蒋经国传子布置受阻后，开始安排集体接班。由于台湾政局动荡不安，蒋经国不得不考虑“借重”于在军队门生遍布、根系深厚的蒋纬国，以预防将来一旦有变，蒋家利益亦能得以维持。在这样的情形下，1980年，年已64岁的蒋纬国奉调出任“联勤总司令”。据说，任命发布前，蒋经国曾找蒋纬国谈了一次：“父亲死后，只剩下我们两兄弟了。我希望你能专心替国家多做些事情……”这项任命十分重要，蒋纬国由一赋闲人物一跃而为台湾国民党陆、海、空、联勤4个军种的负责人之一，政治行情急剧看涨。一些一生追随蒋氏家族的国民党元老级人物，在蒋经国垂垂老矣，国民党未见有突出的权威型人物接班之时，亟切期待蒋纬国这位传统政治中的“正统人物”，能够再创一个“蒋纬国时代”。
也许是“树大招风”、“功高震主”之故，正当蒋纬国在台湾朝野声名日隆，民间甚至相传蒋纬国为“接班”热门人物之时，蒋纬国的政治生涯再一次经受大的转折。1983年9月，蒋纬国的“联勤总司令”任期届满，外界议论纷纷，猜测他极有可能再进一步，升任军中最重要的两个职位“国防部长”或“参谋总长”之时，等到的却是调任“联训部主任”一职的委任令。一时间舆论大哗，均认为蒋纬国再次被冷冻，以望七之高龄屈就此冷衙门，从今而后已无出头之日，是名实皆贬。因为历任“联训部主任”卸职后的出路，从罗列、刘安棋到王升、张国英，鲜有“峰回路转”再度复出者。
但是，也有人持不同意见，认为“联训部主任”这个职位可大可小，有文章可做，蒋纬国就任此职，是明降暗升。其理由是，“联训部”是“国防部”、“参谋部”之下的一个幕僚单位，全称是“联合作战训练部”，是专管三军协同作战，以发挥海、陆军整体战争效果的一个训练机构。就指挥体系而论，自然隶属参谋总长之下，但与3个军种的总司令，应无上下隶属的关系，反而可平起平坐，居中发挥协调的作用，甚至如运用得当，还可发挥更大的政治作用。这对于已中断部队指挥权逾20年之久的蒋纬国来说，应是一个新挑战、新机遇，而蒋纬国自然也可利用这个特殊的职位，在军中充分发挥政治上的微妙作用。
果不其然，到了1986年，蒋纬国的政治行情再度从谷底翻升上来，于是年6月18日被蒋经国任命为“国安会议”秘书长。由于“国安会议”主席一职由“总统”亲任，党政军首长均为其成员，因此，即使在平时，“国安会议”秘书长已是内掌情报系统，外握统兵大权，而在“非常”时期，更是成为这个“太上内阁”的最高幕僚长，权势炙人。
这项任命，颇出当时人们的意料。台湾《联合报》对此发表评论说：“我们有理由相信，蒋纬国出任国安会秘书长，当可使国家安全的问题获得现代战略与民主法治的双重检验；而使战时与平时，非常时期需要与民主宪政规范的矛盾，获得合理的、具有前瞻性的统合。”话说得含蓄，但对蒋纬国的作用已经呼之欲出，尤以“具有前瞻性”的提法，更极具暗示的技巧。当时，也有人直道底蕴：“蒋纬国要扮演摄政王的角色了！”
对于蒋经国最后给蒋纬国的这一“出处”，台湾各界普遍称许，认为这既是对“一生尴尬”的蒋纬国最恰当不过的安置，又是“后蒋经国时代”政治布局中绝妙的一步棋。蒋纬国长期在蒋介石、蒋经国父子大权独揽的“强人政治”的阴影之下，发展仅限于军界，且不准带兵，多年不问政事。在蒋纬国晚年被解冻之后，业已垂垂老矣，欲振乏力，已无法再塑造出适合于中国传统政治领袖的“权威”特型，再创造出一个属于他自己的时代来了，蒋纬国此时复出的最称职的角色就是扮演一个过渡时期稳定大局的军方领袖。由是观之，蒋经国是深明其理的，他摈弃了蒋纬国的“接棒人”地位，却要充分利用蒋纬国的“传棒人”作用，“以军监国”。对于百年身后事，蒋经国惟一担心的一件事是，由于自己择定的接班人李登辉与军方素无渊源，一旦军人有野心图谋不轨，李登辉即可通过蒋纬国的关系，迅速掌握变局，防止政治动荡。蒋经国此举，显系经过深思熟虑后才决定的。具体而言，这是蒋经国打算用蒋纬国来制衡当时的军事强人郝柏村的伏笔。
蒋经国去世后，滕杰要拥蒋纬国为国民党副主席，未果。又要拥其为副总统，亦夭折，蒋纬国终于成了政治废人，1997年去世。
1988年1月13日，多年疾病缠身的蒋经国撒手西去，李登辉继任“总统”，并被推举为国民党代理主席。俗话讲，“一朝天子一朝臣”。蒋介石去世，其承继者蒋经国如是；蒋经国辞世，其接班人李登辉亦如此。李登辉上台伊始，就着力以自己的意志为轴心建立“李氏江山”的权力布局，努力摆脱蒋家王朝的阴影。而在创造新的“李登辉时代”过程中遇到的第一个难题，就是如何摆平“摄政王”蒋纬国的位置。
在相当数量的“受恩”于蒋家的国民党元老重臣眼中，政治上“刚刚出头”的蒋纬国虽然已年逾古稀，但是他毕竟是蒋家两代“强人”之后的惟一的有资格、有能力的“正统”利益代表者、捍卫者，是蒋家王朝得以承续的重要象征。他们寄厚望于新旧时代交替之际以军监国的蒋纬国能够发挥更大的作用，因而极力簇拥他由幕后到前台来。
对于这一异常现象，李登辉是深怀戒意的。“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”！蒋纬国既有余荫，又有后援，谁敢不顾忌三分？自己立足未稳，却先多个“婆婆”，李登辉岂能甘心。由于军事强人、“参谋总长”郝柏村在“新主人”登基后不久即表态输诚，原来各界所担心的军人干政、政局动荡的局势并没有出现，李登辉对于政权的稳固有了信心，已不再需要借重于蒋纬国“以军监国”，因此他对蒋纬国的态度转为平淡，甚至还有压抑蒋纬国的意味。
李登辉继任“总统”，作为“国安会议”秘书长的蒋纬国曾表示支持，但李登辉却对“国安会议”的作用采取尽量降低的态度。李登辉在1988年2月12日首次记者会上答记者问说：“国家安全会议这几年来一年只举行一次会议。讨论什么事情？就是讨论政府的预算案。没有其他任何重要案件是由国家安全会议来决定的。安全会议开的愈少愈好。”“安全会议有其重要性，但对其重要性我们还是要尽量降低……”随后，蒋纬国在答台湾《新新闻》周刊记者独家访问时则说，“国安会议”是负责“国家”战备指导的机构，在“国家状况正常时”，“国安会议”是“总统”的个人幕僚团，一旦进入非常状况，“国安会议”就成了“总统”的全班幕僚团。所以在平时、战时都有存在的必要。它在台湾现行体制中，扮演了一个弹性运作的角色。双方针锋相对，互不相让。
1988年1月，国民党召开“十三全”大会，年逾八旬的“资深国代”滕杰领衔发动，联络了240多名党代表参加联署，推举蒋纬国为国民党中央副主席。此举引起了李登辉的高度警惕，当即决定予以“封杀”，李登辉以代主席之权对蒋纬国不予提名，使蒋纬国连中央委员会都未能进入，只提名他继续担任中央评议委员。郝柏村则代表军方进入国民党最高决策中心的中常会。
这项人事安排，蒋纬国当然心里明白究竟是谁在幕后操作。但他只能内心抱怨，表面还是得装出无所谓的样子。事实上，对于未能人主中常会，蒋纬国是十分在意的。在一次三军军官俱乐部的聚餐中，蒋纬国曾半认真、半开玩笑地说：“咱老哥逝世后，有人说我们国家群龙无首，一国三公。在我看来，是一国五公：治国公李登辉、保国公俞国华、辅国公李焕、镇国公郝柏村，加上我这个监国公。然而‘十三全’之后，我突然发现其他什么都是不见了，只剩下一个治国公。”语毕，举座为之哄然大笑。
即或如此，作为蒋氏家族最重要的代表人物，蒋纬国仍然有着不可忽视的潜在政治影响力，国民党内拥蒋的旧势力也并未甘心“十三全”的受挫，他们重新积聚力量，于1990年“中华民国”第八届总统大选中，再次把蒋纬国正式推上台面，与林洋港搭档竞选“总统”、“副总统”。
“总统”大选前，蒋纬国一度亦庄亦谐地对外表示：“傻瓜才会当总统！”但是，时隔不久，他的说法就开始发生变化。1989年12月30日，蒋纬国发表谈话坦承“副总统”参选意向：“如果代表们真的推举我，我不会反对！”并称“民意”是不可违背、不可抗拒的“命令”，“我敢不接受吗”？
“总统”大选开始后，在“拥蒋国代”核心人物滕杰的精心策划下，蒋纬国“副总统”的呼声一时颇为高涨。尤其是其间蒋纬国发表了一番“惊表动地”的谈话，更是把本已风浪迭起的“总统、副总统”竞选活动推向了一个新的高潮：蒋纬国否认台湾岛内外人人皆知的其兄蒋经国在1985年对美国《时代》周刊记者讲过的“蒋家人不会再竞选下任总统”的话，说“我哥哥从来没有谈过这句话，都是报上制造出来的”！此语一出，许多人将其视为蒋纬国决意角逐“总统”的信号。而李登辉则“后发制人”，拉出“黑马”李元簇为竞选副手，以“二李”对抗“林、蒋”。这样，在“国民大会”的会上、会下，场内、场外，以李登辉为首的“主流派”，与反李的“非主流派”两军对垒，展开了全面的交锋。
由于李登辉是“法定”的“法统”继承人，又是现职的“总统”、国民党中央主席，“主流派”与“非主流派”的较量从一开始，实力就颇为悬殊，李登辉首先请出国民党“八大老”倪文亚、陈立夫、蒋彦士、李国鼎、谢东闵、辜振甫、袁守谦、黄少谷，压“林、蒋”退选，接着又设法拆散了“四巨头”李焕、郝柏村、林洋港、蒋纬国的“反李联盟”；最后使出“杀手锏”，急召在日本的蒋氏嫡传蒋孝武返台，发表了反对蒋纬国参选的“措辞激烈”的“严正声明”。与此同时，正在美访问的蒋氏庶出章孝严表态反对蒋纬国“违宪”之举。这样，由蒋家“正宗”第三代最有影响力的实力派人物正式宣称“维系大统”，拥蒋势力的“恋蒋情结”被“迎刃而解”。面对李登辉如此凌厉的攻势，林洋港、蒋纬国不得不相继宣布退出竟选，李登辉、李元簇在随后进行的正式选举中，以绝对多数的票额顺利当选为国民党提名的“中华民国”第八届“总统”、“副总统”。
1988年，蒋纬国在国民党“十三会”大会上被推举“中央副主席”受挫。1990年，在国民大会第八次会议竞选“中华民国副总统”再败，其政治出路事实上已被李登辉彻底“封杀”。蒋纬国“恋栈”不得，自相识趣，在李登辉第八届“总统”任上，数次请辞“国安会议”秘书长之职。李登辉初则“慰留”，随即“恩准”，于1992年发布命令解除蒋纬国“国安会议”秘书长一职，而聘蒋纬国“总统府资政”以示安抚。至此，蒋纬国真正成为政治上的“废人”。
蒋纬国晚年健康状况一直不是很稳定，几次被送进荣民总医院急救。尤其是在1986年，蒋纬国卧病数月，初期诊断疑为“血癌”，到最后才确诊仅仅是白细胞过多症，虚惊一场。但是，蒋纬国的心血管系统的疾病始终未得到根治。1993年12月26日凌晨，蒋纬国因轻微脑中风造成下半身瘫痪，家人急送荣民总医院抢救。经医生诊断，确认蒋纬国系剥离性主动脉夹层破裂，血液渗出动脉外及中层，于是当天即进行了第一次手术。然而，手术后发现患处有渗血现象，不得已又于27日施行了第二次手术，据主刀医生荣民总医院心脏血管外科主任赖晓亭透露，两次手术尚属顺利，蒋纬国近期内可能不会有生命危险，但是下半身瘫痪能复原多少成，没有把握。而且他担心蒋纬国术后出现了最令人担忧的肾脏感染并发症，在其有生之年恐怕必须经常洗肾以维持肾脏正常功能。
1996年7月8日，蒋纬国在中国国民党中央直属第六小组会议上，提出了蒋介石、蒋经国移灵大陆的临时动议，也就是轰动一时的所谓“移灵案”。他在移灵案中，提请国民党中央成立“移灵奉安委员会”，对移灵问题做出安排，并与大陆方面沟通，俟时机成熟后付诸实施。
“移灵案”，犹如“一石激千层浪”，在台湾又引发了不小的震动。尽管台湾朝野各界都认为蒋家后代欲将先人迁回大陆，“落叶归根”、“入土为安”，以尽人子之道，于法于情均值得理解并应得到尊重。但鉴于两岸关系的现状，蒋氏父子移灵大陆所将引发的“政治冲击波”不能不审慎对待。
“移灵案”无疑给台湾当权者出了一道难题。在蒋纬国提出“移灵案”之后，国民党高层虽已决定由3位前中央委员会秘书长张宝树、马树礼及蒋彦士等人组成筹划委员会，研究蒋纬国的提议，但也一再指出，由于蒋介石、蒋经国都曾是“国家元首”，在两岸尚未完成统一之时，移灵大陆奉安，在象征意义上恐将引起政治冲击。而操作起来也有诸多不便，比如，奉安过程中台湾党政要员是否能赴大陆，日后的谒陵活动将如何处理，等等，均很棘手，因此，主张此事稍缓一缓，不必操之过急。
8月，在国民党十四届第四次中央评议委员会议上，蒋纬国以书面形式重提两蒋移灵案。并提出3点建议：第一，目前移灵时机固未成熟，但开始策划、筹备奉安，以及和各方沟通的时机已见迫切，建议将已成立的奉安研究小组，尽快改组为“移灵筹备委员会”，认真研究相关事项，逐步采取行动，以催化移灵时机的早日到来；第二，在行动之前，慈湖和头寮的安全必须绝对保证，移灵之时起，至奉安之地之间，沿途安全细则应有专人筹划；第三，两岸恢复会谈时，或密派专使，作有力之诚恳要求。
1997年4月，国民党中常会通过“先总统蒋公暨经国先生移灵奉安案”，决定以国葬原则筹办，由政府成立筹备委员会，审慎筹办暂时奉安台湾事宜，并同时策划国家统一后迁葬大陆事宜，亦即所谓“两阶段移灵案”。对此，蒋纬国和与他一起力主移灵的侄子蒋孝勇有不同意见。无奈，两人都已重病缠身，来日可待，反对也无济于事。据说，“两阶段移灵案”已得到“老夫人”宋美龄和蒋方良的首肯。
1997年9月22日夜11时30分，缠绵病榻10个多月的蒋纬国终因败血症引起心肺衰竭，抢救无效，病逝于台北荣民总医院加护病房，享年82岁。据香港媒体报道，蒋纬国生前亦有意死后葬在浙江奉化故乡，但由于此事牵涉复杂，蒋纬国遗体可能会先在台湾以基督教仪式与其已故前妻合葬，待适当时机再迁葬大陆。
