有人把玄奘最得意的门人窥基，称作“三车和尚”。说窥基每出行，必以三车自随，一车载佛经，一车自乘，一车则载家伎、女仆和酒肉。德高望重，虔诚严谨的玄奘，当然不会容许他的门下，有这样不守佛门清规戒律的弟子。
原来玄奘的门下，号称弟子三千。而其中直绍其传，又能发扬光大的就数窥基。他勤奋好学、才华横溢。玄奘对他特别器重，并悉心传授教诲。他十七岁随玄奘出家，二十五岁就正式参与玄奘主持的译务。不久他即与神昉、嘉尚、普光等，成为译场的台柱，被誉为“四哲”。他二十八岁，即参译《成唯识论》。原来玄奘打算将印度瑜伽学派对《唯识三十论》的十家注释，分别一一译出，并想由神昉润色、嘉尚执笔、普光捡文、窥基篡义。但窥基则向玄奘建议：将十家的注释柔和起来，成为一部，作出定解，以免后人无所适从。并要求由他独自负责。玄奘接受了他的建义，他对十家的疏义，采取以护法注释为主，加以决择组识，窥基以这种独创糅译体裁，出色地完成了《成唯识论》的编译，作出了创造性的贡献，后来窥基又为《成唯识论》作《述论》和《枢要》以阐发精义。窥基对玄奘的学说，不但能融会贯通，而且颇多阐发，写有成百篇论疏，故有“百本疏主”的美号。玄奘逝世后，学人多以窥基为玄奘的继承者，讲习时以他的论点作为根据，成为奘门法相唯识之学的权威，为国内外佛徒同所景仰。所以可能由于玄奘对他特别倚重和他的突出成就，而招致猜忌。因而遂有“三车和尚”的诬词。
当然“三车和尚”的恶称，也是事出有因的。原来当初玄奘要收将门之后的窥基为徒时，聪敏年少的窥基，曾抗言声称：“若要我出家为僧，就必须容许我娶妻生子，不禁酒肉。”玄奘喜欢他聪慧过人，深信他一定继承自己所学，所以佯称答应他的条件。这段旧事，可能竟成为中伤他的口实。
