公元前213年（始皇三十四年），为庆祝南开五岭、北伐匈奴的胜利，秦始皇在咸阳宫举行盛大宴会。只见秦始皇头戴通大冠，身着黑红色皇袍、红色的下裙，腰佩长七尺的“太阿之剑”，端坐在咸阳宫的正中。面前的宴席上摆放着用三十个豆（一种高脚的盛器）盛放的酒食菜肴，其中有黍、粟、麦、菽、稻米等制成的主食，有葵、芹、等时鲜蔬菜，有雉、兔、鸦、等野味，有羹、酱、醯、豉等调味品。各种礼品也是一应俱全，不可胜举。钟鼓奏乐、仕女献舞，众朝臣博士依品爵高低，分列而坐。席间，朝臣和七十博士举杯祝酒，川流不息，仆射周青臣在祝酒时颂扬说：“过去我们秦国地不过千里，靠陛下的神灵明圣，使海内一统，日月所照之处，莫不臣服。再加上废诸侯设郡县，使人民再无战争之苦，永享安乐之甜，自古以来的帝王谁能比得上您的威德呢？”秦始皇听了周青臣这一番话，颇为得意，微微点头。来自齐地的博士淳于越听后却站起来说道：“臣听说，商周之所以能够统治千余年，是因他们分封自己的子弟、功臣，使他们成为天子的枝辅。现在陛下拥有天下，而子弟们仍旧是匹夫，如同平民，假如将来出现像齐国田常和晋国韩、赵、魏等六卿篡权的情况，没有枝辅，拿什么相救呢？不遵循古训遗教而能使统治长久的，从古至今闻所未闻。而现在周青臣竟当面阿谀奉承，这是使陛下错上加错，不是正直的大臣之所为。”可以看出淳于越是再一次提出了统一之初就已解决了的行另分封还是设郡县的问题，尽管这是一个不成其为问题的问题，秦始皇还是请大臣博士们再次廷议，发表自己的看法。这时已任丞相的李斯说：“尧舜等帝王并没有使用一样的统治方法，夏、商、周三代也并没有沿袭前代的做法，各自都有自己的治国之道。并不是他们有意要反其道而行之，而是因为时代在变、形势在变。现在陛下创大业、建万世之功，这不是那些迂腐的儒生们所能理解的。况且淳于越讲的那些三代之事，有什么值得效法的东西呢？过去诸侯纷争之时，诸侯们为拉拢人才，大都以优厚的待遇招纳游学之士，现在天下安定，法令一统，作为百姓则应致力于社会生产，作为知识分子则应学习国家法令，用法律来规范自己的言行。而有些儒生不师今而学古，借古非今，给百姓思想造成很大的混乱。臣李斯冒死进言陛下：过去天下混战，莫之能一，是因为诸侯并立，诸子百家乘机借古讽今，虚言乱实，以达到要人们入其私学的目的。今陛下并有天下，法统一兼，而私学仍然在讲授和国家法令不一致的内容。这些人听到国家新法令颁布后，便以自己的见解去加以随意议论，入则心非，出则巷议，互相标榜，造谣惑众。如果任其蔓延，则将直接影响皇帝的威势，这些人也可能结成死党。从国家计，应对其采取果断措施。因此，臣请陛下诏命：史官所藏史书中，不是秦国的史书全部烧掉；除了博士官以外，天下所有的私人藏书像《诗》《书》以及诸子百家的书籍，一律集中到郡守、郡尉处烧掉；再有讨论《诗》《书》的人处以弃市的死刑，有以古非今的灭族，官吏知道而不举报的处以同罪，在法令颁布三十天后仍不烧的，处以在脸上刺字并将收为筑城的奴隶。那些医药、卜筮和种树之类的书不在此列。有想学法令的，到有关负责官员处去学习，以吏为师。”秦始皇听了李斯的这一番慷慨陈词后，认为政治上的统一、制度上的统一固然重要，但更重要的是思想上的统一，丞相李斯的建议，不失为统一思想的一个好办法，因而下令在全国“焚书”。一时间，全国上下，浓烟滚滚。应当说秦始皇此举是相当愚蠢的，统一思想是必要的，但思想的统一是一个自然的发展过程，它不能靠强制、不能靠暴力，当然也不能靠焚书来完成的。正如唐代诗人章碣在《焚书坑》中所说的那样：“竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居，坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书。”对秦始皇的焚书，我们要做出恰如其分的评价。要看到秦始皇焚书中，博士藏书、医农等书并不在焚烧之列，但它对我国文化的破坏就像当代史学家郭沫若所说的那样，“书籍被烧残，其实在其次，春秋末叶以来，蓬蓬勃勃自由思索的那种精神，事实上因此而遭受了一次致命的打击”。
公元前213年（始皇三十五年），是秦始皇一生政治的一个转折点。
随着统一大业的成功，秦始皇的各种欲望开始膨胀。这一年，他调集百姓军卒堑山堙谷，修筑了长达一千八百里的直道；尽管咸阳已有了不少豪华宏丽的宫殿，但他认为太小，在渭南上林苑中营建朝宫，这个朝宫的规模是“可受十万人”。在其中举行宴会时，需用车装酒穿行其问，朝宫的前殿，就是有名的阿房宫，其规模是“东西五百步，南北五十丈，上可以坐万人，下可以建五丈旗，周驰为阁道，自殿下直抵南山。表南山之巅以为阙。为复道，自阿房渡渭，属之咸阳，以像天极阁道绝汉抵营室也”。为修建阿房宫，秦始皇征发了刑徒七十余万。修筑阿房宫的石料来自北山（今陕西关中平原北部诸山之统称），木材来自巴蜀，所以唐代诗人杜牧有“蜀山兀、阿房出”之句。秦始皇大兴土木，使百姓常年服役在外，破坏了正常的社会生产。
随着统一事业的成功，秦始皇的长生欲望越来越强，正如清人丘琼山所说：“始皇既平六国，凡平生志欲无不遂，惟不可必得志者，寿耳。”为求得长寿，秦始皇特别相信仙人不死之药。如果说，秦始皇在始皇三十五年以前派人出海为了寻三神山以作皇帝之土的话，在三十五年之后则是为了寻不死之药。这一年，方士卢生知道仙药是不可能求到的，就哄骗秦始皇说：“臣等寻求不死之仙药，之所以一直没有求到，是因为有真人所忌讳的东西。有一种办法，就是皇上要不时地秘密出行，使居住的地方无人知道，借此躲避恶鬼，只要避开了恶鬼，神仙真人就会到来，然后不死之药就会得到。”秦始皇信以为真，对卢生说：“我非常敬慕真人，从现在起，我就称‘真人’，不再称‘朕’了。”于是乃命令咸阳周围的百里内的二百七十处宫殿楼台，都用天桥、通道相连接，帷帐、钟鼓、美女充斥其间，各守各位，不得迁徙。秦始皇所到之处，任何人不得走漏风声，违者，立斩。一天，秦始皇来到梁山宫，从山上看到李斯随行的车马很多，很不高兴。随行的宦官把这件事告诉了李斯，李斯听说后马上减少了车骑。秦始皇愤怒地责问：“是谁泄露了我的话？”面对愤怒的皇上，当然是无人敢于承认，于是秦始皇就把当时在场的所有人全部杀掉。
秦始皇一方面是要求得长生不死，但另一方面却是纵情淫欲，“后宫列女万余人”，“幼妙宠丽”，这些嫔妃们头“戴芙蓉冠子，以碧罗为之，扦五色通草苏朵子，披浅黄丛罗衫，手把云母扇子，鞍蹲风头履”。秦始皇和这些宫女们饮酒作乐，声色犬马。纵欲无度，使秦始皇不到五十岁时已是衰弱不堪。
求神药的卢生等人知道长久地欺瞒下去是不可能的，便四处放风说，仙药求不到，是因为秦始皇过于专权，过于暴戾，并携所骗得的钱财不辞而去。秦始皇听说卢生等人逃亡的消息后，暴怒异常，骂道：“我先前收天下不中用的书尽去之，并招集天下的儒生方士，给他们以优厚的待遇，以求太平，也想求得不死之药。可现在听说韩众一去没有消息，徐市等人花费数以亿万的钱财，也没有求到药。只是要钱一次比一次多。对卢生我尊赐如此厚重，他竟然如此地诽谤我。对于在咸阳的卢生的同伙，我要一个个讯问，是否曾经谣言惑众。”于是命令御史传讯他们。这些人一个个的相互告发。共有460余人，违法乱禁。对这些人，秦始皇下命令全部坑埋于咸阳城外，这就是历史上的“坑儒”事件。据传说，秦始皇在冬天让人在骊山温谷挖坑种瓜，瓜熟后令儒生们下谷去观看。在儒生们各持己见、争执不休时，秦始皇下令趁机填土，四百余名儒生被全部活埋坑内。骊山温谷从此又叫坑儒谷，汉代又把这里叫愍儒乡。有人考证，坑儒处地址就在今临潼县西十千米的洪庆堡。洪庆堡过去也叫灭文堡，按民间传说，由于焚书坑儒的烈火灼烧，到现在这个地方的土都是红的。
随着统一大业的完成，秦始皇也越来越变得独断专行。关于秦始皇的性格，尉缭曾经说过这样一段话：“秦王为人，蜂准、长目、挚鸟膺、豺声，少恩而虎狼心，居约易出人下，得志亦轻食人”。“诚使秦王得志于天下，天下皆为虏矣”。对于尉缭关于秦始皇相貌的描述，当代文豪郭沫若曾做过非常精彩的医学分析，他说：“长疑马字之误……‘马目’形容其眼球突出之病态，‘蜂准、长目、挚鸟膺、豺声’这所说的四项都是生理上的残缺，特别是‘挚鸟膺’即现今医学上所说的鸡胸，是软骨症的一种特征。‘蜂准’应该就是马鞍鼻，‘豺声’是表明有气管炎。软骨症患者，骨的发育反常，故尔胸形鼻形都曾变异，而气管炎和肺气肿是经常并发的，有了这三种征候参验起来，软骨症的诊断是毫无问题的。”如果说，在统一中国前后秦始皇还能够礼贤下士，还能容得不同的声音，而到了晚年，则听不进一点意见了。在“坑儒”前，长子扶苏曾劝谏秦始皇说：“天下刚刚平定，远方的百姓并没有完全服从于朝廷，这些人平时都诵法孔子，如父皇真的对他们绳之重法，儿臣恐引起天下不安。”尽管扶苏是从安定天下的角度要求秦始皇重新考虑对所抓的460人的处置方法，尽管扶苏是秦始皇的长子，秦始皇听了这番话还是大怒，并把扶苏赶出朝廷，让他到上郡去给蒙恬作监军。其独断专行可略见一斑。
公元前212年（始皇三十六年），有一块陨石落在东郡（今河南濮阳西南），有人在上面刻上了“始皇帝死而地分”的咒语。秦始皇听说后，派御史到东郡逐一查问书写者，但没有人承认。秦始皇便下令把陨石陨落地的居民全部杀了，并把陨石燔销掉。这件事发生后，秦始皇一直闷闷不乐。这年秋天，朝廷使者夜间经华阴平舒，有人拿着一块玉璧挡住使者说：“今年祖龙死！”当使者准备问为什么时，那人放下玉璧，转身飞快而去。使者回来把所见所闻都告诉了秦始皇，并奉上玉璧。秦始皇默然良久，才说道：“鬼神也不过才能预知一年的事而已。”退朝后，又自言自语说：“祖龙，不就是人的祖先吗？”并把玉璧交于有关保管玉璧的人，一看，这是一块始皇二十八年渡江时掉入江中的玉璧。对此，秦始皇觉得不可思议，便让人占卜，占卜卦辞是游徙吉，依卦辞，秦始皇迁徙北河榆中（今陕西东北部）三万家，自己于公元前210年（始皇三十七年）10月再次出游。
秦始皇的这次出游，本来的随行重要官员只有左丞相李斯，但少子胡亥执意也要随从，秦始皇也就答应了。大队人马从咸阳出发，出武关、汉水至云梦（今湖北江陵东）。在云梦，秦始皇望祭虞舜于九嶷山（今湖南宁远南），然后顺江而下，过丹阳（今安徽当涂东北）来到钱唐（今浙江杭州），准备过浙江时，因风浪太大，乃西行一百二十里找到狭窄处渡江。渡江后上会稽山，祭大禹。在会稽山上，秦始皇南望南海，刻石纪念。在这次刻石中秦始皇除重复强调统一的重要性，宣扬自己的文治武功外，针对东南地区教化习俗还很落后的情况，强调要“匡饬异俗，男女礼顺”。从会稽山下来后，秦始皇来到吴县，传说秦始皇到达吴县后来到虎丘山，听说吴王阖闾葬于虎丘，并用三千把宝剑殉葬。便下令掘开吴王墓，凿石求剑。但是一无所得，其开凿成的深涧，后人称之为剑池，为千古名胜。秦始皇过吴后从江乘（今江苏句容北）渡江，来到琅邪。在琅邪，秦始皇诏见了方士徐市等人。徐市等人因奉命入海求不死之药，几年也没有得到什么仙药，而花费却是相当惊人的，这次皇帝又特意诏见，恐怕凶多吉少。因此，徐市在见到秦始皇后，又编造说：“蓬莱仙山上的不死之药是可以取得的，但当我们每次来到蓬莱仙山附近时，总有一条大鲛鱼兴风作浪，迫使我们徒劳而还。请皇上选择一些射箭能手和我们一起去，见大鲛鱼再出现时，就用强弓连弩把它射死，这样仙药就唾手可得了。”对徐市的这番话，秦始皇未置可否。当天夜里，秦始皇梦中与海神大战了一场。这个海神长得同人一样。醒来后，秦始皇就把这个梦描述给左右听，让他们占梦。博士说：“水神是不可能见到的，不过是让大鲛鱼代表它的意志而已。现如今，皇上对神可以说是礼遇备至，竟然还有这样的事出现，说明这是一个恶神。只有除掉这个恶神，善神才可能到来。”秦始皇马上令人准备捕大鱼的渔具，自己则登船手持连弩等候大鱼出来后亲自将其射杀。从琅邪一直到荣成也没有见到什么大鲛鱼。到了之罘附近的海面，真的出现了一只大鱼，秦始皇命令万箭齐放，将其射死。射死大鱼后，秦始皇认为去蓬莱的障碍已消除，便命徐市率船队继续航行，去取仙药，自己登陆了。据历史传说，徐市一行最后是到了日本，“止王不还”。
秦始皇的身体本来就已衰弱不堪，再经长时间的海上折腾，登陆后走到平原津（今山东平原西南）就病了，并且是越来越重。秦始皇尽管是怕死，也不准臣下说死，但自己已预感到日子不多了，便修一封玺书赐予公子扶苏，让他火速回咸阳。书封好后，负责符玺事务的中车府令赵高并没有来得及把它交给送信使者，秦始皇就于7月丙寅日在沙丘平台（今河北广宗县西北）病逝，终年仅五十岁。
综观秦始皇的一生，应当说，他的确是中国历史上的一位杰出的政治家。是他，适应了历史的潮流，顺应人民的要求，结束了春秋战国以来的长期割据混战的局面，统一了全国；是他，南开五岭，北伐匈奴，建立了一个多民族的封建王国，奠定了中华民族的基础；是他，通过一系列政治经济制度的建立和一系列措施的实施，奠定了我国封建社会的基础。所以明代思想家李贽说过这样一段话：“始皇出世，李斯相之，天崩地坼，掀翻一个世界，是圣是魔，未可轻议。”
但从汉以后，秦始皇一直是“暴君”的代名词。鲁迅先生曾这样评价秦始皇，他说“秦始皇实在冤枉得很，他的吃亏是在二世而亡”。应当看到，历史上秦的暴政大多是由秦二世的“繁刑严诛，吏治深刻，赏罚不当，赋敛无度”所造成的，秦始皇是有他暴虐、奢侈、独断，但套用孔子弟子子贡评价纣的一句话来说，应是：“秦始皇之不善，不如是之甚也，是以君子恶居下流，天下之恶皆归焉。”
