西征军连克达坂、托克逊、吐鲁番三城，前后仅半个月，再次显示出了左宗棠“缓进急战”方针的威力。
西征军连克达坂等三城的重大胜利和阿古柏惨败身亡，使敌人面临瓦解崩溃。“各个城市发生的骚乱变得越来越不可收拾，平民大众焦急等待朝廷军队来恢复秩序”。
但是，左宗棠并未立即乘胜追击。他对刘锦棠说：西进南八城，“仍是缓进急战”，方针不能动摇。
如此有利的进军形势，为何仍要缓进呢？
首先是地理、气候和运输的困难。
所谓南八城，是指吐鲁番以西的东四城即喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什和西四城即喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田。东四城大致在托克逊以西的一条直线上，由吐鲁番经喀喇沙尔到乌什东西2300余里。喀什噶尔是南八城的中心，由阿克苏到喀什噶尔700百余里；由喀什噶尔南经英吉沙尔，再东南经叶尔羌到和田有1400余里。真可谓路途遥远，地区辽阔。在此八城之外，白彦虎和阿古柏的残余势力还占据着拜城等地。因此，西征军转战于400余里的漫长路绒上，交通又极不方便，其任务之艰巨可想而知。这就需要花时间做好准备。
重要的是西征军在攻克吐鲁番后，当时正值盛夏，而吐鲁番自古以来就是有名的火洲，《西游记》中所描述的火焰山，就是这里。而且，当时正值新粮未收之时，驼只歇厂，粮运也更加困难。因此，左宗棠对张曜说：“吐鲁番及喀喇沙尔，伏暑燥热异常，蚊虻最多，师期非秋后不可。”他在给清廷的奏折也这样说的。
在粮运方面，吐鲁番是产粮之区，小麦每石六两，高粱每石一两。因此，两征军收复吐鲁番之后，粮运也出现了一大转折，南过去关内采运改为主要是就地采办。左宗棠对张曜说，吐鲁番土地肥润，天气早暖，产粮为多。如果能约束各军，使百姓不受扰累，则粮运均可就近办理，可省劳费，且十分捷便。他要求张曜速设驿站，分市粮、料、柴各局，派道员雷声远去吐鲁番筹办抚辑、采运、善后各事，并且还特别要求严禁骚扰，买粮照市价，雇当地“人畜之力而给以雇值，均其劳逸，令其乐于趋事，无所畏忌，则回民胥劝，不烦鞭篓，而事易集”。
然而，在当地大批采购，还要等到秋后新粮出来才行，这时仍需从哈密、巴里坤等地采购转运，而又正值骆驼受孕歇厂，转运仍有困难。他在后路想各种办法转运时，还要张曜在前线设法，并将此作为解决转运的主要途径。
不仅如此，将来每攻克一城，都按这种方式办理，就地取材，事不劳而易理，希望鼎力助之。
1877年8月，新秋届临，刘锦棠派西征马步各军从托克逊西进南八城。8月25日，先派提督汤仁和率队去苏巴什、阿哈布拉作为头站。
10月7日，来到“水深数尺，官署民舍荡然无存”的喀喇沙尔。10月9日进入库尔勒，也是空城一座，阒无人烟。这时，西征军“所裹行粮已罄，后路之粮均阻于深淖，虽设法疏销，亦不能催趱遄进，无可如何！幸悬赏掘粮，一日得数万斤，勉资数日之食”。
西征军收复库尔勒后，刘锦棠为了急救被白彦虎胁迫西走受害的维、回各族群众，乃从步营中挑键卒1500名，从马队中选精骑1000匹作头队，自己亲领急行，后队和辎重由罗长祜统率继进。这时，库车的哈底尔在库车维吾尔族、回族群众配合下攻占库车，想擒住大虎、小虎以迎西征军，但被白彦虎击败。刘锦棠率西征军日夜兼程前进，救出了不少受害的群众，并在“持械者斩，余均不问”的口令下奋勇追杀，于10月18日光复库车。
西征军在收复库车的第二天，即10月19日继续前进。21日抵达拜城，维吾尔族首领买卖提托呼达率众“开城诣营”，迎刘锦棠入城。次日前进到察尔齐克台，阿古柏的长子伯克胡里派守阿克苏头目挟制白彦虎分左右两路抗拒，刘锦棠亦兵分两路冲杀。24日到阿克苏城，远远地就看见城头枪矛林立，西南、正西两面飞尘蔽天，据探子报告，才知道城内总头目阿布都勒满谋率众投城，被各胖色提缚之西去，白逆也率领自己的死党一同逃遁。城内民众十数万则皆守城以待官军。刘锦棠入城后，一面派军蹑踪追敌，安抚群众，一面派黄万鹏、张俊率马步前进，于10月26日收复乌什。
战局完全按左宗棠预计发展。刘锦棠三路进兵，他未等张曜率军到玛纳巴什，就于12月21日径趋叶尔羌。敌军在前一天闻讯先逃。刘锦棠派罗长祜、谭拔萃安抚群众，自己率队绕道收复英吉沙尔。
12月17日余虎恩、黄万鹏齐到喀什噶尔域下，见城内火光冲天，城外贼骑遍布，于是挥军奋击，据守该城的兵民也凭城呐喊助势。城内的敌人惊慌失措，打开西门出窜，企图与城外之贼合并狂奔。伯克胡里、白彦虎带着家眷辎重，分头从正西和西北逃走。余虎恩、黄万鹏率队分头追击。伯克胡里素结俄人，早就向其乞地容身。当余虎恩向正西追到明约路时，伯克胡里已率众先逃，只擒获断后的余小虎。俄国驻奥什司令早派人在此照管，待伯克胡里一到，即收取军械，放入界内。白彦虎也早派人带金银货宝赴俄国买路求生。
刘锦棠在叶尔羌派董福祥率队于1878年1月2日驰抵和田时，“安集延踞城之贼尚未窜尽，闻官军至，骇而奔”，纷纷作鸟兽散，董福祥乘势收复和田。
西征军在1877年12月17日收复喀什噶尔后，陆续擒获阿古柏后裔引上胡里等13人，除其在新疆强娶的回族妇女4人，让其家属具领择配外，其余子女9人，监禁后办；将与阿古柏结伙的金相印、余小虎等人，一并磔诛枭示喀城；此外，阿古柏和白彦虎的大小头目共1166名，也都被讯明正法。并缴获后膛进子开花大炮7尊，开花螺丝铜炮4尊，前膛进子开花铜炮100余尊，战马1万余匹，以及不可胜数的枪械。左宗棠认为，只因俄国接纳伯克胡里和白彦虎逃走，未获全功。刘锦棠也为此“义愤填膺，愿率所部与其周旋”。
但是，左宗棠督率西征军，在10月到12月的3个月期间，从喀喇沙尔长驱前进，于奋取东四城后，又分道并规喀什噶尔，收复了西四城，功成迅速，就是左宗棠自己也感到是非意料所及，并自豪地说：“南疆八城，不满三月，一律肃清，自周秦以来实已罕见。”
从1876年8月起，左宗棠督率西征军只用了一年半的时间，就收复了被阿古柏侵占达13年之久的领土。阿古柏侵略政权彻底覆没，西征军取得了反对阿古柏侵略的辉煌胜利。
左宗棠以收复新疆大片失土而获得了广泛的赞誉。1878年1月，被清廷晋升为二等侯爵。据说清廷最初打算授予他公爵爵位，只因有人拿他与曾国藩相比，说曾国藩打败了太平天国，有再造清廷之功，才得到一等侯爵爵位，左宗棠是曾国藩提拔上来的，保土之功不能大于弄造之功，左的爵位也不能超过曾国藩，所以清廷最终改授为二等侯爵。
其实，沙俄自从1871年侵占伊犁后，一直不相信清政府有能力打败阿古柏、白彦虎，为此还一度虚伪地表示：对于伊犁，只要中国政府将关内外肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，当即交还。但是，随着西征军在战场上的节节胜利，沙俄政府感到了事出意外，逐渐显现出了其狰狞的本来面目。
收复伊犁是左宗棠西征的一个极重要而又艰巨的历史任务。
1876年11月，清政府同意凡与俄人交涉新疆事宜，均先知照左宗棠酌度并由其主持办理，此后，左宗棠主动承担起了以收回伊犁为中心的对俄交涉。
1877年夏秋，伊犁将军金顺想要趁俄土战争爆发之际，乘虚袭取伊犁。但左宗棠担心因此而影响到进规南八城的预期目标，他说：“此时若急于索还伊犁，彼人必更挟以为重。”主张“申明纪律，整齐队伍，操练技艺，严为戒备，静以待之”，“断不可挑衅生端，贻害大局”。
为了解决伊犁问题，1878年7月20日，清政府派吏部右侍郎、署理盛京将军崇厚出使俄国，就收回伊犁的问题与俄方交涉。
左宗棠对清政府派崇厚出使沙俄开始是支持的，说崇厚出使一节最为紧要，又特旨授为全权大臣，尤可随宜对付，得其要领。唯盼乘风破浪，迅速成行，这样一来，使俄边各官无所伎俩可施！
