁、宽恕、修身、齐家、治国等等，都是他用来欺骗世人的。”他还列举了朱熹不忠不孝的六大罪状。宁宗看后大怒，下诏把朱熹贬官两级，将他的弟子蔡元定流放到道州（今湖南道县）编管，并严令禁止道学。于是反道学的浪潮更加高涨。余矗上书请斩朱熹以禁绝道学。大理司直邵褒然上书说：“三十年来，道学盛行，科举的权利，都被道学党人垄断，请求下诏派大臣审察道学党人所学。”刘德秀与叶翥上书建议把《语录》一类的书列为伪学，全部销毁。太常少卿胡纮上书说：“这些年来，伪学猖獗，图谋不轨，动摇皇上，诋毁圣德，几乎造成大乱。”在韩侂胄一党的攻击下，宁宗下诏说：“道学党人，不准在朝廷做官。凡监司帅守推荐官吏，都要声明不是道学党人。地方上考核官员也必须写明，不是道学党人的字样。”叶翥主考进士，凡是考卷中有涉及道学的，一律不取。1198年（庆元四年）冬，王沇上书请订立道学党籍，被列入道学党人名单的多达59人。其中宰执以上的有赵汝愚、留正、王蔺、周必大4人；侍制以上的有朱熹、彭龟年、薛叔似等13人；其余诸官包括刘光祖、叶适、吕祖谦等31人；另有武官3人；士子8人。道学党籍确立后，道学党被彻底排挤出政坛。
道学势力并没有被这场政治打击压倒，相反，在社会上的声望愈来愈高。朱熹死时，他的弟子得讯后，从四面八方赶到信州（今江西上饶西北）为他送葬，尊他为圣贤。对韩侂胄一党进行了一次无声的反击。吕祖泰还上书请斩韩侂胄以谢天下。这时，韩侂胄也深感道学的势力难以压制，他的同党张孝伯也劝他说：“不松弛党禁，恐怕将来免不了要遭受他们报复的祸害。”同时，为了借助道学人士中主张抗战者的名声作他北伐的号召，所以于1208年（嘉泰二年），韩侂胄让宁宗下诏放松道学党禁，并恢复了一部分道学人士的官职。后来韩侂胄北伐失败，被杀身亡，标志着一个阶段的道学斗争基本结束。
韩侂胄死后，史弥远为相，为了收揽人心，极力推崇道学。他为赵汝愚平反雪冤，追赠赵汝愚为太师，封沂国公，谥忠定。朱熹加谥朱文公、彭龟年、吕祖谦等道学党人都得了昭雪。1202年（嘉定四年），著作郎李道傅上书推崇道学，他不仅请求朝廷尊崇道学和道学家，而且提出将朱熹所注释的四书定为儒生必读之书。宁宗虽然没有采纳他的建议，但由于道学家们不断上书请求尊崇道学，他不得不于1220年（嘉定十三年）下诏追赠周敦颐谥号元、程颢谥号纯、程颐谥号正、张载谥号明。从此，道学再次在政坛上抬头。
道学统治地位的确立是在理宗时代。1224年（嘉定十七年），宁宗病死，史弥远发动政变，阴谋废除太子赵竑。而把他派人到绍兴民间找到的所谓的皇室后代赵与莒，改名贵诚，拥立为皇帝。这就是宋朝历史上的第十四位天子——理宗。理宗即位，太子赵竑废为济王，北出湖州（今浙江湖州），不久被缢杀。理宗为了报答史弥远拥立的恩情，同时也为了保存自己，把朝中大权全部交托给史弥远。直到1233年（绍定六年），史弥远病死，理宗才开始亲政。
继史弥远力倡道学之后，理宗把道学提到了更高的地位。即位前，理宗就跟郑清之学习程朱道学。即位后，极力推崇道学，他不仅熟读朱熹的《四书集注》，而且请道学家讲授《尚书》。1227年（宝庆三年），理宗召见朱熹的儿子朱在，说：“朱熹注释的四书非常详细，我每读此书，都爱不释手。”并下诏说：“我看朱熹《四书集注》，发挥圣贤蕴奥，有益于治理国家。可特赠他为太师，追封为信国公。”1229年（绍定二年）九月，改封朱熹为徽国公。第二年，理宗亲自撰写《道统十三赞》，说从伏羲、尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公、孔子到颜回、曾参、子思、孟轲共13人，是一脉相承的道统，大加赞颂。1237年（嘉熙元年），下诏国子监刊印朱熹的《通鉴纲目》。理宗还亲自到太学大成殿听讲《大学篇》。并把自己写的《道统十三赞》给国子监的学生学习，亲自书写朱熹的《白鹿洞学规》，颁给太学。后又下诏要学宫祭祀周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹五人，追封周敦颐为汝南伯、张载为郿伯、程颢为河南伯、程颐为伊阳伯。并说：“朱熹精思明辨，折衷融会，使《大学》《论语》《孟子》《中庸》的意义，前后贯通。孔子之道，得以更加发扬光大于世。”由于理宗的推崇，朱熹的学说取得了官学的地位，从而道学思想的统治确立。
朱熹远承孔孟，吞吐诸儒，兼融佛老，构建了庞大而精密的新儒学思想体系——道学，形成儒学思想的成熟理论形态。他的思想不仅在中国后期的封建社会具有广泛的影响，而且在世界上也有很大的影响，科学地继承改造这分文化遗产，具有重大的意义。
