【尔时，执金刚菩萨诣七佛所，右绕三匝，各申礼敬，白言：“世尊，唯愿慈悲护念于我。我今为欲饶益未来男子、女人持是经者，我更为说陀罗尼咒。”时彼七佛赞执金刚言：“善哉！善哉！执金刚，我加护汝，可说神咒，为护未来持经之人，令无众恼，所求满足。”时执金刚菩萨，即说咒曰】
这一段是执金刚菩萨在七佛面前又单独说了一个咒，叫做满愿咒。执金刚菩萨我们都知道他是密教大日如来的上首弟子，也就是金刚手菩萨，他为了护持未来修持药师法门的人，又说了一个“令无众恼所求满足咒”。
执金刚菩萨来到药师七佛面前右绕三匝，前面是执金刚和释梵四天王在释迦牟尼佛面前说了一个忆念咒，接下来执金刚菩萨又来药师七佛面前来单独自己又说了一个咒，右绕药师七佛三匝，各各礼拜以后说：药师七佛世尊啊，请求慈悲护念我，我今为了利益未来世受持药师七佛经法的善男子善女人，因此发心说一个满愿陀罗尼。
药师七佛称赞说，好啊好啊，执金刚，我们会加持护念你，你可以宣说满愿神咒来保护未来世时修持药师经法的人，使他们无诸苦恼，所有的一切求愿都能得满足。
我们看《学修药师法门补充资料》的第13页。
【纳妈沙巴达纳木，沙木鸦沙木不达纳木，纳妈沙尔蛙别炸达啰纳木，爹雅他，唵，边自边自，妈哈边自，别炸巴刷达啰呢，沙妈，沙妈，沙面达，哑不啰德衣哈达边自，刷妈刷妈，不啰刷面都，沙尔蛙必达牙，姑噜姑噜，沙尔蛙嘎尔妈呢，沙妈雅，妈奴妈啰，巴嘎娃烟，别炸巴呢，沙尔蛙哑刷木墨野，巴咧，不啰野，梭哈。】
这就是满愿咒，满愿陀罗尼。
【“世尊，若复有人持七佛名，忆念彼佛本愿功德，并持此咒，读诵演说，我令彼人所愿满足无所乏少。若欲见我问善恶者，应当书写此经，造七佛像并执金刚菩萨像，皆于像身安佛舍利。于此像前，如上所说，种种供养礼拜旋绕，于众生处起慈悲心，受八戒斋，日别三时，澡浴清净，三时衣别，从白月八日至十五日，每日诵咒一百八遍，心无散乱，我于梦中即自现身共为言说，随所求者皆令满足。”】
这一节是执金刚菩萨说修持满愿陀罗尼的方法以及梦中执金刚菩萨现身教化众生。这一节可以分为两个要点：
第一个要点是执金刚菩萨说，药师七佛世尊啊，如果有人持诵药师七佛名，忆念学习药师七佛因地所发的弘深誓愿和广大的菩萨行，并且修持满愿陀罗尼，读诵并且为人演说，我会加持令他们一切所愿皆得满足。
如果想见到我来问善恶，问种种的事情，就要书写或者印刷这本《药师七佛经》，造药师七佛的圣像和执金刚菩萨像，在像身之中安置佛舍利，如法地供奉礼赞。要发菩提心，对众生起慈悲心，受持八关斋戒，沐浴更衣，从每月的农历初八到十五日，每一天都念此满愿神咒一百零八遍。白月是指上半月，因为是增益之法，所以是从初八到十五来修。每日持咒，内心清净不散乱，那么我执金刚菩萨就会入众生梦中，在众生的梦里面现身来为他说法、开示，满足其求愿。
第二个要点就是“皆于像身，安佛舍利”。佛舍利有真身舍利，比如说肉舍利、骨舍利、发舍利、血舍利等等；还有就是法身舍利，就是指经书法宝，药师七佛如来的法身舍利就是这部《药师七佛经》；还有化舍利，就是感应的舍利，《龙舒净土文》在刻版的时候墨宝里面就有舍利掉出来，这是感应舍利。这一句主要是教导我们为佛像装藏的方法，如法地装藏，这也是药师法门的内容，安佛舍利主要是安置《药师七佛经》作为法身舍利。
于众生处起慈悲心。要能够发菩提心，为利有情愿成佛。我们可以看到这个经本里面的最常出现的都是“于众生处起慈悲心”，有利众的慈悲心才能够与执金刚菩萨相应，才能够与满愿陀罗尼相应。
过去那些学医的人，他们出师的时候，他的师父一定会给他送两件礼物，一个是灯笼，一个是雨伞，意思就是说，你不管白天、黑夜，刮风、下雨，你都要出去救人，这是慈悲心的实践。其实在各行各业之中我们都要有无我利他的慈悲心，我们要能够真正有这种慈悲心，努力把自己陶冶成为堪受正法的法器。
《史记》上司马迁记载了一个公案，是说中国上古的一个名医扁鹊。扁鹊年轻的时候是做一个小官，专门给官府来看守宾馆，就好像宾馆的经理一样。有一个叫做长桑君的人就住在那个宾馆里面，住了很多年。“扁鹊独奇之，常谨遇之”，扁鹊觉得这个人很奇特，所以很恭敬，很礼貌对待他，“长桑君亦知扁鹊非常人也，出十余年，乃呼扁鹊私坐，语曰：我有禁方，年老，欲传与公，公勿泄。扁鹊以其言饮药三十日，视见垣一方人，以此视病，尽见五脏症结。”
也就是说，扁鹊对这个长桑君非常恭敬，非常礼貌，这样交往了十多年以后，长桑君就把一个药方告诉他，就跟他说：“我实在老了，愿意传给你，但是你不要随意泄露出去。”扁鹊拿了这个方就吃他的这个药，吃了三十天，就有开发一种透视功能。闭上眼睛，城市里面任何地方他都看得很清楚，一个城都看得清楚。看人的身体五脏六腑都看得很清楚，这是得到开发透视功能的一个药方，这是一种方法了。
当然是因为扁鹊一直非常谨慎、非常恭敬，心地也非常好。我们成语上面有一个叫做“讳疾忌医”，这个应该大家都知道，也就是跟扁鹊有关系了。扁鹊有一次到齐国，齐桓公就很客气地招待他，吃完以后将要告辞之前，扁鹊就跟齐桓公说：“您的身体皮肤表面有一个小病，如果不赶快治疗的话，恐怕会恶化。”齐桓公说：“我没病啊，我没什么关系啦。”心里面说：我没病，不理他。等到扁鹊走了以后，齐桓公就笑笑，跟自己周围的人说：“你看看，这个当医生的好名好利，竟然要给没有病的人来治病，真是荒唐得很。”又过了五天，扁鹊又去看望齐桓公，就跟他说：“您那个病已经发展到脾胃了，现在治还来得及。”齐桓公还是说：“我没感觉。”又过了五天，又看到他的时候，就只看他一眼，掉头就走了。
齐桓公觉得好奇怪，就派人去追问他怎么同事，扁鹊跟那个人说：“要知道，最早我说的时候，齐桓公的病在皮肤表层里面，所以如果拨火罐就可以治好，然后去到血脉里面的时候，用针灸也能治好，如果到了脾胃里面，肠胃里面用汤药也可以治好，但是现在已经病入膏肓没有办法了。”果然过了五天以后齐桓公就死掉了。这是说扁鹊有这个慈悲心，一再地去提醒他，但是对方很顽固，一直要死到临头的时候还没有醒觉过来。
所以学习药师法门以后要能够随时对一切众生起慈悲心，努力把自己陶冶成为堪受正法的法器。我们真正能够对于一切众生生起慈悲心来，其实就是怎么样？就是一直要真正地向内觉照才会有慈悲心，不是那种感情。我们原来讲过了，聪明是属于大脑的，智慧是属于心的；感情是属于大脑的，慈悲是属于心的，完全地只是向外溢出来，因为他内在非常丰富，平等的、不求回报的，这样无我利他的心是慈悲心。我们真正地能够于众生处起慈悲心的话，执金刚就会化现为种种的形象来教化我们，或者在梦中教导我们。
【时大会中有诸菩萨皆悉唱言：“善哉！善哉！执金刚，此陀罗尼不可思议，实为善说。”时七如来作如是语：“我等护汝所说神咒，为欲饶益一切众生皆得安乐，所求愿满，不令此咒隐没于世。”】
这时药师法会之中有很多菩萨都赞叹说，好极了，执金刚菩萨啊，你这个满愿陀罗尼功德不可思议，你实在是善于说法。
药师七佛跟着也开示说，执金刚啊，我们会护念你所说的满愿神咒，这个神咒能够帮助众生获得安乐、所求愿满，我们会护持未来世中修行者能够将满愿神咒发扬光大，利益尽虚空遍法界的无量众生，使这个神咒不会隐没。
【尔时，七佛告诸菩萨、释梵四天王曰：“我今以此神咒付嘱汝等，并此经卷，于未来世后五百岁法欲灭时，汝等皆应护持是经。此经威神利益甚多，能除众罪，善愿皆遂，勿于薄福众生诽谤正法、毁贤圣者，授与斯经，令法速灭。”尔时，东方七佛世尊，见此大众所作已办，机缘满足，无复疑心，各还本土，于其座上忽然不现。】
这一段是两个内容：
首先是药师七佛付嘱诸菩萨以及天神，要他们承担流通这个药师经法的责任。
其次是东方药师七佛各还本土。药师七佛对诸菩萨天神付嘱说，我们现在把流通护持药师法门五个神咒和《药师七佛经》的责任托付给你们，未来世后五百岁，也就是释迦牟尼佛入灭两千五百年以后，后五百世，正法将要隐没的时候，你们要护持药师经法。
因为药师经法对众生的利益甚为广大，但是对于那些智慧福德都很薄少、谤法谤圣贤的人不能传授此药师经法，以免曲解佛意，以免以贪瞋痴心来用那些善巧方便，令佛法速灭。
药师七佛见到与会的大众对药师经法再没有疑惑了，能够坚定地受持了，所作已办，即时各现神通，从自己的法座上忽然隐没不见了，都回归到各自的净土去了。
到这里正宗分就讲说圆满了，以下就是流通分。当然也有将流通分提前到执金刚说满愿咒的时候，但是常规都是药师七佛各还净土作为正宗分圆满。
流通分
【尔时，具寿阿难陀即从座起，礼佛双足，右膝着地，合掌恭敬，而白佛言：“世尊，当何名此经？我等云何受持？”佛告阿难陀：“此经名为《七佛如来应正等觉本愿功德殊胜庄严》，亦名《曼殊室利所问》，亦名《药师琉璃光如来本愿功德》，亦名《执金刚菩萨发愿要期》，亦名《净除一切业障》，亦名《所有愿求皆得圆满》，亦名《十二大将发愿护持》，如是名字，汝当奉持。”】
这一段是阿难请说经名，释迦牟尼佛就说了七个经名。
药师法会即将圆满了，阿难尊者礼佛请法说，释迦牟尼佛世尊啊，这次的法会如此殊胜圆满，讲的这部经应该安立什么经名使我们见经名就知道经中的精华要义，知道如何去受持经中的法要。
释迦牟尼佛开示说，这个药师法门有七个名称，第一个是名为《七佛如来应正等觉本愿功德殊胜庄严经》；第二名为《曼殊室利所问经》；第三名为《药师琉璃光如来本愿功德经》；第四名为《执金刚菩萨发愿要期经》；第五名为《净除一切业障经》；第六名为《所有愿求皆得圆满经》；第七名为《十二大将发愿护持经》，你们要信奉受持。
【时薄伽梵说是经已，诸大菩萨，及声闻众，天、龙、药叉、健达婆、阿苏罗、揭路荼、紧那罗、奠呼洛伽、人、非人等，一切大众闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。】
最后这一节就是讲药师法会与会大众闻法圆满，信受奉行。释迦牟尼佛讲授《药师七佛经》圆满了，与会的诸大菩萨，以及声闻阿罗汉，天众，龙众，药叉众，健闼婆（寻香神）、阿苏罗（阿修罗）、揭路荼（迦楼罗），就是大鹏金翅鸟，紧那罗（紧那罗神），就是为帝释天做法乐的疑神，他所奏的是出世间的法乐，像人，但是头上有一个角。莫呼洛伽就是摩睺罗伽了，大蟒神，人、非人等。与会大众闻佛宣说药师经法圆满，都皆大欢喜，信受奉行。
七佛药师千灯大供仪轨
1．皈命
南无七药师琉璃光王如来
南无七药师净琉璃世界微妙胜法
南无七药师净琉璃世界一切贤圣众（三称三顶礼）
2．祈请
药师微妙十二愿，琉璃光明过日月。
圆满众生咸成佛，大悲世尊前顶礼。
一心顶礼本师释迦牟尼佛
一心顶礼东方药师琉璃光佛
一心顶礼善名称吉祥王如来
一心顶礼宝月智严光音自在王如来
一心顶礼金色宝光妙行成就如来
一心顶礼无忧最胜吉祥如来
一心顶礼法海雷音如来
一心顶礼法海胜慧游戏神通如来
一心顶礼日光遍照菩萨摩诃萨
一心顶礼月光遍照菩萨摩诃萨
一心顶礼文殊师利菩萨摩诃萨
一心顶礼观世音菩萨摩诃萨
一心顶礼得大势菩萨摩诃萨
一心顶礼无尽意菩萨摩诃萨
一心顶礼宝檀华菩萨摩诃萨
一心顶礼药王菩萨摩诃萨
一心顶礼药上菩萨摩诃萨
一心顶礼弥勒菩萨摩诃萨
一心顶礼普贤菩萨摩诃萨
一心顶礼虚空藏菩萨摩诃萨
一心顶礼金刚手菩萨摩诃萨
一心顶礼除盖藏菩萨摩诃萨
一心顶礼地藏菩萨摩诃萨
一心顶礼宫毗罗大将
一心顶礼伐折罗大将
一心顶礼迷企罗大将
一心顶礼安底罗大将
一心顶礼頞你罗大将
一心顶礼珊底罗大将
一心顶礼因达罗大将
一心顶礼波夷罗大将
一心顶礼摩虎罗大将
一心顶礼真达罗大将
一心顶礼招杜罗大将
一心顶礼毗羯罗大将
顶礼法界清净性琉璃世界药师佛
世出世间大愿王如法成佛圆众生
净琉璃界法性体流光现空明法界
祈请清净世界主琉璃王佛赐清净
随念决定生净刹不可思议中受生
念念药师佛念我同证无上正觉果
3．发心
(1)四弘誓愿
众生无边誓愿度烦恼无尽誓愿断
法门无量誓愿学佛道无上誓愿成
(2)皈依发心
佛法僧及诸圣众直至菩提永皈依
清净施等我誓作为利有情成佛道
(3)四无量心
愿诸众生具足乐与乐因愿诸众生脱离苦及苦因
愿诸众生常住无苦安乐愿诸众生舍分别证平等
(4)修法发心
深信七佛药师心愿修七佛药师法
随行七佛药师道愿证药师佛圆满
(5)药师如来本愿
圆满众生成佛庄严诸佛净土
(6)药师七佛大愿
善名称吉祥王如来及其八大愿
东方去此过四殑伽河沙佛土，有世界名曰光胜，佛号善名称吉祥王如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上丈夫、调御士、天人师、佛、世尊，有无量亿众不退菩萨之所围绕，安住七宝胜妙庄严师子之座，现在说法。
彼佛国土清净严饰，纵广正等百千逾缮那，以赡部金而为其地，平正柔软气如天香，无诸恶趣及女人名，亦无瓦砾、沙石、棘刺，宝树行列华果滋繁，多有浴池皆以金、银、珍珠、杂宝而为砌饰。
彼国菩萨皆于七宝莲华化生。是故净信善男子、善女人皆当愿生彼佛国土。彼佛如来、应、正等觉，从初发心行菩萨道时，发八大愿。
第一大愿：愿我来世得无上菩提时，若有众生为诸病苦逼切其身，热病、诸疟、蛊道、魇魅、起尸鬼等之所恼害；若能至心称我名者，由是力故，所有病苦悉皆消灭，乃至证得无上菩提。
第二大愿：愿我来世得菩提时，若有众生盲聋、喑哑、白癞、癫狂众病所困；若能至心称我名者，由是力故，诸根具足众病消灭乃至菩提。
第三大愿：愿我来世得菩提时，若有众生为贪、瞋、痴之所缠逼，造无间罪及诸恶行，诽谤正法不修众善，当堕地狱受诸苦痛；若能至心称我名者，由是力故，令无间罪及诸业障悉皆消灭，无有众生堕恶趣者，常受人天殊胜安乐乃至菩提。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若有众生少乏衣食、璎珞、卧具、财货、珍宝、香华、伎乐；若能至心称我名者，由是力故，所乏资生皆得充足乃至菩提。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有众生或被枷锁系缚其身，及以鞭挞受诸苦恼；若能至心称我名者，由是力故，所有苦楚皆得解脱乃至菩提。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若有众生于险难处为诸恶兽、熊罴、师子、虎豹、豺狼、蜢蛇、蝮蝎之所侵恼，欲断其命发声大叫受大苦时；若能至心称我名者，由是力故，所有恐怖皆得解脱，诸恶兽等悉起慈心，常得安乐乃至菩提。
