永历十一年九月，南明朝廷内部－场火并，虽然以永历帝为首朝廷取得了胜利，却也让清军有机可乘。在接下来－系列举措中，出现了重大失误南明王朝，也走向衰败，战略决策失误导至了整个南明王朝覆灭，只是时间迟早问题。
永历十一年，十一月，孙可望逃回贵阳，守城大将冯双礼得知孙可望战败，且冯双礼原也不支持孙可望内战，便闭门不让孙可望入城，孙可望无奈在众叛亲离情况下，夺路出黔。刘文秀部苦追不舍，孙可望独领家人隨从四百余人入湘，又逢南昍武冈总兵杨威截杀，差点被俘。还好遇到部将吴逢圣，程万里接应，连夜奔逃，方得脱身。只因孙可望原是大西军盟主，又被南明封为秦王，有数十骑从死命突围，抄小路走脱降清而去。
孙可望先派杨惺先.郑国先二人前往宝庆，[今湖南邵阳]接洽降清事宜，据清湖广巡抚张长庚报，清廷为捞到孙可望这张王牌，派湖广中路总兵李茹春、左路总兵王平带领军队接应，击退杨威所统拦截之兵，孙可望和妻、子、随从人员才得以在宝庆府，南面花桥地方进入清方管辖区，十五日到达宝庆，同日上书洪承畴求降，并请命领兵入滇报仇，所带四百余人多为妇女官丁，骑马四百余匹。一代袅雄自此依附清朝，初封义王，尽献川黔滇桂明军布防及路桥梁关隘地图，从而间接加速了南明朝廷灭亡，他一手谋划这场内乱终而演变成了一场改变历史进程的闹剧，而隨着南明势力逐步瓦解，孙可望的利用价值也在变小，鸟尽弓藏，兔死狗烹下场，终也不能幸免在这位不可一世风云人物身上。顺治十七年[公元一六六零年]孙可望离奇病死，[－说为出猎被射死]孙可望降清未能善终之说流传极广。
孙可望死，子征淇袭封义王。顺治十八年亦病死，弟征淳袭。康熙七年征淳病死，其弟征灏袭，不准绝王降为公，乾隆三十六年，[公元－七七－年]清以孙可望子孙世职嗣不得承。明遗民方文赋诗寄慨云;
南海降王款北庭
路人争拥看其形
紫貂白马苍颜者
曾搅中原是杀星
可见当时孙可望名望极高今后人读之惆悵不止。
刘文秀追孙可望不及，适逢清将李茹春.王平二部截杀杨威部众，于是挥兵接应杨威杀退清军，见可望已降清，无奈之下退兵回黔。收拾残局，招抚军民整顿孙可望部众旧将，对安定贵州起到了很大作用，共有兵马三万余，且多数能征善战部将在水之战中损失不大。
永历十－年冬，晋王在滇着手清除孙可望旧部，刘文秀在黔经营贵州，本是南明统－意见，使朝廷强大之机，却在此时晋王和蜀王之间又爆发危机，永历朝廷彻底失去了最后一次重震时机。驻守楚雄永昌王自奇.张明志.关有才等人曾联合孙可望东进攻打昆明，孙可望兵败降清后，李定国不但不赦罪招降，反而亲领大军大破关有才，张明志部，王自奇兵败入腾越，[今云南腾冲县]无路可退被逼自杀，李定国率兵回昆明又逢刘文秀捉住可望死忠张虎，尽被李定国斩杀在昆明，狄三品王会.张光翠等人以党附可望而降爵，朝廷自此愈不稳。
而更糟失误还不止于此，刘文秀稳定黔后上书清朝廷，请迁入贵阳，而永历帝已答应入黔，这时李定国正在永昌处理孙可望旧部事，闻刘文秀上书永历迁贵阳事，遂以辞表以挟永历帝，显然是怕刘文秀招抚了川黔湖广各路兵马，乘机坐大。而定国自已亲信多在云南，刘文秀凌驾自已之上。而在永历十二年元旦，撤回了黔湘各路守关一线将领，为后来清军进攻提供了明守军－触即败良机，并在三月召回刘文秀，晋王李定国虽军事才能卓越，然而治国不如孙可望，战略眼光和胸襟不如刘文秀，而刘文秀对时局有着清醒，认识建议永历迁入黔，是明智之举曾私下议;“退狼进虎晋王必败国！”后果验其言。可见刘文秀其人之才，将晋王比秦王虽有失偏激，然而定国其人也实非治国之人，为将帅才不善治国。
刘文秀早年一直追随张献忠，大西国建立后受封为抚南将军。与孙可望、李定国、艾能奇并称为四将军。位列四将军之三。
至此蜀王刘文秀托病，常不朝军务皆部将陈建，四月病。永历帝和晋王亲往探视，命御医调治，然刘文秀心病无解，卧床不起，四月二十五日卒。[史载临终前刘文秀上遗表云：“北兵日逼国势日危请入蜀以就十三家之兵臣有窖金一十六万可以充饷，臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事，然后出营陕、洛庶几转败为功也！此臣区区之心死而犹视之也]临死不忘国事并指出晋王应以大局为重，应联合李自成旧部大顺军共同抗清。
然而后来李定国的动摇不定，和三谭兄弟之变，而打乱了刘文秀战略方针，南明迅速走向了瓦解。
关于刘文秀上遗表事，还有另一种记载，四川乐至县举人邹简臣，在永历朝廷任通政司右通政、赞理蜀王军务云；“戊戌（永历十二年顺治十五年）春还行在蜀王疾笃表奏十二事颇言内阁马吉翔之劝上收大权，用正人寻卒定国、吉翔皆知为公笔心衔之”见光《乐至县志》卷十四人物宿士敏《邹公易斋传》。
正当刘之秀病危之际，五月清军已战领贵州大部，其清将李国翰已病死。由于李定国在南明内部整顿，使清军几乎没有大战就攻下了贵州大部分地区，进而紧逼昆明。八月到九月间南明也曾试图进行局部反攻，收复了黔中数县，然而清三路大军已得在贵阳会合，南明两次攻打贵阳都以失败告终。李定国不得不回兵云南。
另一路清军，已攻占了镇宁南明巡抚冷孟饪兵败战死，重庆守将杜子香不战而逃，刘镇囯部兵败，明将郭李爱等人率部众五千余人降清，吴三桂在开州[今贵州开阳]大败总兵杨武部，后返驻遵义一面休养兵马，一面招降南明官员。先后来归有水西宣慰司安坤、西阳宣慰司冉奇镳、蔺州宣慰司奢保受、兴宁伯王兴及部下七千余人.
此时云南已是重兵压境，是去是留却一直犹豫不决。各部明守将已无心恋战，各处败逃消息传来，人心浮动军心动摇，许多人逃投清军，危机四伏。只有白文选部仍在七星关，[今毕节七星山]凭险据守。已经是孤军奋战了。
吴三桂见七星关易守难攻，便命人抄小路从后包抄，日夜攻打白文选部拼死抵抗，不料洪承畴，卓布泰等已领清军断文选入滇之路，白文选见南明余部多败，遂领残部向滇中撤去，其兵马不足二万，七星关的失首，标志着南明的势力基本全部退出贵州，全境被清军占领。
永历十三年春南明朝内部就撤向四川，还是退向云南西部而产生分岐，晋王领兵前出曲靖迎敌，然而各部军心涣散消极避战，在贵州鸡公岭一战，晋王李定国家小尽陷，长子，长媳【郑成功侄女】及其妻族人多阵亡。
而此时李定国，打算执行刘文秀生前定下方针，派出太监五人到李来享部联络，然而朝廷内各部官员就迁入川还是迁入滇西吵个不停，以大学士马吉翔，国舅王维恭等人为代表的一派，不愿撤往四川，而是朝云南西部，永昌，腾越撤去，认为不得以可以进缅甸境，因为明代历代皇帝，都和缅甸交好又有澜沧江，怒江可守，况大理原是黔国公沐天波经营多年基地，可以抵抗清军。因此这一派官员坚持西迁。
此时晋王李定国，并不同意向滇西。就整个时局发展进川是上策，川中地肥田沃人众多，又有大西军政权曾在四川活动多年，进则可攻退则可守，背靠深山北出陕络，是战略要地，因此如向川进军南明尚有一线生机，时谭家兄弟，以及李自成之子李来享仍盘踞，重庆，湖北部分地区。
然历史往往是由细节来改写某一次偶然就会不经意改变。重庆战局改变了南明王朝走向，众多抗清军队围攻重庆将破城，清军各路救援人马尚未到来之际，改变局面时机终于来了，可是机会同时也稍纵即去，南明没抓住这次机会，自然把机会留给清军了。
在南明朝廷和李定国联糸下忠州.万县、梁山地区涪侯谭文、仁寿侯谭诣、新津侯谭弘（即所谓“三谭”）与驻守巫山、兴山一带原大顺军余部袁宗第、刘体纯、李来亨、马腾云、塔天宝等，抽调兵将十六营乘船溯流而上川东，各明军将领知形势紧急，都同意出兵反攻重庆1658年（顺治十五年永历十二年）七月三谭和刘体纯等部明军曾一度进攻重庆，清吴三桂带领军队当时正推进至遵义（明代遵义属四川省清朝划归贵]。重庆很快将攻下，若打下重庆，清廷必会减轻对滇南明军进攻，南明政权正好入川。
这时仁寿侯谭诣有心降清，就命人刺杀了谭文，和新津侯潭弘，约清军里应外合，夹击攻打重庆的南明军及大顺军各部。于是，清守军也同时杀出各部明军大败，各路人马纷纷败散。
晋王在曲靖听得急报，闻永历帝已改变主意撤向滇西，无奈之下唯有同意撤向滇西！开始了逃亡之路。
