唐末战乱中，玄奘灵塔遭到亡命暴徒盗掘。在这种混乱的局面下，寺僧及信众面临暴力威胁，而无法阻挡这种暴行的发生。只能将狼藉暴露的遗骨中，最重要的顶骨（头骨）仓忙收起，又辗转送至幽静安全的终南山紫阁寺内收藏。
北宋端拱元年（988年）南方的游方和尚可政在终南山紫阁寺内见到了已在此藏存百年的玄奘顶骨。并将顶骨携回南京。经过了四十年的岁月，于宋仁宗天圣五年（1027年）才得在金陵长干寺建塔，将玄奘顶骨入葬。可见诚非易然耳。可政入葬玄奘顶骨的日子，也特意选择在玄奘圆寂五百六十三周年的忌辰（阴历二月五日）进行的。又过了约三百五十年，于明洪武十九年（1386年）将玄奘顶骨由寺之东岗，迁至寺之南岗。直至清咸丰年间太平天国战乱时寺焚塔毁，地面无迹可寻。近百年后，遂无人知玄奘顶骨塔之所在了。
一九四二年末，南京沦陷期间，侵华日军在南京中华门外，修筑神社构筑地基时，才发掘出了藏存玄奘顶骨的石函。石函上的铭文记述了可政和尚得之于长安终南山紫阁寺及建塔入葬的始末。另一段铭文则记述了洪武十九年再次迁葬的经过。一九四四年玄奘园寂一千二百八十一周年，在南京玄武山巅，仿长安兴教寺玄奘灵塔而建成之顶骨纪念塔下，又将部分玄奘顶骨再次入葬。其余顶骨又被分为六份，分藏于日本、广州、北京之法源寺、南京之灵谷寺、成都之大慈寺等处。一九五七年初我国政府又将一份玄奘顶骨，赠送给印度政府，并在那烂陀寺遗址上举行了隆重的交接仪式。
