1882年，正当慈禧命清军进入朝鲜、平定“壬午兵变”之时，西南边疆因法国侵略越南而造成的边疆危机日益严重起来，慈禧不得不认真考虑对策。中法战争的核心，是围绕着越南主权的争夺，这种争夺早在拿破仑三世掌权的1858年就开始了。第二次鸦片战争中，法国趁清政府内外交困之际，派遣远征军入侵越南南部，于1862年迫使越南阮氏王朝签订了第一次《西贡条约》，割占了嘉定、边和、定祥三省及昆仑岛。1867年又占领永隆、河仙、昭笃三省。在越南南部建立了法属殖民地，并控制了湄公河三角洲。
法国原想从湄公河上溯，侵入我国云南。但后来发现湄公河上游不能通航，便改变计划，准备出兵占领越南北部的北圻，由红河进入云南。然而当时，正赶上慈禧第一次垂帘听政，举国之力都在集中“征剿”太平军和捻军，既无力顾及藩属国的安危，又缺乏足够的外事交涉经验和实力，对法越冲突采取了置之不理的态度。
刘永福率“黑旗军”打败法国人，慈禧太后“保藩固边”
同治十二年正月，即1873年2月，两宫太后撤帘还政，同治皇帝亲政。这年10月，法国驻西贡总督派海军上尉安邺统军北上进攻北圻，占领河内及附近四省。此时的越南国王按捺不住了，他只得向驻屯于保胜的刘永福黑旗军求助。
刘永福的黑旗军来历非常不平凡。刘永福，字渊亭，广东钦州（今属广西）人，祖籍博白东平。在他20岁那年，因为太平天国运动，参加广西天地会反清起义，后来投入起义军吴亚忠部。在和清军战斗中，刘永福认为敌我力量悬殊，不宜孤城困守，建议突围转移，保存有生力量。吴亚忠不听，他便借筹粮之机，率300余人脱离吴部，独立转战。1867年，刘永福跟他的部下退到了南北部的中越边境，以保胜为中心实行武装割据。在这里，他采取屯垦练兵、保境安民的措施，军队垦荒、自给自足；刘永福索性树起七星黑旗，成立黑旗军了。黑旗军标榜忠义，注重内部团结，关心官兵疾苦，平时精于训练，战时勇敢杀敌。就是在这种艰苦环境下，黑旗军被训练成一支具有很强战斗力的队伍，不少小股武装纷纷投靠，到1873年，已经扩展到1000余人。越南阮氏王朝在“剿抚不能”的处境下，只能坐视他的强大，不过黑旗军既不扰民，又不与当地政府纠葛，有时甚至还可利用来清除边境土匪、消除隐患，所以双方长期以来处于暗中默契、和平共处的状态下。
也就是在这样的背景下，刘永福欣然接受了越南阮朝皇帝阮福时邀请、率领黑旗军抗击法军，1873年11月，黑旗军在距离河内二里的纸桥设伏，诱敌出击。法军中计追击，伏兵四起，法军死伤数十人，安邺上尉被打死。法军群龙无首，大败而回，被迫退出河内和红河三角洲地区，龟缩海防一线。这次大捷，打乱了法军企图侵占北圻的计划，推迟了法国吞并越南、凯觎中国的计划达10年之久。战后，刘永福被越南国王授三宣副提督，黑旗军也从此结束了落草为寇的尴尬地位，转而成为一个正规部队；与此同时，清政府也改变了对待黑旗军的态度。过去，清政府对刘永福的黑旗军一直采取敌视、镇压的态度，只是因中越边境地形复杂，山高林密，不利于出境作战，所以始终未能得手。这次纸桥大捷，使得黑旗军成为法国侵略越南的巨大障碍，对避免中国出现西南边疆危机起到了非常重要的缓冲作用。此时朝中的慈禧太后已经是在第二次垂帘听政了，比之前精明了许多，于是开始改变策略，逐渐变敌视、镇压为默认保全，以达到“保藩固边”的目的。于是暗助黑旗军援越抗法，就成为“保藩固边”的题中之义。当然，对于黑旗军，老佛爷还是持有保守态度的，她只是为了固边保藩而利用它来牵制法军，所以只会暗中资助，绝对不会公开进行。黑旗军毕竟不是清廷手中的队伍，不能公然依靠和明目张胆地使用、调遣。这里面有一个细节就体现了慈禧在黑旗军上面的暧昧态度，广西巡抚庆裕于1882年2月1日上奏，报告他已命提督黄桂兰以防匪为名，加派勇营驻扎越南边境，并且已经与刘永福有所接触，决定相互接应时，慈禧以上谕指出：刘永福未可深恃，且虑形迹太露转致枝节横生，尤当加意慎密。诏旨明显告诫庆裕，应着眼于一个“暗”字，不露形迹，避免节外生枝。
至于越南这边，依旧惧怕法国的势力侵略，1874年3月15日，越南受法国人的压迫和讹诈，在西贡签订了《越法和平同盟条约》，即第二次《西贡条约》，越南向法国开放红河，并给予法国在越南北部通商等多种权益。该约中虽然承认越南为独立国，但又称法以越南为保护国，实际上否定了中越当时的关系，为后面的发展埋下了隐患。越南处大国夹缝之间，两边都难违逆，只有一边承认法国权益，一边接着供奉中国。以下数年之内，越使又屡屡北去北京纳贡，并数次因内乱向中国乞援，中国都派兵戡乱。1875年5月25日，法国照会清政府，通告该约内容，意在争取清政府的承认，从而排除在历史上形成已久的中国在越南的影响。6月15日清政府复照，对该条约不予承认。
但法国对越南的侵略野心已经顾不上清朝这边是否承认了，1879年6月，法国驻海防领事土尔克称：“法国必须占领北圻……因为它是一个理想的军事基地，由于有了这个基地，一旦欧洲各强国企图瓜分清国时，我们将是一些最先在清国腹地的人。”1881年7月，由法国总理茹费理主导的法国国民议会通过了二百四十万法郎的军费用于越南。1882年3月，法国西贡殖民政府派海军上校李威利（又译为李维业）率军数千于4月占领河内。1883年3月李威利一军占领南定。
清政府这边也同时做出了回应。慈禧太后已经开始为“保藩固边”作一系列人事调动。1882年正月，她任命倪文蔚为广西巡抚，徐延旭为广西布政使。四月，以直隶总督李鸿章家有丧事，调两广总督张树声暂署直隶，以陕甘总督曾国荃署理两广总督。同月，命广东水师提督吴全美统带广东兵轮，克期出洋，与滇、粤防军遥为声援。
在人事调动期间，福建巡抚岑毓英于三月间上奏，请朝廷资助刘永福军饷器械，使之固守以抗击法军。慈禧觉得应听听身处一线的地方大员的意见，便于五月间下令云贵总督刘长佑入京觐见。
刘长佑抵京后，如实向慈禧作了禀报。其大意是：法国决不会放弃亡越图我之心，现在法人日日增兵，其主要障碍在黑旗军。法人已悬赏万金求购刘永福首级，又悬赏十万金要法军攻取保胜，灭黑旗军老巢。刘永福曾屡次请求越南国王与法军决战，还曾亲赴谅山，与广西提督黄桂兰面商，表示同仇敌忾，并愿意分兵赴北宁助守；保胜有该部驻防，法军决不会得逞，只是因兵力不足，亟望得到天朝援助。
至于越南现状，刘长佑说，目前法军以兵舰东下越南海阳，分驶广南、西贡。若山西有失，则法军西入三江口，不仅保胜无屏障可依，而且云南自红河以下都需步步设防。他认为，“非滇粤并力以图，不足以救越南之残局；非水陆并进，不足以阻法人之贪谋。”
听了这样一番言论以后，慈禧打消了对黑旗军的疑虑，决定改默认保全到公开资助。她决定派候补吏部主事唐景崧赴越南游说刘永福。1883年4月14日，唐景崧在山西会见了刘永福，向刘详述了法越及清廷形势，并提出上、中、下三策，供刘永福选择：上策，据北图南，事成则王，不成亦不失为捍卫华边之豪杰，功在中国，声施万世。中策，提全师击河内，战胜则声名崛起，粮饷军装当由朝廷相助；不胜，则忠义之举人犹荣之，四海九洲知有刘永福，谁肯不容？立名保身，无逾于此。下策，坐视国难，则无功无名，谁重黑旗刘永福者！事败而投中国，恐不受；株守保胜，实为下策。
刘永福认为自己“微力不足当上策”，选择了依靠朝廷、保卫北圻、抗击法军的“中策”。此后，两人在山西又再次会晤，相谈甚欢。4月16日，刘永福、唐景崧与越南驸马、东阁大学士、督统军务大臣黄佐炎在山西上协社举行三方会谈，商讨进兵计划。
得到清廷支持后的刘永福决心抗法到底。1883年4月，他率3000黑旗军，会合黄佐炎所部越军，开始向法军发动反攻。5月19日，在越军配合下，黑旗军与法军在纸桥鏖战。黑旗军将士“直前猛攻，势如波涌涛翻”，侵略军司令李威利当场被击毙，法军200余人丧命，取得了震动中外的第二次纸桥大捷。战后，刘永福被越南国王授予三宣正提督，授一等义良男爵。
黑旗军重创法军后，清廷内外臣工对黑旗军在“保藩固边”中所起的作用开始有所重视，不少人上奏请朝廷在钱粮、军械、兵力等方面予以资助，慈禧也由暗助转为公开。10月，谕令广西巡抚倪文蔚接济黑旗军，随即调徐延旭为广西巡抚，命其迅速出关联络刘永福黑旗军。值得注意的是，这时朝廷已改称黑旗军为“刘团”，把它作为地方团练武装了。随后，慈禧颁发谕旨，拨给刘永福十万两白银，以应急需；并调集军队自广西、云南进入越南北圻。从此，黑旗军成为清政府“保藩固边”军事整体的一部分。
法国殖民主义狂热，法越战争演变为中法战争
此时受到重创的法国政府随即宣布要“为她的光荣的孩子复仇”，当时，法国正是狂热的殖民主义者茹费理当政。他竭力推行侵越图华的侵略方针，于是拨给东京法军350万法郎，并马上任命西贡法军司令波滑继任北圻法军统帅，并成立由海军少将孤拔为统帅的北圻舰队。8月，波滑沿红河进攻黑旗军，同时孤拔率海军进攻越南首都顺化。波滑一军损失很大，波滑本人则被遣返巴黎。但孤拔一军却攻入顺化，阮福时正好病死，继位的越南皇帝阮福升于8月25日和法国签订《第一次顺化条约》。至此越南已被法国征服，法国开始直接进攻清国，法越战事终于在1883年12月不可避免地演变为中法之间的战争。
将越南变为殖民地的法国，愈加飞扬跋扈，不可一世，无理要求清政府撤退驻扎北圻协越防守的清军；开放云南边界通商；召回刘永福的黑旗军，使得中法关系日趋紧张。就在法军大举进攻越南，危及中国西南边疆的严峻形势下，清政府的内部却出现了分化，出现了两种争论不休的意见：一种极力主张对法宣战；一种则选择了苟且偷生，希望清政府能派人向法求和。主战者主要是驻法公使曾纪泽以及湘系官僚如左宗棠、刘坤一、彭玉麟等，另外以军机大臣李鸿藻为首的清流派，如张佩纶、张之洞、陈宝琛等也主战。他们认为就道义责任和利害关系而言，中国都应该出兵保护越南。第一，中越存在着历史上的宗藩关系，越南受到侵略，中国应该发挥宗主国的国威；第二，中越山水相连，唇齿相依，法国侵越，“非徒并越，而特欲以越为根脚耳。粤边之煤矿，滇中之金矿，无不垂涎”，所以中国保护越南就是为了“自固藩篱计”，“断无坐视之理”。
与主战相反的主和者是淮系官僚，主要代表是直隶总督兼北洋大臣李鸿章。他们认为中越宗藩关系不复存在，中国没有必要为越南“代为力证经营”。中国“各省海防，兵单饷匮，水师又未练成，未可与欧洲强国轻言战争”，对法议和，不过“伏边患于将来，”若与法国失和开战，“则兵端开于俄顷”，中国即使“一时战胜，未必历久不败；一处战胜，未必各口皆守”，从此“兵连祸结”，将国无宁日。
就在两方互相争吵相持不下的情况下，慈禧太后也拿不准主意了。她一方面通过外交途径对法侵越表示抗议，并且续向黑旗军提供饷银、军械等，助其抗法，同时密谕两广地方督抚：“目前办法，总以固守北圻为主，倘法人侵及我军驻扎之地，则衅自彼开，自不能不与接仗”。另一方面却又授权李鸿章，谋求与法议和，再三谕令驻越清军“不可衅自我开，转滋口实”。清政府这种和战不定，消极的态度并没有换来和平，相反进一步助长了法国侵略者的嚣张气焰。1883年12月，法国议会通过了追加2900万法郎军费和1。5万名远征军的侵华方案。12月11日，法军司令孤拔率兵六千，从河内出发，水陆并进，向驻扎在北圻山西的清军和黑旗军发起进攻，中法战争由此爆发。清军统帅、云南巡抚唐炯“弃军而逃”，黑旗军拒险与法军激战数日，以力单无援撤退，山西失守。1884年2月，法国增援部队到达河内，由米乐接任法远征军司令。3月，法军1。2万人分别由米乐和尼格里指挥，分兵两路会攻北宁。北宁南控河内，北蔽谅山，是清军经营一年有余的军事要地。清政府多次命令驻越清军全力守住北宁，阻遏法军向中越边境推进。但清军统帅、广西巡抚徐延旭“事前既疏于布置，临时复勇于溃退，敌犹未至，望风而遁。”谅江、郎甲等地失守。4月初，西线战场上兴化、临洮、宣光等地也相继失守。
败讯传来，朝野震惊。慈禧太后也是勃然大怒，下旨将广西巡抚徐延旭革职交刑部治罪；将云南巡抚唐炯革职拿问；命张凯嵩署云南巡抚，李用清暂理贵州巡抚，潘鼎新署广西巡抚。十天之内，接连撤换前线将帅，足以表明她的愤怒之情。
其实慈禧的愤怒并不是在唐炯身上，唐炯只是老佛爷此时的出气筒，她真正痛恨的是首席军机大臣恭亲王奕?。军机处作为中法战争期间负责军事机务的最高指挥机构，在处理中法谈判和法越争端中，一直主张通过外交途径避免战争，不敢和法军正面交战，以退让换取边疆和平，致使朝廷充斥避战求和的气氛。而奕?正是这一主张的积极倡导者。他和李鸿章对法让步、力保和局的论调相互呼应，导致了徐延旭、唐炯等前线大员观望犹豫、军心怠散、战不出力、溃逃败退的不堪局面。
朝局大变甲申易枢，法国野心不减引马尾海战
奕?之所以主和，很有可能是对当时的国际局面判断错误，也过于依赖其他国家的调和，对于中法战争估错了形势。所以他按自己的理解热衷于外交谈判，而对备战固边的指令，只作例行公事对待。这恰恰触犯了原本就对奕?心存不满的慈禧太后的底线，感到他故意不积极执行自己的意图，越发怀疑他藐视权威、不愿支持自己独立主政，怨恨之情油然而生。
事有凑巧，4月3日，一份奏折递到了慈禧太后手中。奏折指责张佩纶和一班军机大臣李鸿藻、奕訢、宝鋆等人无知人之明，用所非人，致使前线失利，要求严处。奏折正中慈禧下怀，她有了可以发作的借口。于是，就在当天她召见奕?等全班军机，声色俱厉地斥责他们迁移因循，致使边防不靖，海防粉饰，疆臣苟且，国用空虚，坏了皇朝大业。措辞之严苛，态度之专横，神色之冷竣，为历来所未见，吓得大臣们噤若寒蝉，不敢吱声。
五天后即4月8日，慈禧颁下懿旨，免去奕訢、宝鋆、李鸿藻、景廉、翁同龢在军机处和总理衙门的一切职务。其中奕訢开去一切差使并撤去恩加双俸，著令其“家居养疾”；宝鋆著原品休致；李鸿藻开去一切差使，降二级调用；翁同龢革职留任、退出军机处，仍在毓庆宫行走。不用说，奕?处分最重，被一撸到底，撵回恭王府。不得与闻朝政，“家居养疾”，做个闲散的王爷。同一天，又任命礼亲王世铎，户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万，工部侍郎孙毓汶为军机大臣。次日，又颁布懿旨，命军机处若遇紧急要事，著会同醇亲王奕譞商办。很明显，太后把军机处的实权，交给了光绪皇帝的生父、自己的妹夫醇亲王奕譞。这就是历史上著名的“甲申易枢”。甲申易枢，本质上是慈禧和奕?长期矛盾的结果。越南战败只是慈禧借题发挥而已。当代历史学家郭廷以教授，把它称之为“慈禧的第二次政变”
甲申易枢后，慈禧启用礼亲王世铎和庆亲王奕劻掌控中枢，并派直隶总督李鸿章为代表与法国议和。5月11日，李鸿章与法国代表福禄诺在天津签订了《清法会议简明条约》（又称《李福协定》）。主要内容是：
清国同意法国与越南之间“所有已定与未定各条约”一概不加过问，亦即承认法国对越南的保护权；
法国约明“应保全助护”清国与越南毗连的边界，清国约明“将所驻北圻各防营即行调回边界”；
清国同意清越边界开放通商，并约明将来与法国议定有关的商约税则时，应使之“于法国商务极为有利”；
本约签订后三个月内双方派代表会议详细条款。
5月17日，福禄诺通知李鸿章法国已派巴德诺为全权公使会议详细条款，并单方面规定在越南北部全境向清国军队原驻地分期“接防”的日期。李鸿章既没有同意，也没有明确反对，且未上报清廷。6月6日，法国政府与越南阮朝皇帝阮福明订立《第二次顺化条约》，否定了清朝对越南的宗主权。6月23日，按福禄诺代表的法国政府的部署，一支800人法军到谅山附近的北黎接防，要求清军立即退回清国境内。但清国驻军仅接到李鸿章通知的撤军意向还未接正式命令，不敢决定，要求法军向北京发电要来命令才能执行。法军强硬前进走进清国军队阵地，清军被迫开火，造成“北黎冲突”。法军死24人，清军伤亡三百。法国一时舆论大哗一致认为清国背信弃义，法国随即照会清政府要求所有清军从越南撤出，并赔偿军费两亿五千万法郎（约合白银三千八百万两）。清廷派两江总督曾国荃于7月下旬在上海与巴德诺谈判，未有结果，双方重启战端。就在这一年的8月22日，法国海军部长命令中国海舰队司令孤拔攻击清朝水师，摧毁福建沿岸海防设施。孤拔率领旗舰贝亚德号铁甲舰、伏耳达号等十三艘军舰开进湾，法军将在23日开战，之后张佩纶则不向军方通知此事使得清军没有任何准备。清军则备有十一艘外国舰艇，但质量远不如法军，还备有十一艘军用帆船。集中在马尾港，并部署两艘商船永保号与琛云号协防，上面各载有七百名清兵。
8月23日下午一点四十五分，离最后期限还有十五分钟时张佩纶派去小艇要求延期，已经在担心清军偷袭中熬了很久的法军误认为是杆雷艇，于是开火。法舰野猫号立刻炮轰罗星塔附近的7艘清军军舰，其中清军战舰振威号随击发炮回击，但不久附近两艘战舰济云号与飞云号中弹着火而沉没。随后，法舰鱼雷艇46号发动突袭，击沉清军旗舰扬武号，但船身也遭炮击受损。这时孤拔换乘伏耳达号率领四艘战舰驶入江口从后包抄福建水师，击退伏波号与艺新号，随即攻击马尾船政局，而清军最先开炮的振威号因承受过多炮击，终于在试图冲撞德斯坦号时被该鉴快炮击中船轮与锅炉沉没。这时清军仅剩战舰福星号陷入法舰包围，一番血战后被鱼雷艇45号摧毁螺旋桨而沉毁。
下午两点八分，清军小炮舰福胜号从罗星塔处偷袭法鉴后方但皆未击中目标，随即被法舰迪盖-吐安号击沉。两点二十五分，被猛烈炮击的马尾船政局船坞因附近埋藏地雷被击中而炸毁，里头停泊的三艘单桅船漂出港外，其中一艘撞到罗星塔附近沙洲上的火药库，引发大爆炸，造成搭乘木船作战的清军死伤惨重，而附近十二艘战舰试图前来支援，却纷纷遭法舰炮击，无法突破。下午五点左右，福建水师几乎全灭，而陆上的各炮台也在法舰强大火力下纷纷失守，于是清军派数艘载满燃料的戎克船冲撞法舰，但全被法军击沉。至此清军水师已无反击之力，而清军主帅张佩纶与何如璋则早在开战不久便弃舰逃跑；8月24日至26日，法军舰队开始攻击田螺湾与闽安沿岸的清军炮台，群龙无首的守军见法舰后纷纷弃守，不战而逃。8月26日，孤拔率领8艘军舰停泊馆头，炮轰金牌炮台和长门炮台，前者遭法舰击毁，后者曾以哈乞开斯机关炮反击，但却遭到法军陆战队袭击，随后遭法舰迪盖-吐安号摧毁。
这时清军福州一带的海防设施已全被催毁，剩余的福建水师船舰则逃往舟山群岛躲避法舰。而法军中国海舰队则停留至8月29日，与东京湾舰队正式合并为远东舰队后才离开闽江江口，驶往台湾。马江惨败，使慈禧深知只有用战场胜利才能换取保境安民；只有以战止战，才能以战促和。三天之后，她毅然降旨，对法宣战。
慈禧太后毅然对法宣战，刘铭传冯子材临危受命
10月初，法舰转而进攻台湾；刘铭传放弃基隆、退守台北，法军在沪尾（今新北市淡水区）抢滩登陆时被清军及台湾乡勇击退，转而从10月23日起对台湾实行海上封锁。1885年初，法海军的陆战部队又从基隆向台北进攻而不果。封锁台海期间，法舰队截击清南洋水师5艘往援台湾的军舰，在浙江石浦击沉驭远与澄庆，并追击其余3舰至杭州湾口，与镇海炮台对峙驳火。3月底，法军攻占澎湖；孤拔于6月11日因病死于澎湖妈宫（现为澎湖县马公市）。1885年2月法国增兵越南，进攻谅山，直扑中越边境。13日深夜，法军还没有到达，贪生怕死的潘鼎新便一把火烧掉谅山城，退回镇南关(今友谊关)，还觉得不安全，又继续逃到离关一百四十里的龙州。法军如入无人之境，十天后轻而易举占领了镇南关。就在这危急关头，清廷起用年近七旬的老将冯子材，前往镇南关抗击法军。那时候，法军的气焰非常嚣张，竟在镇南关前竖立木牌，用汉字写道：“广西的门户，已不复存在了!”他们以为广西已经失去了屏障，中国人就只好举手投降了。但是，法军的如意算盘打错了。镇南关一带的民众也在关前插立木柱，针锋相对地回敬道：“我们将用法国人的头颅，重建我们的门户!冯子材结合敌情选中离镇南关十里的关前隘为预设战场。他派部队在隘口抢筑起一道三里多长的士石高墙，墙外挖掘一米多深的战壕，使东岭、西岭与长墙连成整体防线。同时，把粤军、湘军和淮军等不同番号的清军，统一编制成左中右三路。一切准备就绪，冯子材决定先发制人。3月21日，冯子材率领一支队伍，夜袭法军占据的文渊城，一度冲到市中心，并击毁了山头上敌人的两座炮台，杀死了许多守城法军，大大提高了清军的士气。然而法军的攻势也是越来越猛，射过来的开花炮弹像雨点似的落在冯子材身旁。他的侄子请他稍作退避，他立刻咆哮道：“怕炮弹还打什么仗!我是宁死不退的，谁说退就是动摇军心。”于是，在冯子材的带领下，全军将士一齐杀入敌阵，刀劈枪挑，与法军展开短兵相接的肉搏战。法军吓得目瞪口呆，霎时乱了方寸。当地壮族、瑶族、白族、彝族、汉族，以及越南群众一千多人此时也风驰电掣般冲杀进来。法军溃不成军，一个个丢盔弃甲，四处逃窜。冯子材接着挥师乘胜追击，一举收复了文渊城和谅山。这一仗，总共消灭法军一千多人，法军头目尼格里也身负重伤，由士兵抬着逃走。镇南关之战，是中法开战以来最大的一次战役，从根本上改变了中法战争的局势，使中国反败为胜。
战场形势一片大好，清军摩拳擦掌准备一举攻占河内；法国得知中国取得镇南关—谅山大捷后，举国哗然，纷纷要求茹费理内阁下台。示威者在街上高喊“绞死东京费里”，法国议会以306对149票否决“军费追加案有先议权”议案，总理茹费理旋引咎辞职。正当事态发展对中国有利之际，清廷突然于4月7日，下达停战撤兵命令。前线将士痛心疾首，不愿撤兵。冯子材等上书请战，请朝廷杀议和者以谢国人；主战派也纷纷上奏，申言：“停战则可，撤兵则不可”。但慈禧主意已定，不管战将请求、朝臣议论，坚持已见，上谕称：“此事关系重大，倘有违延，朝廷固必严惩”，把再战言论压了下去。
为何清政府此时放弃了继续战斗，而选择了撤兵呢？这一点也是中法战争中慈禧太后一直被人所诟病的地方，其实在这里我们要看到，清政府这样做也是有一定的背景原因的。
中法战争无奈“不败而败”清廷加紧海防意识由此生
镇南关、谅山大捷，实际上只是扭转了清军的战场颓势，并不等于彻底打垮了侵越法军，更不能由此推论再打下去会取得全胜。回看在此之前的船头、郎甲之战，广西巡抚潘鼎新所率的东线桂军虽在船头一战中重创法军，但郎甲之战以伤亡700比100的代价，仍无法取胜而被法军击败，导致船头清军弃城而走，东线桂军失去船头、郎甲战略要点后，清军原定收复北宁、河内的反击计划受挫。云贵总督岑毓英率领的西线滇军，为了夺回战略要地宣光，进行了长达73天的战斗，伤亡近4000人而未能得手。以后东线桂军又丢失谅山，潘鼎新保命逃生，被清廷革职拿问。如果不是老将冯子材所部力挽狂澜，取得镇南关——谅山大捷，清军的战场颓势将难以扭转。
在此役后清军也已经精疲力尽，刘永福部“所存不足五百名……多方招集不足千人，战守两难，进退失据。”清朝财政方面，四川总督丁宝祯在1884年就拿不出供鲍军的十万两银，说“鲍超军需甚重，措办为难”而海战失败后清政府清楚已无法阻止法国军舰北上大沽口，同时朝鲜又发生了甲申政变，张之洞五营兵勇和物资因此不能支援台湾。于是在1885年初出现了日本和法国结盟攻击清国的危险“而正是由于4月和法国议和，才消除了这种危险”而且越南国王与1884年签订顺化条约已经承认法国为其保护国，使得清方不可能对越南投入过大的热情“纵再有进步，越地终非我有，而全台隶我版图，援断饷绝，一失难复，彼时和战两难，更将何以为计？”
清军在越南战场作战的一个致命弱点就是不能东西两线协同配合，郎甲之战即是典型。这种各自为战的状况，除了越南地形复杂的客观因素外，与清军将帅各有派系乃至贪生怕死的素质不是没有关系。依靠这样一支清军要在镇南关——谅山大捷后击溃法军，收复失地，谁也不敢拍胸脯保证能行。所以，批评清军在中法战争中乘胜即收，导致中国不败而败的说法，并没有客观考虑中法双方力量对比和清军素质的实际情况。
同样，台湾方面也不是很乐观，刘铭传虽然取得沪尾大捷，但基隆仍在敌手，清军无力夺回。法军远东舰队在孤拔指挥下，从1884年10月20日起，对台湾实行封锁，并于第二年初攻占澎湖；再说东南沿海，法军在镇海失利后，并未停止对长江口、甬江口的巡逻游弋，不准运粮船只通航，企图切断中国南粮北运航道。当时，福建水师已全军覆没，北洋水师尚未成军，对法国侵略军的舰队横行东海、胡作非为，只有干瞪眼，徒叹奈何。
最终，综合各方考量，在英国调停下，清以李鸿章为全权代表与法国公使巴德诺在天津会谈，于1885年6月9日签订《清法新约》（即《清****订越南条约十款》），主要内容就是确认1884年先前法国与越南签订的《第二次顺化条约》，其中承认了法国对越南的宗主权。和约签订之后，法国军队撤出澎湖，停止对台湾的封锁，清国军队撤出越南。中法战争后，清政府进一步意识到了海防的重要性，乃加紧建立北洋舰队，并于台湾设省，开始大力建设。
