1959年庐山会议以后，林彪接替彭德怀任国防部长，为了扩大和巩固自己的势力，他提名由追随他的邱会作，接替“彭德怀线上”的洪学智，当上了总后勤部部长、兼党组第一书记。邱会作对林彪自此更是感激不尽。
但邱与林之间超乎寻常的特殊关系，应该说是从罗瑞卿事件开始的。
罗瑞卿本来也是林彪的老部下，林彪也一直把他当作“自己人”。但后来林彪觉得他不大听他的话了，有事也不向他汇报，而是“封锁”他，林彪便下决心除掉他，让更贴心的人接替。可是罗瑞卿做事积极肯干，威信也高，要“拿掉”他也非易事。林彪在处心积虑地采取种种卑鄙手段对罗加以诬陷之时，想不到邱会作先惹了麻烦。
原来在1960年至1965年，总后每年都要接到大量群众来信，揭发邱会作作风腐化。1965年5月，一位在三〇一医院治疗的女病人又来信揭发邱会作的腐化问题。同年10月，身为总后勤部部长的邱会作，竟奸淫了在他身边工作的女服务员。
后经军委秘书长罗瑞卿批准，总后召开党委常委会和监察委员会联席会议，并由总政治部派领导干部参加，对邱会作进行教育帮助。邱会作觉得事情不妙，唯恐闹出去之后一张老脸没处搁。这时他想起了老上级林彪，便悄悄地跑去诉说自己的困难处境，并告罗瑞卿的状。林彪对邱会作的毛病早了如指掌，但对他的忠心也从不怀疑，便决定救一把邱会作。
林彪虽然说过要区分大节小节的话，其实要看对象。如果是他反对的人，小节马上会成为致命伤，他说的“偷鸡摸狗是小节”，不过是为邱会作之流开脱。
林彪对邱会作说：“你小节上有些缺点，这是因小失大。他们现在要整你，开你的斗争会。他们要开会还是让他们开。你自己对付他们的斗争会，方针由我来掌握。”
叶群自身不检点，看到此类事反而兴奋不已。她看到一个绝好的控制人的机会。她马上召见邱会作和夫人胡敏，说道：“我同林副主席商量过了。一〇一认为，你小节上有错误，这是因小失大的事。但你是高举毛泽东思想伟大红旗的，是突出政治的，改变了总后勤部过去历来见物不见人的最大毛病。他们要开你的会，让他们去开，你自己去对付他们的会，但方针由我们来掌握。”
这样一说，这位好色之徒像吃了一颗定心丸，千谢万谢地走出毛家湾。不久，林彪特意对解放军后勤工作发了个指示，肯定了邱会作在总后勤部的工作成绩，保他过了关。
邱会作保住自己的乌纱帽，把林彪看作是救命恩人，同时对罗瑞卿更增长了仇恨，很自然地参与到迫害罗瑞卿的帮凶之列。
1965年冬，林彪启动对罗瑞卿的迫害。他指示海军副司令员从海军角度诬陷罗瑞卿。李作鹏言听计从，伙同海军第二政委王宏坤、海军政治部主任张秀川密谋策划，写出一份7000多字的材料，诬陷罗瑞卿对海军“怀有巨大的阴谋”，“有不可告人的秘密”，“是想占领海军这个阵地”，为林彪提供攻击罗瑞卿的炮弹。此后，林彪、叶群又通过拉、打结合的手段将吴法宪牢牢地绑上毛家湾的战车，要求他提供材料，彻底揭发罗瑞卿。被林彪“打捞”起来的邱会作，不等主子发话，主动出来往罗瑞卿身上泼脏水，这一则是向林彪报恩，二则也是发泄自己心头的仇恨。
经过林彪、叶群的阴谋策划，罗瑞卿在上海会议上遭到四处围攻，重点是叶群长达11小时的重点进攻，加之吴法宪、李作鹏的“旁证”、“佐证”，邱会作则敲起边鼓，在会议上竟连续4次发言，攻击罗瑞卿，说罗瑞卿野心大，企图“在军队造一个罗家天下”。
会议开了三天以后，正在西南视察的罗瑞卿才被接到上海，立即隔离，进行背对背的揭发批判。会后解除了罗在军队中的职务，让他反省检查交代问题。1966年底，罗瑞卿被关押起来。邱会作余恨未消，还向上打报告要求斗罗，致使罗瑞卿多次被用箩筐装着拉到群众大会和军队几个大院去批斗，上演了军队历史和中国历史一大惨剧。
除掉傅连，为林彪再立新功
“文化大革命”一起来，全国到处都在揪“当权派”。作为总后第一把手的邱会作也在所难免。总后机关的“文化大革命”之火烧到了邱会作头上。邱会作经常被揪斗，总后造反派对他实行“车轮战”，使他没有喘息的机会。邱会作终于支撑不住，在总后礼堂昏厥过去。
林彪再次出面保护自己的老部下。他派人把邱接到西山，并亲笔批示：“没有我和中央军委叶剑英的命令，邱会作不许下西山。”在邱会作被批斗时，周恩来、徐向前也出面保护过他，当时保护他是正确的，这与林彪的出发点不同。林的意图是，通过撑起保护伞向老部下施以恩惠，使老部下更加体会他的“好处”，以便坚定地孝忠于他。因此，邱挨批斗到一定火候，林彪便出面说话。其余几人：吴法宪、黄永胜、李作鹏等也是如法炮制。
1966年8月10日，林彪利用汇报工作的机会，就军队机关“文化大革命”和干部路线作了讲话，他有针对性地说：
“……两种干部政策。一种是注意小节，不注意大节；一种是也注意小节，小要是注意大节。有的干部小节不那么好，但是拥护毛主席，突出政治，有革命干劲。还有一种干部，小毛病不多，没有什么男女关系问题，人缘也好，是和事佬，他也不偷鸡摸狗的，但是他反对毛主席，反对突出政治，如果用这种干部，我们的军队会变成修正主义的军队。我们的干部政策，要注意大节……对于小节有错误的人，为了用他，就要批评他……玉不琢不成器。”
不久，林彪利用自己的地位和手中的权力，继续把邱会作打扮成一副“左派”的面孔，说他“反罗瑞卿有功”，是“高举毛泽东思想伟大旗帜的”，“突出政治的”，“有干劲的”，总之是符合“好干部”条件的。
当时除了毛泽东，林彪说话是管用的，他的话是“次高指示”，不论理解不理解都要执行，而不能违抗的，违抗者会被当作“反革命”的。有了林彪指示，邱会作从被批斗对象解脱出来，马上又成为批斗别人的急先锋。
这个最大的受害者当属傅连暲。
熟悉中共党史的人，没有不知道傅连暲的。他原是福建长汀一所英国人开办的福音医院的院长。南昌起义之后，有许多共产党的官兵受伤住进他的医院，比如陈赓、徐特立等人，他用自己高超的医术为许多人起死回生，红军伤员们的信念和意志也深深地打动着他，后来他也随红军参加了长征，成了一名卫生战线的领导人。这个为毛泽东、周恩来、刘少奇等中央领导人的保健工作做出杰出贡献，被美国著名新闻记者斯诺夫人威尔斯女士在《续西行漫记》中称为中国第一红军医生，首任中央红色医院院长的傅连暲，原中华人民共和国卫生部副部长、中华医学会首任会长、中国人民解放军总后勤部卫生部副部长，军衔高至中将。就是这样一位德高望重的人，在“文化大革命”中，入狱15天，便惨死在自己的专政机关里。
傅连暲为何遭到如此待遇，受到这般非人的折磨和摧残？
事情仍跟林彪有关。1950年6月，朝鲜战争开始之初，中共中央决定派志愿军入朝作战，毛泽东点将林彪，这主要是因为他原来领导四野曾经战斗在东北三省，对朝鲜方面情况比较熟悉。但入城后的林彪已经不像战争年代那样勇于出兵，而是患得患失，他脑子里有自己的小算盘，同美国人打仗不是一件轻松的事，一旦闪失，关系着自己的声誉、地位、面子。所以中央再三敦促，他都以有病拒绝到任。他说自己怕风、怕光、怕水、怕声音，一见风就感冒，一见水就拉稀，并说自己的窗户要用三道窗帘。特别是见到傅连暲，他总要夸张地说：我的身体不行了，傅部长，你要想法救我呀！
为此，毛泽东主席指示长期担任中央领导保健医生、时任卫生部副部长的傅连暲组织有关专家对林彪的身体作全面细致的检查。1953年，傅连暲组织了来自北京、上海、天津等地的医疗专家给林彪会诊，萧华作为党中央的代表也参加了会诊小组。
会诊前，林彪让叶群出面，找到傅连暲，暗示他给林彪开其有病的证明。
对一个讲究医德、恪尽职守、为人正直的医生来说，开假证明是极不道德的事，傅连暲自然也做不出来。虽然叶群再三劝说，他还是拒绝了。傅连暲本着实事求是的原则，在联合会诊后，先同叶群见了面，并将林彪的身体状况向她作了说明，要她多注意照顾林彪，林彪身体没有什么大病，只要多注意户外活动、多锻炼身体，“见风感冒”仅仅是心理和精神作用，平时要多吃蔬菜，活血通气，有利肠蠕动，这样就不会一周才大便一次了，致使大便干结。傅连暲还很关心地叮嘱林彪不要吸毒（可能是治病过程中产生的对某些麻醉兴奋剂的依赖），一定要戒掉吃吗啡的恶习，想治病，靠吸毒是万万使不得的。事后，傅连暲委婉地向毛泽东汇报了会诊情况。其实，林彪靠吸烟来治病的毛病，毛泽东早有耳闻，曾特地抄录曹操的名诗《龟虽寿》给林彪，以示劝告。对此林彪一直耿耿于怀，记恨在心，扬言“君子报仇十所不晚”，时刻在找机会除掉傅连暲。7年后的1960年，林彪主持中央军委工作期间，曾想把时任总后勤部卫生部副部长的傅连暲赶回老家福建长汀“休养”，并在级别、待遇上压低他，但一直找不到借口，未能得手。
史无前例的“文化大革命”一开始，机会来了，因为傅连暲的顶头上司、总后勤部部长邱会作完全听命于林彪。
1966年8月下旬，林彪指示邱会作，对傅连暲“要往死里整”。邱会作领会后，不敢怠慢，在总后勤部党委会议上叫嚣：“傅连暲是个大毒蛇，他放过毒。”邱会作说，林彪1951年生病时，傅连暲说林彪贪图安逸，有病说没有病，向毛主席打小报告，对中央不老实，因而是反对毛主席的，提出要“火烧傅连暲”，“由卫生部组织一定要烧透，卫生部不烧傅连暲就是没有党性的表现。”在这种情况下，抄家、游斗、毒打，接踵而来，多天的折磨，使72岁高龄的傅连暲被整得连路都走不动了。这个由一个基督徒转变为共产党员的老医生坚信自己没有干过对党对人民对毛主席不利的实情，他百思不得其解，到底是什么原因使灾难蓦然降临到自己头上。最后在重病中给毛泽东主席写了一封信，报告自己的处境。信中有一段话说：“我跟随你几十年，你是最了解我的。几十年来我有什么错误，从来没有人跟我谈过，现在突如其来地说我是三反分子、反革命，到底是怎么回事。我实在弄不清楚。就算我样样事都做错了，那么1934年你在雩都病危时，我挽救了你的生命，总是对的吧，希望你现在也能救我一命。”
1966年9月3日，毛泽东在傅连暲信上批示，其中有一句话说：“此人非当权派，又无大罪，似应予保护。”（见冯彩章、李葆定：《红医将领》之傅连暲部分，北京科学技术出版社）
林彪、邱会作等人对毛泽东的批示，既不让傅连暲本人知道，又对一般干部群众保密，只是暂时收起杀人计划。但是9月5日，中华医学会的造反派又把傅连暲捉去批斗，在“群众义愤”下，傅连暲的肋骨被打断，头也被打破了。林彪、邱会作也并非没有顾忌，傅连暲毕竟救过毛泽东的命，而毛泽东对救过他命的人也不会忘掉的，况且又有保护的批示。他们怕真出了人命，不好向毛泽东交账，就假惺惺地让傅连暲一家搬到离京较远的香山新村“疗养”，名为保护，实际暗中加紧编造黑材料，捏造罪名。邱会作还私立了“傅连暲专案”，指使人写报告要求批斗傅连暲，而后又在黑材料上批示：“军委办事组同意批斗傅连暲，望即组织这一工作。”“以我看主要抓好三点：一、三反言行，二、黑线关系，三、斗志衰退。”他还亲自审阅修订专案组炮制的《傅连暲反党罪行》材料。他们还把新村的一名电工抓起来，刑讯逼供，硬叫他把给傅连暲修理收音机说成是改装和特务联系用的电台。这样，经过邱会作一伙的密谋、捏造和炮制，给傅连暲扣上“走资派”、“出卖毛主席健康情况”、“钻入革命阵营里的反党分子”、“历史有重大问题”的里通外国的“大特务”等罪名。
在林彪、邱会作一番密谋、策划后，他们的走卒就开始行动了。1968年3月14日清晨，傅连暲一家正在熟睡之际，一伙暴徒破门而入，几个彪形大汉翻箱倒柜，煞有介事地在寻找着什么，他们把傅连暲和他的夫人陈真仁从床上拉下来，只让他们穿件单衣，夫妇俩站在地毯上，冻得瑟瑟发抖。不到几分钟时间，只听一个家伙大声叫喊：“找到了，找到了！找到傅连暲给敌人发报的电台！”边说边抱着一台破旧的收音机从内室走出来。
“你连收音机都不认识吗？”傅连暲觉得事情太可笑。
“混蛋！还最敢反抗。”狂徒们立刻大打出手，来捂他的嘴，不许他说话，“这明明是你改装的电台，还将抵赖，这就是你同里通外国的罪证。”暴徒们瞪着血红的眼睛和吼道。一会儿，又有一个从傅家的一个旧箱子里搜到几份卫生部文件以及别人赠他的纪念品，叫嚷着找到了“铁证”，傅连暲据理力争，气愤地质问：“你们要干什么？我是毛主席保护的，毛主席有批示。”说着一边反抗，一边想去拿那份“批示”。
“什么批示不批示的，谁也救不了你的命，快老实地跟我们走！”说着，暴徒们强行给他俩戴上手铐，推出房门，塞进汽车。汽车被蒙得严严实实，密不透风，他们根本不知道要被带到哪里，去干什么，家里只剩下惊慌失措的小儿子傅维暲。
半个小时后，傅连暲被拽下来，扔进一间窄小、阴湿、黑暗的破房子里。他就这样被投进监狱，失去了真实姓名。一直到火化，只有一个犯人的编号——6847.而他的夫人陈真仁也被投进另一监牢，编号为6848.傅连暲在狱中受到怎样的摧残，当时狱中一个看守是这样记录的：
1968年3月14日（也即他入狱的第一天）：16室6847，该犯说他头晕，要求吃稀的。
3月15日，仅吃了一点。
3月16日，16室6847一连两天没吃饭，吃的也很少，吵吵着要吃稀的，医生开病号饭，处里没批，原因叫他隔一个时期饿饿看，吃点苦头是应该的。该犯闹着出去要给毛主席打电话等。
3月17日，吃了两个窝窝头和一碗“老三刀”菜汤。（“老三刀”，就是一棵白菜或萝卜，一切三刀了事”）。另加一碗不洗就煮的黑糊糊的稀米粥。
3月18日，6847犯老是叨叨咕咕敲门，并说要出去等，上午我们三人提他到审讯室训斥了他一顿，并叫他写了再违反监规一切责任应由他负，到了晚上仍不老实。
3月19日，训他时，他说什么和平共处，我们是一家人等等。这些我们做了严厉的批评。闹得厉害时，请示处里给他戴上了手铐。
接下去，日记上都是这样写的：“今天没有吃饭”，或是“吃了一点又吐出来了”，“该犯吃的很少，昨晚一夜没有睡觉”，“今天两次未吃饭”诸如此类。
到3月23日及以后几天，日记大多是如下记载：“这个混蛋夜间也不脱衣服，也不盖被子”，“身体很弱，表情很低”，“疯疯癫癫那个样子，发日用品给他不要，晚上不睡觉，到12点胡说八道一阵子”，“衣服不脱，一夜未睡”，“一夜没有睡觉，在地上翻来覆去到处钻”……
3月28日，“看来该犯活不了几天时间了。”
3月29日，是傅连暲生命的最后一天，《看守日记》上记的与真实情况出入很大。据揭发，这天早晨7点左右，有人通过监牢的监视孔看见，傅连暲躺在冰冷的水泥地上一动不动，那人告诉看守看一下，看守竟说：“我还要打我的饭呢，没有工夫管他。”等到8点多钟打开牢房门时，傅连暲早已含恨死去，浑身冰凉了。
“看守日记”上记的可能有夸大之词，且错字、错句很多，但可以明显看出，他还是写了些真话。它展示给人们的是，惩罚一天比一天升格，折磨一天比一天残酷，傅连暲的身体一天比一天恶化，竟到了神经错乱的程度，林彪一伙手段之狠毒于此可见一斑。
傅连暲本来就有严重的肠胃病，他一生为别人看病，而自己身体却一直很虚弱，多年来只能吃点软食和稀饭，就是水果也要蒸熟才能勉强吃下。这并不是什么享受，更不是摆阔气，而是因为长期疾病折磨不得不这样。但是林彪的走卒们却造谣说他贪图享受，摆官老爷架子，过的是“资产阶级老爷的生活方式”，“连稀饭都要煮两个小时，少一分钟都不成”。监狱里的一个小头目说：“他过惯了资产阶级生活，不给他病号饭吃，这样对他也是锻炼，和群众打成一片嘛。”从入狱到死，他一直没有好好吃一顿饭。
1968年3月29日，北京东郊某火葬场，“工作人员”紧张地忙碌着。有一死者，火葬证编号：001453；死者姓名：6847；住址：空白；年龄：空白；此因：空白。几年之后，人们才知道死者就是家住北京香山新村，以75岁高龄，带着手铐脚镣，不堪重冻饿、毒打，在非人的折磨下，含冤屈死狱中的傅连暲。死后骨灰被扬撒得一干二净，真正做到了“上级领导”要求的“不留痕迹”。
