东汉末年，朝政腐败，民不聊生。残酷的生存环境逼迫百姓揭竿而起，展开了一次次反抗压迫的起义。其中，以张角领导的黄巾大起义声势最为浩大。黄巾大起义虽然最后以失败告终，但它却彻底摧垮了东汉腐朽的统治，宣告了一个新的时代的到来。
张角与太平道
东汉末年，朝廷在外戚与宦官的轮流专政下日益腐败溃烂，统治越发黑暗，豪强地主趁机大肆兼并土地，剥削掠夺百姓财产。他们“馆舍布于州郡，田亩连于方国”，拥有成千上万的奴婢和仆从。而被掠夺的百姓则流离失所，生活处境极其艰难。而此时在中原地区又爆发了大规模的瘟疫，无食无药的百姓大批饿死或染病而死，而腐败的政府对此却不闻不问。在这种情况下，被逼上绝路的百姓忍无可忍，纷纷揭竿而起。据统计，东汉末年有记载的农民起义就有近百次。当时民间流传着这样一句谚语：“小民发如韭，剪复生；头如鸡，割复鸣。吏不必可畏，民不必可轻！”由此可见社会矛盾之尖锐。
汉灵帝年间，河北巨鹿地区出现了一位自称“大贤良师”的道人，他就是后来发动黄巾大起义的领袖——张角。张角以宣扬黄老之术为手段，广收弟子，相传他可以用符文和咒语医治疾病，因此得到百姓的信奉，信徒中甚至不乏朝廷的官员和内宫的宦官。张角见追随他的百姓越来越多，就派遣他的八名弟子分别前往青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州进行传教和鼓动，继续扩大自己的势力。如此十余年间，张角的信徒达到了数十万之众，全国上下莫不响应。张角见条件已经成熟，便将信徒们分为三十六个叫做“方”的编制（“方”也就是将军的意思）。大的“方”人数超过万人，小的“方”人数也有六七千之多，并各自确立了统帅，由他统一指挥。同时，张角在民间广泛传播“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的谶语，并在京城和各州府的官署门上用白土写下“甲子”二字，意为暗示各地信徒在甲子年共举大事，推翻东汉统治。
黄巾大起义
正当张角的起义计划秘密准备之时，一件意外发生了。汉灵帝中平元年（184），河北地区的大“方”马元义按照事先的部署，聚集荆州、扬州数万人，计划在邺城举事。马元义平时经常往来京师，与皇宫中的中常侍封、徐奉等人联络，约定以他们为宫中的内应，在三月五日一同起兵，内外呼应。然而没等到事发，却被叛徒告发到了官府。大将军何进得知后，立即派兵抓捕了马元义，并将他五马分尸。汉灵帝随即下令全国范围捕杀张角及其信徒，上千人牵连被杀。
张角见计划已经暴露，于是派人连夜传信各地，提前发动起义。一时间，东汉各地数十万起义军揭竿而起，起义军皆以头戴黄巾为标识，时人称之“黄巾军”。张角自称“天公将军”，他的二弟张宝称“地公将军”，他的三弟张梁称“人公将军”。各地黄巾起义军攻打官府，劫掠村落，州郡长官尽皆逃亡，朝廷州府相继被起义军攻克。一场东汉末年的黄巾大起义就此轰轰烈烈地爆发了。
消息传到京城，朝廷震动。汉灵帝急忙下令各州郡严守城池，并自函谷、大谷、广城、伊阙、辕、旋门、孟津、小平津等关卡一线，设置都尉，负责防守。接着，汉灵帝下令征发全国精兵，镇压起义军。地方豪强地主也纷纷组织武装响应，协助官军镇压起义，这其中比较著名的有袁绍、曹操、孙坚和刘备等人。然而，朝廷的官军并没占到任何便宜，由右中郎将朱率领的四万精兵反倒被颍川的黄巾起义军打得大败而回，而由北中郎将卢植和东中郎将董卓率领的讨伐张角的大军，也是损兵折将，无功而返。在与官军的战斗中，黄巾起义军逐渐形成了以巨鹿的张角、南阳的张曼成和颍川的波才为领袖的三股大的力量，他们接连攻克了宛城、广宗和曲阳等重镇，甚至还俘虏了汉灵帝的宗亲安平王刘续和甘陵王刘忠，声势如日中天。
朝廷清剿
接连击败官军，黄巾起义军势头一时不可遏抑，然而他们各自为战和缺乏战争经验的弱点也逐渐暴露出来。官军联合豪强地主武装，针对黄巾军的弱点，采取了分头击破的政策。
首先是朝廷派车骑将军皇甫嵩进攻颍川的黄巾军。起初，皇甫嵩的部队被波才领导的颍川黄巾军打得大败，皇甫嵩只得退守长社城，波才率领黄巾军包围了城池。长社城内兵力寡少，军中上下都很恐惧，皇甫嵩将军吏们招来，对他们说：“用兵在于奇谋变化，不在于兵力多寡。今日贼兵在草地扎营（黄巾军缺乏作战经验的表现），易于我们采取火攻。如果我们趁着黑夜放火焚烧，敌人必定大乱。我们到时出兵，四面包围，就可以取得如同田单（战国时期率齐国以火牛阵大破燕国进攻）一样的功绩。”当天夜里果然刮起大风，皇甫嵩命令士兵手持草束出城，包围黄巾军的营地，然后纵火大呼，城上也举火响应。皇甫嵩率兵擂鼓出击，黄巾军顿时阵脚大乱。此时曹操率领的官军又正好赶到，两军合攻，大破黄巾军，斩杀数万。之后，官军乘胜追击，连破黄巾军于汝南、陈国、阳翟、西华，彻底消灭了颍川的黄巾军。
张仲景与《伤寒杂病论》
谈到东汉末年的瘟疫横行，就不能不提“医圣”张仲景和他的《伤寒杂病论》。
张仲景本名张机，生于东汉桓帝元嘉、永兴年间（约150～154年），死于建安末年（约215～219年）。他生活的时代，正是东汉末年与三国时代的交替时期。在张仲景小的时候，亲历了东汉末年的疫病横行，他曾在他的书中记载：我的家族本来人口很多，超过二百人，自从建安年间以来，还没过十年，就死了三分之二，其中得伤寒而死的就占十分之七。这足见当时伤寒的严重程度，而古时所谓的伤寒，主要指的就是瘟疫。
因此，张仲景致力于医治这种当时的“绝症”，他用一生的时间进行研究，终于写成了一本融汇大成的医书《伤寒杂病论》。书中确立的“八纲辨证”和“六经论治”的宗旨成为后来中医理论的基础。因此，张仲景被人们尊为“医圣”。
同时，朝廷派汝南太守秦颉与张曼成的黄巾军进行战斗，斩杀了张曼成。余下的十多万黄巾军退守宛城，试图继续抵抗。时为佐军司马的孙坚身当一面，率领千余名官军奋勇登城，其余官兵随后跟进，大破宛城敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。而另一方面，北中郎将卢植也在河北一带与张角数次交手，斩杀黄巾军万余人。朝廷逐渐扭转了对黄巾军的劣势。
起义的失败
随着各地黄巾军的相继失败，起义逐渐走向了低谷。
公元185年秋，汉灵帝派遣车骑将军皇甫嵩率大军与黄巾军的最后主力对峙于广宗。此时，黄巾军的领袖张角已经病死，接替他的是“人公将军”张梁。张梁的部队英勇善战，皇甫嵩一时无法攻克。于是皇甫嵩下令闭营不战，以静制动，静观其变。此时，黄巾军缺乏战斗经验的弱点再次暴露，士兵纷纷懈怠了战意。于是皇甫嵩趁夜整兵，天一亮就冲向敌军厮杀，一直战斗到下午，终于大破敌军，消灭敌军三万余人，张梁也被斩杀。溃败的黄巾军被追至河中，淹死者多达五万多人。官军攻占广宗后，挖开了张角的坟墓，剖棺戮尸，并将张角的头颅砍下，传首京师。而后不久，皇甫嵩又联合巨鹿太守冯翊、郭典攻杀“地公将军”张宝于曲阳，斩杀黄巾军十万余人。至此，轰轰烈烈的黄巾大起义终于被镇压了下去。
黄巾大起义是东汉末年百姓不满朝廷腐败的一次集中的大爆发，虽然它最终被镇压了下去，但它的武装斗争彻底地摧垮了东汉最后的一丝统治根基；同时，地方豪强地主势力通过对起义军的围剿，迅速地壮大了自己的力量，形成了拥有强大兵力的地方割据势力，为三国乱世的开端埋下了伏笔。
黄巾军的主要武装力量被消灭后，小股的部队仍然在继续着对朝廷的斗争。后来，他们或陆续被割据的诸侯所消灭，或者沦为山野的匪徒强盗。值得一提的是，一些昔日黄巾军的部队或头目中，有些对三国后来的历史产生了不小的影响，例如曹操发迹所仰仗的重要军事部队“青州兵”就是曹操收编的青州黄巾军，这支部队后来一直是曹操军中的王牌部队，战斗力惊人。还有诸如常山的黄巾军头目张燕，后来归降曹操，被封为平北将军，对曹魏的建立也有一定的贡献。
