道教是东汉末年以组织农民起义的形式而产生的，此后虽然农民起义遭到了统治者的镇压，但是道教思想却在三国两晋南北朝这段纷争离乱的历史进程中取得了长足的发展，逐渐壮大和成熟，最终成为了与儒、释相并立，而形成三大思想文化体系。
三国时，虽然各国对民间道教采取限制政策，但是由于曹操、孙权等人自己迷信神仙方术，因此道教得以在上层贵族中继续传播。史称曹操“好养性法，亦解方药”，他还召集了一大批方士，其中著名的有能够行辟谷方术的谷俭、擅长气功方术的甘始、擅长医术的华佗、擅长房中术的左慈等人。孙权也非常优待方士，介象、葛玄等道教方士都受到孙权的宠信，孙权还学秦始皇寻找海上仙药的举措，派方士渡海寻找方药，因此卫温等人得以到达夷洲等地。除了在上层传播之外，道教的另一部分祭酒徒众则转向民间，在民间以行医施药、驱魔除邪等方式传播道教，因此道教逐渐分化为了贵族和民间两种形式。
到两晋时期，士大夫文人中玄学兴起，一些著名文人如嵇康、何晏、王弼等既好老庄之书，亦好养生之术，并著书立论加以阐释宣扬，这便导向神仙方术直接与门阀贵族的清谈、归隐等思想相结合，得以进一步发展。这时的民间道教也已经不再是一个完整的宗教形式，而是形成一些互不隶属的区域性宗教集团。两晋时期不断掀起的民众起义大多带有道教的宗教色彩，说明民间道教已经有一定程度的发展。
道教理论在这一时期也有所发展。道教理论比较驳杂，既不如佛教精微，也不如儒学系统，但是经过魏晋之际的发展，到东晋时期，其信仰系统也逐渐成熟和系统化。西晋道士王浮著《老子化胡经》，此书成为后来道士批评佛教的理论依据。西晋南越魏夫人创作的《黄庭经》发挥古道书中人身脏腑有主神之说，结合古医书关于脏腑的理论，阐述积精累气、健身长生的道理和方法，成为内丹学的经典著作。东晋初年的葛洪著《抱朴子》一书，专门阐释长生求仙的道理，提出了“守一”、“服丹”的修炼方法，因而被称为神仙道教的理论家。同时，由于葛玄、葛洪等人反对符水派，提倡服用金丹，因此又被后人称为葛氏道或者金丹派。
南北朝时期，道教上层人物为了使道教更好地适应统治者的需要，并求得更进一步的发展，对道教进行了一系列清理和改革，此后的道教更加系统化、规范化。南方和北方的统治者都曾对道教有所尊崇，而南北方道教都有各自的代表人物。南方的陶弘景“好阴阳五行、风角星算、修辟谷导引之法，受道经符”，因而大受梁武帝的宠信，时人称其为“山中宰相”。而北方的寇谦之则自称遇到太上老君，授自己为道教天师，成为道教在北方的代表人物。此外，南朝刘宋道士陆修静，“祖述三张，弘衍二葛”，将金丹派与符派集于一身，独创灵宝派，对道教理论的发展也多有建树。
总之，道教之所以能在三国两晋南北朝期间得到长足的发展，一方面是因为炼丹成仙的宗旨迎合了贵族的精神需要，保身隐居的生活方式受到厌世士人的欢迎，符斋醮的消灾治病对苦难中的民众有一定吸引力；另一方面，也因为道教自身进行改革，向统治者靠拢，取得了封建统治者的信任。
