云南、贵州、广西以及同它们邻近的湖南、湖北、四川居住着二三十个少数民族。他们经济落后，生产方式不同，与中央政府关系疏密不一。元、明以来，这些少数民族实行土司制度，由土司管辖各该民族，他们的承继实行世袭制，即老土司指定他的继承人，然后向中央政府备案，也即取得中央政府的认可，而中央政府不向这里派遣地方官。土司自定成文的和不成文的法令，对属民生杀予夺，中央政府概不过问，在这里实现的是土司的意志，而不是中央的政策。
土司制妨碍国家的统一，破坏地方经济文化的发展，不利于社会安定，是阻碍社会进步的因素，破坏它，是历史发展的要求。雍正时期，由于国内早已安定，中央政府力量也十分强大，因此，他决定瓦解土司的势力，废除这种由来已久的不正常制度。
□改土归流，巩固边疆
1725冬，雍正帝任命鄂尔泰为云南巡抚管理云贵总督事务。
雍正四年（1726）春天，广顺长寨土舍与清朝地方驻军发生矛盾，猖狂焚烧清军营房。鄂尔泰看到事态严重，必须用兵，“穷究到底，杀一百，使不敢再犯。”雍正帝欣赏鄂尔泰的才能，认为他是“才德兼优之督臣”，必能担此重任，同意他进兵，并预先指示他，将来事定，“当以军功赏叙”，表明他对此事的重视。在鄂尔泰进军过程中，何世主张适可而止，总兵官、署理贵州大定协副将事丁士杰，提出三不可剿说，鄂尔泰表示决不姑息，并以三不可不剿答复丁士杰，要把事情进行到底。雍正帝支持鄂尔泰，指责何世是书生之见，要他努力协助鄂尔泰完成此役；数说丁士杰见解谬妄，失于怯懦因循。
鄂尔泰在对长寨用兵中，感到对土司、土舍袭用一般正规战争的阵法，难于取得稳固的胜利和战后进行有效的治理，因为用兵时他们逃跑了，或伪装投降，军队一撤，事故立即出现。他认为筹措一劳永逸之法是当务之急。到九月，鄂尔泰正式提出改土归流的建议。他在奏折中把改土归流一事规划得相当详明周全，它的要点是：
第一，说明实行改土归流政策的必要性。他说：土司相杀相劫，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒，此边疆大害，必当解决者。”办法就是尽行改土归流，“将富强横暴者渐次禽拿，迂懦昏庸者渐次改置。”否则，不过是临事治标，不能从根本上解决问题。
第二，拟议改流的方针和方法。他说：“改流之法，计禽为上策，兵剿为下策；命自投献为上策，勒令投献为下策；”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速实现。
第三，认为只有大吏秉公奋力去做，才能实行。他知道变革土司这样的旧制，比较困难，有失败的可能，那样将受到舆论的谴责和行政的制裁，要实行得好，主办人必须殚竭心力，勤奋不懈，“稍有瞻顾，必不敢行；稍有懈怠，必不能行。”要不计个人得失地实心实力去做才可能成功。
雍正帝非常高兴地阅览了鄂尔泰的奏折，在密折的行款上写了许多批语，最后还有总批，表示他对改土归流的态度和心情，他的朱批有：
即此二句，上天鉴之矣。
好。
务有名问罪为好。
具题时（写正式题本）应当将这个意思写入。就是现在说的意思好。朕心中嘉悦，竟至于动了感情！没有什么可以告诫你的了，努力去实行吧！
他全都批准了鄂尔泰的建议，勉励他好好实行，并让写出题本，以便正式批准。据说当鄂尔泰题本在朝臣中宣布时，大家不知道雍正帝与鄂尔泰已通过秘密奏折和朱批商量好了，还以为这是件大事，鄂尔泰这样冒冒失失地陈奏，会不会遭到谴责，为他捏着一把汗，哪知雍正帝却非常高兴，说鄂尔泰是朕的奇臣，是上天把他赐给朕的。有了他改土归流的事情就能妥善办理了。雍正帝笃信“有治人无治法”的政治观念，欣赏鄂尔泰的才德，把这件大事交给他办，就放心了。
□调整行政区划，实施改土归流
为了适应改土归流的需要，云南、贵州、四川边境的行政区划，必须做适当的调整，因为有些土司、土舍地处两省或三省的边界，发生事故，一省处治不了；有些土司、土舍属于某省，而从治理方面来看，那种区划不便于政令推行。鄂尔泰深知这些弊端，不利于改土归流的实行，早在全面提出改土归流建议之前，就提议改变不合理的行政区划。他以东川府为例说：东川属四川，离成都二千八百里，距昆明仅四百里。该府已于康熙中改土归流，然而实际情况与未改差不多。它在四川的邻境是乌蒙土府，该土司攻劫它，知府报告四川不能及时得到救援，只有请求云南救护。东川还与云南的寻甸、禄劝、沾益三土州接壤，东川土人到三土州抢掠人口牲畜，告到官府，因隔省审理，多有徇庇，而且长年不能结案。鄂尔泰又说乌蒙土司，不仅荼毒东川，滇、黔、蜀接壤之地没有不受其害的。因此，他要求把东川划归云南，以便统一事权，有步骤地实行改土归流。他的主张也因甚合雍正帝的意愿，获得批准。雍正帝还命他会同川陕总督岳钟琪料理乌蒙土府事务。随后又将乌蒙、镇雄二土府改归云南建制。变更数省交界处的行政区划，以统一事权，是改土归流的必要条件，也是改土归流方针的内容。
□选择精兵强将，参与改土归流
改土归流，废除数百年的土司制度，是一次较大的社会改革，必然引起敌对势力的反抗，改土归流是斗争的过程，巩固成果也需要继续努力。
镇沅改土归流后，署理知府刘洪度查田编赋，触及原土司上层的利益，而他的家人又借机谋利，原土司刀瀚的族人和土目就以刘洪度“编粮苛刻”、“勒索银钱”为借口，于五年（1727）正月聚众焚烧府衙，杀死刘洪度。鄂尔泰当即发兵往讨。雍正帝认为事件的发生，一则是土司好乱，再则是委官不当，不能妥善治理。他说得相当准确，以后面一点而言，有的清军到新地方肆行抢掠，有的流官不善经理，骤然增加赋税，兴派徭役，自身又贪婪不法，加之新设镇营的队伍大多是从邻近营汛抽调来的，造成原防区力量的空虚，给原土司上层煽动叛乱以口舌和可乘之机。
贵州古州、台拱地方设官后，原土舍势力仍大，十二年（1734），当地传言“出有苗王”，阴谋恢复旧日局面。雍正帝为消弭可能发生的事端，派遣吏部侍郎吕耀曾、大理寺卿德福到贵州，会同当地官员去古州宣谕化导，希望该地安静无事。但是毫无效果。次年（1735）二月，终于发生了叛乱。叛乱者以古州、台拱为中心，攻陷镇远府黄平，焚劫都匀府凯里（今黔东南苗族侗族自治州凯里县），围困都匀府丹江厅（今雷山县），众至数万，贵阳为之戒严。雍正帝任命贵州提督哈元生为扬威将军，湖广提督董芳为副将军，率领滇、黔、楚、粤诸军往讨，并要求他们“痛加剿除，务尽根诛，不遗后患”。又命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，前往贵州。还任用果亲王允礼、皇四子宝亲王弘历，皇五子和亲王弘昼、大学士鄂尔泰、张廷玉、公、户部尚书复庆等人办理苗疆事务。鄂尔泰因事变发生，以对改土归流“布置未妥，筹虑未周”请罪，雍正帝宣布根据有功则赏、无功则辞的原则，削其伯爵，给假养病，实际仍信任他，令他照前参与政务。在贵州，董芳与哈元生不合作，张照支持董芳。张照和董芳认为从前不应当改土归流、建制，现在应该招抚，恢复旧状。因主张不一，将领不和，征伐没有进展。八月雍正帝死，乾隆帝继位，坚持平叛，召回张照，命张广泗为七省经略，统一指挥作战，次年成功。在处理善后时，乾隆帝命将“古州等处新设钱粮，尽行豁免，永不征收。”“嗣后苗众一切自相争讼之事，俱照苗俗完结，不必绳以官法。”根据少数民族地区的特点进行统治。
雍正朝的改土归流和设官建制，只是在西南少数民族的一些地区实行了，未改行流官的地方还不少，土舍地区还很多。即使改土归流的地方，土司残余势力也还存在，他们仍能不同程度地控制属民，一些地方的流官的权威比他们小得多。但是这一次改土归流，打击了土司割据势力，减少了叛乱因素，加强了中央政府对边疆的统治；一定程度地废除土司、土舍凌虐属民制度，有利于少数民族地区社会经济文化的发展；由于政体的统一，使得民族杂居地区减少了战争，社会秩序比较安定，为民族联系的加强，提供了条件。一句话，它对我国多民族国家的统一、经济文化的发展有着积极意义。它的出现，体现了社会历史发展的要求，反映了被压迫的土民和受骚扰的汉民的愿望。主持其事的雍正帝和鄂尔泰，正确地反映了时代的要求，适时地作出了判断，并付诸实行，他们做了有益的贡献。
