到了1598年，秀吉的身体情况稍好，乃于3月15日在山城的醍醐（位于京都市伏见区）举行盛大的赏花大会。其规模远比11年前在北野（位于京都市上京区）举行的茶道大会还盛大。然而与北野的茶道大会不同的是，当年的茶道大会，贩夫走卒都可以自由参加，而这次的赏花大会却是戒备森严，仿佛暗示着世人对丰臣政权的不满。到了7月1日，秀吉梦到织田信长来对他说：“藤吉郎，你的时候差不多到了，我来迎接你。”秀吉回答说：“藤吉郎替主君报仇，是为了报答主君的恩惠。请主君再稍等一段时间。”信长猛拉着秀吉说：“不！我的孩子被你害得很惨，一想到这件事，我就等不下去了，快点过来！”秀吉猛然醒来，发觉自己已经爬离床位了。自从做了这个梦之后，秀吉自己知道来日不多，他最担心的仍是爱子秀赖的未来。8月5日，秀吉将五大老（德川家康、前田利家、毛利辉元、宇喜多秀家、上杉景胜）叫到床边，不停地说：“拜托各位一定要照顾秀赖。”8月18日，秀吉终于在伏见城内结束他那波涛汹涌的一生，享年63岁。他留下一首辞世歌：“随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦。”
丰臣秀吉死后，遵照遗命，“五大老”秘不发丧，以丰臣秀吉名义指示在朝各军撤退回国、力争最体面的议和。但尽管如此，此情报仍为明、朝联军获知，并决定进行阻击。
从1598年9月起，明、朝水军不断在海上截击撤退回国的日军舰队，使日军遭受巨大损失。11月15日，最后撤退期限已至，但小西行长被李舜臣截住。18日，岛津义弘率舰队前往增援小西行长。19日，明、朝水军和日本水军在庆尚道露梁附近海面展开了“文禄·庆长之役”规模最大的海战——露梁海战。此战日军遭受毁灭性的打击，被击沉、焚毁战船大约400艘，伤亡数千人。明、朝水师也损失惨重，李舜臣与明水师将领邓子龙双双战死。到了年底，日军全部撤回，庆长之役结束。
（第五节） 江户时代独特的幕藩体制
曾是织田信长、丰臣秀吉部下的德川家康（1542—1616年），以战和两手不断地扩大自己的实力。丰臣秀吉临终时，托付总揽政务的“五大老”要拥立他年幼的独子秀赖，当时担任“五大老”首席的德川家康发誓效忠。但是，秀吉一死，产生了以石田三成、小西行长为首的文吏派和以加藤清政、福岛正则为首的武将派间的尖锐矛盾。双方势均力敌，互相抗衡。
德川家康与武将派相通。1600年，他率5万余兵力自大阪出发东征。石田三成就策动毛利辉元等西部大名组成西军，进攻伏见城，讨伐德川家康。德川家康联合武将派加藤清正、福岛正则等组成东军，西上迎战。9月，东军进至尾张清州，进攻石田三成的根据地佐和山，西军连夜调兵进驻关原以阻挡东军。关原，旧称“不破关”，与伊贺的铃鹿关、越前的爱发关，统称日本“三关”，素为战略要地。9月15日晨，德川家康军旌旗招展，冒雾挺进关原。双方激战持续了六个小时，西军全线溃退。德川家康在关原之战中获胜，奠定了称霸全国的大局。
1603年2月12日，后阳成天皇任命德川家康为右大臣和征夷大将军。家康立即召集近臣，宣布在江户城（今东京）建立幕府。1605年，家康把将军职位让与儿子秀忠，要求天皇在其死后授以“东照大权现”称号，以维护其子孙的世袭统治。家康虽引退于骏府（今静冈），仍以“大御所”身份掌握军政大权。江户幕府的建立，真正完成了织田信长、丰臣秀吉以来的全国统一事业，全面结束了战国以来的混战和动乱，迎来了一个长期的和平局面。
德川家康深居骏府视政以后，视丰臣氏的存在为大忧患，决心要以其老迈之躯，亲自策划消灭之。为削减丰臣氏的财富，德川家康两次劝秀赖修建佛寺。秀赖听从他的劝告，动用积聚的钱财，花两年多时间在京都建造方广寺。1614年4月，又铸方广寺铜钟，并铸刻诗铭四言三十八句，其中有“东迎素月，西送斜阳消灭丰臣氏”，“所庶几者，国家安康，四海施化，万岁传芳，君臣丰乐，子孙殷昌”。正当方广寺大佛殿落成时，德川氏对该寺的钟铭进行百般挑剔，说钟铭中的“国家安康”，“群臣丰乐”，是欲以丰臣为君，斩杀家康，才能国安丰乐。德川家康以此大做文章，进而发兵进攻大阪。11月15日，家康父子亲率15万大军包围大阪。因大阪城外有两道护城深壕，久攻不下，于是采取瞒天过海之计，暂与丰臣氏议和，史称“大阪冬战”。
在议和谈判中，丰臣氏被迫填平大阪城外壕。进而连内壕也填了，甚至毁坏了城墙。大阪防御工事既毁，家康便于1615年3月发出最后通牒，强迫秀赖撤离大阪。秀赖拒绝迁移，积极备战。5月初，两军重新开战。7日，德川军攻入大阪城。8日，丰臣秀赖剖腹自杀，其母及近臣也多随之殉死，丰臣氏就此灭亡，史称“大阪夏战”。
至此，江户幕府名副其实地成为号令全国的权力机构。随即颁布“一国一城令”，只准大名领国内留下一个城池，其余得全部毁掉。结果全国3000余座城，只剩下了170座。
德川家康在消灭丰臣氏以后，建立了一套以幕府为核心、诸藩为支柱的土地分封等级制度，建立了控制朝廷、大名、武士的制度和以本百姓（自耕农民）为中心的村落制度的统治体制，史称“幕藩体制”。
幕藩体制是幕府和藩的两级统治。幕府将军下设大老、老中、若年寄三个执政要职。老中负责处理日常政务；大老为必要时临时任命的幕府最高官职，可代行将军职权；若年寄协助老中处理政务。在老中之下设有大目付、小目付，负责监察工作；勘定奉行管理幕府直辖领地的财政、民事诉讼，江户町奉行负责江户市政、警察、司法，寺社奉行掌管寺社、僧侣及关东以外的幕府直辖地的人民诉讼；还由老中主持、有三奉行及有关高级官员组成的幕府司法机构评定所。幕府也是全国武装力量的统帅机关，将军掌握全国军事指挥权。地方上具有相对独立性的封建领地称为“藩”，当时有260多个。藩的统治组织与幕府机构大体相同。藩既有地方分权的自治性，又得服从幕府的集权统治。江户幕府比镰仓、室町幕府更具专制性。
幕府为加强中央集权采取一系列削弱大名实力的措施：按血缘、亲疏和功劳大小，把藩主分为亲藩、谱代、外样三个等级。亲藩大名即德川家康的直系亲属；谱代大名是关原之战以前的追随者；外样大名是关原之战后的臣服者。凡军事要地、政治重心地带和经济富庶之地均分给亲藩或谱代；外样大名则被安置在边缘地区，并有亲藩或谱代大名监视。对各藩大名实行“参觐交替制”，规定大名要轮流到江户参谒将军，并把他们的妻子作为人质，长期留住江户。
专题：基督教的传入
最初传入日本的是西方的先进知识和技术，也就是西方先进的物质文明。这一时期传入的西方文明，不仅仅是一种猎奇般的装饰，而是对日本的社会构造乃至日本人的精神世界造成震撼。不少史学家甚至说，室町时代的终结和江户幕府的诞生，均与葡萄牙人传来的几支“铁炮”（鸟铳）有关。
东方有一个金银岛的传闻，在欧洲流播已久。其地点因时代而变，或言在印度，或言在马六甲，至马可波罗的《东方见闻录》问世，西方人始把目光投向世界最东端的日本。马可波罗是意大利威尼斯人，1271年随父游历中国，他根据在南方听到的传闻，这样描述日本的富庶：“他们国内的黄金极为丰富，因为黄金的来源是取之不尽的。但是国王不让黄金输出，商人很少到那里做生意。其他地方的船舶和这个国家的来往也是不多的。根据曾经到过那里的人告诉我们，这个国家的王宫富丽堂皇，蔚为奇观。王宫的整个屋顶用金色的板块覆盖看，与我们用铅遮盖屋顶一样；更恰当地说，与我们用铅皮盖教堂一样。宫殿的天花板也是用同样的贵金属做成的，许多房间里有很厚的纯金小桌，窗户也用黄金装饰。”
在整个大航海时代，“金银岛传说”无疑对西方探险家具有巨大的诱惑力，成为16世纪前后一系列地理发现的重要契机之一。15世纪末，哥伦布四次横渡大西洋，据说最初的动机便与探寻东方金银岛有关。西方人始终未放弃这种努力，直到1611年西班牙国王派遣维奇卡依诺赴日，仍要其寻找传说中的金银岛。
西方人对日本的重新认识，或滥觞于葡萄牙人托梅·皮雷斯。他在《东方诸国记》（约1515年）一书中，根据到南洋贸易的中国及琉球商人提供的信息，对日本作了简略的描述，指出日本是明朝的藩属，定期向中国皇帝朝贡，与琉球素通贸易，主要以金、铜交换服装和渔具等。这种对日本的认识，虽然尚停留在传闻阶段，但较之中世纪的金银岛传说，毕竟向事实大大迈进了一步。
1522年广东实行闭关，葡萄牙商船开始北上，游弋于闽浙沿海一带，不久在宁波附近的双屿岛聚集。1540年前后，这里成了中国海盗李光头、许栋、王直及葡人、倭寇的屯聚之地。可以推测，日葡之间的贸易，最初是在中国的漳州、福州或宁波的某地进行的。
天文十二年（1543年）八月二十五日，在日本九州南端的种子岛海边，突然出现一艘国籍不明的巨型帆船，船员约有100余人，容貌怪异，语言不通，见者无不称奇。这是葡萄牙人同时也是西方人首次在日本登陆。
日本方面的记载，首推南浦文之撰于1606年的《铁炮记》：“天文癸卯秋八月二十五日丁酉，我西村小浦有一大船，不知自何国来。船客百余人，其形不类，其语不通，见者以为奇怪矣。”当时船上有一位名叫五峰的“大明儒生”（即王直，“五峰”乃其号），西村的村主织部丞即与其在沙滩上笔谈。织部丞问：“船中之客，不知何国人也？何其形之异哉！”五峰回答：“此是西南蛮种之贾胡也。”自此以后的约百年间，“南蛮”遂为葡萄牙乃至西方的代称，这一时期传入的西方文化亦被冠名“南蛮文化”。
《铁炮记》记载了葡船抵达日本的时间和地点等，葡萄牙人安东尼奥·加尔凡在《世界新旧发现史》（1563年）中则描述了出航情况及途中遭遇：
1542年，齐奥格·德·福莱特斯船长滞留暹罗德德拉市时，手下的三名葡萄牙人乘帆船去中国。他们在驶入北纬30余度的双屿岛时，巨大的暴风雨从后面袭来，将他们从陆地隔开。于是他们继续向东方航行，数日后在此纬32度的位置上发现了日本海岛。在这个岛上确实有黄金、白银和其他财宝。
加尔凡于1536—1539年在南洋摩鹿加群岛供职，《世界新旧发现史》是根据亲身见闻写成的，其史料的真实性享有很高声誉。引文提到的“古书”当指马可·波罗的《东方见闻录》，可见到了16世纪中叶，西方人对东方金银岛依然抱有幻想。
这艘偶然漂到种子岛的葡萄牙船，首次将威力惊人的鸟铳传入日本。岛主时尧掷金2000两，从葡萄牙人手中买下两支鸟铳，令当地工匠传习仿造。这种新式武器很快在各地普及，和泉国的坍市、纪伊国的根来、近江国的国友等地，不久皆因仿造鸟铳而驰名。
鸟铳在实战中的使用，对传统战术产生了巨大影响。弓箭、刀枪、盔甲、盾牌等装备逐渐被淘汰，身经百战的骑兵精锐不堪初次上阵的步兵枪手一击，阵地作战取代了武士的单骑独斗，大名之间的军事均衡被打破了，从而加速了日本国内的统一进程。从此信长政权便开始引进西方的枪炮、火药制造技术。据说，信长在长筱一战中，就集中使用了3000支洋枪，在战场上占据了绝对的优势，对于完成统一的大业有很大帮助。
