尽管蒋经国这3点指示“冠冕堂皇”，但毕竟与蒋介石时代划出了明显的界限比其父要“高明”得多。
在用人方面，蒋经国则继续他在主掌行政院时代开始的“台人治台”、“植根本土”的政策，大打“台湾牌”。他不仅起用台湾省籍的谢东闵为总统的搭档，邱创焕为行政院副院长，而且还大力选拔台湾省籍青年才俊，充实省市县乡各级行政机构，为台籍人士参政议政开放门径，以减缓因省籍问题而引发的冲突所造成的压力。当然，此时蒋经国在省籍问题上的让步还是有限度的，台籍人士参政往往处于位高权轻的状况，即“只有执行权，没有决策权”。
在对待台湾岛内民主运动与反对势力的控制与处理问题上，逐渐“减压”，以“放逐制”代替“监禁制”，尽量“手上不沾血腥气”，以减少隐患，消弭不可化解的敌意。
在对待两岸关系及祖国统一问题上，蒋经国的“大陆政策”与蒋介石时代并无多大改变。针对中国共产党提出的“一国两制”方案，蒋经国自恃美国的后台以及台湾的经济王牌，提出“三民主义统一中国”的口号，并以“三不”回应“三通”。当然，在对待“台独”问题上，蒋经国的态度一向是鲜明而坚定的：只有一个中国，两岸必须统一。
1984年，6年一次的总统大选再度来临。蒋经国在，自然无人敢于做第二人之想。结果，蒋经国几乎以全票被“国民大会”选举为“中华民国”第七任总统。但是，副总统的人选，则颇出人意料蒋经国提名李登辉出任！因为在台籍政要中，谢东闵、邱创焕、林洋港3人，无论就资历、威望，还是就能力、经验而论，均较李登辉为强，呼声也高，但是，蒋经国权衡再三，最后还是选中李登辉做副总统，即“法统”上的“继承人”。据台湾报纸分析，“黑马”李登耀出台，是蒋经国效仿当年蒋介石选定严家淦。严、李二人均属技术性官僚，有共同的长处：无班底，无野心，唯唯诺诺，易驾驭。
蒋经国连任总统后，委任与蒋家渊源甚深的俞国华为行政院长，重新调整政权结构，在5个运作性系统中配置起自己“中意”的班底：
政务系统：以俞国华为主，以李焕、马纪壮为辅，以林洋港为搭配，“新生代”的陈履安、钱复、魏镛、施启扬、吴伯雄、章孝严等为选拔对象；
党务系统：以马树礼为主，以宋时选、白万祥为辅，以赵自齐、郭哲、肖昌乐为搭配，以“新生代”的马英九、宋楚瑜等人为选拔对象；
军事系统：以郝柏村为主，以蒋纬国、邹坚、张国英、蒋仲岭为辅，以黄埔系元老何应钦、黄杰、袁守谦等为重镇，以宋长志为搭配，并以陈守山、许雨农等为选拔对象；
情治系统：以汪敬煦为主，以翁文维为辅，以陈守山为搭配，而以汪道渊、沈昌焕为权力核心中代表发言的重镇；
财经系统：亦以俞国华为主，以李国鼎、张继正、赵耀东、周宏涛为辅，以“新生代”的钱纯、王章清等为选拔对象。
在蒋经国这次重组班底的过程中，有不少盛极一时的政坛风云人物，或倏然出局，或处境尴尬，也有的受到异常的倚重。他是在紧步其父蒋介石的后尘，为其传子布置铺平道路。
1978年，蒋经国接班上台时，已年届七旬。蒋经国身体状况一直不佳，尤其是晚年长期受糖尿病的困扰，年迈体弱。因此，进入80年代以后，台湾朝野就开始关心他的后事问题，蒋经国自己也忧患于来日不多，开始把接班问题作为首要问题来考虑。虽然台湾当局和蒋经国本人一直矢口否认外间所传闻的“经国传子是既定方针”的说法，但有心人不难从蒋经国的一些“怪异”的做法中，窥出他授权于子的蛛丝马迹。
“蒋经国时代”来临后，他便让蒋家第三代放手抓权。蒋经国嫡传三子孝文、孝武、孝勇以及庶出的章孝严、章孝慈两兄弟都曾被他委以过重任，多方磨炼，悉心培养。其中最有行情者莫过于蒋孝武。蒋孝武生于1945年，西德慕尼黑政治学院毕业后，先随蒋家亲近者赵聚钰（赵恒惕之子）和严孝章（严复之子）两位身边学做人做事，后进入“辅导会”任职，在蒋经国左右见习处事应物之道。蒋经国有意让蒋孝武熟悉党务工作，先后让他担任中央政策会委员和组织工作委员会委员以及国民党中央党部秘书处秘书等职。与此同时，蒋经国还委派蒋孝武出任“华欣文化事业中心”主任、“中央广播电台”主任、“中国广播公司”总经理、“广播事业协会”理事长及“报业协会”理事等职。
从1976年开始，蒋经国又精心安排孝武涉足情报工作，让他出任“国安会议”执行秘书一职。蒋孝武所占据的这些位置，虽均与文官制度无涉，但却覆盖“党政军特新闻”五大控制系统，职轻权重。因为蒋经国时代毕竟不同于蒋介石时代，不可能像当年蒋介石培养蒋经国接班那样明目张胆，蒋经国对蒋孝武的扶植只能是暗中进行。蒋经国本着“让他参与多一点，没有什么名分”的原则，长期安插他在元老重臣主持下的重要机构中见习，显系有托孤之意。尤其是让蒋孝武出任“国安会议”执行秘书的要职，与当年蒋介石安排蒋经国主掌“总统府机要室资料组”，更是有异曲同工之妙！
蒋经国不仅放手让蒋家第三代抓权，而且还将对第三代升迁不利的人士清除，如将不善体“总统”深意的王升由“总政治部主任”显赫之位罢黜。蒋经国就任“中华民国”第七位总统后的人事大幅度调整，更是别有所谋。俞国华、汪道渊、马树礼等古稀之年的国民党元老的重新任用，绝对反映不出交班的任何意向，而严家淦式的李登辉匆匆登场，蒋经国的“托孤”意味则全然托出。蒋经国还大量起用国民党第三代充任权力中枢要职，为蒋孝武组建政治班底，为蒋孝武“接班”护航保驾。
天有不测风云。“江南命案”的突发，彻底打乱了蒋经国的传子部署。蒋经国迫于形势，不得不改变“传子”初衷，转而安排“集体接班”事宜。
江南本名刘宜良，江苏靖江人，幼年在家乡读书，1949年随蒋氏父子来到台湾，就读于台湾师范大学。曾受训于“国防部政干班”及“政工干校”，当过空军政工官，是蒋经国一手培植起来的政工人员。后来江南脱离军队，从事记者工作。1963年至1967年间任《台湾日报》记者，撰写了《香港纪行》、《动乱的东南亚》两书。1967年，江南赴美留学，先谋学位，后转经商，并加人美国国籍。江南闲时仍笔耕不辍，著成《蒋经国传》一书。
此书是江南积多年心血之作，从60年代起他就为撰写此书进行了材料准备工作，并为此放弃了博士毕业论文的写作。除了进行采访和到图书馆查证资料外，为取得第一手资料，他曾多次到浙江、江西等处实地采访。《蒋经国传》是海内外第一部全面系统地对蒋经国一生的功过是非进行评述的“信史”，1984年一面世即引起轰动，成为海外最畅销的中文书。由于《蒋经国传》对蒋氏父子的劣迹多有披露，台湾当局对此十分恼怒，视江南为“叛逆”，欲去之而后快。经蒋孝武秘密策划，台湾“情报局”指派台湾黑社会“竹联邦”分子陈启礼、吴敦、董桂森等人前往美国旧金山，于1984年10月15日在旧金山附近的戴利市江南家中将江南刺杀。
“江南命案”震动了海内外华人社会，同声谴责这一惨无人道的暴行，并呼吁警方彻查凶手。经美国警方侦察，断定为台湾“竹联邦”分子与台湾“情报局”所为。台湾“情报局”在真相败露后，立即将陈启礼等人抓获，企图杀人灭口。由于美国的压力及海内外华人社会的呼声，迫使蒋经国过问此事。当他得知事情真相后，决定追究参与此案的情报人员的责任。最后，台湾当局采取了丢车保帅的做法，军事法庭判处“情报局长”汪希菩及“竹联邦”分子陈启礼等人无期徒刑。该案主谋蒋孝武则逍遥法外。
“江南命案”对台湾当局及蒋经国父子以沉重的打击。蒋经国煞费苦心在台湾民众及海外华人社会中所树立起来的“开明”与“民主”形象几乎在一夜之间崩毁，台湾当局借助于经济高速发展而在西方世界建立起来的“良好”声誉也顷刻丧失殆尽，台湾国民党政权遭遇到多年来最严峻的形象和信任危机。用邱垂亮在《台湾未来的危机与契机》一文中的话讲：“这个愚蠢却又残暴的血案，像一个八级的大地震，把台湾和关心台湾的海内外人民震撼得魂飞魄散，既恐惧又愤怒，既难过又失望。”美国方面及合湾岛内的国民党外力量及地方势力乘势抓住蒋孝武涉嫌“江南命案”一事，明里暗里给蒋经国施加压力，反对他的“传子”部署。甚至有人直接要求蒋经国能“壮士断腕”，让蒋孝武对“江南命案”有所交待。
面对由“江南命案”引发的如此强烈的政治动荡和政治危机，蒋经国不得不重新考虑“交接班”问题，不得不改变“传子”之初衷。1985年8月16日，蒋经国打破了几年来的沉默，第一次就接班人问题表态。他在接受美国《时代》杂志社香港分社社长波顿的采访时指出：
中华民国总统、副总统一直依据宪法及总统副总统选举罢免法之规定，由国民大会选举产生。今后亦当如此……至于将来国家元首一职，由蒋家人士继任一节，本人从未有此考虑。
这番表态暗示出两层意思：正式否认有“传子”的意图；同时，因为使用的是“蒋家人士”一词，也就顺带否认了某些人关于“兄终弟及”即蒋纬国“接班”的猜测。
同年12月25日，蒋经国在主持“国民大会”纪念“行宪”38周年庆祝大会上，撇开事先准备好的讲稿，即席作了两点重要说明：（一）“经国的家人中，有没有人会竞选下一任总统？我的答复是：不能也不会。”（二）“我们有没有可能实施军政府的方式来统治国家？我的答复是：不能也不会。执政党所走的是民主、自由、平等的康庄大道，绝不会变更宪法。同时，也绝不可能有任何违背宪法的统治方式产生。”
蒋经国这篇讲话，可以说是彻底排除了蒋家人士接班的可能。因为按照台湾国民党政权的现行体制，除非以军人干政并实行军人统治，蒋孝武或者蒋纬国才有可能“突击登顶”，以“非常手段”“接班”上台并“坐稳宝座”。
但是，仍有些人对蒋经国的真实意图有所怀疑。他们指出，蒋经国在8月和12月的两次表态，都只是谈“总统”职位问题，但“接班”却不一定非当“总统”不可。当年蒋经国接班，也是由严家淦当“总统”的，但世人皆知实权是掌握在蒋经国手中，蒋孝武难道不能效法其父吗？另有些人认准蒋孝武“奇货可居”，他们吹喇叭、抬轿子，企图建立一个以蒋孝武为中心的政治体系，以便自己以“从龙之士”的地位飞黄腾达。
1986年2月，蒋经国为了进一步澄清人们的疑虑，并防止蒋孝武被人利用，突然任命蒋孝武为驻新加坡商务副代表。蒋孝武于2月18日赴新加坡就任，行前辞去在台湾担任的一切官方职务。至此，“传子”的风波彻底止息。
五、结束蒋家王朝
蒋经国统治的后期，台湾弊端丛生，蒋经国不惜“个人的生死毁誉”进行“政治革新”，连闯三关：解除戒严、开放党禁、开放大陆探亲。
蒋经国曾经以“计利当计天下利，求名应求万世名”自勉。当“传子”部署受阻后，他不能不重新考虑“接班”的问题。在已知自己来日无多的情形下，蒋经国决心不惜“个人的生死毁誉”，在有生之年进行“政治革新”，以消除国民党政权败居台湾以来长达30余年的各种政治积弊，以谋求身后政权的稳定，并“向历史交待”。
1984年、1985年可以说是“蒋家王朝”覆亡前最混乱、最黑暗的年头。除了“江南命案”对台湾政坛产生巨大的影响外，接踵而至的“十信弊案”更是对国民党在台湾的统治造成极大的冲击波。这个台湾有史以来最大的金融舞弊案，肇端于“官商勾结”，肇端于“上面因循敷衍，下面勾串舞弊”。国民党中央秘书长蒋彦士，以及行政院经济部长徐立德、财政部长陆润康等要员均因涉嫌而黯然下台。“悲观暗淡的一九八四年”、“萧瑟的一九八五年之夏”等判词，成为观察家们评论时政的标题。邱垂亮形容道：“这一段日子，台湾上上下下，真的弥漫了一片浓密的愁云惨雾，阴沉肃杀的郁气充塞了人们的心胸，虽然还不是世界末日前的凝重和沉闷，但是已有很多人感觉到‘王朝覆灭’的不祥预兆和不安气氛。”
在波谲云诡的政治大动荡中，业已风烛残年的蒋经国利用他生命的最后一段时光，开始大刀阔斧地进行改革，谨慎而又坚定不移地推动“革新之轮”运转，企图为蒋家王朝涂抹上了最后一片亮色。
1986年3月29日至31日，国民党在台北举行十二届三中全会。会议根据蒋经国的意图，通过了《承先启后，开拓国家光明前途》案。该案除重弹国民党的那套反共滥调外，又提出“以党的革新带动全面的革新”，并“要以今年为党务再革新的出发点”。至于“亟待革新和解决的问题”，该案则列举了“社会治安的再加强、政治风气的再整饬、非常时期措施的再调适、民主宪政的再策进、地方自治的再充实、经济发展的再推进、精神生活品质的再提升、反制中共统战的再强化、国际关系的再开展”等9条。
为了推动政治革新的开展，蒋经国首先从组织上进行精心安排和调整，他提拔李焕、吴伯雄、施启扬、陈履安4人进入国民党中常会，使决策机构年轻化。蒋经国还从31名中常委中选出12人（严家淦、谢东闵、李登辉、谷正纲、黄少谷、俞国华、倪文亚、袁守谦、沈昌焕、李焕、吴伯雄、邱创焕）组成“革新小组气以严家淦（后为李登辉）为召集人，专门研究“政治革新”问题。在蒋经国督责下，“革新小组”对台湾国民党政治中4项最敏感的问题：结束戒严问题、解除党禁问题、充实“中央民意机构”问题、地方自治法治化问题进行研讨，最后确定了当前六大政治议题：中央民意代表机构问题；地方自治问题；国家安全法令问题；民间社会组织制度问题；强化社会治安问题；加强党务工作问题。
这六大问题，过去一向是国民党避之惟恐不及，而且忌讳别人探讨的言论禁区，而今由国民党主动提出推动解决，充分显示出蒋经国欲借“政治革新”清除积弊以谋“长治久安”的决心和魄力。
更为重要的是，由12名国民党中常委所组成的“革新小组”，以研究六大政治议题为契机，成为制度化的决策系统。蒋经国在世时，这一决策系统仍带有“强人”幕僚机构的性质，但在蒋经国死后，这一决策系统很可能顺势演变为一种集体领导的模式。
