抗日战争进入相持阶段后，日本“速战速决”以武力灭亡中国的计划彻底破灭。虽然日本已将其兵力由七七事变前的17个师团扩充到1938年底的34个师团零4个独立混成旅团，并将其绝大多数的师团投入侵华战场，在国内仅有2个师团，但面对中国人民的浴血抗战，仍是捉襟见肘，显得兵力不足。当其准备进攻广州时，已经从国内抽调不出兵力，只好从侵华日军中临时抽调出部分兵力，拼凑出一个军进行作战。由于其战线长达数千公里，占领地区与我抗日根据地相互交织在一起，需要大量的兵力守备，再加上经过一年多作战伤亡40余万人，已没有多少机动兵力用于作战，更无力在正面战场进行大规模的进攻。因此，日军不得不改变战略方针，变战略进攻为战略防守：放弃对正面战场的进攻，对国民党执行的政策由过去的以军事打击为主，以政治诱降为辅转变为以政治诱降为主，以军事打击为辅，将军事打击的重点转向敌后战场的八路军、新四军，对敌后抗日根据地，特别是华北的敌后抗日根据地进行大规模的“扫荡”，确保其占领区。
为此，日本政府于1938年11月3日发表《关于建设东亚新秩序的声明》，即第二次近卫声明，提出“如果国民党政府抛弃以前的一贯政策，更换人事组织，取得新生的成果，参加新秩序的建设，我方并不予以拒绝”，改变了其于年初发表的第一次声明中的“不以国民政府为对手”的强硬态度，对国民党政府进行明确的诱降。同年12月22日，日本首相近卫发表第三次声明，根据日本内阁11月30日召开御前会议制订的《调整日华新关系的方针》，公布了以“日满华善邻友好，共同防共，经济提携”为中心的“建设大东亚新秩序”的三项原则，声称“日本只要求中国作出必要的最低限度的保证，为履行建设新秩序而分担部分责任。日本不仅尊重中国的主权，而且对中国为完成独立所必要的治外法权的撤消和租界的归还，也愿进一步予以积极的考虑”。1939年3月，日本首相平沼也提出“蒋介石将军与其所领导之政府，假使能重新考虑其反日态度，与日本共同合作，谋东亚新秩序之建立，则日本准备与之作中止敌对行为之谈判”。这一切都表明日本侵略者在武力进攻受挫后，急欲以政治诱降来摆脱其在侵华战争中陷入的困境，并以此来分裂中国的抗日民族统一战线，利用蒋介石的反共本性来牵制共产党领导的抗日武装力量。
在军事上，日本政府制订了“确保占领地区，促进其安定，以坚强的长期围攻态度，扑灭残余的抗日势力”的方针，将主要兵力投入华北战场对付八路军。为此，日军在其华北方面军辖有第一军、驻蒙军的基础上，又增加了第十二军，又从华中、华南调出几个师团派往华北。这样，日军侵华兵力的半数以上均集中在华北。
在日本侵略者的威逼利诱下，国民党亲日派代表汪精卫等人于1938年底投降日本侵略者，充当了遗臭万年的汉奸，并在日本政府的扶植下建立了伪政权。国民党蒋介石集团也发生动摇，抗日也变得更加消极，而反共浪潮却不断甚嚣尘上。抗日民族统一战线面临着妥协投降和分裂的威胁。
1938年9月29日，中共中央在延安召开了六届六中全会，正确地分析了抗战发展的形势，提出了今后全国抗战的总任务及我党我军的方针政策，强调在统一战线中坚持既联合又斗争的独立自主方针，号召大力开展抗日游击战争，加强人民军队和抗日根据地的建设。这次会议制订的方针政策为我党我军坚持抗战，打退国民党反共浪潮，指明了方向。
为了贯彻党中央“巩固华北，发展华中华南”的战略目标，八路军第一二〇师、第一二九师、第一一五师分别开进到冀中、冀南和山东地区，协同当地抗日军民开展抗日游击战争，巩固和发展抗日根据地。
1938年12月，八路军第一二〇师从山西岚县和绥远大青山出发，于1939年1月到达冀中河间地区，随后粉碎日军多次围攻，巩固了冀中抗日根据地。八路军第一二九师一部从太行山出发，进入冀南平原的南宫、冀县等地区，经多次激战，打退了日军的围攻。八路军一一五师由晋西挺进至山东鲁西地区，在经过艰苦奋战后，至1939年底建立了包括胶东、清河、冀鲁边、鲁中、鲁南、鲁西在内的山东抗日根据地。
其后，我抗日根据地军民又多次打退日军对太行、北岳根据地的“扫荡”，先后取得了上下细腰涧、大龙华、陈庄、雁宿崖、黄土岭等战斗的胜利，歼灭大量日军。特别是在黄土岭战斗中，我军击毙日军独立混成第二旅团旅团长阿部规秀中将，令日军“名将之花凋谢在太行山上”，沉重地打击了日军的士气。在这次战斗中，加拿大国际主义战士白求恩大夫在为八路军伤员动手术时被病毒侵染，于11月12日病逝于河北唐县黄石口村，将其生命无私地奉献给了中华人民的抗日斗争。
为执行党中央“发展华中”的战略方针，新四军以“向北发展，向东作战，向南巩固”为目标，先后粉碎日伪军的多次封锁和扫荡，使苏、浙、豫、皖、鄂等省的根据地不断得到巩固，抗日游击战争不断得到发展。至1940年底，新四军先后建立并巩固了皖东、皖东北、皖南、皖中、豫皖苏、苏北、苏南、鄂豫等抗日根据地，兵力也发展到9万余人，成为华中抗日的重要力量。
在华南，中国共产党领导创建了东江与琼崖抗日根据地，并在与日军和国民党反动派的战斗中不断发展壮大，与华北、华中敌后战场一道成为我军重要的抗日敌后战场。
在东北，抗日联军在中国共产党的领导下进行艰苦卓绝的抗日游击战争，给侵略者以沉重打击，涌现了杨靖宇和赵一曼等一批抗日英雄和“八女投江”等一系列英雄事迹，为中华民族的抗日战争写下了可歌可泣的光辉一页。
1938年11月，国民政府军事委员会又对战区进行了调整：以卫立煌为第一战区司令长官，辖河南及安徽等地区，兵力为12个余步兵师；以阎锡山为第二战区司令长官，辖山西及陕西等地区，兵力为32个余步兵师；以顾祝同为第三战区司令长官，辖苏南、皖南及浙、闽等地区，兵力为22个余步兵师；以张发奎为第四战区司令长官，辖两广等地，兵力为18个余步兵师；以李宗仁为第五战区司令长官，辖皖西、鄂北、豫南等地区，兵力为28个余步兵师；以朱绍良为第八战区司令长官，辖甘、宁、青及绥远等地，兵力为6个余步兵师；以陈诚为第九战区司令长官，辖赣北、鄂南、湖南地区，兵力为52个步兵师；以蒋鼎文为第十战区司令长官，辖陕西，兵力为9个步兵师；以于学忠为苏鲁战区总司令，辖苏北及山东，兵力为7个步兵师；以鹿钟麟为冀察战区总司令，辖冀察地区，兵力为5个步兵师。总计204个师，还有39个旅，共200余万人。
1939年3月17日，华中日军4个师团约10万人在第十一军司令官冈村宁次的指挥下，分3路向罗卓英部守卫的南昌发起进攻，守军总计10个军30余万人。双方在南昌地区进行了大规模会战。日军主力沿南浔铁路向南进攻，20日渡过修水并突破守军阵地，26日渡过赣江，27日开始从三面进攻南昌城。守城部队经苦战后撤离，南昌陷落。4月下旬，守军开始向南昌发动反攻，并在南昌城外围与日军激战数日形成对峙。5月9日，守军被迫后撤。南昌会战结束。
与此同时，日军为巩固对武汉地区的防务，于4月下旬集中了3个师团约10万的兵力，向桐柏、随县、枣阳地区的中国第五战区主力部队发动围攻。中国守军在第五战区司令长官李宗仁的指挥下进行攻势防御。5月7日日军攻占随县，5月8日，攻占枣阳，并准备从两翼包围中国军队主力。守军主力在跳出敌包围圈后，于15日开始发起全线反击，18日日军开始撤退。19日中国守军收复枣阳，23日收复随县。随枣会战结束。
1939年9月1日，德国军队采用“闪击”战法突然入侵波兰。9月3日，英法对德宣战，第二次世界大战爆发。德国法西斯挑起的战火也促使日本帝国主义的侵略野心进一步膨胀，为了迅速从侵华战场的泥潭中抽身，并进一步扩大对外冒险行动，日军于9月中旬在南京建立以西尾寿造大将为总司令官的中国派遣军总司令部，统一指挥华北、华中、华南的侵华日军。在政治诱降进展不畅后，日军继续对国民党正面战场进行局部进攻，并对西南地区的重要城市进行轰炸，加强对国民党政府的军事压力。
从1939年9月至1941年9月的二年间，华中日军以其第十一军先后在华中地区向国民党正面战场发动了第一次长沙会战、枣宜会战、豫南会战、上高会战、第二次长沙会战等战役。
1939年9月14日，日军集中4个师团约10万余人，在第十一军司令官冈村宁次的指挥下，分别从赣北、鄂南、湘北3个方面向长沙发动进攻。中国第九战区调集17个军约20万人部署在湘北、鄂南、赣北等地，利用有利地势，采取“逐次消耗敌人”的方针抗击日军。14日，日军从赣北首先向西发起进攻，企图策应湘北南下日军夹击长沙，遭到守军的阻击，进攻受挫。22日，鄂南日军由通城出发南犯，于月底进至平江。湘北为日军主攻方向，日军于18日由岳阳向新墙河中国守军防线展开进攻。22日中国守军退至新墙河南岸阵地，24日又退至汩罗江南岸。26日日军猛攻并突破汩罗江南岸阵地，28日日军继续南犯，遭到守军伏击，损失惨重。其后，日军为避免陷入不利态势开始后撤。中国守军于10月2日开始反击，4日收复汩罗江南岸地区，7日将日军击退至新墙河以北。至此第一次长沙会战结束。日军共伤亡2万余人。
1940年4月中旬，华中日军又集中3个多师团兵力，由第十一军司令官统一指挥，向枣阳、宜昌等地区的中国第五战区军队展开进攻，企图先夺取枣阳，然后攻占宜昌，截断重庆与华中地区的水运联系。日军于5月1日开始向信阳、随县、钟祥等地发起数路进攻，企图围歼中国第五战区部队。8日日军占领枣阳。第五战区守军在节节抗击后跳出日军合围，于11日开始反击，并一度克复枣阳等地。第三十三集团军总司令张自忠将军在枣阳南瓜店地区亲自督战与日军激战，壮烈殉国。其后日军反扑，枣阳于21日再次失陷，中国守军被迫撤退。5月底，日军向宜昌进逼，先后突破守军防线，于6月11日开始围攻宜昌。12日中国守军退出宜昌，宜昌失陷。枣宜会战，日军虽占据了宜昌，但仍未达到围歼中国守军主力部队，解除其对武汉地区威胁的目的。
1941年1月华中日军为打通平汉路南段，再次向位于豫南的国民党第五战区主力部队发动进攻。24日日军分三路向豫南大举进犯，先后占领确山、驻马店、舞阳、南阳等地，中国军队以一部在正面节节抗击，主力迅速转移，使日军一再扑空，而且后方不断遭到袭击。日军遂于2月初退回信阳。
3月，日军为巩固对南昌的占领，以两个多师团向江西上高地区的中国第九战区部队发动进攻。15日日军分三路向上高进攻，其南北两路先后遭到守军的顽强抗击，进攻受阻，中路日军孤立突进，于22日被守军包围于上高附近地区，双方展开激战。26日日军在付出巨大伤亡之后突围，守军追击歼敌，至4月2日恢复会战前的态势。
9月上旬，日军第十一军以4个师团兵力再次向长沙地区的国民党第九战区部队发动进攻。双方进行了第二次长沙会战。20日日军渡过汩罗江，26日渡过捞刀河，28日占领长沙。国民党军队不断组织反攻，10月1日日军开始退却，9日退至新墙河北岸，恢复了战前的对峙局面。
此外，日军还先后在华南和华北进行了桂南会战和中条山会战。
1939年11月日军为切断经广西南宁入越南的国际交通线，以第二十一军进攻南宁。15日，日军在钦州湾登陆。由于中国守军兵力薄弱，无法有效地阻击日军进攻，日军先后攻占防城、钦县，21日日军攻陷南宁。守军退守高峰隘和昆仑关，两地也分别于12月初失陷。为收复南宁这个军事要地，国民党军队从后方调集重兵于12月18日向南宁发起反攻：以第五、第九十九军为北路军，由徐庭瑶指挥，向昆仑关攻击；以第四十六、第六十六军为东路军，由蔡廷锴指挥，从侧翼袭扰日军；以第一、第二纵队为西路军，由夏威指挥，向高峰隘攻击。北路军之第五军经十多天浴血奋战，于31日攻克昆仑关。1940年1月上旬，日军又抽调兵力至桂南战场进行反扑，并于2月8日重新攻陷昆仑关，但由于其兵力分散，补给困难，于9日开始南撤。国民党守军抓住战机，于3月初展开攻击，与日军作战百余次，至11月30日终于收复南宁，日军被赶出桂南。至此历时一年的桂南会战以日军失败告终。
1941年5月，华北日军共10万余人向山西中条山地区的国民党第一战区部队发动了进攻。5月8日，日军占领孟县、济源、垣曲，并将国民党军队分割包围并展开围攻。国民党军队13日开始分别突围，至20日仅有部分兵力突出重围，其余部队均被打散。
为了反击华北日军对八路军的全面进攻，打击其推行的以“铁路为柱、公路为链、碉堡为锁”的囚笼政策，同时也振奋全国人民的抗战斗志，影响全国抗战局势，克服国民党的投降危险，八路军于1940年8月至12月在华北地区对日军发动了大规模的进攻作战。由于参战的八路军兵力共有100多个团，故称“百团大战”。
八路军总部于7月22日发出了以破击连结河北与山西的主要交通线——正（定）太（原）铁路为中心的交通破袭战预备命令。8月8日，八路军总部下达战役行动命令：以晋察冀军区主力破击正太铁路东段（石家庄至阳泉），重点是阳泉至娘子关段；以第一二九师主力破击正太铁路西段（阳泉至榆次），重点是阳泉至张净镇段，另以部分兵力阻击敌人向正太铁路增援；以第一二〇师破击忻县以北同蒲路和汾（阳）离（石）公路，并将主力部署于阳曲南北地区，阻止敌人向正太路增援。分散驻守在这些地区和交通线上的日军共有20余万人，还有15万余伪军。八路军参战兵力为晋察冀军区39个团，第一二〇师20个团，第一二九师46个团，总计105个团，20余万人。
百团大战共分三个阶段。从8月20日到9月10日为第一阶段，以实施交通总破击战为中心。其间我军共作战200余次，攻克敌据点近百个，歼敌6000余人。我军也伤亡4000余人。
8月20日，在八路军总部的统一指挥下，我参战各部队经过充分战前准备同时向敌人发起攻击：晋察冀军区以19个团向正太铁路东段发动攻击，同时还以约20个团兵力向平汉铁路、津浦铁路、北宁铁路同时发动破击战。第一二九师以10个团向正太铁路、同蒲铁路、白晋铁路和邯长公路发动破击战。第一二〇师以20个团对同蒲铁路北段和晋西北地区的主要公路发动破击战。
晋察冀军区右纵队于8月20日攻入娘子关，歼敌大部。21日向磨河滩之敌发起攻击，未奏效，向移稂、乱柳、盘石等地的攻击也未成功。中央纵队于21日黎明攻占井陉煤矿的主要矿井，击毙一部日军，并破坏矿井设施。在左纵队对岩峰、上安等地攻击未成功后，中央纵队转移兵力对铁路、桥梁进行全面破坏。其后又向盂县、寿阳等地进攻，歼敌200余人。八路军第一二九师左翼队于20日晚首克芦家庄，其后又攻克上湖等据点，还一度攻入寿阳。右翼队先后攻占桑掌及坡头、赛鱼、张净、狼峪等车站。师预备队一部于21日至26日在阳泉西南狮垴山与日军发生激战。日军以数百兵力向我军坚守的狮垴山阵地发动猛攻，我军英勇抗击6昼夜，歼敌400余人，保障了破击战的顺利进行。正太路西段除少数据点外均为我军控制，并被我军破坏，交通陷于瘫痪。9月初，第一二九师又分别取得卷峪沟和双峰等一系列战斗的胜利，歼敌数百人。八路军第一二〇师至8月底先后攻克龙泉、康家会、丰润村、阳方口等日伪军据点，并一度攻入五寨城，共歼灭日伪军800余人，切断了同蒲铁路北段和忻静、汾离、太汾等公路。
9月22日至10月上旬为第二阶段作战，以扩大战果，攻占交通线两侧和深入我根据地内日军的据点为中心。在半个月的时间内我军进行大小战斗600余次，攻克敌据点100余个，歼敌7000余人。我军也伤亡4000余人。
9月22日，晋察冀军区以7个余团的兵力发起涞灵战役。我军向涞源县城及其周围据点之敌发动进攻，攻占了东西南3面城关和2个外围据点。23日，我军停止强攻涞源城，将主力转为扫清城外据点，至26日攻克三甲村、东团堡等十余个据点。由于从28日起日军大批部队增援，我军攻占的据点相继被夺回，我军遂停止对涞源的攻击。10月7日，我军又向灵丘、浑源地区之敌据点发动攻击，先后攻克南坡头、抢风岭、青磁窑等据点。9日，日军开始向灵丘和浑源增援，我军于10日结束了为期18天的涞灵战役，共歼敌1100余人，我军也伤亡1400余人。
9月23日，八路军第一二九师发起榆辽战役。三八五旅向榆辽公路东段日军各据点发动攻击，三八六旅向榆辽公路西段日军各据点发动攻击。至30日，相继攻克铺上、山岭底、沿壁、王景、石匣、管头等据点和榆社县城。由于敌人增援，我军停止按原计划对辽县的进攻，转向红崖头、关家垴地区，伏击敌人援兵。我军冒雨向被包围之敌发动多次猛攻，歼敌过半，日军残部负隅顽抗，双方形成对峙，其后敌援军突破我狼牙山阻击阵地，我军撤出战斗，结束榆辽战役，共歼敌2000余人。
第一二〇师同时向同蒲路北段展开破击作战，至26日使该段交通陷于瘫痪。
10月1日，冀中军区在任丘、河间、大城、肃宁地区进行了进攻破交战役，历时20天，经过60余次战斗拔除敌据点20余个，歼敌1500余人，破坏了这一地区的敌人交通线。
从10月6日至12月5日为作战的第三阶段，主要是反击日伪军“扫荡”作战。
由于百团大战开始后，华北日军遭到八路军两个阶段的连续打击，为稳定局势，向华北各抗日根据地展开报复“扫荡”我军也被迫由主动进攻作战转为被动的反“扫荡”作战。
10月上旬，日军首先开始“扫荡”太行区。日军调集近万人的兵力，向榆社、辽县、武乡之间的浊漳河两岸地区进犯，准备重点进攻中共北方局、八路军总部和晋冀豫地区机关所在地麻田、左会间及涉县、偏城一带，企图消灭我军一二九师与党政机关。29日夜，第一二九师于关家垴地区将日军一个大队包围，并向敌人展开猛攻，歼敌大部。日军在多次合击我领导机关落空后，于11月14日退出根据地。
10月13日至次年1月初，日军先后对晋察冀边区的平西、北岳地区展开“扫荡”，我军以游击战打击敌人，迫使敌人全部撤出根据地。
10月下旬，日军向晋西北的娄烦、米峪镇地区展开“扫荡”，对根据地实行烧光、杀光、抢光的“三光”政策，给根据地人民带来空前的浩劫。我军民奋起反击，总共歼敌2500余人，迫使日军于次年1月退出了根据地。
11月17日，日军向太岳根据地进犯，在我军民的坚决反击下，至12月5日撤出了太岳区。
至此，历时三个半月的百团大战结束。我军先后作战1800余次，毙伤俘日军和伪军4.6万余人，破坏了许多铁路、公路、桥梁和隧道，缴获大量武器装备，我军也伤亡1.7万余人。百团大战严重地破坏了华北日军主要交通线，歼灭大量日军，极大地鼓舞了全国人民抗战胜利的信心，提高了共产党和八路军的声望。但由于战役的规模较大和持续的时间较长也在一定程度上消耗了我军的有生力量。
为报复“百团大战”，日军在华北进行了疯狂的“扫荡”。为了加强华北方面军，日军又从华中抽调2个师团到华北，使华北日军兵力达到11个师团零12个独立混和旅团，共约30万人。日军在华北推行“治安强化运动”，将华北划分为“治安区”——即日军占领区、“准治安区”——即中日双方争夺的游击区、“非治安区”——即抗日根据地，推行相应不同的统治政策：在“治安区”，发展伪军，强化伪政权，镇压抗日活动，巩固其占领区；在“准治安区”，大肆进行蚕食，设置据点，修建公路，企图“清剿”八路军和游击队；在“非治安区”，进行残酷的“扫荡”，实行了“杀光、抢光、烧光”的“三光”政策，企图彻底消灭抗日军民，摧毁抗日根据地。
1941年1月至6月，日军先后对鲁西、冀鲁豫边、冀东、冀中等平原抗日根据地进行分期分区的大规模“扫荡”，企图围歼我军主力和领导机关，但均以失败告终。1941年秋冬，日军又将“扫荡”的重点转向我山区抗日根据地。8月中旬，日军集中6万余兵力，由新上任的华北方面军司令官冈村宁次指挥，向晋察冀抗日根据地北岳区和平西区进行了大规模的“扫荡”，根据地军民英勇抗敌，其中涌现出被称为“狼牙山五壮士”的英雄群体。至10月，日军撤出根据地。其后，日军先后以2万和5万人的兵力，对晋冀鲁豫抗日根据地的太岳区、太行区和山东抗日根据地的沂蒙山区进行了残酷的扫荡，极其野蛮残暴地大肆烧杀淫掠，至12月才结束。经过日军的大规模“扫荡”，我抗日根据地遭到相当程度的破坏，人口下降，根据地被蚕食，经济困难，进入抗战中最困难时期。
蒋介石集团一面抗日，一面还念念不忘其1939年1月于国民党五届五中全会制定的溶共、防共、限共、反共的反动政策，并于1939年10月在召开的国民党五届六中全会上，将“政治限共”扩展为“军事限共”，先后发动了三次疯狂的反共高潮。
1939年12月至1940年3月，国民党掀起了第一次反共高潮：在陕甘宁边区，国民党军队于12月大举进犯，先侵占边区5座县城；在山西，阎锡山所部于12月3日向新军及八路军发动进攻，制造了“十二月事变”；在太行山地区，国民党军队分三路向太行山区八路军总部发动进攻。
面对国民党的反共高潮，中国共产党在政治上提出“坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退”的口号，回击国民党的反共浪潮，在军事上本着“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”的原则，对其进攻给予有力反击。八路军第一二〇师三五九旅由晋察冀根据地返回陕甘宁边区，配合留守部队打退国民党进攻；新军在八路军的支援下，给进犯的阎锡山军队以坚决回击，分别转移到晋西北和晋东南地区，并迫使阎锡山与我军达成和平协议；太行区的八路军对国民党军队的进攻奋起反击，以13个团的兵力于1940年3月初发起磁（县）武（安）涉（县）林（县）战役，奋战8天，歼灭国民党顽军朱怀冰部万余人；冀中、冀南我军集中17个团兵力发起卫（河）东战役，痛击国民党顽军石友三部。至此彻底粉碎了国民党顽固派发动的第一次反共高潮。
1940年10月，国民党顽固派又掀起了第二次反共高潮，并于1941年1月制造了震惊中外的“皖南事变”，将其第二次反共高潮推到顶点。
1940年10月19日，国民党反动派以国民政府军事委员会总参谋长何应钦、副总参谋长白崇禧的名义，强令黄河以南的八路军、新四军于一个月期限内，集中到黄河以北指定的地区，并于11月14日制定了“剿灭黄河以南匪军计划”和“解决江南新四军案”，调动国民党第三十一集团军、第二十一集团军李品仙部以及鲁苏战区韩德勤部共20万人，准备进攻华中的八路军和新四军，又以顾祝同调集7个师的兵力部署在皖南长江南岸，从东、西、南三面围攻我新四军军部及所属部队。中国共产党在揭露国民党反动派阴谋的同时，为顾全抗日大局，决定将皖南的新四军军部及所属部队调至长江以北。由于新四军主要领导人项英没有迅速坚决地执行党中央的指示，一再拖延，后来又没有按中央指示的路线北移，遭到了国民党军队的围攻，这就是“皖南事变”。1941年1月4日，新四军军部及所部9000余人由云岭出发，5日到达茂林时遭到国民党包围。6日，顾祝同所属上官云相部8万余人向新四军发动突然袭击。至14日，新四军将士经过7天浴血奋战，因敌我众寡悬殊，弹尽粮绝，除2000余人突围外，其余6000余人大都壮烈牺牲。副军长项英、参谋长周子昆被害，政治部主任袁国平在突围中牺牲，军长叶挺在赴敌方谈判时被扣。1月17日，蒋介石以国民政府军事委员会名义，称新四军“叛变”，宣布撤消新四军番号，并将叶挺交“军法审判”。
皖南事变爆发后，中国共产党全面揭露蒋介石制造皖南事变，破坏抗日统一战线的罪行和反共本质。1月20日中共中央军委发布命令，重建新四军军部，任命陈毅为代军长，刘少奇为政治委员。22日，毛泽东向国民党政府提出解决皖南事变善后处理办法十二条。蒋介石的反共行径遭到全国各阶层的反对，也遭到了国际舆论的谴责，处于内外交困之中，被迫暂时收敛了反共气焰。
二年后，国民党蒋介石集团又发动了第三次反共高潮，向陕甘宁边区展开进攻。
1943年3月，蒋介石在其《中国之命运》一书中对共产主义和中国共产党进行恶毒攻击，并命令国民党军队进犯我淮北抗日根据地和山东抗日根据地。6月18日，国民党在陕西洛川召开军事会议，胡宗南就向陕甘宁边区进攻做了军事部署，并增调2个军的兵力，包围陕甘宁边区，共集结了四五十万人准备向边区进攻，并于7月初开始多次试探性进攻。中共中央一面在军事上做好打击国民党军事进攻的准备——先后将第三五八旅和晋察冀军区、晋冀鲁豫边区部分部队调至陕甘宁边区，一面在政治上充分揭露蒋介石发动反共内战、破坏抗战的罪行。鉴于我军已做好了充分的军事部署以及国内外反对蒋介石发动反共内战舆论压力不断增加，蒋介石被迫于7月10日下令停止对我陕甘宁边区的军事进攻。国民党发动的第三次反共高潮宣告破灭。
1941年12月7日清晨，日本由6艘航空母舰（搭载400余架舰载机）、2艘战列舰、3艘巡洋舰、9艘驱逐舰和30艘潜艇组成的特遣舰队对美国夏威夷群岛中瓦胡岛上的珍珠港发动偷袭。美军猝不及防，停泊在军港中的8艘战列舰、7艘巡洋舰、8艘驱逐舰以及其他辅助船只被炸沉或炸伤，300余架飞机被击毁，其太平洋舰队几乎全军覆没。日军对珍珠港的袭击，宣告了太平洋战争的爆发。日军同时还向东南亚发动进攻。其后德意等国相继向美国宣战，德意日三国还签订了不单独媾和的军事协定。太平洋战争全面爆发，形成了以美、英、苏、中为首的反法西斯阵营和以德、意、日为首的法西斯阵营。中国人民的抗日战争也成为太平洋战争的重要组成部分。
太平洋战争爆发后，日军为了扩大侵略的需要，进一步疯狂地扩充兵力，陆军扩充到51个师团，总兵力达到210万余人。虽然日本从侵华日军抽调出6个师团用于东南亚作战，但其在侵华战场上仍有21个师团、20个独立混成旅团和1个骑兵集团的兵力，约60余万人。
囿于兵力不足，日军自太平洋战争爆发后至1944年初发动打通大陆交通线作战的两年间，在正面战场仅进行了几次有限的作战，以牵制中国军队，策应其在南方和太平洋作战，其余大部时间与国民党军队处于休战状态。
1941年12月太平洋战争爆发不久，为配合日本南方军向香港发动进攻，华中日军第十一军以其第三、第六、第四十师团和第九独立混成旅团等约12万人的兵力，向长沙发动第三次进攻，并以部分兵力在南昌方向作策应进攻。
12月24日，日军由岳阳开始向中国第九战区部队防守的新墙河阵地展开攻击。27日，日军强渡汩罗江。1942年1月1日，日军向长沙展开猛攻，守军顽强防御，并增调援兵。战至4日，在日军再次发动的全线进攻被击退后，日军开始后撤，国民党军队对撤退的日军展开围攻，日军伤亡惨重，于15日退过新墙河。双方又恢复了会战前的态势。此次会战日军共伤亡5万余人。
1942年5月，日军为了摧毁设在浙江的中国空军机场，阻止美机由这些机场起飞轰炸日本本土，调集第十一军和第十三军的6个多师团约15万的兵力，从杭州和南昌两个方向向浙江金华、衢州等地夹击，发起浙赣战役，企图打通浙赣铁路。东路日本第十三军之4个多师团于15日由杭州一带沿浙赣铁路向西南进攻，突破国民党第三战区部队的多道防线，经激战于28日占领金华，6月7日攻占衢州，其后相继攻占广丰、常山、玉山、上饶。西路日本第十一军的2个师团于6月初发起进攻，15日攻占鹰潭，16日陷贵溪。7月1日，东西对进的日军在横峰会合，打通了浙赣铁路。8月中旬，日军开始撤离，至27日撤回原进攻出发地，浙赣战役遂告结束。此役日军虽打通了浙赣线，却也付出死伤近3万人的沉重代价。
1943年5月，日本第十一军调集6个多师团约10万人的兵力，向鄂西宜昌等地的中国第六战区部队发起进攻。5日，日军开始进攻。战至30日，守军开始全线反击，日军全线后撤，至8日，双方恢复战前态势。此役日军伤亡1万余人。
1943年11月2日，日本第十一军抽调3个多师团约10万人兵力，向湖南常德地区大举进犯。22日，日军迫近常德并于24日向常德展开围攻，中国第六战区部队据城与敌展开激战。12月3日，日军攻占常德城。第六战区部队向常德发起反攻，8日收复常德。在国民党军队的打击下，日军开始全线后撤。至1944年初，双方恢复了战前态势。此役日军损失2万余人。
此外，1942年初至1945年初，应英美的请求，国民政府军事委员会先后出动近40万大军，组成中国远征军，开赴缅甸与英美盟军并肩作战，付出了巨大的牺牲，粉碎了日军封锁盟军援华国际通路的企图，保卫了中国的西南大后方，支援了全国抗战，还帮助盟军收复了缅甸，有力地配合了盟军在太平洋战场的反攻作战。远征军第二〇〇师师长戴安澜将军也为国捐躯，牺牲于缅甸战场。
与正面战场双方长时间休战形成鲜明对照的是，日军持续不断地对我敌后抗日根据地展开了更加疯狂的“扫荡”，以巩固其占领地，不断掠夺资源，满足其发动太平洋战争的物资需要。
1941年7月，冈村宁次接替多田骏成为日本华北方面军司令官，在他的指挥下，日军对华北各抗日根据地实施了更残酷的“扫荡”与“蚕食”进攻。其“扫荡”的重点是冀南、冀中、冀东和晋冀豫等抗日根据地。我八路军和各抗日根据地军民进入抗战以来最困难时期。
在冀南，日军多次出动千人以上兵力进行反复奔袭、合围、清剿。4月29日，日军以1万余人的兵力向冀南党政军领导机关所在地武城以北地区突然发动大规模合围“扫荡”，冀南党政军领导机关被敌包围。在部队的掩护下，我机关大部人员突出重围，但遭到很大伤亡。与此同时，八路军新编第四旅等部队也在香城固、下堡寺等地遭敌合围，经激战后大部突围，也受到相当损失，我四分区司令员、政治部主任以及新四旅政治部副主任等多人光荣牺牲。经过日军残酷的“扫荡”，冀南抗日根据地被分割成无数块，变成游击根据地，进入抗战最为艰苦困难的时期。
在冀中，日军经过一年多的反复“扫荡”和不断蚕食，至1942年初基本上完成了对冀中根据地的分割。为全面摧毁冀中根据地，日军又纠集2万余人在华北方面军司令官冈村宁次的直接指挥下于5月1日对冀中根据地层开了规模空前的“扫荡”。从5月1日至10日为日军“扫荡”的第一阶段，重点是潴龙河以北、滹沱河以北地区。5月11日至15日是敌“扫荡”的第二阶段，重点是石德路以南地区和武（强）安（平）以北地区。5月16日至6月底为第三阶段，其间日军对滹沱河以南、石德路以北、滏阳河以西的三角地区实施反复清剿。23日第三军分区遭敌1.5万人合围，28日第八军分区也遭敌合围，均经激战突出重围，但也遭到一定损失。至6月初，日军基本控制了冀中根据地。6月9日，冀中部分部队在深泽以北宋庄与日军展开激战。后日军增至2000余人，我军于夜间突出敌人重围。12日，日军向冀中党政军机关展开围攻，在部队的掩护下，机关胜利突围。7月初，日军主力撤走，历时2个月的冀中反“扫荡”作战结束。我军共作战270余次，歼敌1万余人。冀中根据地虽大部陷入敌手，遭到严重破坏，但我军却保存了主力部队。8月下旬至10月上旬，冀中我军发起青纱帐战役，向任（丘）河（间）大（城），深（县）武（强）饶（阳）、肃宁南北地区之敌发动袭击，歼敌1200余人。终于坚持了冀中抗日，渡过了最困难时期。
在冀东，日军以3万多兵力于4月1日展开“扫荡”，在冀东广大军民的机动灵活的打击下，日军于6月上旬结束“扫荡”。9月中旬，日军又以4万余人再次向冀东发动“扫荡”，我军及时跳出敌人重围。10月28日，日军在潘家岱制造了杀害1200余人的大惨案。1943年2月18日，日军向返回冀东的我军发动围攻，我军在歼敌一部后突围。日军的疯狂“扫荡”终究无法扑灭冀东军民的抗战斗争。
在晋冀豫，日军于1942年5月对太行、太岳地区展开了大规模的“扫荡”。5月15日，日军对太岳南部我军进行奔袭但扑了空。19日日军以2.5万人兵力对太行抗日根据地北部的中共北方局和八路军总部进行合围，企图围歼我机关和第一二九师主力。我军机关在第三八五旅一部的掩护下，分三路突围。在突围战斗中，八路军副参谋长左权英勇牺牲。6月9日，日军向太行南部地区发动“扫荡”，我第一二九师一部被围，在刘伯承师长的指挥下，我军从敌间隙中跳出包围圈。10月日军又对太行北部地区展开“扫荡”，在我军民的打击下，日军于11月中旬撤出根据地。1943年5月初，日军又调集1.5万余兵力，向太行根据地中心地区展开大规模“扫荡”，我八路军总部和第一二九师分别转移到外线。日军在扑空后，对根据地大肆破坏，并于5月中旬撤退，结束了“扫荡”。日军对太行、太岳根据地进行了多次大规模的“扫荡”，虽给根据地造成严重破坏，但其消灭我八路军总部和第一二九师主力的企图，均在我军民的反“扫荡”斗争面前，以失败告终。
日军还对我晋西北、大青山和山东抗日根据地进行了多次大规模的“扫荡”，并不断进行蚕食。这些抗日根据地在日军的疯狂“扫荡”下也先后进入抗战艰苦时期。经过残酷的反“扫荡”斗争，华北我军兵力由1940年的40余万下降到30万，根据地人口由4000万减少到2500万，根据地面积缩小了六分之一。
与此同时，日军还在华中、华南对我抗日根据地进行了同样残酷的“扫荡”，特别是在苏中、苏南地区。我新四军反而在战斗中不断发展抗日根据地，根据地人口由1300万扩大到2000万，部队也由10万人增加到18万余人。华南我军也坚持了东江和琼崖地区的游击抗战。
为了战胜面临的严重困难，争取抗日战争的最后胜利，中共中央制定了一系列的正确政策：领导全党开展整风运动，从思想上清算了党内长期存在的“左”倾错误，使广大党员和干部进一步提高了马克思列宁主义觉悟，使全党在思想上达到了高度的统一和团结；实行精兵简政，使我军各级军政组织不断精干，更加适应艰苦的游击战争环境；领导根据地军民开展大生产运动，“自己动手，丰衣足食”，不仅使根据地军民的生活得到很大改善，也使部队的战斗力得到很大的提高。至1943年，我各抗日根据地渡过了最为困难的时期。
遵照中共中央“敌进我进”的战略方针，我军深入日军后方，不断打击敌人，在收复了许多根据地的同时，还开辟了一些新的解放区。晋冀鲁豫我军于1943年7—8月间进行了卫南、林南进攻战役，山东军区于7—9月间进行了沂山、鲁山和诸日莒山区进攻战役，打击了日军，扩大了根据地。1943年秋冬季，我各抗日根据地又以反进攻粉碎了日军的再次大规模“扫荡”，进一步扩大了抗日根据地。特别是10月24日，日军为推广其轮番清剿的“铁滚式”新战法所组织的“观战团”在韩略村遭到我太岳军区部队的伏击，敌少将旅团长以下军官120人被击毙，日军的士气受到极大打击，这也是对日军的所谓“新战法”的莫大讽刺。
