接下来，情况又发生了对清廷更为有利的变化。清世宗雍正六年（公元1728年）六月十五日，周瑛接到马喇通知，得知颇罗鼐于五月二十六日占领拉萨，擒获了阿尔布巴，正等候清朝派官员入藏处理。八月一日，南北两路军队会师进入拉萨，肃清了叛匪余部，诛杀首恶阿尔布巴等人，清政府遂封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总管前后藏事务，还赐犒兵银三万两，以示奖赏。西藏叛乱并没费清廷太大力气就宣告平定。
清世宗爱新觉罗·胤禛用兵虽势头凌厉，但不可谓不谨慎。对于西藏的局势，清世宗爱新觉罗·胤禛早就有所预料，只是因为当时政局不稳，因此，清世宗爱新觉罗·胤禛诸事谨慎，不敢大刀阔斧地用兵，而是全面统筹，缜密思考，以静制动。等到占据天时、地利、人和时，清世宗爱新觉罗·胤禛当机立断，迅速裁决，一举剿灭了乱党。也正是清世宗爱新觉罗·胤禛的这种“稳中求胜”的用兵方式，巩固了清王朝的统治，对康乾盛世起到了承前启后的纽带作用。
清朝经营西藏大体上可分为三个时期：崇德（爱新觉罗·皇太极年号）、爱新觉罗·福临为开拓期，清圣祖爱新觉罗·玄烨、雍正为发展期，乾隆为巩固期。
崇德年间，爱新觉罗·皇太极尚在沈阳时，就曾与西藏固始汗有书信往来，固始汗也曾派使者至盛京觐见爱新觉罗·皇太极。及至清世祖顺治九年（公元1652年），达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒爱新觉罗·福临。十年十二月，爱新觉罗·福临降旨册封达赖和固始汗，承认臣服清朝的固始汗所建立的地方政权，并通过此地方政权实现对西藏的间接统治。这一时期，满人刚刚入关，虽然已经占据了中原大部领土，但在东南沿海和海外，尚存在明朝残余势力。统一大业未完，顾此失彼，加之西藏旷远，地势险阻，因而爱新觉罗·福临虽然重视西藏，却也难以实现对西藏的直接领导。这一时期的政策特点是羁縻，也可称为羁縻时期。这一时期之所以册封达赖，是在了解西藏地区的政治局面后，承认凌驾于其他佛学派别之上的黄教的领袖地位，但在政治形式上，却执行“政教分立”的形式。这一政权形式后来为清圣祖爱新觉罗·玄烨、雍正两朝所沿袭。直到乾隆时期，才根据实际情况重新恢复了“政教合一”的政局，正式授权七世达赖管理西藏行政，建立了噶厦（旧称，指西藏地方政府）地方政府。在康熙朝，康熙帝为了限制达赖，又册封了班禅，并在平定准噶尔后确立了五噶伦执政的政治形式。
从清世宗爱新觉罗·胤禛出兵西藏，平定了阿尔布巴之乱开始，中央政府对西藏政策的羁縻性质日益减少，直辖性质逐渐加强。正如清世宗爱新觉罗·胤禛在康乾盛世中所发挥的承前启后作用一样，他在西藏政策的执行上起到的也是重要的承前启后作用。此时，不仅爱新觉罗·福临时期的对藏政策已远远落后，即使康熙朝的对藏政策，也被清世宗爱新觉罗·胤禛逐步完善，这为乾隆时期西藏政教合一的确立铺平了道路。因此，这三个时期中，真正对西藏进行实质性统治的，就是雍正朝了。清世宗爱新觉罗·胤禛在平定了西藏叛乱之后，加强了对西藏的直接控制，变羁縻为近似于中央直辖的统治。这一点，对于整个中国历史都至关重要。
清世宗爱新觉罗·胤禛对西藏控制和管理的进一步加强，得益于对阿尔布巴叛乱的平定。通过进兵平叛，他首先认识到解决西藏问题的关键在于抓住宗教这个根本，而要抓宗教，就要重视达赖喇嘛。清兵入藏平叛之前，七世达赖喇嘛正在前藏贵族的控制之下，达赖之父索南达结更是和阿尔布巴结成了死党。所幸阿尔布巴由于颇罗鼐的牵制，未能挟持达赖外逃，事态不致恶化。对此，清世宗爱新觉罗·胤禛决定将七世达赖安置在安全范围内，清世宗雍正六年（公元1728年）十一月，七世达赖父子在清军保护下离开拉萨，移到西康噶达（即康定西北泰宁）的惠远寺，派兵一千八百护守，后准噶尔与清政府定界息兵后，清世宗爱新觉罗·胤禛令人又把达赖护送回拉萨。后来，达赖又在清军保护下离开拉萨，移往理塘。达赖从此被清政府直接保护，这样就避免了达赖和西藏共同为乱，也避免了达赖被挟持后社会不稳的状况。理塘原归属前藏，六年，清世宗爱新觉罗·胤禛下令在理塘、巴塘等地建立宣慰土司，划归四川管辖，同时又设维西、中甸二厅，划归云南。后来，章嘉呼图（活佛）以巴塘、理塘为六世达赖出生之地，请将该地仍属前藏。而清世宗爱新觉罗·胤禛的政治用意在于，将理塘作为监控西藏的一个外围哨卡，同时较严密地控制西藏教王。因此，清世宗爱新觉罗·胤禛对章嘉呼图的请求当然不允。然而章嘉呼图的理由很有力，前代教王的出生地，对于黄教来说确是非同小可。清世宗爱新觉罗·胤禛为堵住章嘉呼图的嘴，以理塘每年商税银五千两赐之，章嘉呼图得了实惠，也就不说什么了。六世教王的生身之地，就这样被清世宗爱新觉罗·胤禛买了过来，管辖地仍归四川辖属。直到今天，川、滇二省的藏族地区仍沿袭着清世宗雍正六年（公元1728年）清朝划定的界限。同时，清世宗爱新觉罗·胤禛加强了对西藏政务的控制和管理，一方面将西藏政务委于颇罗鼐一人总理。当初将康济鼐噶伦地位置于阿尔布巴之上，就是意欲以一人行政代替五噶伦。在西藏特殊的历史条件下，五噶伦并立不利于西藏政务的处理，同时由于西藏旷远，五噶伦的争权夺利，更是将西藏拖入动乱泥潭的根源。相比之下，专任一人治藏，在行政体制上更趋于集权化，有利于清朝对西藏的有效控制。
另一方面，清世宗爱新觉罗·胤禛又作出了设立驻藏大臣这一意义重大的决定。清世宗爱新觉罗·胤禛在西藏正式设立驻藏大臣办事衙门，驻藏大臣分正、副二人，分驻前藏和后藏，协助颇罗鼐处理政务，并留清兵两千驻守西藏。驻藏大臣是清朝政府的代表，是清朝中央政府与西藏地方政府联系的纽带，这时的驻藏大臣主要是管理清军、稳定政局，并协助地方政府处理政务。这与清高宗乾隆后期的驻藏大臣和达赖喇嘛共管西藏政务制度不同，但却是这一制度的开端。
通过达赖移居理塘、巴塘行政区的划定，清世宗爱新觉罗·胤禛一方面安定了人心，断除了达赖和西藏共同为乱的隐患，明确了西藏地方的辖区范围。在西藏迭经变乱后，清世宗爱新觉罗·胤禛终于做出直接派遣常驻高级官员，建立办事机构，驻守军队的果断决定，从而加强了对西藏地方的履政，进而密切了清朝与西藏的主属关系，重新将西藏正式拉回到中原政权治下，也有利于多民族统一国家的巩固。清世宗爱新觉罗·胤禛在平叛后设置驻藏大臣，进一步加强了对西藏的控制，这无疑具有积极的历史意义。
清朝初年，居住在天山以北的漠西蒙古准噶尔部强盛起来，首领噶尔丹自称可汗，吞并四邻，横扫漠北，并公然向清圣祖爱新觉罗·玄烨帝提出“圣上君南方，我长北方”，意欲分庭抗礼。
清圣祖爱新觉罗·玄烨帝为消除噶尔丹之患，曾多次御驾亲征，虽平息了噶尔丹之乱，但是仍然没能遏制住准噶尔部的野心。厄鲁特蒙古准噶尔部一直是个野心勃勃的大部族。要说明准噶尔的来历，有必要回溯一下该部的历史。元朝亡后，蒙古分为三大部：漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和厄鲁特四卫拉蒙古。漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古皆是成吉思汗后裔；厄鲁特四卫拉蒙古则居于西域，乃是元朝脱欢太师及明也先（蒙文称额森）瓦剌可汗的后裔。厄鲁特四卫拉蒙古这一部分为四大部，绰罗斯特居于伊犁，杜尔伯特居于额尔齐斯河岸，土尔扈特居于塔尔巴哈台，和硕特居于乌鲁木齐。明末清初，和硕特固始汗统一了四大部，并夺取西藏，臣服于清。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝执政期间，绰罗斯特浑台吉死，其子僧格立；僧格死，子索诺木河拉布坦立；僧格之弟噶尔丹作乱，杀侄自立，自称准噶尔汗。噶尔丹自称准噶尔汗时，绰罗斯特部始称准噶尔部。噶尔丹被平后，准噶尔部即落入索诺木拉布坦之弟策妄阿拉布坦掌握。
策妄阿拉布坦的权利欲不次于其叔噶尔丹，他无视清廷的存在，侵袭邻境，吞并弱小，祸乱西域，使准噶尔部成为西域安定的最大威胁。清世宗雍正二年（公元1724年），罗卜藏丹津兵败逃往准噶尔，为策妄阿拉布坦所接纳。清政府遣使索取罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦拒不奉诏，但也不敢侵犯边境，一时呈相峙状态。清政府遂在哈密、巴里坤、吐鲁番及布隆吉河等地各留戍兵驻防。
早在清兵入藏平定阿尔布巴反叛之前，清世宗爱新觉罗·胤禛一直对出兵与否难于决断，不得已而采取了暧昧态度。用他的话说：“西藏、谆噶儿（准噶尔）之事，比不得安南、鄂洛素海外诸国，四十八旗、西海、哈儿咯（喀尔喀）等众蒙古人心系焉，虽在数千里之外而实为肘腋之患。谆噶儿事一日不靖，西藏事一日不妥，西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑贰。此二处实为国家隐忧，社稷生民忧戚系焉。所以圣祖明见事之始末利害，立意灭取谆噶儿、安定西藏者，圣知卓见，不得已必应举者也。”
清世宗爱新觉罗·胤禛对讨伐准噶尔的重要性认识充分，认为准噶尔的问题与西藏紧密相连，准噶尔平定了，西藏也就安定；准噶尔不安定，西藏就不会安定；西藏不安定，蒙古、青海也会连带出问题。这些地区是国家的隐患，与社稷民生休戚相关，所以必须借噶伦阿尔布巴事件，讨伐准噶尔。清世宗雍正五年（公元1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零袭父职。此时，清世宗爱新觉罗·胤禛实行的各项改革已初见成效，政局稳定，财力充足，也确有条件出兵了。清世宗爱新觉罗·胤禛以为这是有利之机，决定用兵征讨准噶尔部。
清世宗爱新觉罗·胤禛开始筹划用兵事宜，只同怡亲王允祥、大学士张廷玉、岳钟琪等极少数人密商，因事关钱粮，户部尚书蒋廷锡时或参与商讨此事。清世宗爱新觉罗·胤禛取得了他们的支持，决定了兵马粮饷屯守进取的方略。
清世宗爱新觉罗·胤禛备战首先重视的是军士的挑选和训练。清世宗雍正五年（公元1727年）十一月，清世宗爱新觉罗·胤禛密令河南、山东、山西三省督抚，在步兵内各拣选两千人，他们不必擅长弓马，但要能放鸟枪。预计第二年秋冬时差遣，为期约二十个月，并要三省督抚妥善安排应选兵丁的行装和安家费用。
作为蒙古游牧民族，准噶尔人长于骑术，骑兵精良，作战速度迅捷，行动灵活。清世宗爱新觉罗·胤禛懂得清兵要与准噶尔争长，也必须要有强大的骑兵装备。但西域旷远，戈壁荒滩阻隔，自然环境恶劣，交通运输不便，军需粮草的供给就是个大问题。针对这一情况，清世宗爱新觉罗·胤禛采纳了岳钟琪的车站方针：用长五尺、宽二尺的战车，一人推辇，四人保护，即一车五人，五车一伍，伍五一乘，四乘一队，十队为一营，行军时载军粮军衣，驻防时兼做营盘，战场上冲锋陷阵。
清世宗雍正七年（公元1729年）春夏之交，岳钟琪密令四川松潘镇总兵张元佐整饬马步兵丁一千名，预备一切军装器械，听候调遣。
经过两年的准备，清世宗爱新觉罗·胤禛命领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，率兵32000余人屯阿尔泰，出师北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率兵36000余人屯巴里坤，出师西路。西、北两路大军于清世宗雍正八年（公元1730年）五月分途起程，清世宗爱新觉罗·胤禛再征准噶尔部自此拉开了帷幕。
噶尔丹策零闻讯十分惊恐。这时，叛逃到准噶尔的罗卜藏丹津与其部属想谋杀噶尔丹策零，事泄被杀。噶尔丹策零遂利用这一事件施缓兵之计，派遣特使赴京，声称已将罗卜藏丹津解送清廷，行至中途，因听说清廷发兵，复回伊犁，“若天朝俯念愚昧，赦其已往，即将罗卜藏丹津解送。”清世宗爱新觉罗·胤禛认为事情出现了转机，噶尔丹策零可能会“一一听命”，故于清世宗雍正八年（公元1730年）五月决定“进兵之期暂缓一年”。他一面遣侍郎杭奕禄等往谕噶尔丹策零“请封号，所有属下悉编旗分佐领”，一面召大将军傅尔丹、岳钟琪和参赞大臣陈泰、苏图回京议事，由提督纪成斌、副将军巴赛分管西、北两路军事。
噶尔丹策零当即乘岳钟琪回京面承谕旨之际，进攻驻于科舍图的清军。科舍图军中无主将，由纪成斌、巴赛二人护理印务，分摄两路军事。纪成斌无备，噶尔丹策零乘虚大肆劫掠科舍图牧场。总兵樊廷、副将冶大雄率兵二万力战，又得总兵张元佐来援，与噶尔丹策零血战七昼夜，终于夺回大部分被掳驼马。尽管如此，清兵损失仍很严重。
利舍图遭袭，清世宗爱新觉罗·胤禛对西路军颇不信任，并及于岳钟琪。岳钟琪不久奏疏战屯事宜，清世宗爱新觉罗·胤禛不以为然。清世宗雍正九年（公元1731年）三月，命都统伊理布率兵2000往岳钟琪部充为副将军，开始对岳钟琪实行挟制和监枧；五月，再派石云倬为西路军副将军，进一步牵制岳钟琪；又派满人查郎阿署川陕总督，又专理西路后方军需供应。到此为止，岳钟琪的前军和后路都被满洲势力包围了。
清世宗雍正九年（公元1731年）六月，噶尔丹策零探知西路军牲畜缺乏，不能进击，遣将率兵三万进犯北路军营。北路军主帅傅尔丹听信了敌方间谍的假情报，以为来人只有一千羸兵，遂令一万余人出战，被敌军诱到了和通绰尔，埋伏在此的两万多准噶尔骑兵倾巢而出，将傅尔丹的四千前锋军团团围住。傅尔丹又派六千清兵支援，然而此时被围清兵前锋已溃，准噶尔军转过头来便冲击清军大营，傅尔丹派索伦、科尔沁蒙古兵拒敌，科尔沁蒙古兵临阵脱逃。此时亏得土默特蒙古兵英勇抵抗，准噶尔军难当其锋，被撕开一个缺口，但接下来的情况却很糟糕，跟在蒙古兵后面的索伦兵见科尔沁兵跑了，土默特兵又消失在敌人阵中，以为蒙古兵败，人心惶惶，大呼小叫，顿时军心大乱，纷纷溃败。在准噶尔军围击之下，只逃出四千满洲兵，回到了科布多。北路清军至此已经军心涣散，难于再战了。
当傅尔丹失利于和通绰尔时，岳钟琪请求督兵进攻乌鲁木齐，以分敌势。经清世宗爱新觉罗·胤禛批准后，岳钟琪由巴里坤出发，越木垒，渡阿察，直抵额尔穆克河，分兵三路，进攻乌鲁木齐。大获全胜，杀敌甚众，乌鲁木齐附近敌人遂纷纷溃逃。
清世宗雍正十年（公元1732年）二月，噶尔丹策零侵扰哈密。当时岳钟琪屯兵巴里坤，因冬春积雪，不宜出战，一直按兵未动，留意防守。得知准噶尔进攻哈密后，遂分兵截击，并命石云倬赴南山口等处切断敌人后路。石云倬对岳钟琪的军令不以为意，行军迟缓，到达南山口时，被击败的准噶尔军早已脱逃而去。
