尽管中央政府在西藏做到了仁至义尽，但是西藏反动派看到广大农奴群众日益觉醒，民主改革迟早终会发生，居然孤注一掷，在1959年3月策动了叛乱。
其实，这场叛乱是蓄意已久、精心策划的，其目的是反对在西藏进行民主改革，企图分裂祖国。1959年3月10日，达赖喇嘛自己选定要去西藏军区观看文工团的节目演出，反动分子们认为有机可乘，制造和大量散布了“西藏军区要把达赖喇嘛和噶厦政府的主要官员抓上飞机送往内地”这样一个完全无中生有、荒唐离奇的谣言，煽动群众闹事。3月10日上午8点多，拉萨街头一片混乱，人们哭喊着奔走相告：“到罗布林卡去保护如意至宝（达赖喇嘛）吧，汉人要把他劫走了。”这喊声对于笃信宗教的藏族人民来说无疑是一声炸雷。于是，人们怀着震惊、惶惑、恐怖的心情，涌向罗布林卡，以保护达赖为名，包围了罗布林卡，揭开了武装叛乱的帐幕。这就是后来发展成为全面武装叛乱的“三·一零事件”。
值得注意的是，这个谣言不仅在当时欺骗了很多人，而且在很长时期中，大多数国外藏胞对此深信不疑。一些回国探亲的藏胞谈到叛乱的原因时，都异口同声地重复这个谣言的内容。在西藏地区，不但青年人不了解事件真相，连许多老年人也长时间受这个谣言的迷惑而心存疑团。阿沛·阿旺晋美是事件全过程的知情人和目击者，深感有责任把真相公诸于世，他在不同的场合多次说明事件真相，1988年他还就此专门发表过一篇短文，在纪念西藏民主改革40周年的时候，他又再次撰文予以说明，其目的就是为了彻底消除历史的迷雾，还历史以本来面目，使后人懂得西藏民主改革的胜利成果来之不易，付出了血的代价，值得倍加珍惜。
这件事件表明，以达赖为首的卖国者的反动面目完全暴露在西藏各族人民面前，暴露在世界人民面前了。由于党的民族政策深入人心，西藏人民对他们的叛乱深恶痛绝。广大群众积极协助人民解放军，仅3天就消灭了拉萨的叛匪，不久就平息了西藏境内的叛乱。
事件发生后，中央人民政府总理周恩来于1959年3月28日签署国务院命令，宣布“为维护国家统一和民族团结，除责成中国人民解放军西藏军区彻底平息叛乱外，特决定自即日起，解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权。”命令撤销了筹委会委员中一批叛国分子的职务，任命常务委员兼秘书长阿沛·阿旺晋美为副主任委员兼秘书长。
4月中旬，阿沛·阿旺晋美和班禅额尔德尼到北京参加第二届全国人大一次会议，向中央汇报了相关情况。周恩来总理举行宴会，欢迎阿沛·阿旺晋美等西藏自治区筹委会负责人。周恩来强烈谴责了西藏反动集团的武装叛乱，并真诚地说，阿沛·阿旺晋美等一些委员，一贯拥护中央，坚决维护祖国统一和民族团结，为西藏人民做了不少有益的事。周恩来表示相信，在党和中央人民政府的领导下，西藏自治区筹委会一定能够出色地完成任务，使西藏迅速实现民族地方自治。
1965年全国三届人大会议之后，周恩来与阿沛·阿旺晋美等人谈话时再次指出：“达赖背叛祖国，跑到外国去了。你们站在人民一边，跟着党走，这很好。”周恩来鼓励他们今后继续站在人民一边，一直跟着党走。
