1941年春，盛彤笙离开西北农学院，摆脱了险恶的环境，来到了已迁至大西南成都的他的母校国立中央大学。
1937年7月，日本帝国主义侵华战争升级，日寇长驱南下，国民政府首都南京岌岌可危，许多政府部门西迁重庆。10月，国立中央大学迁至大西南，其本部设在重庆，医学院和农学院畜牧兽医系则迁到了四川成都的浆洗街。成都附近的华西坝还有齐鲁大学、金陵大学、华西大学的医学院和协和医学院，形成了后方的医学教育中心，学术空气很浓。那时学生相对较少，大家可以互相到这些学校去听课，当时的解剖学、生理学、生物化学、药理学、病理学、微生物学等学科，都是由著名教授讲授的，学生可以自由选择，真正是资源共享，大大提高了学生的基础理论水平。很多助教也到这些学校去听课，这为他们顺利考上公费出国留学创造了条件。
国立中央大学的畜牧兽医系成立于1929年，初创时期，基础薄弱，仅有教授、助教各2人，教学设施也严重缺乏，所以招生人数也比较少，有四五年中每年只有一两个学生，多的时候也就是七八个。该系虽然不是我国现代畜牧兽医教育的源头，但却是畜牧兽医高层人才的摇篮，以后许多农业院校的畜牧兽医师资以及新中国畜牧兽医科研机构的研究人员，大多来自这里。在随后的几年里，畜牧兽医系逐渐充实了教学人员、专业图书、仪器设备及畜牧场等，教学条件有所改善，招生人数也有所增加。1941年，盛彤笙和胡祥璧、汤逸人、吴仲贤、吴文安等青年教师的到来，加上原来的陈之长、熊大仕、罗清生、许振英、汪德章等名牌教授，使畜牧兽医系人才济济。他们中的陈之长、罗清生二人均为留美的兽医学博士，吴文安为留法的兽医学博士，许振英及汪启愚均为留美的科学硕士，熊大仕为留美的兽医学博士及哲学博士、单蹄兽肠道鞭毛虫的世界权威，胡祥璧为留英的兽医学博士，汤逸人及吴仲贤与王栋均是留英的哲学博士，还有从美国获得科学硕士的汪国舆、卢润孚、黄异生等。同时系上还利用齐集于成都华西坝5所大学的有利条件，聘请中央大学医学院生物化学教授郑集、生理学教授徐丰彦，金陵大学农学系主任汤湘雨博士等为兼职教授。如此教授阵容，可谓盛极一时，与国外的同类大学相比，也毫不逊色。系主任陈之长是我国现代畜牧兽医教育事业的奠基人之一，他特别满意的是盛彤笙到来后，将微生物学和家畜病理学这两门学科担当了起来，使兽医系的各科力量均衡，都有很强的师资。盛彤笙也以他过人的精力，同时在其他几所医学院兼授微生物课。这一年，中大畜牧兽医系的招生规模一下子增加到34人。
当年中央大学这一批刚从国外回来的青年教授，如盛彤笙、翁文波、胡祥璧、汤逸人、黄玉珊、张宗燧等人，均未满30岁，年龄最小的理论物理学教授张宗燧年仅24岁，他们思想活跃，精力旺盛，充满朝气和活力，年龄与学生相差无几，大家一起谈心、一起打球，甚至一起玩游戏，学生们戏称他们为“娃娃教授”，而盛彤笙更是其中的“娃娃教授头”，名满全校。
在中大任教的5年，由于成都医学名家云集，图书资料和仪器设备相对齐全，对兽医教学和研究很有帮助。这一时期，盛彤笙潜心于教学、科研和编译工作，成为个人著述方面取得创造性成果最多的时期。
当年国内自编的专业教材不多，为了传播国外兽医先进知识和技术，他利用晚上时间，一个人蹲在暗室里从德国留学带回的显微胶卷中译出Kelser教授所著的《兽医细菌学》，作为畜牧兽医专业教材；他还编写了我国第一部《兽医细菌学实习指导》和《家畜尸体解剖技术》，使教师教学和学生实习有章可循，解决了几所大学微生物学的教材问题。以后，他又根据德文原著，重译了陈之长、罗清生在抗战时根据英文转译的《兽医临床诊断学》，使这部书成为内容精辟的名著。虽然他全面进行了重译，但署名时，仍用的是陈之长、罗清生之名。同时，他还编写了《军马毒气中毒》《马匹的重要传染病》等几本科普读物。这些著作对于抗战时期中国军队军马疫病防治和毒气防护，意义重大。
1942年，中国畜牧兽医学会在成都恢复了活动，选举产生了新的理事会，陈之长、罗清生、盛彤笙、许振英、汤逸人、胡祥璧等当选为理事，陈之长当选为理事长。理事会上，还推举盛彤笙主编刚刚复刊的全国性专业学术刊物《畜牧兽医月刊》《中国畜牧兽医学会会讯》。自此，这两份刊物从组稿、编辑、校对、付印、发行，都是盛彤笙和他的助教谢铮铭利用业余时间完成的，内容不足时，还得自行撰写或者翻译部分稿件。“月刊”发行量虽只有一千余份，用的且都是粗劣的黄草纸印刷，但上述这些程序一项也不能少。在抗战期间畜牧兽医读物贫乏的情况下，为同道提供了发表科研成果和交流国内外科学情报的园地，他们并不以为苦，而是认真地、默默地尽着自己的义务，使畜牧兽医学脉在艰难岁月得以延续。
20世纪20年代末，中央大学的一些学子发起组织了“中华自然科学社”，旨在普及科学知识，实行科学救国，盛彤笙在大学期间就加入了这一团体。随着一些知名科学家的加入，在社会上的影响越来越大，社团还出版了两种刊物，一种是科普性质的《科学世界》，另一种是报道社内动态和消息的《中华自然科学社社闻》。盛彤笙回母校执教后，在编辑、发行畜牧兽医专业刊物的同时，还担任了《中华自然科学社社闻》杂志的主编。他每期都要撰写一篇三四百字的社论，呼吁团结抗日，反对分裂和内战；呼唤民主，抵制独裁；主张科学应为广大民众谋福利，反对由少数人垄断等，在科学界产生了广泛的影响。
在中央大学这5年，也是他科研成果颇丰的时期。
当时在四川成都地区，水牛中流行一种不能站立、四肢麻痹、腿部皮肤温度较其他部位低的疾病，农民称之为“四脚寒”。此病已流行几十年，一旦染病，必死无疑，给养牛农户造成很大损失。抗战期间，既无经费，又无研究条件，盛彤笙通过实地调查和病例分析，并查找了大量国内外资料，认定此病为水牛脑脊髓炎。为了查明病因，他在设备缺乏、毫无经费的困难条件下，经过反复研究和细菌学试验等，在世界上首次证实了我国川西一带流行的水牛“四脚寒病”，是一种病毒引起的传染性脑脊髓炎。论文《水牛脑脊髓炎之研究》（Vinls encephalomyelitis in buffaloes）在国际权威杂志《科学》（《SCIENCE》）上发表，受到世界兽医学界和微生物学界的广泛关注。
马鼻疽是一种严重的传染病，20世纪40年代以前尚无治疗方法。欧洲各国采取扑杀深埋的政策以阻止其传播，因而发病率不高，也无人进行治疗方法的研究。但此病在我国发病率很高，农民对症状较轻或隐性病例多舍不得扑杀而继续饲养使用，因而蔓延甚广。有鉴于此，盛彤笙在氨苯磺胺类药物刚问世不久就开始进行对鼻疽杆菌的抑菌试验，获得了可喜成果。他证明三种药物—磺胺噻哗、磺胺吡啶和氨苯磺胺对鼻疽杆菌均有显著抑菌作用。论文《磺胺族药物对马鼻疽杆菌之效用》于1944年发表，为使用此类药物治疗本病提供了科学依据，在国际上首次作了报道。国内在检疫后将阳性病马集中管理使役，并对急性病例进行治疗，大大降低了本病的死亡和蔓延。国际上类似的研究直至7年以后才发表（Deyhimi和Katai，1951）。我国以后一般不采取扑杀而能够有效地治疗和控制此病，自然深受群众欢迎。
此外，1945年盛彤笙还与朱晓屏、廖延雄、王树信等助教和学生对重庆和成都地区的牛布鲁氏菌病进行调查，研究了磺胺类药物对出血性败血病杆菌的抑菌作用，获得明显成效。
自20世纪初西方兽医知识传入中国以来，学术不断增新，内容不断丰富，不论疾病的发现、病原的确定以及防治的手段等，其首创者几乎都是国外学者，各校教材也均取材于欧美教科书。而盛彤笙，一个“娃娃教授”，能在抗日战争烽火连天的艰难岁月，在教学和科研条件十分简陋的情况下，潜心研究，凭借自己扎实的学术功底，取得上述两项在世界上领先的成果，实现了我国兽医学术上“零”的突破，受到世界同道的关注，实在是件了不起的大事！
由于盛彤笙在学术界的广泛影响，1947年，上海一批进步青年农业科学工作者在共产党领导下成立“中国农业科学研究社”时，还聘请他为该社顾问。
