1403年2月4日（永乐元年正月十三日），永乐帝在南京的南郊举行完大祀天地的典礼，回到宫城中的奉天殿，文武群臣向他匍匐叩拜，山呼万岁，庆贺大祀典礼的完成。古书上说：“国之大事，在祀与戎”。所谓祀就是祭祀，戎就是征伐。可见自古以来，祀和戎一样，在国家政治中占有重要地位。而祭天地又是祀中头等重要的。祭祀天地是天子、也就是皇帝的专有权。它象征着天子的权力来自天这一最高主宰，具有神圣性。永乐帝这回是他夺取皇位以来第一次举行大祀天地的典礼，他也许觉得，天并不那么可怕，原来只不过是自己手中的一根魔杖。
他很高兴，踌躇满志，在群臣的山呼万岁声中，宣布恢复被建文帝废黜的周王、齐王、代王、岷王的王位。
诏书宣读完毕，群臣异口同声赞叹永乐帝维护了太祖的旧制。这时，礼部尚书李至刚出班启奏：“自古以来，帝王或是由平民出身平定天下，或是由外藩入承大统，对于肇迹之地，都有升崇。臣私下认为，北平布政司是皇上承运兴王的地方，应该遵照太祖高皇帝中都之制，立为京都。”
李至刚的这番话说到了皇帝的心尖上，永乐帝当即允准，“其以北平为北京！”
2月19日，永乐帝下令设立北京留守行后军都督府、北京行部、北京国子监，改北平府为顺天府，其他带北平字头的衙门一律换上北京字头，同时撤销北平布、按、都三司。
1406年（永乐四年），永乐帝下诏从明年开始营建北京。1407年，皇后徐氏去世，永乐帝并没有把她安葬在南京，而是从1409年开始，在北京昌平县的天寿山开始营造自己的寿陵，到1413年（永乐十一年）完工，就将徐皇后安葬在里面。这就是北京明十三陵中的长陵。这说明，永乐帝至迟在1409年已经下定决心要将都城迁到北京。
永乐帝觉得，南京是一个令人感到不安的地方，他在这里找不到安全感。
皇考太祖朱元璋就静静地躺在紫金山麓的孝陵中，默默聆听着大千世界的纷繁事变。他要是九泉有知，怎么能容忍他的这个儿子违背他的意愿，将他亲自确立的合法皇帝的宝座篡夺了呢？为了平息皇考冥冥之中的愤怒，永乐帝曾多次请番僧大做法事，“荐福于皇考皇妣”，希望得到他们在天之灵的谅解。但是，皇考会原谅他吗？
建文帝在位的时候，对洪武时期的政策进行了一系列的调整，特别是重用左班文臣，减轻江南地主的赋税负担，深受士大夫和江南地主的拥护。方孝孺、齐泰、黄子澄为建文帝宁死不屈不用说了，就是在永乐帝夺取皇位一段时间后，还有忠于建文帝的文臣想谋杀他。有个叫景清的文臣，是陕西真宁（今陕西正宁）人，洪武年间进士，在建文时，官做到御史大夫。永乐帝夺取皇位后，他没有立即为旧主殉死，而是委蛇朝班中，寻找机会刺杀永乐帝。后来，他行刺的计划不幸被发现，永乐帝大怒，用五马分尸的酷刑将他处死，又将他的家族全部抄灭，并且牵连乡里，“转相攀染，谓之瓜蔓抄，乡里为墟”。江南的地主，对建文帝更是充满了怀念，在他们的笔下，建文帝4年的统治是可以与儒家理想中的“三代”相媲美的。
与南京相比，北京给朱棣的是一种亲切和安全的感觉。这里是他的藩邸，经营了二十几年的根据地。他熟悉这里的一草一木，习惯了燕地的干旱与寒冬，欣赏那里剽悍勇猛的民风。那些从龙的“靖难功臣”，也希望他回銮故地，好光耀乡里，保持与人主的密切关系。
考虑到以上的几个因素，永乐帝急于将北平改为北京，提高根据地的地位，充实它的政治、经济与军事力量，作为自己永远立于不败之地的大本营。
当然，北京究竟与凤阳不一样。凤阳不但人民贫困，缺少建都的经济基础，而且无险可守，历史上从来没有王朝把它作为都城。北京却不一样。远的不说，就说近五百年来，先是辽（南京），金（中都）把它作为都城，后来更成为元朝完成空前大一统伟业的基地和中心。这里是中国游牧社会与农耕社会的交汇点。元朝在这里，依靠游牧社会的政治、军事和经济力量，首次实现了中国游牧社会与农耕社会的统一，他朱棣这位堂堂大明国的皇帝，难道就不能凭借农耕社会的广土众民，以北京为基地，重建一统游牧与农耕两大社会的伟业？所以，他一方面继承了洪武时期的怀柔政策，封蒙古各部落首领为王，对于那些前来投奔效顺的头目、贵族一律优遇，给予高官厚禄。至于普通的民众，就给他们划拨水草丰美的游牧地。另一方面，采取积极进取的战略，在东北设立奴儿干都司，派宦官亦失哈屡次出巡，又不时派使者联络西域，设立哈密诸卫，以切断“匈奴”两臂。在鞑靼、瓦剌顽梗不臣的时候，他不惜五次亲征漠北，最后死于回师的途中。
另外，从客观的形势看，北京也具备建都的优越条件。当时有人指出：北京北枕居庸，西峙太行，东连山海，南府中原沃壤千里，山川形胜，足以控四夷制天下，诚帝王万世之都也。
